genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.114.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30556188--30556215	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
30556427--30556453	14	1.9	14	100	0	54	14	18	7	59	1.58
30556296--30556603	164	1.9	163	86	6	444	29	16	21	33	1.95
30556352--30556534	89	2.1	87	84	8	235	26	16	19	37	1.92
30556444--30556641	75	2.7	75	88	3	294	32	13	21	32	1.92
30556441--30556679	75	3.2	73	84	5	291	29	15	20	33	1.94
30556663--30556716	15	3.9	14	80	11	58	18	16	3	61	1.49
30556690--30556722	15	2.2	15	100	0	66	18	12	0	69	1.18
30556664--30556725	14	4.5	14	82	9	65	20	14	3	61	1.47
30557473--30557647	30	5.8	30	90	1	237	26	48	4	20	1.67
30558210--30558293	2	44.5	2	77	15	81	41	2	1	54	1.21
30558310--30558368	25	2.5	24	78	10	68	33	8	6	50	1.59
30558326--30558374	25	2.0	25	91	0	80	34	8	6	51	1.57
30558528--30558575	16	3.1	15	90	6	69	31	2	2	64	1.16
30558528--30558579	8	6.5	8	82	8	61	30	1	1	65	1.14
30560500--30560929	148	2.9	145	88	4	603	33	13	15	37	1.87
30563751--30563782	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
30568572--30568737	27	6.2	26	90	4	215	34	22	24	18	1.96
30568572--30568739	53	3.1	53	90	3	248	34	23	24	17	1.96
30568572--30568739	80	2.1	81	87	1	248	34	23	24	17	1.96
30570355--30570438	26	3.2	26	96	0	150	35	23	5	34	1.80
30574369--30574509	27	5.3	26	88	5	183	35	23	24	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30574369--30574507	53	2.6	55	89	3	203	35	23	24	17	1.95
30576122--30576204	26	3.2	26	93	3	141	36	24	4	34	1.77
30576841--30576879	19	2.0	20	85	5	53	56	5	5	33	1.43
30578926--30579074	30	5.0	30	90	1	237	25	47	6	20	1.73
30579551--30579602	24	2.2	23	83	10	61	36	3	0	59	1.16
30579618--30579693	23	3.3	22	77	13	75	38	6	2	52	1.41
30579628--30579695	25	2.8	25	76	12	79	38	4	1	55	1.29
30579709--30579771	25	2.5	25	84	7	74	30	4	6	58	1.43
30579714--30579785	25	2.8	25	77	10	67	30	5	4	59	1.39
30579832--30579887	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
30585949--30586204	39	6.5	39	91	2	338	29	28	22	19	1.98
30585963--30586204	116	2.1	117	86	3	337	30	28	22	19	1.98
30586549--30586768	110	2.0	110	98	0	422	24	20	8	46	1.77
30594853--30594882	8	3.6	8	91	8	51	90	0	10	0	0.47
30594852--30594882	9	3.6	9	91	8	55	90	0	9	0	0.46
30595810--30595844	17	2.1	17	88	0	52	14	11	5	68	1.37
30595896--30595940	13	3.4	13	87	6	72	13	11	6	68	1.37
30595828--30596204	99	3.9	99	84	10	414	25	16	18	38	1.92
30596115--30596603	75	6.7	74	85	7	642	31	16	19	32	1.94
30596115--30596596	218	2.2	215	88	4	698	31	15	19	32	1.94
30596256--30596685	75	5.7	80	83	10	304	30	16	19	33	1.94
30596709--30596741	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30596550--30597120	91	6.5	87	80	9	515	27	16	18	37	1.92
30596550--30597138	181	3.3	175	79	9	578	28	15	18	37	1.92
30597825--30597870	14	3.5	14	80	14	62	26	52	4	17	1.63
30597771--30597912	30	5.0	30	82	11	183	25	48	5	20	1.71
30598070--30598108	16	2.4	16	91	0	60	23	5	25	46	1.73
30598390--30598519	23	5.5	24	74	9	70	36	6	2	55	1.38
30598467--30598526	25	2.4	26	80	8	79	36	5	1	56	1.31
30598484--30598574	29	3.2	28	73	13	89	30	5	5	58	1.44
30598538--30598603	22	2.9	24	77	6	66	28	6	6	59	1.46
30598543--30598604	24	2.7	23	80	5	72	29	4	6	59	1.43
30598543--30598619	24	3.2	24	78	12	70	28	5	5	61	1.39
30598666--30598721	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
30599577--30599627	22	2.3	22	86	0	66	11	13	7	66	1.43
30599963--30600003	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
30601269--30601320	18	2.9	17	83	11	59	50	5	0	44	1.26
30610210--30610244	18	2.0	17	94	5	61	42	0	0	57	0.99
30614005--30614029	13	1.9	13	100	0	50	48	0	16	36	1.46
30615754--30615861	26	4.2	26	89	0	171	32	7	24	36	1.83
30621500--30621865	46	8.0	46	90	2	504	37	15	24	22	1.92
30625307--30625339	17	1.9	17	93	0	57	54	18	0	27	1.44
30631002--30631046	23	2.0	23	82	8	56	53	6	6	33	1.53
30631607--30631641	13	2.6	13	95	4	61	17	0	0	82	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30632352--30632469	21	5.9	21	66	15	61	40	22	22	14	1.90
30632334--30632457	39	3.2	39	84	0	176	37	23	24	14	1.92
30632816--30632874	28	2.1	28	96	0	109	11	22	10	55	1.65
30637946--30637982	14	2.6	14	95	0	65	21	21	5	51	1.68
30639013--30639048	13	2.7	13	95	4	63	25	0	0	75	0.81
30639712--30639851	39	3.6	39	85	1	165	38	23	23	14	1.91
30642244--30642345	3	34.0	3	91	0	168	62	0	3	33	1.13
30642961--30642985	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
30642973--30643054	42	1.9	42	82	2	101	56	1	13	29	1.45
30643772--30643857	44	2.0	44	85	0	118	30	20	18	30	1.97
30643816--30644090	140	2.0	140	88	2	410	29	17	16	36	1.92
30643782--30644539	44	16.8	44	69	10	278	30	19	16	33	1.94
30643967--30644313	89	3.9	89	76	9	258	29	21	17	31	1.96
30644064--30644308	133	1.8	133	83	0	328	29	21	17	30	1.97
30647104--30647170	29	2.3	29	87	2	91	29	13	28	28	1.94
30647115--30647189	29	2.6	29	87	2	98	28	16	30	25	1.96
30663289--30663333	20	2.4	19	81	7	56	22	17	2	57	1.50
30664802--30664880	40	2.0	40	82	7	97	31	1	2	64	1.15
30670829--30670875	6	7.5	6	86	9	58	76	6	0	17	0.98
30670895--30670971	9	8.6	9	89	0	100	25	6	19	48	1.73
30670904--30670972	36	1.9	36	90	0	111	24	5	20	49	1.71
30681331--30681808	94	5.1	94	82	2	537	26	20	18	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30681415--30681586	50	3.6	48	70	14	129	27	20	19	32	1.97
30681462--30681847	44	8.3	44	67	19	205	25	21	19	33	1.97
30681353--30681808	189	2.4	188	84	1	583	26	21	18	33	1.96
30681636--30681922	138	2.1	138	89	0	430	26	20	19	33	1.96
30692058--30692085	3	9.3	3	100	0	56	64	0	0	35	0.94
30693825--30693988	56	3.0	54	89	4	256	39	15	14	30	1.87
30694060--30694277	89	2.5	88	87	3	287	33	17	17	31	1.94
30693937--30694655	303	2.4	304	95	1	1282	34	18	16	29	1.93
30694363--30694595	90	2.6	88	85	6	292	35	17	17	29	1.93
30694499--30694655	74	2.1	74	87	7	219	33	19	18	28	1.96
30711366--30711419	23	2.2	24	83	9	65	20	3	5	70	1.23
30712319--30712379	3	19.3	3	77	9	59	59	4	1	34	1.29
30713557--30713601	6	7.2	6	80	9	54	0	6	13	80	0.91
30713557--30713621	20	3.2	20	78	10	62	1	10	13	73	1.16
30714215--30714324	26	4.2	26	91	0	175	34	5	23	36	1.78
30714215--30714324	52	2.1	52	94	0	193	34	5	23	36	1.78
30715944--30716083	27	5.2	27	86	4	167	18	25	22	34	1.96
30715944--30716083	54	2.6	55	87	4	187	18	25	22	34	1.96
30716145--30716184	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
30717466--30717491	9	2.9	9	100	0	52	46	0	0	53	1.00
30717477--30717549	31	2.4	31	82	8	89	43	2	0	53	1.15
30717557--30717602	15	3.2	15	78	9	51	54	2	0	43	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30726628--30726667	12	3.5	12	90	6	57	60	2	0	37	1.11
30735908--30735946	15	2.6	15	87	0	60	38	12	20	28	1.89
30736081--30736130	25	2.0	26	96	4	93	8	4	10	78	1.09
30736090--30736136	13	3.7	13	80	5	60	8	2	10	78	1.04
30739367--30739404	3	12.7	3	100	0	76	68	0	0	31	0.90
30742238--30742295	26	2.2	26	84	0	71	18	20	24	36	1.95
30742385--30742432	24	2.0	23	84	4	60	22	18	16	41	1.90
30753496--30753523	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
30753594--30753636	21	2.0	23	90	9	72	60	0	11	27	1.31
30753603--30753637	10	3.4	10	84	7	52	62	0	8	28	1.24

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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