genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14868539--14869035	179	2.8	178	84	2	625	32	17	20	28	1.95
14868433--14869024	272	2.2	266	77	9	561	33	16	20	29	1.95
14868820--14869216	139	2.9	139	81	5	394	30	17	22	29	1.96
14869096--14869215	44	2.7	44	84	0	150	30	20	20	29	1.98
14870869--14870898	14	2.1	15	93	6	53	26	6	0	66	1.16
14871108--14871155	21	2.3	21	83	16	64	25	6	6	62	1.42
14871144--14871188	13	3.5	13	82	14	58	24	0	2	73	0.95
14871589--14871639	24	2.1	24	100	0	102	43	3	19	33	1.70
14872419--14872448	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
14874869--14874921	20	2.7	20	80	11	63	35	1	0	62	1.06
14875394--14875476	29	2.9	28	91	3	130	73	20	1	4	1.08
14875415--14875462	23	2.1	23	84	0	60	77	14	2	6	1.06
14875397--14875476	28	2.8	28	90	1	115	72	21	1	5	1.11
14876246--14876330	19	4.3	19	72	18	75	31	4	5	57	1.43
14880244--14880339	48	2.0	48	100	0	192	47	12	27	12	1.77
14886298--14886459	71	2.3	71	87	5	233	22	15	20	40	1.90
14886393--14887018	140	4.5	140	98	1	1184	24	17	20	37	1.94
14886857--14886890	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
14887037--14887245	78	2.8	78	90	7	323	33	16	17	32	1.92
14887052--14887246	67	2.7	69	89	8	277	33	15	17	32	1.92
14887200--14887299	47	2.1	50	88	7	154	33	17	17	33	1.92
14887133--14887369	117	2.0	117	87	8	340	32	16	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14887249--14887597	76	4.7	73	85	7	393	32	17	18	32	1.94
14887295--14887971	167	4.2	152	77	13	544	30	17	18	33	1.94
14887349--14887971	243	2.5	245	82	8	732	29	17	18	34	1.94
14887591--14887971	79	4.7	76	76	12	309	28	17	18	35	1.93
14887425--14887749	169	1.9	166	85	4	447	29	18	19	32	1.96
14887612--14887803	76	2.5	75	87	4	249	31	16	19	32	1.94
14887953--14888014	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
14887416--14888181	243	3.1	247	82	8	775	28	17	19	35	1.94
14888836--14888920	32	2.9	29	83	13	111	74	20	1	4	1.07
14889194--14889234	13	3.2	13	79	6	57	0	9	4	85	0.73
14889167--14889233	16	4.2	16	74	12	50	2	14	4	77	1.05
14892958--14892994	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
14894164--14894214	13	3.9	13	76	0	57	33	5	21	39	1.78
14897952--14897984	3	10.7	3	93	6	57	33	0	3	63	1.10
14901838--14901926	43	2.0	44	97	2	171	43	15	15	24	1.86
14904837--14904900	31	2.1	31	96	0	119	28	29	15	26	1.96
14906373--14906428	27	2.1	27	96	0	103	28	12	19	39	1.88
14906744--14906838	40	2.4	39	80	3	111	13	14	37	33	1.86
14908715--14908865	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
14916228--14916378	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
14923003--14923037	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
14923279--14923323	22	1.9	23	82	13	56	35	4	2	57	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14931080--14931163	28	3.0	28	85	1	114	21	3	28	46	1.68
14938256--14938472	118	1.8	118	94	0	389	27	30	18	22	1.98
14939281--14939373	42	2.2	42	84	3	125	25	11	31	31	1.92
14939309--14939373	20	3.2	20	64	23	53	26	10	33	29	1.90
14939479--14939560	10	8.4	10	71	23	59	78	0	1	20	0.83
14939482--14939555	18	3.9	18	75	20	71	78	0	1	20	0.83
14939480--14939560	7	13.3	6	86	13	73	79	0	1	19	0.81
14939490--14939560	12	5.6	13	75	21	71	78	0	1	19	0.82
14943265--14943312	20	2.5	20	86	3	62	64	2	6	27	1.28
14949558--14949594	17	2.2	17	95	0	65	24	5	10	59	1.52
14950508--14950702	97	2.0	98	90	1	311	26	19	12	41	1.87
14951778--14951820	20	2.0	22	86	8	63	53	4	6	34	1.49
14952047--14952077	13	2.3	14	94	5	55	51	6	0	41	1.27
14952113--14952158	22	2.0	23	84	12	60	67	2	0	30	1.03
14953209--14953279	22	3.2	22	88	4	99	8	4	53	33	1.51
14953870--14953908	20	2.1	19	85	9	53	51	17	28	2	1.59
14955835--14955875	20	2.0	20	100	0	82	34	31	4	29	1.79
14961130--14961207	31	2.6	32	80	10	92	60	2	0	37	1.11
14961130--14961193	23	2.9	23	71	15	64	62	1	0	35	1.05
14963531--14963591	28	2.2	28	100	0	122	59	13	3	24	1.49
14964428--14964462	18	1.9	18	88	0	52	42	5	8	42	1.59
14973397--14973445	17	2.9	16	80	20	55	75	4	4	16	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14973389--14973447	5	10.6	5	76	20	55	76	5	3	15	1.10
14973389--14973447	11	5.2	11	81	6	73	76	5	3	15	1.10
14975089--14975162	11	7.3	10	73	23	66	68	2	0	28	1.03
14975107--14975169	8	8.1	8	75	22	55	68	1	0	30	0.99
14975081--14975162	35	2.4	33	82	11	103	69	3	0	26	1.05
14976464--14976498	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
14978309--14978361	17	3.0	18	75	13	56	39	15	3	41	1.65
14989135--14989196	21	3.0	21	86	4	74	40	20	24	14	1.90
14990874--14990904	12	2.7	11	90	9	53	22	0	6	70	1.09
14990882--14990944	30	2.1	30	87	0	90	23	1	15	58	1.46
14998791--14998836	15	3.1	15	78	6	58	56	8	8	26	1.58
15010275--15010337	27	2.3	29	76	13	71	52	4	3	39	1.38
15010971--15011053	26	3.1	26	84	6	96	42	2	2	53	1.27
15018155--15018279	64	1.9	65	93	1	216	56	4	3	35	1.36
15023210--15023248	12	3.3	12	89	7	62	38	0	0	61	0.96
15023214--15023249	11	3.2	11	92	4	54	38	0	0	61	0.96
15035393--15035455	29	2.2	28	81	13	74	28	9	0	61	1.27
15035362--15035522	43	3.7	43	76	11	123	27	8	1	63	1.30
15035422--15035467	15	2.9	15	90	6	65	26	6	0	67	1.15
15037807--15037868	32	1.9	32	96	0	115	29	9	22	38	1.86
15038492--15038552	30	2.0	30	100	0	122	37	22	0	39	1.55
15043756--15043804	23	2.0	23	84	15	62	61	4	0	34	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15044547--15044606	30	2.0	30	86	3	84	35	8	8	48	1.63
15045539--15045583	20	2.3	20	88	11	67	33	2	2	62	1.20
15059178--15059203	5	5.2	5	100	0	52	42	57	0	0	0.98
15059229--15059269	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
15059232--15059271	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
15059289--15059356	9	7.6	9	80	6	66	30	7	17	44	1.76
15064508--15064729	110	2.0	112	88	5	335	35	6	7	51	1.55
15064784--15064827	20	2.1	21	91	4	72	15	2	4	77	1.04
15073015--15073052	17	2.2	17	86	9	51	52	0	2	44	1.14
15073025--15073069	23	1.9	24	90	4	74	60	0	2	37	1.09
15073412--15073461	15	3.3	15	78	10	66	58	4	2	36	1.29
15073412--15073469	15	3.9	14	78	13	62	55	5	1	37	1.33
15073402--15073468	30	2.2	30	94	0	116	56	4	2	35	1.35
15073977--15074048	36	2.0	36	83	2	90	51	4	6	37	1.48
15075152--15075195	2	22.0	2	95	0	79	47	0	2	50	1.13
15078038--15078067	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
15082107--15082162	29	1.9	29	89	7	87	51	7	16	25	1.69
15085531--15085863	131	2.6	128	85	4	420	34	19	17	28	1.95
15086518--15086542	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
15089458--15089576	46	2.6	45	90	5	193	25	31	8	34	1.86
15089593--15089667	22	3.3	22	67	17	62	25	28	13	33	1.93
15089590--15089834	47	5.2	47	92	0	400	26	27	10	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15089550--15089834	141	2.0	140	87	2	410	27	27	10	35	1.89
15089615--15089835	25	9.3	25	61	18	87	28	27	9	34	1.89
15093821--15093889	27	2.5	28	88	6	106	60	4	2	31	1.31
15105401--15105437	17	2.1	17	90	10	56	48	0	0	51	1.00
15105398--15105437	18	2.2	20	82	17	59	47	0	0	52	1.00
15105639--15105682	13	3.5	13	78	12	56	54	0	0	45	0.99
15105640--15105712	24	3.1	23	75	16	69	57	0	1	41	1.07
15115678--15115765	44	2.0	44	100	0	176	36	11	11	40	1.77
15117659--15117714	19	3.0	18	78	19	53	48	21	7	23	1.74
15118844--15119226	203	1.9	203	96	0	712	29	24	19	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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