genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.297.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89262418--89262477	23	2.7	22	78	2	75	65	1	0	33	1.03
89262822--89262877	22	2.5	22	70	16	53	35	37	0	26	1.57
89262946--89262994	22	2.3	22	85	3	64	46	30	0	22	1.52
89262946--89263135	7	26.4	7	69	6	67	45	28	0	24	1.57
89262951--89263035	29	2.9	28	75	6	80	48	25	0	25	1.52
89263561--89263658	40	2.5	40	81	0	115	31	22	19	26	1.98
89263439--89263731	154	1.9	151	82	4	365	32	19	19	28	1.96
89263765--89263900	40	3.4	39	82	5	173	26	22	19	30	1.98
89264979--89265028	26	1.9	26	100	0	100	22	26	12	40	1.88
89271678--89271794	53	2.2	52	84	3	146	35	22	5	36	1.76
89271678--89271794	26	4.5	26	86	3	146	35	22	5	36	1.76
89272249--89272414	48	3.5	48	83	3	219	28	27	15	28	1.96
89278484--89278540	24	2.3	24	82	8	62	26	3	0	70	1.03
89280231--89280397	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
89283360--89283527	43	3.9	43	77	6	144	32	25	14	27	1.94
89285605--89285722	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
89285573--89285736	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
89292021--89292138	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
89291989--89292152	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
89299365--89299414	23	2.2	23	86	13	68	42	18	14	26	1.87
89299449--89299565	27	4.3	27	83	4	128	20	17	19	41	1.90
89299530--89299711	27	6.8	27	83	5	190	32	12	16	39	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89299557--89299710	80	1.9	81	89	4	240	35	12	15	37	1.85
89302143--89302175	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
89302468--89302520	12	4.4	12	78	0	52	20	49	0	30	1.50
89306182--89306238	30	1.9	30	86	13	82	35	17	0	47	1.48
89311915--89312004	23	3.9	23	78	10	94	37	21	21	20	1.94
89315026--89315126	28	3.5	29	86	6	125	29	27	13	28	1.95
89322801--89322857	23	2.3	24	80	17	64	28	21	22	28	1.99
89322813--89322860	23	2.0	23	88	8	69	31	16	22	29	1.96
89326739--89326814	23	3.2	23	78	10	66	34	21	23	21	1.97
89329574--89329696	46	2.7	45	81	11	144	27	19	30	22	1.98
89337191--89337363	43	4.0	43	76	11	176	24	15	26	33	1.95
89338569--89338614	2	23.0	2	86	0	65	45	0	4	50	1.21
89342515--89342659	63	2.3	63	89	2	220	29	23	23	23	1.99
89344895--89344937	22	2.0	22	85	0	59	20	13	9	55	1.66
89345316--89345355	20	2.0	20	100	0	80	40	15	25	20	1.90
89345967--89346008	21	2.0	21	100	0	84	23	9	28	38	1.86
89348388--89348889	168	3.0	168	85	4	679	24	20	16	38	1.92
89351296--89351337	20	2.1	20	91	8	68	19	33	4	42	1.72
89356701--89356735	17	2.1	17	88	0	52	54	0	2	42	1.15
89363776--89363833	22	2.6	23	75	10	57	67	3	3	25	1.22
89366143--89366712	45	12.7	45	71	10	240	26	23	17	31	1.97
89366189--89366860	134	5.0	135	78	7	561	26	23	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89366189--89366696	89	5.7	88	71	10	291	25	24	17	31	1.97
89366672--89366930	132	2.0	133	82	2	324	27	23	16	31	1.96
89369178--89369227	25	2.0	25	100	0	100	16	28	12	44	1.83
89371600--89371647	22	2.2	22	96	3	89	50	8	14	27	1.71
89376194--89376288	42	2.2	43	83	5	113	26	25	22	26	2.00
89379627--89379707	41	2.0	41	100	0	162	34	22	12	30	1.91
89381748--89381788	20	2.0	22	90	9	68	58	0	2	39	1.11
89382136--89382178	17	2.4	19	92	7	72	65	2	4	27	1.25
89383706--89383751	19	2.5	18	82	3	56	60	4	6	28	1.40
89384792--89384848	25	2.4	24	80	13	64	45	1	3	49	1.29
89386409--89386467	28	2.1	28	100	0	118	44	32	6	16	1.74
89393326--89393437	42	2.7	42	87	4	163	17	17	15	49	1.80
89400018--89400319	126	2.4	126	92	0	478	38	14	17	29	1.90
89401869--89402093	49	4.5	49	80	7	256	24	17	27	30	1.97
89401869--89402105	99	2.4	100	86	4	311	24	17	27	30	1.97
89406104--89406128	13	1.9	13	100	0	50	80	0	0	20	0.72
89406228--89406264	15	2.3	17	81	13	51	70	0	0	29	0.88
89405994--89406379	131	3.0	130	95	3	690	55	4	4	34	1.41
89406275--89406455	55	3.3	55	73	14	203	55	4	3	35	1.38
89406270--89406476	108	1.9	108	97	2	389	55	4	3	36	1.38
89407520--89407558	7	5.6	7	93	0	69	58	10	0	30	1.31
89407520--89407564	14	3.2	14	90	0	63	62	8	0	28	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89407520--89407569	21	2.3	21	86	3	64	60	8	2	30	1.37
89408722--89408776	11	5.0	12	87	12	75	34	0	34	30	1.58
89410090--89410172	18	4.8	17	73	19	66	50	3	1	44	1.27
89410191--89410273	6	13.0	6	69	16	51	73	2	20	3	1.10
89410191--89410260	21	3.5	20	72	11	56	72	1	21	4	1.09
89414220--89414281	27	2.3	26	78	8	70	51	11	0	37	1.38
89414839--89414863	9	2.8	9	100	0	50	0	8	0	92	0.40
89415848--89415895	15	3.1	15	83	13	62	77	0	2	20	0.88
89420738--89420775	18	2.1	18	100	0	76	34	5	26	34	1.79
89420789--89420836	20	2.5	20	83	10	55	66	4	6	22	1.32
89431563--89431611	5	9.6	5	93	2	80	42	16	0	40	1.48
89432468--89432505	19	2.1	19	85	9	53	31	10	13	44	1.77
89432721--89432763	23	1.9	22	81	13	52	67	0	11	20	1.22
89434639--89434853	107	2.0	108	95	0	387	43	7	5	43	1.55
89436164--89436212	23	2.0	24	84	7	64	44	4	0	51	1.20
89438181--89438212	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
89438675--89438790	39	3.0	39	97	0	214	21	20	29	28	1.98
89438675--89438870	39	5.0	39	85	4	202	20	20	28	29	1.98
89439959--89440016	28	2.1	28	100	0	116	67	3	18	10	1.35
89440700--89440725	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89441430--89441543	56	2.0	56	100	0	228	28	19	7	44	1.76
89443202--89443387	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89451236--89451421	40	4.7	40	86	5	227	25	26	22	25	2.00
89466762--89466789	10	2.8	10	100	0	56	39	10	10	39	1.75
89484631--89484741	40	2.8	40	85	9	136	28	16	21	33	1.95
89486652--89486715	22	2.9	22	97	0	119	25	12	17	45	1.83
89494019--89494194	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
89494016--89494187	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
89501539--89501714	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
89501536--89501707	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
89507821--89507981	29	5.6	29	82	2	182	25	32	16	24	1.96
89515044--89515204	29	5.6	29	82	2	182	25	32	16	24	1.96
89519342--89519466	43	2.9	43	80	8	155	33	27	16	22	1.96
89530924--89531024	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
89538442--89538612	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	21	1.98
89538437--89538609	46	3.7	46	77	13	201	29	27	20	21	1.98
89541254--89541305	25	2.1	24	85	3	68	32	17	26	23	1.96
89541900--89541949	21	2.4	21	83	3	57	42	14	6	38	1.70
89543847--89543887	22	2.0	20	90	9	64	73	12	9	4	1.24
89544313--89544346	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
89544802--89544863	23	2.9	21	79	9	70	19	20	24	35	1.96
89554422--89554495	35	2.1	35	87	5	105	47	0	2	50	1.15
89554640--89554681	16	2.7	16	78	14	52	42	0	0	57	0.99
89554894--89554934	22	2.0	20	90	9	64	73	12	9	4	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89555363--89555396	17	1.9	18	88	5	52	41	0	23	35	1.55
89564387--89564482	41	2.3	41	91	3	149	39	28	16	15	1.89
89578321--89578367	19	2.4	19	82	13	60	27	2	0	70	0.99
89587432--89587598	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
89593022--89593188	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
89594945--89595052	40	2.7	39	85	2	135	24	23	28	24	1.99
89602902--89603068	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
89608803--89608978	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
89608800--89608971	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
89631756--89631963	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	26	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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