genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65695387--65695427	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
65695550--65695684	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
65695923--65695961	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
65697275--65697327	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
65697274--65697329	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
65698514--65698707	64	3.0	64	100	0	388	34	21	4	39	1.74
65703150--65703203	23	2.4	23	81	9	58	37	18	24	20	1.94
65707199--65707356	56	2.8	56	82	0	199	30	7	15	46	1.74
65713483--65713521	17	2.4	15	87	12	51	33	2	0	64	1.08
65713647--65713691	19	2.3	19	82	14	56	60	2	0	37	1.09
65713662--65713711	25	2.0	26	88	11	77	66	2	0	32	1.03
65713661--65713726	35	1.9	33	85	14	89	66	3	0	30	1.06
65713650--65713727	10	8.8	9	74	21	67	64	2	0	33	1.08
65718952--65719000	17	2.7	18	78	9	55	67	0	0	32	0.91
65726173--65726291	56	2.2	54	92	4	195	33	23	14	28	1.94
65726636--65726665	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
65728219--65728315	34	2.9	33	80	6	106	28	23	25	21	1.99
65734567--65734793	48	4.8	48	73	5	212	28	24	20	26	1.99
65740704--65740730	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
65743515--65743677	39	4.2	39	88	3	238	25	31	19	23	1.98
65746579--65746742	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65746579--65746776	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65754154--65754317	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
65754154--65754351	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
65757204--65757337	56	2.4	56	85	1	178	27	13	21	37	1.91
65760806--65760900	48	2.0	48	87	4	138	25	16	28	29	1.97
65760824--65760943	48	2.5	48	82	5	127	28	19	26	25	1.99
65766340--65767242	451	2.0	450	93	1	1533	33	12	19	33	1.90
65767810--65767927	48	2.5	48	87	0	155	27	16	27	27	1.97
65773724--65773840	42	2.7	43	78	6	121	35	23	14	26	1.93
65773705--65773861	43	3.7	43	76	7	149	33	24	16	25	1.96
65781178--65781315	50	2.7	52	83	6	169	31	24	16	26	1.96
65787390--65787486	40	2.4	41	87	3	135	26	15	28	28	1.96
65792610--65792702	27	3.2	27	64	21	71	34	20	9	35	1.85
65792593--65792711	60	2.0	60	96	0	220	35	21	10	32	1.88
65799979--65800299	47	6.7	49	76	11	274	24	29	17	27	1.97
65799986--65800301	94	3.3	93	80	9	320	25	29	17	27	1.97
65807526--65807844	47	6.7	49	75	11	236	24	28	19	27	1.99
65807523--65807846	94	3.4	95	77	10	308	24	28	19	27	1.99
65809071--65809158	6	14.3	6	73	17	74	48	14	17	19	1.81
65809079--65809158	31	2.6	31	89	0	124	48	13	17	20	1.80
65811475--65812002	49	10.9	49	95	1	915	34	8	27	29	1.87
65811474--65812002	241	2.2	241	96	0	959	34	8	27	29	1.87
65811994--65812145	48	3.2	48	98	0	286	33	5	28	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65814806--65814960	39	3.9	40	88	0	206	22	21	31	24	1.98
65814806--65814960	79	2.0	79	87	2	222	22	21	31	24	1.98
65814816--65814998	79	2.3	78	81	6	199	24	21	30	24	1.99
65816440--65816614	27	6.5	27	87	0	251	39	8	21	30	1.82
65816617--65816711	27	3.5	27	82	0	118	28	7	22	42	1.80
65826989--65827144	43	3.7	43	82	1	179	23	17	26	32	1.97
65827403--65827437	17	2.1	17	89	5	54	37	14	22	25	1.92
65831073--65831103	16	1.9	16	100	0	62	12	6	12	67	1.40
65831076--65831120	15	2.9	15	86	3	54	15	13	13	57	1.65
65833274--65833337	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
65838294--65838453	29	5.5	29	96	0	293	28	15	28	27	1.96
65838294--65838482	87	2.2	87	91	0	297	27	16	29	26	1.97
65838441--65838513	29	2.5	29	81	0	92	23	20	34	21	1.97
65838294--65838511	87	2.5	87	87	1	276	27	16	29	26	1.97
65845591--65845750	29	5.5	29	98	0	311	29	14	28	27	1.95
65845735--65845810	29	2.6	29	82	0	98	23	19	34	22	1.97
65845591--65845779	87	2.2	87	93	0	315	28	15	30	26	1.96
65845591--65845808	87	2.5	87	89	1	294	27	16	30	26	1.96
65848389--65848435	22	2.1	22	100	0	94	8	34	31	25	1.86
65860487--65860812	40	8.2	40	80	5	356	26	26	22	25	2.00
65860478--65860812	80	4.2	80	89	1	460	26	26	22	25	2.00
65860514--65860818	80	3.8	80	92	0	468	25	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65866462--65866596	50	2.8	46	69	8	126	18	17	23	40	1.91
65866602--65866654	22	2.4	22	84	6	63	16	26	26	30	1.97
65875843--65875939	47	2.1	47	98	0	185	41	25	6	26	1.79
65876571--65876634	33	1.9	33	83	0	83	28	23	20	28	1.99
65881889--65881938	21	2.4	21	89	0	73	10	40	24	26	1.86
65890326--65890367	17	2.5	17	88	0	57	23	2	19	54	1.55
65906723--65906918	50	3.9	49	82	4	214	25	18	28	27	1.98
65909888--65909952	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
65909884--65909952	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
65915113--65915176	14	4.4	15	77	16	64	9	12	14	64	1.50
65918342--65918490	80	1.9	79	84	6	203	27	23	26	22	1.99
65918340--65918506	40	4.2	40	77	6	162	27	22	26	23	2.00
65918340--65918506	80	2.1	79	81	7	196	27	22	26	23	2.00
65922021--65922046	12	2.2	12	100	0	52	34	34	15	15	1.89
65922081--65922192	29	3.9	29	100	0	224	26	28	14	30	1.95
65923759--65923920	46	3.5	47	76	14	183	29	29	21	20	1.98
65928634--65928720	42	2.1	42	85	8	115	31	21	19	27	1.98
65930528--65930680	37	4.1	37	74	12	114	36	8	11	43	1.71
65944165--65944388	40	5.7	40	86	5	296	24	21	28	25	1.99
65944165--65944388	79	2.8	80	85	6	296	24	21	28	25	1.99
65944165--65944386	119	1.9	119	85	5	315	24	22	27	25	1.99
65944165--65944421	119	2.2	119	83	6	308	25	21	27	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65952269--65952489	40	5.6	39	85	7	263	24	22	27	25	2.00
65954605--65954712	37	2.9	37	90	0	162	26	31	17	24	1.97
65954845--65955142	48	6.2	48	92	0	497	31	25	6	35	1.81
65958545--65958709	58	2.9	58	91	0	260	29	29	18	23	1.97
65958548--65958706	29	5.5	29	71	12	114	29	28	18	22	1.98
65958861--65959035	43	4.1	43	95	0	305	31	31	23	13	1.93
65960733--65960871	37	3.8	37	93	1	235	25	32	19	22	1.97
65960733--65960871	73	1.9	74	92	1	235	25	32	19	22	1.97
65962657--65962866	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
65964326--65964623	48	6.2	48	91	0	461	31	25	6	36	1.81
65966371--65966408	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
65977102--65977176	37	2.0	37	94	0	132	30	8	28	33	1.86
65988975--65989053	28	2.8	28	88	0	113	32	11	26	29	1.91
65989226--65989373	41	3.6	40	76	5	145	27	18	29	24	1.98
65995248--65995326	28	2.8	28	86	0	104	34	11	25	29	1.91
66009749--66009862	46	2.5	44	82	13	133	19	19	31	29	1.96
66012382--66012542	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
66020422--66020582	29	5.6	29	89	0	223	25	15	33	25	1.95
66035483--66035520	17	2.2	18	85	4	51	28	13	0	57	1.36
66035491--66035530	13	2.9	15	78	17	50	27	17	0	55	1.43
66037507--66037574	24	2.7	25	88	6	102	30	19	22	27	1.97
66037530--66037663	23	5.8	23	76	11	98	34	18	20	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66040638--66041145	169	3.0	172	87	4	794	29	13	24	31	1.94
66043223--66043285	24	2.6	24	100	0	126	20	17	26	34	1.95
66047746--66047844	28	3.5	28	81	9	112	29	25	16	29	1.96
66050042--66050138	48	2.0	48	100	0	194	40	16	20	22	1.91
66060859--66060896	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
66071441--66071603	29	5.6	29	88	1	202	28	26	15	29	1.96
66078427--66078594	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
66086454--66086621	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
66088406--66088443	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
66091269--66091619	50	7.0	50	75	10	313	27	17	25	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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