genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  8  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2750829--2750946	31	3.8	31	93	2	193	27	20	27	24	1.99
2750964--2751221	42	5.7	45	85	8	172	29	14	25	30	1.95
2751094--2751263	42	4.0	42	92	2	261	30	13	26	29	1.94
2761186--2761255	29	2.4	29	78	0	68	58	1	0	40	1.07
2761185--2761248	23	2.8	24	83	4	69	56	0	0	43	0.99
2767670--2767739	25	2.8	25	80	4	79	17	24	17	41	1.89
2767668--2767785	50	2.4	50	78	8	116	16	22	19	41	1.90
2767771--2767831	25	2.4	25	78	5	70	21	24	24	29	1.99
2771201--2771382	46	4.0	46	85	5	226	41	14	21	21	1.89
2772047--2772126	40	2.0	40	100	0	160	27	12	22	37	1.90
2778776--2778818	3	14.3	3	95	0	77	67	2	0	30	1.03
2783562--2783597	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2785125--2785217	29	3.1	29	77	11	84	30	0	5	64	1.16
2799332--2799365	18	1.9	17	94	5	59	44	0	0	55	0.99
2799333--2799372	17	2.4	17	84	12	55	47	0	0	52	1.00
2801348--2801449	41	2.5	41	83	1	98	27	21	21	29	1.99
2801500--2801753	113	2.2	112	79	5	278	31	18	20	29	1.96
2802188--2802230	15	2.9	14	82	3	50	20	0	37	41	1.53
2805124--2805376	134	1.9	133	98	0	488	19	9	18	51	1.74
2807367--2807406	21	1.9	21	94	0	71	30	10	12	47	1.74
2808436--2809715	370	3.5	370	99	0	2533	36	14	10	38	1.80
2809803--2809870	24	2.8	24	86	8	102	27	19	7	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2810047--2810102	15	3.8	15	80	20	73	46	0	0	53	1.00
2810217--2810316	9	11.2	9	83	2	121	49	14	1	36	1.50
2810337--2810422	9	9.7	9	73	7	50	48	12	1	37	1.49
2810221--2810445	105	2.2	105	82	4	285	48	12	0	38	1.47
2810338--2810421	17	4.7	18	75	5	55	50	11	1	36	1.47
2810333--2810392	17	3.4	17	76	4	66	50	10	1	38	1.46
2810291--2810495	105	2.0	102	80	6	234	47	13	0	38	1.49
2816067--2816117	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
2816369--2816435	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
2816487--2816803	43	7.4	42	85	3	364	26	31	17	24	1.97
2816510--2816797	86	3.3	86	90	0	459	25	33	17	22	1.96
2816510--2816816	129	2.4	130	91	1	481	26	33	16	23	1.96
2817520--2817544	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2818414--2818439	10	2.6	10	100	0	52	46	0	0	53	1.00
2819066--2819101	5	7.2	5	100	0	72	41	0	0	58	0.98
2820408--2820446	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
2820931--2820971	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
2824116--2824239	49	2.6	47	85	3	160	29	25	16	28	1.96
2824310--2824458	31	4.8	31	89	0	208	26	27	18	26	1.98
2830736--2830767	16	2.1	15	94	5	55	50	9	21	18	1.75
2836024--2836059	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
2836011--2836051	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2836174--2836308	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
2837786--2837817	5	6.4	5	100	0	64	59	0	0	40	0.97
2839070--2839122	19	2.7	19	77	8	54	24	7	0	67	1.16
2839436--2839489	28	1.9	28	85	7	74	59	1	12	25	1.44
2845559--2845607	18	2.6	19	74	3	55	34	0	2	63	1.06
2858708--2858753	21	2.2	21	84	0	56	13	13	6	67	1.41
2864106--2864153	20	2.4	21	80	13	57	41	0	2	56	1.11
2867189--2867217	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2874924--2874958	18	1.9	18	88	0	52	51	31	17	0	1.45
2894104--2894162	29	2.0	31	86	6	86	54	6	11	27	1.62
2900044--2900130	40	2.2	40	81	4	95	33	18	20	27	1.96
2900833--2900893	14	4.4	14	75	8	52	34	42	0	22	1.54
2900833--2900893	21	3.0	20	75	15	52	34	42	0	22	1.54
2901321--2901573	74	3.4	73	86	4	339	28	14	21	35	1.93
2906148--2906176	14	2.1	14	93	6	51	37	0	6	55	1.27
2906852--2906964	33	3.5	32	87	4	156	11	4	21	62	1.45
2908861--2908896	17	2.3	15	90	9	54	30	0	5	63	1.17
2927986--2928031	24	1.9	24	86	0	65	28	2	2	67	1.14
2928183--2928235	21	2.5	21	84	6	63	62	3	3	30	1.30
2928222--2928265	22	2.0	22	81	0	52	65	4	2	27	1.23
2931288--2931314	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2931517--2931545	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2931541--2931577	18	2.1	18	90	10	58	35	5	0	59	1.20
2931882--2931923	17	2.4	18	80	11	52	54	11	0	33	1.37
2944370--2944432	27	2.5	24	75	20	67	60	1	0	38	1.07
2944378--2944432	27	2.0	27	89	6	85	60	1	0	38	1.08
2944422--2944467	17	2.7	18	76	10	51	65	6	0	28	1.17
2951358--2951436	36	2.2	35	82	8	97	45	25	17	11	1.82
2951531--2951768	108	2.2	108	83	1	280	44	19	18	17	1.87
2963350--2963391	17	2.4	18	80	15	52	50	0	0	50	1.00
2963364--2963399	17	2.2	17	90	5	56	58	2	0	38	1.13
2964858--2964952	37	2.6	37	81	0	100	60	12	6	21	1.54
2966347--2966388	15	2.8	15	82	10	59	30	0	9	59	1.29
2966622--2966667	18	2.5	18	85	3	56	23	10	0	65	1.24
2967218--2967262	22	2.2	21	84	11	58	33	6	11	48	1.65
2967579--2967809	126	1.8	126	82	0	293	38	18	14	27	1.90
2971560--2971600	20	2.0	20	85	0	55	51	7	9	31	1.62
2971552--2971603	25	2.1	25	81	0	59	51	9	9	28	1.66
2978973--2979011	21	1.9	20	85	15	53	5	33	20	41	1.74
2983921--2983981	28	2.2	28	100	0	122	29	16	13	40	1.86
2987598--2987654	30	1.9	30	86	13	82	40	10	7	42	1.66
2989163--2989208	3	15.0	3	91	8	67	0	30	0	69	0.89
3011245--3011294	26	1.9	26	100	0	100	32	10	20	38	1.85
3015494--3015538	22	2.0	22	86	0	63	35	8	2	53	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3021371--3021468	45	2.2	46	81	5	119	40	20	23	15	1.90
3021395--3021493	45	2.2	45	83	3	119	40	20	24	15	1.90
3021596--3021654	24	2.5	24	88	5	84	27	22	38	11	1.89
3028684--3028747	29	2.1	31	83	11	80	68	0	6	25	1.12
3028824--3028858	18	2.0	18	88	5	54	77	8	0	14	0.99
3032366--3032418	26	2.0	26	88	0	79	24	3	13	58	1.51
3034330--3034396	27	2.3	29	81	18	79	58	5	2	32	1.38
3039122--3039160	21	1.9	20	94	5	69	28	30	7	33	1.85
3057925--3057979	24	2.3	25	78	12	62	52	7	1	38	1.40
3066181--3066217	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
3066999--3067041	21	2.0	23	86	9	63	23	9	4	62	1.44
3083189--3083243	26	2.2	26	83	9	69	50	3	1	43	1.30
3086341--3086808	131	3.6	130	76	7	410	29	19	16	34	1.94
3088344--3088389	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
3093040--3093126	21	4.0	23	80	10	92	37	25	21	14	1.92
3093373--3093415	22	2.0	21	86	4	59	44	20	0	34	1.52
3094785--3094820	5	7.2	5	90	9	56	55	0	0	44	0.99
3094785--3094820	14	2.4	15	90	9	56	55	0	0	44	0.99
3094843--3094871	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
3094784--3094885	51	1.9	57	82	11	135	56	3	0	38	1.24
3099388--3099448	21	2.8	23	85	14	94	34	27	24	13	1.93
3099374--3099460	21	4.0	23	79	10	83	37	24	21	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3099707--3099749	22	2.0	21	86	4	59	44	20	0	34	1.52
3100939--3100965	9	3.0	9	100	0	54	44	22	0	33	1.53
3101123--3101159	5	7.2	5	96	3	65	56	0	0	43	0.99
3101182--3101210	8	3.6	8	100	0	58	62	0	0	37	0.96
3101906--3102381	88	5.4	88	95	0	846	26	16	27	30	1.96
3101916--3102315	41	9.2	41	64	24	160	26	16	27	29	1.96
3102364--3102479	44	2.6	44	88	0	160	25	15	31	26	1.96
3103276--3103340	22	2.9	22	77	11	69	38	15	24	21	1.92
3105919--3105962	20	2.3	18	84	7	52	50	2	0	47	1.13
3107103--3107191	7	13.3	7	71	17	55	49	1	1	48	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345