Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  343  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102083027--102083197
93
1.8
93
89
0
270
29
29
19
21
1.98
102084627--102084680
21
2.6
21
90
0
81
25
27
29
16
1.97
102090950--102090996
15
3.1
15
84
9
60
34
4
2
59
1.29
102091024--102091049
13
2.0
13
100
0
52
38
7
7
46
1.61
102095095--102095254
86
1.9
87
97
1
304
54
5
1
39
1.30
102095513--102095565
26
2.0
26
85
7
72
35
3
3
56
1.35
102096951--102096976
13
2.0
13
100
0
52
15
30
7
46
1.74
102100273--102100330
30
1.9
30
96
0
107
18
22
32
25
1.97
102100858--102100992
66
2.0
66
97
0
252
30
14
12
42
1.82
102103446--102103490
23
2.0
23
86
8
65
37
0
0
62
0.96
102108579--102108669
37
2.5
37
85
5
114
16
10
29
42
1.82
102112139--102112231
31
3.1
31
80
7
102
25
12
16
45
1.83
102112143--102112276
60
2.2
59
83
10
157
28
13
14
44
1.83
102112636--102112677
18
2.2
20
87
8
61
71
2
2
23
1.10
102112741--102112785
19
2.3
20
80
7
56
66
0
6
26
1.16
102112759--102112791
11
3.1
11
91
4
50
63
0
3
33
1.10
102112883--102112976
35
2.8
33
75
22
88
42
1
5
51
1.31
102113102--102113160
20
3.0
20
82
5
75
37
0
0
62
0.95
102119415--102119440
6
4.3
6
100
0
52
46
0
34
19
1.50
102123301--102123330
8
3.6
8
95
4
51
13
3
0
83
0.77
102124871--102124908
16
2.2
18
81
13
53
26
0
2
71
1.00
102124877--102124918
16
2.6
16
85
10
59
33
0
2
64
1.07
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102132901--102132939
12
3.2
12
92
3
60
87
0
12
0
0.55
102133760--102133803
4
11.0
4
100
0
88
25
25
0
50
1.50
102133801--102133825
2
12.5
2
100
0
50
48
0
0
52
1.00
102136096--102136133
9
4.6
9
87
12
55
78
0
0
21
0.74
102136098--102136133
8
4.5
8
92
0
63
80
0
0
19
0.71
102138389--102138442
25
2.2
26
78
15
62
38
1
1
57
1.20
102139494--102139579
43
2.0
43
97
0
163
50
6
12
30
1.67
102139490--102139569
25
3.5
24
66
23
66
52
6
12
28
1.63
102143547--102143750
48
4.2
48
81
0
210
28
21
17
32
1.96
102143547--102143750
96
2.1
96
84
0
255
28
21
17
32
1.96
102144390--102144503
55
2.0
55
84
3
147
21
21
29
26
1.99
102145768--102145816
25
2.0
25
92
4
82
18
24
4
53
1.62
102145784--102145887
41
2.5
41
85
1
154
22
23
4
50
1.68
102146811--102146885
24
3.1
24
84
1
87
20
25
5
49
1.69
102146854--102146952
41
2.5
40
86
3
135
21
24
6
48
1.72
102147237--102147304
33
2.1
33
97
0
127
41
8
7
42
1.64
102147242--102147313
33
2.3
32
88
7
103
44
9
5
40
1.61
102147568--102147617
25
2.0
24
81
11
57
44
18
0
38
1.50
102152111--102152233
45
2.7
45
89
0
183
35
15
20
28
1.93
102152623--102152654
15
2.1
15
100
0
64
12
25
15
46
1.81
102154698--102154942
122
2.0
123
95
2
449
37
18
18
25
1.94
102159037--102159068
13
2.5
13
89
0
55
56
9
3
31
1.47
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102163354--102163570
113
1.9
113
93
0
371
47
11
24
15
1.79
102163450--102163495
21
2.2
21
92
3
76
65
2
21
10
1.35
102170248--102170296
15
3.3
15
78
13
57
40
0
0
59
0.98
102188195--102188222
14
2.0
14
100
0
56
42
0
0
57
0.99
102188324--102188363
21
1.9
21
89
0
62
37
0
0
62
0.95
102188363--102188405
23
1.9
23
85
4
61
32
6
4
55
1.47
102188730--102188777
25
1.9
25
82
0
60
31
2
12
54
1.49
102189014--102189052
3
13.3
3
83
5
53
25
0
0
74
0.82
102192736--102192776
21
2.1
19
86
9
55
31
0
17
51
1.46
102194895--102194937
22
2.0
22
85
0
59
20
16
25
37
1.93
102200328--102200358
12
2.6
12
94
0
53
74
0
25
0
0.82
102201429--102201469
18
2.3
18
87
8
57
48
0
21
29
1.50
102201956--102201993
20
1.9
20
84
10
51
47
0
10
42
1.38
102202165--102202204
16
2.3
19
79
12
50
40
2
7
50
1.44
102202899--102202941
22
2.0
22
85
0
59
20
16
25
37
1.93
102205694--102205735
21
2.0
21
100
0
84
57
4
4
33
1.41
102211336--102211367
1
32.0
1
93
0
55
0
3
0
96
0.20
102218407--102218535
51
2.5
51
80
0
168
38
5
13
42
1.67
102223607--102223731
51
2.5
51
81
0
169
37
5
13
43
1.68
102226418--102226479
21
3.2
20
75
13
58
32
0
3
64
1.09
102226438--102226514
9
8.9
8
74
17
57
28
0
1
70
0.96
102226400--102226514
37
3.2
35
77
13
103
29
0
3
66
1.14
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102226415--102226478
19
3.4
19
68
20
53
34
0
3
62
1.11
102227853--102227883
15
2.1
14
94
5
53
0
9
0
90
0.46
102227949--102227987
14
2.8
14
88
0
51
41
10
17
30
1.83
102228501--102228537
16
2.3
16
86
13
58
40
0
0
59
0.97
102234731--102234865
69
2.0
69
87
0
198
30
12
20
37
1.89
102236664--102236705
19
2.2
20
86
4
59
50
2
0
47
1.14
102240230--102240264
14
2.5
14
85
0
52
22
0
0
77
0.78
102240969--102240995
6
4.5
6
100
0
54
85
0
0
14
0.61
102241013--102241062
9
5.6
9
87
0
73
28
8
20
44
1.79
102249672--102249697
12
2.2
12
100
0
52
15
0
0
84
0.62
102255634--102255659
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
102256706--102256747
22
1.9
22
85
9
59
35
11
2
50
1.52
102264718--102264752
3
11.7
3
100
0
70
34
0
0
65
0.93
102276375--102276421
22
2.3
20
79
13
51
25
8
2
63
1.34
102282336--102282403
34
2.0
34
94
0
118
50
8
14
26
1.72
102294119--102294165
23
2.0
24
84
12
62
27
0
4
68
1.08
102294304--102294351
23
2.0
26
84
12
66
18
4
6
70
1.25
102297338--102297403
32
2.0
34
82
8
82
39
0
0
60
0.97
102297362--102297431
27
2.5
28
77
15
65
35
1
1
61
1.14
102300315--102300410
48
2.0
48
100
0
192
35
14
20
29
1.93
102303823--102303875
25
2.1
25
89
0
79
39
0
5
54
1.24
102307141--102307172
15
2.1
15
94
0
55
31
15
0
53
1.43
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102307233--102307277
19
2.3
20
84
3
65
60
0
0
40
0.97
102308298--102308336
4
9.8
4
94
0
69
23
2
25
48
1.63
102310115--102310144
2
15.0
2
92
0
51
46
0
3
50
1.18
102316992--102317045
21
2.5
21
90
3
81
62
1
0
35
1.06
102323222--102323256
18
1.9
18
94
0
61
45
11
14
28
1.79
102324287--102324330
24
1.9
24
81
9
56
47
4
0
47
1.22
102326713--102326747
17
1.9
18
88
11
54
65
5
5
22
1.36
102342124--102342295
75
2.4
75
83
8
205
32
11
23
33
1.90
102342127--102342293
35
4.6
35
84
9
167
32
11
23
32
1.90
102342223--102342293
36
2.0
35
88
2
106
33
14
21
30
1.92
102345613--102345763
53
2.8
53
86
4
196
29
26
16
27
1.97
102347198--102347252
22
2.5
22
80
11
60
32
3
1
61
1.24
102347211--102347270
22
2.8
22
80
12
54
31
3
3
61
1.28
102347380--102347416
12
2.9
12
92
8
56
43
0
5
51
1.24
102347612--102347684
27
2.8
25
83
8
83
35
8
4
52
1.51
102347612--102347773
25
6.6
24
69
19
86
38
5
3
52
1.43
102347627--102347774
23
6.2
24
72
17
85
38
4
4
52
1.41
102347701--102347765
2
35.0
2
76
14
59
43
1
3
52
1.26
102347680--102347765
13
7.2
13
69
19
62
40
3
3
52
1.35
102347985--102348045
20
2.9
22
83
9
74
32
3
4
59
1.35
102348001--102348047
24
2.0
22
88
8
67
34
0
4
61
1.15
102348085--102348145
24
2.7
22
80
7
59
37
6
4
50
1.50
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
102348210--102348300
25
3.5
25
80
5
101
31
7
5
54
1.52
102354720--102354765
18
2.6
18
78
0
56
30
32
30
6
1.83
102357098--102357135
20
1.9
20
94
0
67
34
5
28
31
1.80
102359795--102359830
14
2.6
14
90
0
54
47
0
0
52
1.00
102359795--102359828
15
2.3
15
90
10
52
44
0
0
55
0.99
102369967--102369998
16
2.0
16
100
0
64
25
18
6
50
1.70
102378309--102378349
20
2.0
21
85
4
57
29
2
7
60
1.36
102380052--102380076
2
12.5
2
100
0
50
52
0
0
48
1.00
102382452--102382507
18
2.9
19
73
26
55
48
0
1
50
1.11
102382577--102382634
15
3.5
15
70
20
53
51
1
0
46
1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345