genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.129.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34727066--34727222	27	5.8	27	82	3	138	39	8	21	30	1.83
34727024--34727233	81	2.6	81	72	0	195	37	8	20	34	1.82
34729504--34729612	31	3.5	31	94	0	182	28	26	18	26	1.98
34732652--34732799	24	6.2	24	90	0	224	32	20	19	27	1.97
34733874--34733934	27	2.3	27	85	2	88	18	22	21	37	1.94
34733969--34734354	27	14.3	27	79	4	233	34	9	19	37	1.84
34734055--34734231	53	3.3	54	84	3	189	28	9	21	40	1.84
34733973--34734286	80	3.9	81	76	7	246	31	9	19	39	1.83
34734251--34734407	54	2.9	54	81	4	165	40	6	21	31	1.79
34734277--34734407	27	4.9	27	84	4	140	41	6	22	30	1.78
34739830--34739965	48	2.8	48	84	4	168	24	15	30	29	1.95
34743678--34743757	39	2.1	39	97	0	151	28	21	11	38	1.88
34753561--34753593	16	2.1	16	94	5	59	75	0	0	24	0.80
34759494--34759586	42	2.2	42	80	5	107	34	25	15	24	1.94
34759483--34759634	43	3.5	42	76	11	139	32	25	17	25	1.96
34762203--34762326	39	3.2	39	94	1	203	25	33	19	21	1.97
34773841--34773961	46	2.6	46	81	5	127	23	26	20	28	1.99
34777308--34777472	43	3.8	44	75	10	153	30	26	18	24	1.98
34778808--34778859	27	1.9	27	84	0	68	32	21	25	21	1.98
34778860--34778911	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
34782149--34782270	37	3.3	37	95	0	217	22	33	18	25	1.97
34782166--34782264	18	5.2	21	59	22	56	21	33	18	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34782371--34782589	49	4.5	49	93	1	345	29	30	9	30	1.88
34783499--34783662	29	5.7	29	94	0	274	24	31	16	27	1.96
34785143--34785233	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
34785329--34785590	49	5.4	49	95	0	438	29	31	9	29	1.88
34793284--34793414	30	4.5	30	86	8	164	32	13	25	28	1.94
34793284--34793416	58	2.3	58	84	7	171	33	13	25	27	1.94
34798565--34798608	23	1.9	23	86	9	63	45	2	9	43	1.48
34798806--34798883	23	3.4	23	77	18	83	26	20	17	34	1.95
34809176--34809245	28	2.5	28	88	9	99	31	27	14	27	1.95
34819791--34819839	10	4.8	10	80	11	55	59	2	0	38	1.09
34825573--34825740	40	4.2	40	79	1	158	22	27	23	26	2.00
34825589--34825738	80	1.9	80	84	5	205	21	27	24	26	1.99
34833570--34833737	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
34833586--34833735	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
34838783--34838820	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
34846767--34846804	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
34848348--34848406	28	2.1	28	100	0	118	45	25	11	16	1.82
34849919--34849954	14	2.6	14	100	0	72	41	22	0	36	1.54
34852643--34852796	42	3.6	42	83	3	166	29	23	14	32	1.95
34854059--34854096	19	2.0	19	94	0	67	21	18	26	34	1.96
34855818--34855975	43	3.7	42	70	12	108	32	23	17	25	1.97
34862199--34862543	172	2.0	172	98	0	663	37	18	8	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34863521--34863575	27	2.0	27	100	0	110	27	10	18	43	1.83
34872459--34872519	31	2.0	30	84	12	81	29	16	6	47	1.72
34874245--34874321	38	2.0	38	97	0	145	44	24	15	15	1.85
34875919--34875964	18	2.6	18	92	0	74	63	6	8	21	1.46
34889899--34890057	43	3.7	44	78	4	171	25	18	26	28	1.98
34892160--34892238	7	10.6	7	72	17	52	34	2	1	62	1.17
34892173--34892241	23	3.0	23	77	10	70	33	1	1	63	1.12
34892174--34892288	30	3.8	29	76	11	90	34	4	0	60	1.23
34892532--34892697	86	2.0	84	80	15	186	35	7	0	56	1.31
34892627--34892683	12	3.9	15	68	25	50	35	1	0	63	1.05
34904515--34905097	204	2.8	204	90	0	923	30	17	21	30	1.97
34905677--34905711	15	2.3	15	100	0	70	20	22	28	28	1.98
34906826--34906956	14	8.9	14	71	17	63	35	3	0	61	1.14
34906839--34906904	16	3.7	18	75	20	50	36	1	0	62	1.05
34906840--34906954	30	3.8	30	77	11	112	35	3	0	60	1.13
34906839--34906954	3	39.0	3	69	22	59	35	3	0	61	1.13
34906837--34906905	20	3.5	20	71	18	63	36	1	0	62	1.04
34906861--34906946	20	4.2	20	67	20	54	33	4	0	61	1.17
34906973--34906998	9	2.9	9	100	0	52	30	0	0	69	0.89
34916475--34916571	24	4.1	24	79	2	115	20	21	18	39	1.93
34916475--34916578	47	2.2	47	82	0	136	22	22	18	37	1.94
34916704--34916741	20	1.9	20	100	0	76	28	0	21	50	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34916707--34916751	20	2.2	20	88	0	63	24	4	22	48	1.68
34918181--34918312	50	2.6	51	84	4	160	25	14	26	33	1.94
34919162--34919186	12	2.1	12	100	0	50	24	0	24	52	1.48
34928413--34928599	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
34928413--34928566	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
34928417--34928599	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
34928417--34928634	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
34936457--34936643	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
34936457--34936610	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
34936461--34936643	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
34936461--34936678	80	2.7	80	77	3	181	27	24	26	21	1.99
34939560--34939738	38	4.6	39	84	6	222	22	22	30	22	1.98
34939558--34939699	76	1.9	77	94	4	252	23	21	30	23	1.99
34947450--34947614	39	4.2	39	91	1	260	23	20	32	24	1.98
34947450--34947645	39	5.0	39	88	1	250	23	21	31	23	1.98
34951392--34951417	11	2.4	11	100	0	52	53	19	0	26	1.45
34951701--34951764	22	2.9	22	77	9	67	32	23	23	20	1.98
34951907--34952027	41	3.0	41	84	7	151	26	25	22	25	2.00
34952286--34952742	27	16.9	27	82	2	218	29	9	21	39	1.85
34952375--34952718	54	6.4	54	81	2	305	28	9	21	40	1.84
34952284--34952742	54	8.5	55	78	5	287	29	9	21	39	1.85
34952274--34952742	81	5.8	82	76	6	341	29	9	21	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34952881--34952915	10	3.6	10	88	3	54	17	45	22	14	1.84
34956100--34956516	27	15.4	27	79	2	203	30	9	20	39	1.85
34956214--34956524	81	3.8	81	78	1	286	29	9	20	40	1.84
34956241--34956516	54	5.1	54	81	2	268	28	9	21	39	1.85
34956509--34956611	27	4.0	27	76	12	117	26	21	17	34	1.95
34957273--34957336	22	2.9	22	75	9	67	31	23	29	15	1.95
34957822--34958327	27	18.7	27	79	5	290	28	10	21	39	1.86
34957824--34958327	54	9.3	54	81	3	361	28	9	22	39	1.86
34957824--34958320	81	6.1	81	78	3	399	27	10	22	39	1.86
34958312--34958415	27	4.0	27	83	9	144	25	24	19	31	1.98
34958241--34958354	54	2.1	53	80	6	122	26	12	21	39	1.89
34958325--34958398	23	3.0	23	88	7	94	22	27	17	32	1.97
34963459--34963603	55	2.6	56	80	3	159	28	26	26	17	1.98
34972690--34972750	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
34977125--34977185	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
34981000--34981173	47	3.7	47	93	2	287	28	15	24	32	1.95
34981000--34981173	95	1.9	95	91	2	289	28	15	24	32	1.95
34987083--34987158	37	2.1	37	92	0	125	42	14	22	21	1.89
34987645--34987761	47	2.4	47	78	4	117	23	18	19	38	1.93
34987645--34987749	24	4.3	24	75	4	95	22	18	20	39	1.93
34987909--34987947	20	2.0	20	100	0	78	35	2	15	46	1.60
34989383--34989570	50	3.7	52	83	4	188	24	15	27	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34989490--34989631	50	2.8	50	83	2	160	26	15	28	29	1.96
34993428--34993482	24	2.3	23	82	14	67	29	36	16	18	1.92
34994671--34994709	19	2.1	19	100	0	78	23	15	20	41	1.90
35000797--35001032	49	4.8	49	83	3	301	30	25	17	27	1.97
35000808--35001032	101	2.3	98	84	2	288	30	25	16	26	1.97
35004695--35004732	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
35006279--35006347	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
35012624--35012661	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
35014203--35014269	28	2.5	27	90	7	109	44	25	10	19	1.82
35015763--35015798	14	2.6	14	100	0	72	41	22	0	36	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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