genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.238.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70095054--70095156	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
70102852--70102954	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
70104897--70104928	11	2.9	11	95	0	55	25	9	3	62	1.40
70110531--70110614	44	1.9	44	82	4	107	36	11	23	27	1.90
70110618--70110737	47	2.5	49	78	9	140	35	19	21	23	1.96
70110769--70110954	55	3.4	54	80	5	214	36	17	24	22	1.95
70132889--70133306	208	2.0	208	99	0	827	27	25	15	31	1.96
70136612--70136676	30	2.2	30	80	5	69	63	9	1	26	1.34
70140675--70140713	14	2.6	16	88	12	64	25	0	0	74	0.82
70140677--70140710	15	2.3	15	95	5	61	23	0	0	76	0.79
70140677--70140721	23	2.0	23	82	8	56	24	4	0	71	1.05
70142544--70142568	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
70148261--70148291	16	1.9	16	93	0	53	41	0	3	54	1.16
70162904--70163055	73	2.1	73	100	0	304	25	19	21	33	1.97
70164152--70164249	24	4.0	24	86	6	135	38	5	35	20	1.75
70164152--70164249	48	2.0	49	90	2	153	38	5	35	20	1.75
70165077--70165116	16	2.3	18	84	16	50	32	0	30	37	1.58
70165813--70165893	33	2.4	34	77	8	94	28	18	23	29	1.98
70165813--70165905	32	2.8	31	73	9	78	25	20	25	27	1.99
70173577--70173758	40	4.6	40	79	8	176	24	24	28	23	2.00
70173577--70173758	78	2.3	80	82	6	210	24	24	28	23	2.00
70175252--70175349	24	4.0	25	93	4	157	34	6	38	20	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70176967--70177059	32	2.8	31	73	9	78	25	20	24	29	1.99
70177080--70177147	34	2.0	34	100	0	136	17	17	23	41	1.90
70179231--70179332	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
70187114--70187215	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
70200845--70200965	42	2.8	42	79	7	111	28	26	19	25	1.99
70200845--70201002	43	3.7	42	78	8	151	26	27	20	24	1.99
70200845--70201003	85	1.9	85	82	5	205	27	27	20	24	1.99
70203059--70203107	21	2.3	21	78	0	53	32	32	14	20	1.92
70204198--70204271	34	2.1	34	95	2	130	40	12	21	25	1.88
70215450--70215667	40	5.5	40	92	2	343	23	23	27	24	2.00
70217626--70217921	43	6.9	43	90	0	450	31	32	24	12	1.92
70217914--70218037	38	3.2	38	80	2	122	25	27	25	22	2.00
70219917--70220066	41	3.6	41	77	10	162	22	22	28	27	1.99
70219897--70220066	41	4.2	40	74	18	161	22	22	27	27	1.99
70227839--70227985	41	3.6	42	76	14	139	23	22	27	26	1.99
70233704--70233728	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
70234752--70234905	43	3.6	43	74	15	133	32	24	17	25	1.97
70237690--70237753	27	2.3	27	81	7	67	31	12	9	46	1.73
70237702--70237761	27	2.2	27	79	8	68	31	10	8	50	1.66
70241012--70241071	25	2.4	24	76	15	59	61	1	26	10	1.37
70242694--70242766	28	2.6	28	80	6	78	31	8	9	50	1.64
70252315--70252371	26	2.2	26	83	3	69	26	17	19	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70253589--70253637	16	3.0	16	74	14	55	67	0	28	4	1.09
70254562--70254627	25	2.6	25	80	9	71	53	7	1	37	1.39
70256987--70257037	26	2.0	26	84	0	66	27	15	17	39	1.90
70256987--70257043	26	2.2	26	80	3	60	28	19	15	36	1.92
70261757--70261788	5	6.2	5	92	7	55	78	0	21	0	0.76
70261738--70261788	15	3.2	16	80	8	59	70	0	25	3	1.04
70266214--70266247	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
70268109--70268205	38	2.4	39	84	8	108	42	18	6	32	1.75
70268132--70268204	38	1.9	38	100	0	146	43	15	8	32	1.76
70272651--70272748	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
70280321--70280418	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
70288163--70288287	27	4.6	27	87	4	180	28	20	8	41	1.82
70288184--70288314	54	2.4	54	85	3	174	31	20	8	39	1.82
70288164--70288312	81	1.8	81	81	5	185	31	19	8	40	1.82
70288265--70288592	54	6.1	54	73	11	233	39	20	8	31	1.83
70288279--70288482	80	2.6	81	83	6	222	40	21	8	29	1.83
70288335--70288480	51	2.8	52	85	6	163	39	21	9	30	1.85
70288333--70288497	78	2.1	78	83	8	201	40	20	9	30	1.83
70288238--70288571	27	12.4	27	75	9	166	38	20	8	32	1.83
70288274--70288574	134	2.3	131	77	8	293	39	19	8	31	1.82
70288636--70288715	27	3.0	28	90	3	87	31	20	26	22	1.98
70289522--70289640	25	4.8	25	92	1	195	26	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70289859--70290032	31	5.6	31	93	2	269	29	17	24	28	1.97
70289860--70290028	93	1.8	93	94	0	302	28	17	24	28	1.98
70289860--70290030	62	2.8	62	94	0	306	28	17	25	29	1.97
70291343--70291380	15	2.5	15	100	0	76	18	18	7	55	1.66
70295462--70295652	60	3.2	60	72	3	177	23	28	11	36	1.90
70295491--70295655	30	5.5	30	77	8	129	26	27	10	35	1.90
70306914--70307049	29	4.7	29	85	3	148	25	30	14	29	1.95
70306889--70307040	58	2.6	58	78	0	151	25	33	14	26	1.94
70306929--70307048	58	2.1	58	87	0	168	23	29	15	32	1.95
70307693--70307987	143	2.1	141	97	1	554	38	28	10	21	1.87
70311149--70311187	20	1.9	21	89	5	62	48	10	0	41	1.37
70318828--70319412	123	4.8	123	97	0	1080	29	11	25	33	1.90
70319381--70319522	40	3.5	40	86	0	176	27	21	24	26	1.99
70319509--70319534	12	2.2	12	100	0	52	34	30	23	11	1.90
70319469--70319574	52	2.0	52	94	0	185	26	23	26	23	2.00
70326667--70327247	122	4.8	123	95	1	1037	30	10	25	34	1.89
70327251--70327447	38	5.2	39	81	9	212	24	19	28	27	1.99
70327287--70327419	37	3.6	36	83	10	155	27	20	25	27	1.99
70327251--70327447	75	2.6	75	83	7	222	24	19	28	27	1.99
70332775--70333116	48	7.1	48	97	0	648	35	6	26	31	1.81
70333264--70333371	37	2.9	37	94	1	182	23	19	30	26	1.98
70335332--70335533	39	5.1	39	75	14	139	24	19	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70342596--70343179	123	4.8	123	97	0	1071	30	10	25	34	1.89
70343148--70343388	40	6.1	40	82	5	249	24	21	26	27	1.99
70343182--70343365	77	2.3	78	86	4	255	26	21	26	26	2.00
70346294--70346470	50	3.7	48	80	10	184	27	20	28	22	1.99
70350763--70350804	22	1.9	22	85	9	59	33	0	35	30	1.58
70353259--70353382	62	2.0	62	96	0	230	30	14	24	30	1.95
70358503--70358554	25	2.1	25	92	0	86	38	13	9	38	1.77
70365272--70365416	20	7.2	20	90	0	209	13	21	26	39	1.90
70365274--70365439	40	4.2	38	81	10	163	13	22	24	39	1.90
70370467--70370491	12	2.1	12	100	0	50	52	0	32	16	1.44
70376442--70376498	30	1.9	30	88	0	87	21	28	28	22	1.99
70379286--70379492	40	5.2	40	82	3	220	24	26	23	26	2.00
70388683--70388713	16	1.9	16	93	0	53	87	3	9	0	0.66
70389826--70389926	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
70389855--70389930	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
70397708--70397808	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
70397737--70397812	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
70400724--70400901	46	3.8	46	79	10	218	29	28	20	21	1.98
70400731--70400902	93	1.8	93	94	0	308	28	28	20	22	1.99
70404523--70404876	49	7.4	49	92	3	596	30	29	7	31	1.86
70404523--70404873	96	3.6	96	95	3	609	30	29	7	31	1.86
70410218--70410318	29	3.5	29	84	0	148	29	12	26	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70416486--70416699	40	5.4	40	85	3	247	25	28	22	23	1.99
70416486--70416699	80	2.7	79	87	5	281	25	28	22	23	1.99
70423563--70423604	21	2.0	22	85	4	59	16	35	28	19	1.93
70429118--70429232	25	4.6	25	78	8	110	36	20	20	21	1.95
70429109--70429244	25	5.3	26	76	4	100	38	21	21	19	1.94
70429502--70429566	13	5.3	13	67	14	57	44	20	1	33	1.61
70429499--70429566	24	2.8	24	95	0	127	44	19	1	35	1.60
70429499--70429574	24	3.2	23	82	17	93	43	18	1	36	1.59
70434174--70434275	29	3.5	28	81	5	114	28	33	16	21	1.95
70437867--70437919	26	2.1	25	85	3	70	20	13	20	45	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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