genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.342.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101906856--101907010	43	3.6	43	90	1	240	12	25	31	30	1.92
101907340--101907447	45	2.5	42	86	8	137	24	24	25	25	2.00
101909151--101909191	13	3.2	13	75	25	50	53	9	0	36	1.34
101909738--101909765	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
101912721--101912771	12	4.5	12	73	14	54	41	0	3	54	1.19
101912782--101912829	10	4.7	10	82	12	53	60	12	22	4	1.49
101914085--101914123	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
101914363--101914497	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
101914620--101914660	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
101919150--101919197	5	9.0	5	78	13	51	41	0	2	56	1.11
101919148--101919198	12	4.5	12	78	14	63	43	0	1	54	1.11
101920516--101920554	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
101920794--101920928	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
101921051--101921091	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
101934703--101934774	35	2.1	35	97	0	135	43	9	5	41	1.61
101940511--101940562	26	2.0	26	100	0	104	46	7	11	34	1.69
101945704--101945844	27	5.2	27	84	6	171	34	21	24	19	1.96
101945704--101945844	54	2.6	54	90	2	221	34	21	24	19	1.96
101947049--101947156	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
101948905--101948956	21	2.6	21	90	6	81	48	0	46	5	1.26
101951870--101951895	12	2.2	12	100	0	52	11	7	7	73	1.26
101960097--101960135	4	9.8	4	88	0	60	23	2	23	51	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101961271--101961466	96	2.0	101	83	11	255	47	3	2	46	1.31
101961936--101961960	13	1.9	13	100	0	50	64	4	0	32	1.12
101970214--101970300	40	2.2	40	97	0	165	35	17	18	28	1.93
101974142--101974188	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
101974473--101974534	24	2.6	23	80	10	61	46	3	11	38	1.56
101981306--101981361	28	2.0	28	96	0	103	14	16	28	41	1.87
101983531--101983653	37	3.3	37	98	0	237	23	31	19	25	1.98
101983698--101983823	48	2.6	48	94	0	225	30	26	7	34	1.85
101985331--101985355	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101993072--101993119	8	5.9	8	80	4	60	12	6	0	81	0.87
101993066--101993127	9	7.0	9	77	14	58	16	4	0	79	0.90
101993073--101993119	17	2.9	16	87	6	76	12	6	0	80	0.88
101993072--101993162	17	5.2	17	75	10	69	13	7	3	75	1.14
101993160--101993207	18	2.7	17	81	9	60	29	6	0	64	1.18
101993933--101993959	8	3.4	8	100	0	54	55	11	0	33	1.35
101994055--101994143	10	9.4	9	72	11	63	52	2	1	43	1.20
101994055--101994143	19	4.7	18	73	12	63	52	2	1	43	1.20
101994045--101994157	29	3.9	28	76	5	109	53	1	1	42	1.21
101994113--101994201	34	2.7	34	80	13	105	55	0	1	43	1.07
101994113--101994201	33	2.7	33	80	16	103	55	0	1	43	1.07
101994153--101994205	25	2.1	25	86	6	72	58	0	0	41	0.98
101997660--101997752	30	3.1	30	88	0	132	29	27	19	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102000748--102000773	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
102000823--102000866	22	2.1	21	84	16	56	61	0	2	36	1.09
102000988--102001052	25	2.4	27	82	10	80	43	1	3	52	1.26
102001226--102001269	19	2.3	18	84	7	52	40	0	0	59	0.98
102001202--102001269	26	2.6	26	74	9	75	44	0	0	55	0.99
102001328--102001354	7	3.9	7	100	0	54	44	11	0	44	1.39
102001541--102001627	22	4.0	21	69	23	63	56	2	0	41	1.12
102001539--102001629	23	4.1	22	72	13	62	54	2	0	42	1.12
102001617--102001689	36	2.0	36	84	10	96	71	2	5	20	1.19
102001612--102001663	18	2.9	18	74	5	52	67	1	3	26	1.18
102003591--102003625	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
102007710--102007812	10	9.5	10	69	17	64	62	1	0	34	1.13
102007711--102007811	22	4.6	22	76	17	79	61	1	0	35	1.14
102007756--102007812	11	5.4	10	80	14	62	68	1	1	28	1.09
102007753--102007812	9	5.9	9	78	17	57	65	1	1	31	1.13
102007860--102007884	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
102008827--102008862	10	3.8	10	85	14	58	44	11	0	44	1.39
102008802--102008860	22	3.1	19	72	27	54	42	10	1	45	1.48
102014197--102014229	16	2.1	16	100	0	66	36	12	21	30	1.90
102016302--102016339	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
102021476--102021514	20	2.0	19	95	5	69	61	10	0	28	1.28
102021473--102021517	19	2.4	18	89	10	72	62	8	0	28	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102022204--102022260	26	2.2	26	81	12	64	42	3	0	54	1.17
102022282--102022343	20	3.2	20	75	13	67	50	0	0	50	1.00
102022406--102022474	15	4.5	15	73	16	61	52	1	0	46	1.09
102025292--102025346	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
102025888--102025925	5	7.6	5	100	0	76	39	0	0	60	0.97
102027513--102027544	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
102027686--102027739	24	2.2	25	78	15	60	59	7	5	27	1.47
102028203--102028250	26	1.9	24	83	8	60	6	8	10	75	1.20
102028249--102028286	16	2.3	17	81	4	51	7	0	31	60	1.25
102028282--102028317	17	2.1	17	90	10	56	0	8	2	88	0.59
102028282--102028315	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
102028963--102029543	88	7.0	83	71	15	301	36	18	16	27	1.93
102029131--102029192	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
102029291--102029325	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
102029343--102029874	72	6.8	73	75	13	413	33	18	17	30	1.95
102029540--102030017	165	2.9	168	89	5	711	31	20	18	29	1.96
102029713--102029874	74	2.1	75	85	7	222	32	20	18	28	1.97
102029878--102030017	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
102030082--102030247	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
102030122--102030882	141	6.0	124	73	15	648	37	22	14	25	1.92
102030247--102030510	70	3.7	71	83	4	347	37	22	14	25	1.92
102030247--102030510	71	3.8	68	83	6	321	37	22	14	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102030436--102030882	116	3.6	115	72	15	435	37	22	14	25	1.92
102030545--102030767	70	3.1	70	85	5	315	38	21	14	25	1.91
102030085--102030934	257	3.3	257	97	1	1547	36	22	14	25	1.92
102033295--102033684	195	2.0	195	98	0	762	25	23	20	30	1.99
102036146--102036181	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
102038195--102038251	23	2.5	23	73	18	57	57	8	5	28	1.50
102038773--102038807	16	2.2	16	90	10	54	0	8	2	88	0.61
102043889--102043965	39	2.0	39	100	0	154	44	6	15	33	1.72
102047489--102047513	13	1.9	13	100	0	50	80	8	4	8	1.03
102049902--102049939	18	2.1	18	90	0	58	10	0	10	78	0.95
102062127--102062234	26	4.2	26	90	0	171	34	7	22	36	1.82
102062129--102062231	52	2.0	52	98	0	197	34	7	21	35	1.82
102063724--102063776	26	2.0	26	85	7	72	33	24	18	22	1.97
102068409--102068448	20	2.0	20	85	0	53	30	7	20	42	1.79
102076200--102076250	23	2.1	25	82	10	61	31	1	7	58	1.37
102076728--102076789	12	5.7	11	72	25	53	48	1	0	50	1.10
102077137--102077225	27	3.1	27	73	17	90	37	13	4	44	1.64
102078348--102078451	30	3.6	29	82	10	122	28	27	14	28	1.95
102079982--102080265	19	14.8	17	67	25	74	38	2	1	58	1.20
102080045--102080071	14	1.9	14	100	0	54	44	0	0	55	0.99
102079977--102080092	60	1.9	60	91	3	189	37	3	0	57	1.21
102080062--102080360	21	13.6	21	69	19	166	36	2	1	59	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102080208--102080373	38	4.0	39	72	22	140	36	1	1	60	1.15
102080246--102080410	53	3.4	51	68	25	142	35	1	2	61	1.17
102080299--102080356	17	3.2	17	75	17	62	39	1	0	58	1.08
102080144--102080427	91	3.1	91	95	1	507	37	1	1	58	1.19
102080415--102080469	17	3.3	18	85	12	57	32	3	0	63	1.12
102080144--102080474	91	3.7	90	91	5	491	36	2	1	59	1.19
102080432--102080469	18	2.0	19	85	10	51	34	0	0	65	0.93
102080579--102080617	19	2.1	19	85	0	51	48	12	7	30	1.69
102081034--102081177	72	2.0	72	95	0	261	22	33	22	20	1.97
102083019--102083193	46	3.8	46	77	13	187	30	29	19	21	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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