genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80835447--80835618	93	1.8	93	90	2	274	29	29	20	20	1.98
80835448--80835615	46	3.6	46	75	15	166	30	28	20	20	1.98
80837732--80837919	40	4.7	40	88	3	272	25	21	27	26	2.00
80837732--80837952	80	2.8	80	80	10	283	25	22	26	25	2.00
80837732--80837952	119	1.9	119	83	7	297	25	22	26	25	2.00
80838177--80838220	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
80844505--80844630	54	2.4	53	87	8	186	55	10	19	15	1.68
80845765--80845971	40	5.2	40	90	4	296	23	22	28	25	2.00
80846206--80846249	22	2.0	21	83	16	54	31	18	13	36	1.90
80848810--80848882	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
80851431--80851598	40	4.2	40	80	4	169	26	22	26	25	2.00
80853977--80854119	69	2.1	69	93	0	241	34	11	23	30	1.91
80855717--80855820	27	3.9	27	78	5	122	25	23	9	42	1.84
80856565--80856599	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
80869804--80869828	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
80872745--80872831	6	15.0	6	74	10	56	75	2	5	16	1.09
80875258--80875282	13	1.9	13	100	0	50	24	0	20	56	1.43
80879208--80879234	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
80879511--80879835	164	2.0	164	100	0	650	28	6	22	42	1.79
80883345--80883474	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
80888763--80888787	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
80890110--80890141	14	2.4	14	90	10	50	21	12	28	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80890309--80890490	101	1.8	101	86	2	267	26	20	24	28	1.99
80890153--80890530	151	2.5	151	90	1	589	25	18	25	29	1.98
80890153--80890530	50	7.5	50	76	6	370	25	18	25	29	1.98
80897664--80897695	13	2.5	13	100	0	64	46	0	31	21	1.52
80908058--80908145	45	2.0	45	100	0	176	34	28	15	21	1.94
80910801--80910943	40	3.5	40	80	2	144	26	27	22	23	2.00
80914485--80914761	137	2.0	136	91	3	450	29	8	33	27	1.87
80914535--80914814	97	3.1	88	85	10	402	31	8	31	28	1.87
80914479--80914824	49	7.3	49	88	7	484	31	8	31	28	1.86
80931745--80931963	50	4.3	50	82	4	253	26	17	25	31	1.97
80931745--80931963	101	2.2	102	86	0	305	26	17	25	31	1.97
80932852--80933315	27	17.2	27	85	4	623	26	22	10	39	1.87
80933320--80933515	27	7.3	27	83	0	221	36	18	19	26	1.94
80933320--80933515	54	3.6	54	83	2	250	36	18	19	26	1.94
80933714--80933796	27	3.1	26	87	5	112	19	21	21	37	1.94
80933891--80933942	22	2.4	22	80	0	59	21	25	21	32	1.98
80934106--80934179	27	2.8	27	83	6	80	17	22	21	37	1.94
80934297--80934471	6	28.8	6	78	15	182	18	17	14	48	1.81
80934297--80934466	73	2.2	77	86	10	235	18	17	15	48	1.82
80934303--80934492	30	6.3	29	79	11	152	18	17	14	48	1.81
80935135--80935352	50	4.3	50	78	3	240	27	18	25	28	1.98
80938260--80938340	24	3.2	24	62	21	56	25	14	12	46	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80938245--80938350	53	2.0	53	100	0	212	24	16	11	47	1.80
80940368--80940698	181	1.8	181	88	1	502	38	7	17	35	1.79
80949497--80949624	47	2.7	46	84	4	166	22	28	20	28	1.98
80949833--80949899	21	3.2	21	62	8	55	35	22	7	34	1.82
80949813--80949899	42	2.1	42	97	0	165	35	22	8	33	1.84
80950405--80950462	28	2.1	27	81	12	64	18	32	22	25	1.97
80951481--80951646	47	3.6	46	79	13	164	24	30	17	28	1.97
80952350--80952374	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
80954114--80954229	40	2.9	40	87	5	164	24	20	26	28	1.99
80962106--80962339	40	5.7	39	80	15	240	24	20	27	27	1.99
80962214--80962311	49	2.0	49	97	0	187	26	17	26	29	1.97
80965916--80966095	49	3.7	49	78	4	209	26	27	19	27	1.99
80965916--80966094	99	1.8	99	88	0	277	25	27	19	27	1.99
80966983--80967007	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
80968985--80969113	40	3.2	40	82	4	154	23	27	25	23	2.00
80976063--80976146	42	2.0	42	95	0	150	34	22	13	29	1.92
80980280--80980327	24	2.0	24	87	0	69	45	6	27	20	1.75
80981340--80981373	17	2.0	17	88	0	50	14	8	41	35	1.77
80981986--80982035	14	3.3	15	73	15	50	16	12	20	52	1.75
80982255--80982292	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
80987543--80987580	18	2.1	18	100	0	76	36	13	23	26	1.91
80997558--80997609	21	2.5	21	79	14	63	36	0	19	44	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81000479--81000529	22	2.3	22	80	10	59	37	15	17	29	1.91
81001403--81001442	20	2.0	20	100	0	80	40	15	10	35	1.80
81002120--81002258	27	5.1	27	82	6	156	39	21	17	20	1.92
81002137--81002258	54	2.3	54	88	0	172	40	18	18	22	1.91
81002651--81002734	33	2.5	33	98	0	159	30	25	23	20	1.98
81003682--81003815	27	5.0	26	84	1	133	41	23	17	18	1.90
81003682--81003815	26	5.0	26	84	3	151	41	23	17	18	1.90
81003691--81003815	53	2.4	52	84	2	169	41	22	16	19	1.90
81005255--81005309	24	2.3	23	78	6	56	52	16	16	14	1.75
81005532--81005602	29	2.5	28	83	2	79	26	16	29	26	1.97
81009802--81009876	8	9.4	8	74	0	69	52	20	20	8	1.71
81009802--81009876	24	3.1	24	96	0	132	52	20	20	8	1.71
81010111--81010176	28	2.4	28	79	5	71	34	13	28	22	1.92
81010794--81011073	43	6.6	43	79	1	303	33	29	13	23	1.93
81011081--81011160	40	2.0	40	97	0	151	32	18	0	48	1.49
81011596--81011695	23	4.3	23	84	5	139	42	17	3	38	1.64
81011594--81011695	46	2.2	46	89	0	159	43	16	2	37	1.63
81014928--81014968	21	2.0	21	95	0	73	36	9	29	24	1.87
81018144--81018543	49	8.3	48	93	2	610	31	8	30	29	1.87
81020473--81020621	71	2.1	73	84	2	194	49	4	35	10	1.57
81021074--81021107	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
81021180--81021376	7	27.7	7	71	14	91	45	33	1	20	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81021181--81021376	21	9.2	21	71	10	103	45	33	1	20	1.58
81023149--81023290	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
81023188--81023316	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
81029024--81029125	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
81034619--81034733	29	4.0	28	83	4	140	27	26	14	30	1.95
81034619--81034733	58	2.0	56	86	3	158	27	26	14	30	1.95
81048457--81048567	57	1.9	57	85	5	152	25	13	30	30	1.94
81048444--81048557	29	4.0	29	83	6	135	26	13	29	30	1.94
81053350--81053485	51	2.7	51	75	4	148	38	6	13	41	1.70
81056171--81056306	51	2.7	51	75	4	148	38	6	13	41	1.70
81060165--81060278	49	2.3	50	79	8	119	24	26	17	31	1.97
81064965--81065062	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
81072644--81072741	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
81079669--81079818	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
81079693--81079876	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
81080960--81080997	2	19.0	2	94	0	67	47	0	2	50	1.15
81084133--81084282	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
81084157--81084340	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
81087177--81087236	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
81088985--81089014	11	2.6	12	89	10	53	83	0	6	10	0.81
81093545--81093668	46	2.7	44	82	7	142	25	29	17	27	1.98
81102373--81102410	10	3.6	10	86	13	58	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81102375--81102410	11	3.3	11	85	14	56	36	0	0	63	0.94
81109007--81109087	42	1.9	43	82	7	103	25	17	23	33	1.96
81109005--81109119	43	2.7	42	71	11	99	25	18	26	30	1.98
81110678--81110780	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
81119651--81119748	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
81124287--81124389	29	3.6	28	77	5	107	29	33	15	22	1.95
81129751--81129924	6	28.3	6	68	15	88	47	13	18	20	1.82
81129796--81129902	31	3.5	31	75	14	121	46	14	20	18	1.83
81129796--81129865	25	2.8	25	86	0	95	48	14	20	17	1.81
81129798--81129920	62	2.0	62	93	0	210	47	14	18	18	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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