genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17526397--17526451	20	2.8	20	78	10	60	65	0	5	29	1.15
17526381--17526464	39	2.2	37	83	8	98	65	2	3	28	1.22
17526400--17526484	22	4.1	21	79	10	79	61	2	4	31	1.29
17526987--17527033	14	3.5	13	77	11	58	40	0	0	59	0.97
17526983--17527038	28	2.0	29	96	3	105	37	0	1	60	1.07
17526983--17527030	13	3.2	16	71	28	52	41	0	0	58	0.98
17528287--17528347	32	1.9	32	93	0	104	49	16	6	27	1.70
17530686--17530796	55	2.0	54	94	1	195	47	7	31	13	1.70
17531178--17531249	29	2.4	29	81	6	72	47	15	6	30	1.72
17531669--17531696	14	2.0	14	100	0	56	14	0	35	50	1.43
17531796--17531847	16	2.8	19	77	19	65	36	0	21	42	1.53
17532387--17532641	126	2.0	126	91	1	413	33	15	20	30	1.94
17536148--17536183	18	2.0	18	88	0	54	44	5	22	27	1.75
17536809--17536984	88	2.0	88	97	0	334	31	11	11	44	1.77
17537835--17537879	23	1.9	24	82	13	58	28	2	4	64	1.25
17541776--17541868	22	4.2	22	80	10	109	21	19	20	38	1.93
17541765--17541863	45	2.2	45	88	0	153	22	19	20	38	1.94
17542620--17542648	13	2.2	13	100	0	58	41	37	20	0	1.53
17543909--17544004	42	2.3	42	81	1	111	33	25	16	25	1.96
17543885--17544002	43	2.8	42	76	2	119	33	27	15	23	1.95
17546878--17546916	18	2.1	18	85	4	51	38	15	5	41	1.69
17551435--17551481	23	2.0	23	83	0	58	68	2	4	25	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17564066--17564095	14	2.1	14	93	0	51	16	0	40	43	1.48
17567368--17567518	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
17574803--17574968	53	3.1	53	88	6	221	25	15	28	30	1.96
17580140--17580183	18	2.4	18	88	0	61	38	18	11	31	1.86
17580185--17580289	47	2.2	47	93	0	174	40	12	20	26	1.88
17582513--17582543	14	2.2	14	94	0	53	61	0	0	38	0.96
17582877--17582933	22	2.7	20	69	30	55	54	5	3	36	1.40
17587756--17587938	24	7.7	23	68	15	77	36	22	25	15	1.94
17589680--17589756	38	2.0	38	97	0	145	35	11	15	37	1.84
17596742--17596774	12	2.8	12	86	4	50	33	0	0	66	0.92
17596900--17596958	30	2.0	30	96	0	109	55	11	3	28	1.52
17601246--17601301	18	2.9	18	84	10	67	25	16	23	35	1.94
17601453--17601485	8	4.1	8	96	0	57	48	0	12	39	1.40
17602871--17602919	23	2.2	21	77	19	55	40	8	0	51	1.32
17605835--17605885	23	2.2	25	86	10	72	43	1	1	52	1.23
17607155--17607208	22	2.5	22	79	11	58	20	42	5	31	1.75
17607745--17607799	18	3.1	18	74	10	58	32	20	12	34	1.90
17611841--17611893	11	4.9	11	88	4	72	18	47	3	30	1.67
17612506--17612572	29	2.3	30	82	10	77	32	0	2	64	1.09
17613827--17613963	68	2.0	66	92	2	229	47	16	10	24	1.79
17616118--17616142	13	1.9	13	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17616476--17616506	15	2.1	15	93	0	53	41	3	6	48	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17616683--17616712	8	3.9	8	95	4	53	13	0	0	86	0.57
17619765--17619860	26	3.6	27	79	10	83	60	4	4	31	1.35
17619969--17619999	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
17621825--17621921	44	2.2	45	83	1	115	28	21	20	28	1.98
17621720--17621964	133	1.9	130	80	8	289	28	22	19	29	1.98
17622128--17622371	44	5.4	44	67	18	124	26	20	21	31	1.98
17621828--17622250	235	1.8	234	84	1	587	27	21	20	30	1.98
17622348--17622649	131	2.3	131	88	0	451	25	24	21	28	1.99
17623968--17624005	19	2.1	19	90	5	60	0	23	0	76	0.79
17629093--17629140	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
17631832--17631968	60	2.3	59	81	8	152	29	19	24	26	1.99
17633802--17633837	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
17637022--17637062	21	2.0	21	90	0	64	75	2	0	21	0.92
17642946--17642998	26	2.0	26	100	0	106	41	32	11	15	1.82
17653795--17653919	60	2.1	59	82	8	146	28	24	18	28	1.98
17654259--17654318	26	2.3	26	82	5	68	28	15	26	30	1.96
17657475--17657807	48	6.9	48	80	6	327	28	19	27	24	1.98
17657487--17657805	144	2.2	144	85	3	419	29	19	26	24	1.98
17660027--17660086	30	2.0	30	96	0	111	30	15	20	35	1.93
17660356--17660411	22	2.7	20	82	15	60	39	3	1	55	1.28
17663263--17663297	17	2.1	17	89	5	54	5	8	0	85	0.73
17670766--17671020	55	4.8	54	80	7	247	36	17	23	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17671212--17671242	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
17676366--17676404	12	3.3	13	80	20	50	41	7	28	23	1.82
17676923--17677059	55	2.5	55	85	0	166	16	23	32	27	1.96
17684984--17685112	50	2.5	51	88	5	190	36	16	21	25	1.94
17685037--17685225	82	2.3	82	97	0	351	32	16	22	28	1.96
17685170--17685349	31	5.8	31	89	2	256	27	18	27	27	1.98
17685348--17685376	7	4.1	7	100	0	58	44	13	27	13	1.82
17685381--17685545	47	3.7	46	81	7	162	30	13	25	30	1.94
17685432--17685589	42	3.7	42	80	13	139	32	12	25	29	1.93
17690370--17690461	42	2.2	42	86	3	123	40	21	10	27	1.87
17690603--17690768	23	7.1	23	90	2	260	27	21	22	28	1.99
17690601--17690768	47	3.6	47	93	0	275	27	22	22	28	1.99
17690603--17690770	70	2.4	71	91	2	268	27	21	22	28	1.99
17690827--17690883	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
17690815--17690885	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
17690820--17690874	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
17690922--17690969	25	2.0	24	87	4	69	25	16	25	33	1.96
17692118--17692201	27	3.1	27	89	3	125	21	26	21	30	1.98
17692263--17692314	27	1.9	27	92	0	86	38	11	9	40	1.74
17692325--17692492	54	3.1	54	83	3	203	29	8	22	39	1.83
17692240--17692478	81	2.9	81	75	9	216	31	9	19	39	1.84
17692271--17692546	27	10.1	27	80	5	144	34	9	19	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17692445--17692681	81	2.9	81	82	3	253	41	8	21	28	1.83
17692471--17692681	27	7.8	27	85	0	242	41	8	22	27	1.82
17692670--17692774	54	2.0	53	83	9	133	32	10	20	37	1.86
17692670--17692776	27	4.0	27	79	4	119	32	10	19	37	1.86
17692687--17692791	27	3.9	27	75	9	72	35	9	17	38	1.82
17693802--17693833	16	2.0	16	100	0	64	12	6	0	81	0.87
17700523--17700560	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17707688--17707857	44	3.8	46	80	8	170	21	21	28	29	1.98
17708084--17708121	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
17714610--17714636	7	3.9	7	100	0	54	74	0	0	25	0.83
17715743--17715769	7	3.9	7	100	0	54	25	0	0	74	0.83
17726812--17726886	31	2.4	31	93	0	123	28	26	16	29	1.96
17726910--17727001	42	2.2	42	86	0	121	34	22	13	29	1.92
17727134--17727269	26	5.3	26	83	3	163	27	22	20	29	1.99
17727134--17727269	52	2.7	50	87	10	197	27	22	20	29	1.99
17727321--17727425	20	5.2	20	89	2	158	31	20	8	40	1.82
17728133--17728210	27	2.9	27	79	11	88	20	20	21	37	1.95
17728241--17728293	27	2.0	27	84	0	70	37	15	13	33	1.86
17728251--17728336	27	3.1	27	80	8	84	37	8	12	41	1.73
17728314--17728494	81	2.2	81	89	0	272	28	6	20	44	1.77
17728229--17728494	54	4.9	54	77	7	241	31	7	18	41	1.79
17728315--17728519	54	3.8	53	83	3	232	28	7	20	43	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17728315--17728494	27	6.7	27	87	2	245	28	6	20	43	1.77
17728258--17728519	81	3.2	81	79	5	260	30	8	18	43	1.79
17728523--17728611	27	3.3	27	82	6	117	39	5	23	31	1.78
17728523--17728639	54	2.2	54	82	3	137	35	6	23	33	1.82
17730439--17730476	4	9.5	4	100	0	76	76	0	0	23	0.79
17731019--17731087	10	7.0	10	76	17	65	24	0	0	75	0.81
17731044--17731093	7	7.0	7	88	11	75	30	0	0	70	0.88
17731017--17731088	3	24.7	3	74	25	66	26	0	0	73	0.83
17731017--17731088	14	5.4	14	80	20	75	26	0	0	73	0.83
17737437--17737565	64	2.0	64	100	0	258	34	7	15	41	1.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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