genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.334.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99775595--99775628	15	2.3	15	89	0	50	41	14	17	26	1.88
99789392--99789489	19	5.2	19	92	7	164	37	10	16	35	1.82
99789382--99789489	36	2.9	35	78	20	112	37	10	15	36	1.82
99797178--99797591	44	9.4	44	73	10	285	32	17	23	26	1.97
99797200--99797648	88	5.1	88	74	8	306	30	17	24	27	1.97
99797192--99797635	132	3.4	132	92	0	701	31	17	24	27	1.97
99797579--99797671	44	2.1	44	91	0	150	30	15	29	25	1.95
99799825--99799944	6	19.3	6	71	19	86	50	15	15	19	1.79
99799845--99799902	19	3.4	19	65	30	58	46	17	17	18	1.84
99799834--99799944	31	3.5	31	96	1	195	50	15	15	18	1.78
99800084--99800174	27	3.4	27	90	1	130	37	18	23	20	1.94
99800340--99800404	22	3.0	22	80	8	87	35	21	23	20	1.96
99800831--99801131	27	11.3	27	87	1	410	25	21	19	33	1.97
99801113--99801536	27	15.7	27	82	4	347	31	9	20	38	1.84
99801223--99801536	27	11.6	27	86	1	396	31	8	20	39	1.82
99802380--99802847	206	2.3	206	93	0	785	31	17	22	28	1.97
99802817--99802876	29	2.1	29	100	0	120	15	13	26	45	1.83
99803318--99803396	19	4.2	19	90	9	126	37	10	16	35	1.82
99803308--99803395	36	2.4	36	80	17	119	38	10	15	35	1.82
99805020--99805175	27	5.9	27	80	13	173	33	23	25	17	1.96
99805038--99805175	51	2.6	52	89	6	206	33	24	25	16	1.96
99805857--99805938	26	3.2	26	94	0	137	35	24	8	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99810369--99810437	27	2.5	28	92	2	113	30	14	24	30	1.95
99813126--99813185	33	1.9	32	83	12	81	21	20	11	46	1.82
99814316--99814479	27	6.0	27	81	12	185	34	21	24	19	1.97
99814334--99814476	54	2.6	54	93	2	243	34	23	24	18	1.96
99815156--99815237	26	3.2	26	96	0	146	36	25	6	31	1.81
99816287--99816325	19	2.1	19	100	0	78	58	5	10	25	1.51
99817026--99817079	28	1.9	28	96	0	99	42	12	18	25	1.86
99819927--99819962	18	2.0	18	100	0	72	44	22	5	27	1.75
99820401--99820446	23	2.0	24	87	12	69	28	21	15	34	1.94
99822589--99822644	28	2.0	28	82	0	67	32	8	0	58	1.29
99823079--99823118	20	2.0	21	90	5	64	22	2	2	72	1.09
99823140--99823200	26	2.4	25	73	24	65	29	4	1	63	1.24
99827415--99827465	21	2.4	22	80	3	59	72	0	0	27	0.85
99837083--99837337	46	5.6	46	87	0	314	41	14	23	20	1.89
99837091--99837337	91	2.7	92	84	2	309	42	14	23	19	1.89
99837090--99837337	137	1.8	137	85	0	352	41	14	23	19	1.89
99837090--99837370	137	2.1	137	82	1	330	41	15	22	20	1.89
99837090--99837370	91	3.1	88	79	8	285	41	15	22	20	1.89
99843441--99843475	16	2.2	17	90	10	56	60	0	20	20	1.37
99846253--99846338	34	2.5	34	86	0	118	46	0	12	40	1.42
99846366--99846419	24	2.2	25	80	12	67	38	1	9	50	1.45
99846432--99846685	127	2.0	126	88	2	375	37	14	18	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99849675--99849731	25	2.3	23	78	18	62	52	5	0	42	1.24
99850129--99850171	18	2.4	18	80	0	50	39	11	25	23	1.88
99851925--99851965	21	2.0	21	85	0	55	39	2	26	31	1.70
99856261--99856307	23	2.1	21	81	14	51	23	2	27	46	1.63
99857328--99857360	13	2.4	14	90	10	50	42	3	15	39	1.62
99861903--99861947	21	2.2	20	82	17	58	20	8	46	24	1.78
99863825--99864010	6	30.3	6	75	14	166	48	15	17	18	1.81
99863846--99864007	43	3.9	43	80	10	194	48	15	18	17	1.82
99863901--99864010	31	3.5	31	76	14	136	48	15	18	18	1.82
99863943--99864006	25	2.6	25	89	0	92	48	17	17	17	1.82
99863846--99863947	25	4.4	25	73	19	96	49	14	18	17	1.80
99863851--99864001	37	3.9	37	79	12	169	47	15	18	17	1.83
99864129--99864188	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
99864230--99864280	27	1.9	26	84	4	66	35	19	27	17	1.94
99864526--99864719	27	7.2	27	85	0	246	26	20	18	35	1.95
99864529--99864719	81	2.4	81	89	1	287	26	20	17	35	1.95
99864755--99865205	27	16.7	26	79	7	420	30	8	20	39	1.83
99864812--99865205	54	7.3	54	88	1	558	30	8	20	39	1.82
99864812--99865205	27	14.6	27	83	1	475	30	8	20	39	1.82
99870789--99870857	34	2.0	34	94	5	122	34	20	11	33	1.89
99879947--99880031	43	1.9	43	81	9	100	60	3	3	32	1.31
99881950--99882202	134	1.9	134	89	0	389	27	22	16	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99882235--99882409	87	2.0	87	89	6	266	27	21	18	32	1.97
99882361--99882761	87	4.6	87	70	11	287	28	18	19	34	1.95
99882447--99882793	177	2.0	175	87	2	507	28	17	19	34	1.95
99893639--99893698	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
99897638--99897685	19	2.6	19	80	9	55	37	2	10	50	1.49
99897702--99897791	43	2.1	43	89	2	137	30	6	13	50	1.67
99898182--99898215	17	2.1	15	89	10	50	70	2	26	0	1.01
99901646--99901700	29	1.9	28	92	3	92	18	18	27	36	1.94
99913477--99913605	35	3.5	36	77	13	122	34	24	10	31	1.88
99927297--99927344	21	2.3	22	82	7	55	20	10	6	62	1.49
99927913--99927979	34	2.0	34	90	0	107	41	19	23	14	1.89
99928604--99928640	15	2.5	15	90	0	56	21	45	8	24	1.78
99936482--99936522	16	2.5	17	88	7	59	0	19	2	78	0.87
99936479--99936522	13	3.3	12	84	15	52	0	20	2	77	0.88
99937176--99937210	17	1.9	19	88	11	56	14	28	37	20	1.91
99937584--99937677	40	2.4	39	83	3	109	13	13	37	35	1.85
99941744--99941860	49	2.4	48	84	2	135	27	19	17	35	1.94
99948175--99948215	21	1.9	22	85	5	57	39	2	2	56	1.26
99954949--99954978	13	2.3	13	94	0	51	76	0	0	23	0.78
99956780--99956842	28	2.3	28	77	2	65	52	4	4	38	1.44
99961466--99961490	13	1.9	13	100	0	50	36	8	8	48	1.62
99965646--99965693	11	4.5	11	81	5	62	18	47	6	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99966234--99966304	18	3.9	18	86	0	88	32	19	12	35	1.90
99970343--99970397	21	2.6	21	82	0	74	20	45	5	29	1.73
99970345--99970397	10	5.0	11	81	9	65	18	47	5	28	1.72
99977064--99977113	20	2.6	20	84	6	59	40	10	0	50	1.36
99980150--99980194	22	2.0	22	83	8	56	37	4	0	57	1.19
99980161--99980194	16	2.1	16	89	10	52	35	2	0	61	1.11
99982456--99982485	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
99990838--99990874	19	1.9	19	94	0	65	35	8	10	45	1.69
99990841--99990882	19	2.3	19	84	8	52	38	4	14	42	1.66
99998598--99998645	10	4.8	10	81	0	51	27	8	2	62	1.35
99998596--99998645	20	2.5	20	80	6	57	28	8	2	62	1.35
99999904--100000002	49	2.0	49	98	0	189	43	24	12	20	1.85
100017466--100017539	15	5.1	14	73	10	69	24	2	0	72	0.97
100017466--100017538	25	2.9	25	76	15	78	24	2	0	72	0.98
100020106--100020287	97	1.9	94	88	3	274	27	13	27	31	1.94
100020281--100020325	14	3.2	15	84	12	60	73	0	0	26	0.84
100020281--100020335	14	4.0	14	84	11	53	72	0	1	25	0.94
100023433--100023512	24	3.3	24	77	10	83	36	23	23	16	1.94
100023483--100023534	25	2.0	26	85	10	72	40	23	19	17	1.91
100023571--100023621	26	2.0	27	84	7	70	43	19	15	21	1.88
100026813--100026842	13	2.2	13	94	5	51	20	0	6	73	1.05
100027565--100027664	42	2.4	41	75	11	96	27	14	22	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100033319--100033364	15	3.1	15	78	6	58	30	2	0	67	1.03
100033321--100033371	14	3.7	13	80	12	57	31	1	0	66	1.03
100034758--100034817	26	2.4	23	76	13	66	63	0	1	35	1.05
100034841--100034899	22	2.8	21	85	12	68	69	3	0	27	1.04
100034845--100034909	22	2.9	22	76	19	64	69	3	1	26	1.12
100035993--100036104	56	2.0	56	94	0	197	24	21	15	39	1.91
100042739--100042764	10	2.6	10	100	0	52	61	0	0	38	0.96
100042994--100043028	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
100043760--100043802	18	2.2	20	88	8	63	65	6	2	25	1.30
100055464--100055491	14	2.0	14	100	0	56	42	0	35	21	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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