genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.299.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89994593--89994618	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
89994547--89994681	68	2.0	65	87	4	189	37	10	6	45	1.65
90008224--90008365	42	3.3	43	81	7	146	27	19	24	28	1.99
90009598--90009679	40	2.0	40	95	0	146	26	10	15	46	1.79
90011252--90011371	23	5.2	23	79	2	98	20	19	21	39	1.93
90011262--90011410	46	3.2	46	82	1	147	22	19	20	36	1.95
90011284--90011410	23	5.5	23	80	5	123	22	18	20	38	1.93
90011262--90011409	69	2.1	69	85	2	190	22	19	20	36	1.95
90017171--90017203	17	1.9	17	100	0	66	30	24	0	45	1.53
90020228--90020274	23	2.0	23	95	0	85	14	36	27	21	1.93
90024985--90025154	46	3.7	46	75	17	172	21	19	28	30	1.97
90025381--90025418	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
90030740--90030779	21	2.0	21	95	5	73	20	30	40	10	1.85
90030898--90030952	28	1.9	28	85	10	76	18	41	21	18	1.90
90032253--90032425	47	3.6	47	83	12	187	23	31	17	26	1.97
90032253--90032425	94	1.8	94	86	6	249	23	31	17	26	1.97
90034082--90034205	46	2.7	46	86	2	169	25	23	19	31	1.98
90034082--90034204	23	5.3	23	73	5	106	26	23	19	30	1.98
90038222--90038260	14	2.8	14	88	7	53	51	20	2	25	1.60
90040956--90040998	13	3.3	12	78	15	50	0	27	0	72	0.85
90040953--90040995	22	2.0	21	82	13	52	0	27	0	72	0.85
90040955--90040997	20	2.2	20	87	8	61	0	25	0	74	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90041118--90041165	19	2.5	19	86	6	62	35	6	4	54	1.45
90041118--90041169	18	2.7	19	88	5	70	34	7	3	53	1.48
90050335--90050369	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
90050774--90051218	50	8.8	50	78	2	424	26	17	25	30	1.97
90050774--90051214	101	4.4	101	78	4	433	26	17	25	30	1.97
90050774--90051215	151	2.9	151	89	1	643	26	17	25	30	1.97
90051773--90052099	180	1.8	180	87	1	485	38	11	18	31	1.86
90059590--90059749	43	3.7	42	79	5	124	25	16	25	33	1.96
90059599--90059694	44	2.2	44	83	7	117	23	18	25	32	1.97
90059599--90059710	42	2.6	42	80	12	111	23	16	25	33	1.96
90060485--90060529	22	2.0	24	82	8	58	35	4	24	35	1.76
90065202--90065244	6	7.0	6	81	2	50	76	0	18	4	0.95
90065825--90065937	38	2.9	39	71	6	95	23	19	26	30	1.98
90071649--90071813	49	3.4	49	93	0	276	32	7	29	31	1.84
90076190--90076239	23	2.2	23	100	0	100	46	0	0	54	1.00
90076190--90076243	13	4.4	13	77	13	60	46	0	0	53	1.00
90076757--90076806	19	2.8	17	82	17	57	76	0	12	12	1.04
90079424--90079451	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
90080055--90080218	40	4.1	40	77	6	170	26	21	27	25	1.99
90081765--90081901	71	1.9	71	95	0	247	39	6	7	46	1.58
90084867--90085023	43	3.7	42	82	5	183	24	18	26	31	1.98
90085765--90085809	22	2.0	24	86	8	67	33	4	24	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90087430--90087488	30	1.9	30	82	3	73	49	3	22	25	1.65
90097967--90098032	18	3.8	17	71	11	53	48	1	3	46	1.26
90104294--90104350	9	6.4	9	75	16	57	21	1	1	75	0.98
90104390--90104488	9	10.6	10	66	17	52	33	3	5	58	1.35
90105134--90105181	24	2.1	23	92	7	80	22	0	14	62	1.32
90108155--90108284	42	3.1	42	83	4	163	37	14	28	19	1.91
90118457--90118500	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
90119383--90119468	43	2.0	43	97	0	163	34	10	9	45	1.71
90119747--90119780	10	3.4	10	95	0	59	44	5	0	50	1.26
90119739--90119785	6	7.8	6	87	0	58	42	6	2	48	1.40
90119739--90119777	16	2.4	16	95	0	69	41	7	0	51	1.31
90119814--90119888	26	2.9	25	75	13	80	37	0	1	61	1.05
90122295--90122350	28	2.0	28	100	0	112	32	21	7	39	1.80
90123996--90124051	28	2.0	28	100	0	112	39	0	21	39	1.54
90125213--90125273	19	3.3	19	93	6	108	37	8	16	37	1.78
90130914--90130966	1	53.0	1	92	0	88	96	0	3	0	0.23
90130914--90130966	27	2.0	27	100	0	106	96	0	3	0	0.23
90131907--90133067	204	5.7	205	93	1	1897	31	18	21	28	1.97
90133697--90133757	19	3.3	19	93	6	108	37	8	16	37	1.78
90138071--90138101	13	2.4	13	100	0	62	6	9	48	35	1.62
90138550--90139159	177	3.5	177	84	3	756	28	20	20	31	1.97
90139085--90139171	45	1.9	45	81	4	104	27	19	20	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90139523--90139554	15	2.1	15	100	0	64	25	6	28	40	1.79
90145570--90145613	19	2.3	19	84	7	54	36	13	25	25	1.92
90150544--90150579	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
90154871--90154944	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
90154812--90154944	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
90162751--90162824	29	2.6	29	95	0	139	27	31	14	27	1.95
90162692--90162824	58	2.3	58	80	2	133	24	33	17	24	1.96
90174190--90174239	11	4.5	11	76	0	55	22	16	8	54	1.68
90177196--90177227	16	2.0	16	93	0	55	59	0	0	40	0.97
90178665--90178745	30	2.7	30	92	0	135	27	17	23	32	1.97
90191479--90191516	20	1.9	20	88	0	58	18	13	31	36	1.89
90196143--90196316	93	1.9	93	86	2	251	34	9	22	33	1.86
90202037--90202139	52	2.0	52	100	0	206	29	18	25	27	1.98
90208912--90208955	20	2.2	20	95	0	79	29	36	20	13	1.91
90208950--90209026	31	2.5	31	95	0	136	19	36	29	14	1.91
90225971--90225996	5	5.2	5	100	0	52	42	0	0	57	0.98
90234427--90234614	40	4.7	39	87	3	173	25	27	22	25	2.00
90234398--90234614	80	2.7	80	80	2	231	25	27	21	25	2.00
90245128--90245185	27	2.1	27	81	6	64	68	0	15	15	1.20
90255529--90255561	14	2.4	14	100	0	66	51	15	9	24	1.72
90280504--90280584	40	2.0	40	95	0	144	34	24	7	33	1.83
90286030--90286179	80	1.9	81	87	4	223	24	27	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90286002--90286182	40	4.5	40	80	8	190	23	25	23	26	2.00
90294409--90294637	104	2.1	107	84	7	295	27	15	20	35	1.93
90294509--90294601	49	1.9	48	77	2	87	20	18	23	37	1.94
90296013--90296188	46	3.8	46	74	7	176	22	20	27	29	1.98
90296009--90296180	93	1.8	93	88	2	265	22	20	28	28	1.99
90297040--90297077	20	1.9	20	88	0	58	55	2	0	42	1.14
90297898--90298228	89	3.7	89	81	6	352	23	3	12	59	1.50
90298299--90298337	20	1.9	21	94	5	71	61	5	5	28	1.39
90300130--90300167	20	1.9	20	94	0	67	26	7	39	26	1.83
90300457--90300491	18	1.9	18	88	0	52	25	8	0	65	1.21
90300459--90300525	23	2.9	22	76	8	71	26	10	1	61	1.37
90300459--90300524	11	5.8	11	76	13	62	27	10	1	60	1.38
90300453--90300530	34	2.4	32	81	12	95	25	12	1	60	1.40
90300664--90300697	17	2.0	17	100	0	68	29	11	5	52	1.61
90300757--90300843	32	2.7	32	76	15	81	25	10	1	63	1.33
90300502--90300797	137	2.3	124	74	14	283	24	10	4	60	1.48
90300763--90300889	37	3.5	37	71	14	122	25	10	2	61	1.40
90300864--90300920	11	5.0	11	76	16	53	28	12	3	56	1.52
90300681--90300906	118	1.9	118	80	7	262	25	10	3	61	1.42
90300869--90300920	17	3.0	17	91	2	77	28	13	3	53	1.57
90301190--90301254	25	2.9	23	82	15	75	66	9	0	24	1.21
90301216--90301254	19	2.0	20	95	5	71	71	10	0	17	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90301310--90301364	22	2.5	20	77	13	56	58	3	3	34	1.33
90301745--90301809	22	2.9	21	86	11	85	27	15	1	55	1.49
90301741--90301810	11	6.4	11	72	18	65	25	17	1	55	1.50
90301949--90302002	23	2.4	24	84	9	69	27	14	0	57	1.38
90301946--90302024	34	2.3	34	78	4	79	27	13	1	56	1.45
90301974--90302028	17	3.2	17	82	7	58	29	12	1	56	1.47
90305870--90305980	58	1.9	58	86	0	159	39	16	15	28	1.89
90308677--90308712	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
90316359--90316471	42	2.7	42	77	12	115	32	14	21	31	1.93
90321120--90321184	7	9.7	7	95	5	109	13	10	0	75	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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