genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  291  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87329354--87329383	12	2.6	12	94	5	53	6	0	33	60	1.23
87347745--87347829	43	2.0	43	90	0	134	37	24	14	23	1.92
87353217--87353319	29	3.6	28	78	5	98	29	32	16	22	1.96
87365280--87365463	39	4.7	39	86	0	242	22	30	22	24	1.99
87372989--87373017	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
87377273--87377439	43	3.9	42	81	4	174	28	13	24	33	1.93
87379652--87379877	40	5.7	40	90	4	316	26	20	25	26	1.99
87388277--87388502	40	5.7	40	90	4	316	26	20	25	26	1.99
87394525--87394691	43	3.9	42	81	4	174	28	13	24	33	1.93
87396906--87397129	40	5.7	40	91	4	323	27	20	25	26	1.99
87411971--87412004	16	2.1	16	100	0	68	29	5	38	26	1.80
87415512--87415552	18	2.2	19	95	4	75	19	4	9	65	1.40
87417554--87417684	29	4.5	29	96	0	244	29	14	29	26	1.95
87417554--87417742	87	2.2	87	82	3	229	26	15	31	25	1.96
87425395--87425524	57	2.3	58	94	2	235	29	14	29	26	1.95
87425395--87425524	29	4.5	29	95	1	235	29	14	29	26	1.95
87430967--87431240	38	7.2	38	92	1	444	22	23	23	30	1.99
87431233--87431314	43	1.9	43	85	5	112	12	24	32	30	1.92
87436699--87436859	38	4.2	38	87	0	223	22	21	24	30	1.99
87440604--87440644	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
87458972--87459017	23	2.0	23	83	8	58	41	4	17	36	1.69
87458986--87459031	21	2.1	23	84	8	60	36	4	15	43	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87461916--87462099	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
87461956--87462144	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
87473639--87473845	40	5.2	40	81	3	193	25	23	26	25	2.00
87480082--87480267	40	4.7	40	88	5	236	27	20	25	26	1.99
87480082--87480267	80	2.3	82	85	7	265	27	20	25	26	1.99
87491583--87491664	41	2.0	41	97	0	155	14	18	29	37	1.90
87495131--87495181	20	2.5	20	77	0	66	54	7	0	37	1.29
87495137--87495194	20	3.1	19	80	5	64	53	6	0	39	1.28
87495171--87495207	19	2.0	19	94	5	67	51	10	0	37	1.37
87495212--87495289	38	2.0	39	82	9	97	61	3	1	33	1.22
87496944--87496976	12	2.5	14	90	9	52	18	0	18	63	1.31
87497141--87497197	29	2.0	29	96	0	105	54	8	31	5	1.53
87497624--87497663	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
87498680--87498716	17	2.2	17	95	0	65	32	10	29	27	1.90
87502217--87502254	19	1.9	19	89	5	58	47	2	2	47	1.30
87502241--87502328	12	7.0	12	74	18	72	32	1	1	64	1.08
87502241--87502413	26	6.7	25	71	23	112	29	2	2	64	1.22
87502242--87502338	50	1.9	52	82	4	126	31	2	1	64	1.11
87502241--87502333	11	8.2	12	80	15	76	33	1	1	64	1.08
87502658--87502699	14	2.9	14	85	7	57	16	0	7	76	1.00
87502658--87502707	16	3.2	16	77	11	59	18	0	6	76	0.99
87503618--87503657	19	2.1	19	90	0	62	27	35	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87504902--87504944	14	3.1	14	86	0	59	13	30	6	48	1.69
87516160--87516739	45	12.9	45	67	11	285	29	14	28	28	1.95
87516208--87516707	90	5.6	90	92	0	813	29	14	28	28	1.95
87518145--87518529	147	2.6	145	78	7	384	37	14	22	26	1.92
87518145--87518569	73	5.8	73	77	6	378	38	14	21	26	1.91
87518676--87518719	6	6.8	6	87	7	52	65	2	0	31	1.05
87523547--87523606	27	2.3	26	82	2	66	36	18	21	23	1.95
87524360--87524425	27	2.4	27	84	0	78	25	18	18	37	1.93
87534188--87534246	27	2.2	27	84	6	75	32	23	23	20	1.98
87538386--87538445	11	5.5	11	73	11	52	68	1	0	30	0.99
87538387--87538431	18	2.4	19	85	3	56	71	2	0	26	0.98
87540467--87540505	20	1.9	20	84	5	51	38	0	17	43	1.50
87542796--87542911	58	2.0	58	98	0	223	45	3	16	34	1.64
87543673--87543723	21	2.4	22	90	3	77	35	7	17	39	1.79
87543835--87543965	47	2.8	47	84	1	154	22	14	28	34	1.94
87546563--87546701	42	3.3	42	75	6	129	33	17	21	27	1.96
87549143--87549183	22	1.9	22	85	5	57	12	4	26	56	1.56
87554878--87555036	43	3.7	43	76	4	160	25	18	24	32	1.97
87561618--87561904	27	10.6	27	87	0	376	40	20	8	31	1.81
87561618--87561904	54	5.3	54	90	0	421	40	20	8	31	1.81
87561618--87562042	81	5.2	80	78	5	356	39	20	9	31	1.84
87561618--87562012	27	14.6	27	77	7	295	39	20	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87561997--87562216	27	8.3	27	86	4	295	34	20	20	24	1.96
87561997--87562216	53	4.1	53	87	2	291	34	20	20	24	1.96
87561997--87562216	80	2.8	80	88	3	311	34	20	20	24	1.96
87562867--87562966	27	3.8	25	82	7	83	21	25	18	36	1.95
87563126--87563222	6	15.8	6	72	16	74	19	18	14	47	1.83
87563114--87563238	31	4.1	31	84	3	155	19	17	14	48	1.81
87574443--87574562	42	2.8	42	82	6	127	25	15	26	33	1.95
87576874--87577029	43	3.6	42	75	14	131	25	17	25	32	1.97
87589703--87589746	20	2.2	20	100	0	88	47	9	29	13	1.74
87590056--87590178	46	2.7	45	83	8	142	22	20	28	28	1.99
87590514--87590699	92	2.0	92	96	0	345	30	16	25	27	1.97
87594151--87594362	40	5.3	40	84	2	248	25	22	26	25	2.00
87603632--87603689	25	2.5	23	81	13	57	36	1	1	60	1.17
87603647--87603689	22	2.0	22	82	8	54	37	0	2	60	1.10
87603653--87603748	3	32.7	3	69	21	53	32	4	0	63	1.13
87603653--87603789	19	6.7	22	66	20	68	32	4	0	62	1.20
87603653--87603697	20	2.5	17	82	13	54	31	2	0	66	1.04
87603710--87603746	14	2.7	14	87	4	58	29	2	0	67	1.04
87620419--87620775	47	7.6	44	75	13	245	28	19	28	22	1.98
87620417--87620775	94	3.8	93	80	10	367	28	20	28	23	1.98
87620410--87620775	141	2.6	137	79	10	373	28	19	28	23	1.99
87624031--87624133	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87631257--87631359	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
87642038--87642082	18	2.5	18	85	0	72	73	0	13	13	1.10
87642072--87642111	21	2.0	20	85	5	53	57	5	30	7	1.48
87652603--87652749	43	3.4	43	75	5	127	35	23	12	27	1.92
87653243--87653299	28	2.0	29	86	3	80	28	22	3	45	1.69
87655312--87655355	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
87658535--87658574	21	2.0	20	85	5	53	42	20	0	37	1.52
87660096--87660223	47	2.7	47	84	4	143	33	25	14	26	1.95
87665286--87665410	63	2.0	63	96	0	232	35	7	9	48	1.64
87668773--87668810	6	6.3	6	100	0	76	47	15	18	18	1.83
87669658--87669696	15	2.5	16	91	4	62	2	25	2	69	1.14
87676445--87676494	5	9.8	5	91	4	82	20	2	78	0	0.86
87683207--87683265	29	2.0	29	100	0	118	27	6	40	25	1.80
87688150--87688229	42	1.9	42	89	5	126	31	26	17	25	1.97
87692430--87692588	47	3.4	47	95	0	282	34	13	25	26	1.93
87692579--87692762	55	3.4	54	85	6	232	35	19	23	21	1.95
87692579--87692776	53	3.7	54	84	6	224	35	18	23	21	1.95
87698484--87698578	42	2.3	42	98	0	181	30	24	14	30	1.95
87702204--87702240	19	1.9	19	94	0	65	37	16	13	32	1.87
87704148--87704246	20	4.9	21	70	6	60	8	29	19	43	1.79
87715985--87716012	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
87720643--87720747	3	34.0	3	68	24	51	63	0	2	32	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87720643--87720749	18	5.9	18	75	17	98	63	0	2	32	1.15
87720648--87720712	14	4.8	13	77	15	53	61	1	3	33	1.21
87720688--87720759	23	3.0	23	71	22	60	63	0	4	31	1.13
87720708--87720765	20	3.0	20	83	16	61	63	0	5	31	1.16
87723386--87723553	40	4.2	39	79	5	151	26	27	20	25	1.99
87723377--87723553	80	2.2	80	80	3	196	25	27	20	25	1.99
87724427--87724456	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
87727036--87727085	24	2.1	24	88	0	73	44	12	26	18	1.84
87727042--87727111	24	2.9	24	82	0	68	50	10	21	18	1.76
87727548--87727577	13	2.3	13	94	0	51	46	0	16	36	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345