genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.217.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62925062--62925116	11	5.4	11	70	16	55	36	12	20	30	1.90
62925166--62925379	24	9.0	24	91	3	310	28	23	21	27	1.99
62925166--62925379	47	4.5	47	90	4	324	28	23	21	27	1.99
62925573--62925636	31	2.1	31	81	0	74	37	17	21	23	1.94
62929155--62929272	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
62929123--62929286	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
62934604--62934721	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
62934572--62934735	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
62942897--62943111	40	5.3	40	86	1	261	24	26	23	26	2.00
62944892--62945499	49	12.7	49	90	4	882	34	7	29	29	1.84
62944983--62945055	15	4.6	16	70	28	57	39	2	27	30	1.70
62944993--62945065	18	4.3	18	66	22	59	38	2	26	32	1.71
62945139--62945201	16	4.1	15	67	28	51	38	4	26	30	1.77
62944892--62945499	194	3.2	194	93	2	998	34	7	29	29	1.84
62947622--62947893	40	6.8	40	96	0	483	25	21	27	25	1.99
62951305--62951866	49	11.7	49	91	3	860	34	7	29	28	1.85
62951358--62951420	16	4.1	15	67	28	51	38	4	26	30	1.77
62956899--62956955	9	5.8	10	76	15	57	36	8	19	35	1.83
62956898--62956972	20	3.8	20	91	6	111	37	9	18	34	1.83
62956917--62956972	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
62957022--62957157	52	2.7	51	90	5	206	28	21	22	27	1.99
62957022--62957157	26	5.3	26	86	3	181	28	21	22	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62966617--62966823	53	3.8	54	73	4	175	22	23	15	37	1.93
62973467--62973570	44	2.4	44	82	7	115	31	24	15	28	1.95
62978240--62978344	51	2.1	51	83	0	129	25	17	29	27	1.97
62978322--62978365	21	2.1	21	100	0	88	20	13	36	29	1.91
62983664--62983723	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
62984182--62984225	18	2.4	18	100	0	88	22	43	22	11	1.85
62985603--62985670	28	2.4	28	90	0	100	33	10	26	29	1.89
62985608--62985681	28	2.6	28	84	0	85	36	9	22	31	1.86
62988877--62988913	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
63001761--63001988	50	4.6	49	80	9	246	30	26	18	25	1.98
63003493--63003858	27	13.6	27	87	2	405	28	20	9	41	1.83
63003493--63003857	54	6.8	54	87	1	457	27	20	9	41	1.83
63003493--63003885	81	4.9	81	86	3	504	28	20	9	41	1.84
63005186--63005246	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
63005296--63005438	24	6.0	24	90	4	200	28	23	21	26	1.99
63005296--63005438	47	3.0	47	88	5	198	28	23	21	26	1.99
63005630--63005693	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
63014489--63015111	216	2.9	216	97	0	1140	36	21	17	24	1.94
63019396--63019537	71	2.0	71	95	0	257	35	16	4	42	1.70
63020895--63020919	13	1.9	13	100	0	50	76	16	0	8	1.02
63024081--63024269	50	3.7	51	80	4	195	24	17	25	32	1.97
63027707--63027880	46	3.8	46	77	13	185	21	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63027704--63027874	93	1.8	93	91	0	279	21	21	28	28	1.98
63030802--63030849	15	3.1	16	79	11	64	10	16	14	58	1.63
63033610--63033776	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
63041615--63041781	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	25	2.00
63044764--63044930	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
63052776--63052942	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
63054960--63055003	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
63056794--63056862	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
63058852--63059028	46	3.9	44	75	11	167	23	19	27	28	1.99
63058850--63059020	93	1.8	93	91	0	279	23	20	28	28	1.99
63077693--63077822	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
63085798--63085927	40	3.2	40	83	4	165	22	25	29	23	1.99
63095762--63095907	37	3.9	37	88	3	222	26	30	18	24	1.98
63095767--63095918	74	2.1	74	94	0	268	26	29	17	26	1.98
63097471--63097611	40	3.5	40	92	1	221	23	28	24	24	2.00
63105535--63105675	40	3.5	40	94	1	230	23	29	23	24	1.99
63113519--63113659	40	3.5	40	98	0	264	22	30	21	24	1.99
63114950--63115017	28	2.5	28	92	4	113	19	10	27	42	1.83
63119236--63119304	28	2.5	28	92	2	113	20	10	27	42	1.84
63122871--63123310	48	9.0	48	95	2	709	31	27	6	35	1.81
63122871--63123310	98	4.5	97	92	2	713	31	27	6	35	1.81
63133168--63133328	47	3.5	45	76	13	141	27	17	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63133163--63133389	94	2.4	93	81	6	251	26	18	29	24	1.98
63143386--63143516	29	4.5	29	78	5	122	25	17	32	25	1.97
63144982--63145104	46	2.7	45	82	9	153	26	14	28	30	1.95
63145071--63145202	47	2.7	49	78	14	148	26	18	31	24	1.97
63146835--63147076	40	6.1	40	89	3	339	27	28	22	21	1.99
63149742--63149781	20	2.0	22	85	14	59	15	37	27	20	1.92
63150926--63150957	16	2.0	16	100	0	64	37	6	31	25	1.81
63156834--63156939	56	1.9	56	92	0	176	32	24	15	28	1.95
63163843--63163914	29	2.5	29	83	0	90	48	2	13	34	1.57
63163961--63164161	59	3.4	58	88	4	298	51	7	5	34	1.54
63168146--63168196	18	2.8	18	78	0	57	62	0	1	35	1.06
63168958--63168990	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
63169114--63169176	31	2.1	31	88	8	94	60	6	6	26	1.45
63169236--63169261	11	2.4	11	100	0	52	61	0	30	7	1.24
63170433--63170476	23	1.9	23	81	9	54	38	2	2	56	1.24
63171572--63171612	16	2.6	16	92	0	64	51	14	21	12	1.75
63171503--63171596	41	2.3	41	76	12	95	54	19	13	12	1.71
63174184--63174502	158	2.0	158	98	0	611	33	17	19	30	1.94
63176897--63176936	14	2.9	14	88	0	62	0	27	0	72	0.85
63181782--63181820	15	2.5	15	91	4	60	15	12	15	56	1.68
63184567--63184810	50	4.9	49	83	3	319	25	18	27	28	1.98
63184670--63184753	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63184569--63184810	99	2.4	99	86	2	317	25	18	26	28	1.98
63190597--63190622	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
63193764--63193799	16	2.2	16	90	0	54	38	2	2	55	1.29
63193986--63194073	43	2.0	43	93	0	149	29	14	18	37	1.91
63195888--63195927	20	2.0	20	100	0	80	55	15	10	20	1.68
63199973--63200013	17	2.3	18	76	16	50	48	0	2	48	1.14
63200032--63200080	9	5.8	9	79	11	59	36	0	2	61	1.08
63200086--63200123	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
63200940--63200987	20	2.3	21	92	3	80	45	6	12	35	1.67
63202773--63202830	29	2.0	29	100	0	116	27	0	24	48	1.51
63206657--63206688	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
63208465--63208562	27	3.7	27	75	6	76	41	20	9	28	1.83
63208559--63208741	27	6.9	27	86	0	219	31	22	6	39	1.80
63208559--63208740	54	3.4	54	89	1	262	30	23	6	39	1.80
63208691--63208938	27	9.1	27	77	7	137	38	19	8	33	1.83
63208718--63208856	54	2.6	54	85	5	192	38	21	8	30	1.84
63208731--63208947	27	8.0	27	79	6	154	39	18	10	32	1.84
63208987--63209065	27	2.9	27	85	9	106	32	21	22	22	1.98
63210058--63210149	42	2.2	42	90	0	139	29	13	21	35	1.91
63210173--63210251	31	2.5	31	91	0	131	30	17	25	26	1.97
63215633--63215729	41	2.4	42	91	3	153	27	26	16	28	1.97
63223038--63223255	40	5.5	40	90	2	298	23	24	27	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63227263--63227358	40	2.4	41	84	6	117	25	28	17	29	1.98
63230199--63230251	26	2.0	26	100	0	106	33	15	15	35	1.88
63236717--63236750	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
63238496--63238531	18	2.0	18	100	0	72	16	27	22	33	1.95
63241300--63241337	15	2.4	16	86	4	51	23	2	28	44	1.67
63245315--63245463	74	2.0	74	98	0	289	18	7	14	59	1.59
63253056--63253325	142	1.9	142	86	6	386	28	21	21	28	1.99
63255957--63256099	39	3.7	39	90	2	234	26	20	30	22	1.99
63255958--63256139	77	2.3	79	89	2	269	24	22	29	23	1.99
63263968--63264122	77	2.0	78	91	1	249	24	20	30	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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