genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19894980--19895078	25	4.0	25	86	1	119	22	37	31	9	1.85
19898071--19898135	28	2.3	29	81	2	69	44	3	23	29	1.68
19914640--19914760	55	2.2	54	81	10	147	23	31	29	14	1.95
19930097--19930161	28	2.3	29	81	2	69	44	3	23	29	1.68
19930708--19930831	47	2.6	47	83	0	149	20	14	32	32	1.93
19936221--19936273	21	2.6	21	82	5	65	15	18	16	49	1.80
19937225--19937262	20	2.0	19	85	10	51	50	18	28	2	1.61
19944340--19944533	39	5.0	39	89	2	275	19	20	27	32	1.97
19944666--19944701	18	2.0	18	100	0	72	27	5	16	50	1.68
19950427--19950641	40	5.4	40	91	0	322	30	28	17	22	1.97
19958864--19959072	40	5.4	40	90	5	331	29	29	18	22	1.97
19958864--19959072	79	2.7	78	91	3	334	29	29	18	22	1.97
19967264--19967475	40	5.4	40	89	2	322	30	28	17	23	1.97
19970913--19970952	21	2.0	20	85	5	53	35	0	10	55	1.34
19972895--19972935	13	3.2	13	96	0	73	19	31	31	17	1.95
19978041--19978188	43	3.4	44	81	6	169	27	13	25	33	1.93
19979938--19979969	12	2.7	12	90	0	55	62	0	3	34	1.11
19980837--19980901	25	2.9	23	82	15	75	66	6	0	27	1.15
19980863--19980901	19	2.0	20	95	5	71	71	5	0	23	1.05
19981077--19981138	32	1.9	32	83	0	79	59	1	1	37	1.17
19984360--19984395	18	1.9	19	88	5	56	52	0	5	41	1.24
19985108--19985464	178	2.0	178	97	0	669	27	16	18	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19990031--19990064	7	4.9	7	88	0	50	14	14	26	44	1.84
19992818--19993347	47	11.3	47	89	0	817	27	30	9	32	1.88
19996382--19997358	487	2.0	487	99	0	1945	28	21	21	29	1.98
20005709--20005746	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
20010626--20010716	44	2.1	44	100	0	182	42	12	8	36	1.73
20018251--20018281	15	2.1	15	100	0	62	54	19	6	19	1.65
20022732--20022774	4	11.0	4	95	5	79	48	0	0	51	1.00
20022763--20022838	28	2.7	27	88	9	102	48	1	15	34	1.54
20025851--20025906	27	2.1	27	100	0	112	35	16	14	33	1.88
20035253--20035617	199	1.8	200	86	4	531	28	18	14	38	1.90
20042241--20042351	47	2.4	47	84	6	154	35	23	16	25	1.95
20045064--20045094	15	2.1	15	100	0	62	48	6	0	45	1.28
20045426--20045462	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
20046294--20046445	75	2.0	75	97	0	286	28	11	13	46	1.78
20065760--20065800	20	2.0	21	85	4	57	43	9	2	43	1.50
20069562--20069602	21	2.0	21	85	0	55	31	21	26	19	1.97
20072166--20072197	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
20074536--20074567	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
20078063--20078124	30	2.1	28	91	5	97	29	3	8	59	1.42
20078208--20078247	18	2.2	18	86	8	55	20	0	12	67	1.22
20078249--20078282	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
20080518--20080561	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20081323--20081371	21	2.3	21	82	6	55	69	4	0	26	1.06
20083934--20084261	163	2.0	163	94	0	575	29	16	19	35	1.93
20088081--20088114	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
20088856--20088897	14	2.8	15	82	10	59	0	21	0	78	0.75
20088852--20088896	12	3.5	13	88	11	67	0	22	0	77	0.76
20088855--20088897	13	3.3	13	84	15	54	0	20	0	79	0.74
20101756--20101857	50	2.0	50	94	3	179	52	12	13	20	1.73
20102614--20102708	25	3.9	25	74	9	72	34	18	27	18	1.95
20103574--20103601	13	2.2	13	100	0	56	21	14	0	64	1.29
20112336--20112400	23	2.8	23	78	19	73	13	4	0	81	0.84
20112336--20112401	22	3.0	22	77	22	77	13	4	0	81	0.83
20112340--20112401	15	4.0	15	78	4	70	14	3	0	82	0.80
20112511--20112601	42	2.1	42	84	6	112	32	35	12	19	1.89
20113601--20113642	1	42.0	1	85	0	57	92	0	7	0	0.37
20113601--20113642	14	3.1	14	93	3	68	92	0	7	0	0.37
20113601--20113642	11	3.8	11	93	6	68	92	0	7	0	0.37
20118622--20118666	23	2.0	23	82	4	56	17	0	33	48	1.48
20118708--20118748	16	2.5	17	77	22	52	58	0	0	41	0.98
20118850--20119235	126	3.1	126	79	6	421	37	15	17	30	1.90
20123209--20123751	49	11.1	49	96	0	942	33	11	26	27	1.92
20123820--20123906	37	2.3	36	92	5	138	20	20	32	26	1.97
20125735--20125966	40	5.8	40	96	0	419	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20126710--20126850	40	3.5	40	80	8	144	26	24	24	24	2.00
20126793--20126871	40	2.0	40	82	5	97	27	26	25	20	1.99
20129159--20129897	49	15.1	49	97	0	1307	33	11	26	28	1.91
20129974--20130057	37	2.3	37	89	0	132	22	19	33	25	1.97
20132267--20132371	27	3.8	28	68	22	78	53	6	3	36	1.45
20132296--20132382	27	3.2	26	66	23	61	51	8	2	37	1.44
20132257--20132389	56	2.4	56	96	0	239	51	8	3	37	1.47
20132898--20132966	30	2.3	30	79	0	84	13	18	40	27	1.88
20133462--20133523	7	8.7	7	92	3	106	58	12	0	29	1.35
20134466--20134540	26	3.0	26	73	15	86	61	2	6	29	1.35
20134468--20134564	47	2.0	48	88	2	142	57	3	6	32	1.39
20134715--20134791	32	2.5	32	81	12	97	38	1	25	33	1.65
20134715--20134791	10	7.5	10	78	11	84	38	1	25	33	1.65
20142533--20142661	24	5.2	24	68	15	73	58	4	6	30	1.43
20142623--20142674	24	2.2	24	82	0	59	63	3	3	28	1.30
20142904--20142969	34	1.9	34	100	0	132	62	6	7	24	1.45
20142967--20143015	24	2.0	24	88	0	71	53	2	10	34	1.47
20145591--20145621	16	1.9	16	93	0	53	35	0	19	45	1.51
20148098--20148165	33	2.1	33	83	10	86	13	13	10	63	1.53
20151701--20151744	21	2.1	21	100	0	88	54	13	13	18	1.71
20156240--20156287	22	2.2	23	88	7	73	37	4	6	52	1.46
20156662--20156726	31	2.1	31	94	0	112	38	20	6	35	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20157045--20157092	16	3.1	15	77	17	53	39	22	4	33	1.74
20157142--20157249	53	2.0	53	96	0	198	28	26	1	42	1.66
20157341--20157476	41	3.4	41	66	12	104	33	22	16	27	1.96
20167626--20167675	6	8.5	6	93	2	84	82	0	2	16	0.77
20172373--20172463	42	2.2	42	93	0	155	49	18	21	9	1.77
20174290--20174342	27	2.0	27	96	0	97	28	26	13	32	1.93
20175525--20175628	52	2.0	52	100	0	208	42	9	13	34	1.77
20176637--20176671	4	8.8	4	87	0	52	71	2	0	25	1.00
20178334--20178431	44	2.2	44	85	0	124	27	19	18	34	1.95
20179701--20179912	46	4.6	46	77	9	180	23	27	19	29	1.98
20179793--20179917	47	2.7	45	80	11	146	23	28	19	29	1.98
20196911--20196955	20	2.2	20	92	0	72	33	26	6	33	1.83
20203424--20203487	33	1.9	33	96	0	119	23	6	12	57	1.57
20203425--20203483	17	3.5	17	67	4	57	20	6	13	59	1.57
20204067--20204101	17	2.1	17	100	0	70	11	34	14	40	1.82
20204749--20204810	6	9.7	6	80	13	61	16	4	3	75	1.10
20215835--20216062	46	5.0	46	90	1	332	39	14	23	22	1.91
20221977--20222071	43	2.2	44	79	9	106	26	16	24	32	1.96
20221886--20222742	176	4.9	176	91	0	1234	27	18	23	30	1.98
20226360--20226387	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
20229042--20229077	4	9.0	4	87	0	54	72	0	2	25	0.98
20233863--20233918	22	2.5	23	82	5	69	37	19	25	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20233880--20233943	23	2.8	23	81	13	71	37	23	23	15	1.93
20242338--20242377	20	2.0	20	95	0	71	12	30	12	45	1.79
20244009--20244778	256	3.0	256	95	0	1360	34	21	10	33	1.88
20251512--20251614	29	3.6	28	80	5	116	29	33	16	21	1.95
20259498--20259598	28	3.6	27	79	10	96	29	31	14	23	1.95
20267633--20267662	12	2.6	12	94	5	53	73	0	26	0	0.84
20270406--20270440	16	2.2	16	89	0	52	40	11	8	40	1.72
20270618--20270701	22	3.8	22	79	4	80	38	20	22	19	1.94
20275227--20275254	3	9.3	3	100	0	56	32	0	35	32	1.58
20281183--20281210	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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