genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64149139--64149298	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
64160553--64160583	16	1.9	16	93	0	53	80	0	16	3	0.83
64161214--64161272	10	5.9	10	80	7	75	22	10	1	66	1.31
64164470--64164514	22	2.0	24	86	8	67	37	13	2	46	1.55
64166327--64166374	20	2.4	19	79	6	51	37	10	6	45	1.64
64168771--64168842	27	2.7	27	86	0	90	31	12	23	31	1.92
64168780--64168854	27	2.8	28	75	15	77	30	14	24	30	1.95
64174209--64174273	32	2.0	32	96	0	121	36	0	20	43	1.52
64174950--64175102	27	5.7	27	75	9	127	33	11	26	28	1.91
64174950--64175085	27	5.1	27	78	7	136	36	11	25	27	1.90
64174950--64175085	53	2.5	53	82	8	152	36	11	25	27	1.90
64174951--64175103	54	2.9	53	82	3	148	33	11	26	28	1.90
64179132--64179231	52	1.9	52	84	10	132	46	9	2	43	1.46
64181997--64182073	40	1.9	40	81	5	93	42	7	0	49	1.31
64185095--64185195	50	2.0	52	86	7	145	42	1	8	46	1.46
64186787--64187096	63	4.9	63	74	9	215	34	28	6	30	1.83
64186819--64187096	126	2.2	126	79	6	278	34	28	7	29	1.84
64186819--64187110	63	4.7	61	80	3	226	34	28	7	30	1.84
64189104--64189147	16	2.7	16	85	3	61	43	25	0	31	1.55
64189335--64189545	117	1.8	117	85	0	296	23	9	24	43	1.82
64190413--64190513	51	2.0	51	88	0	148	31	8	24	34	1.86
64194758--64194806	20	2.7	18	77	22	57	51	4	2	42	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64199139--64199208	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
64207105--64207174	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
64210453--64210494	22	2.0	21	85	4	57	11	42	26	19	1.85
64211631--64211680	24	2.2	23	82	10	59	52	2	4	42	1.31
64211739--64211772	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
64214105--64214134	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
64219212--64219523	49	6.4	49	95	0	480	31	8	29	30	1.87
64219592--64219678	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
64230011--64230044	18	2.0	16	88	11	50	29	2	5	61	1.34
64239518--64239577	28	2.3	27	78	16	63	50	1	6	41	1.39
64240685--64240765	22	3.9	22	78	15	100	37	49	0	13	1.42
64240685--64240789	35	2.8	38	87	11	162	36	50	0	13	1.42
64245454--64245546	15	6.4	15	78	10	86	8	18	15	58	1.62
64245492--64245518	13	2.1	13	100	0	54	0	22	22	55	1.44
64247929--64248104	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
64247925--64248096	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
64250483--64250641	68	2.3	71	92	7	283	19	26	18	35	1.95
64259016--64259213	71	2.8	70	91	3	285	34	17	27	20	1.95
64259050--64259213	71	2.3	71	98	0	319	35	17	27	18	1.94
64261280--64261386	52	2.1	52	98	0	205	27	14	29	28	1.96
64276332--64276384	16	3.4	16	70	19	58	24	1	11	62	1.39
64276334--64276393	30	2.0	30	96	0	111	23	5	10	61	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64278475--64278571	2	48.5	2	100	0	194	0	50	0	49	1.00
64279810--64279870	32	1.9	32	96	0	113	37	6	13	42	1.70
64284783--64284822	19	2.1	19	95	0	71	22	22	32	22	1.98
64286971--64287006	18	2.0	18	94	0	63	30	0	0	69	0.89
64296629--64296676	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
64296817--64297038	115	1.9	114	87	0	318	34	14	13	37	1.86
64298919--64298964	22	2.0	23	87	4	67	30	4	32	32	1.77
64298926--64298975	23	2.2	22	85	3	64	30	2	32	36	1.69
64299583--64299696	40	2.9	40	93	1	194	49	3	17	29	1.63
64310157--64310737	205	2.8	205	96	1	1044	29	18	23	28	1.97
64311101--64311170	30	2.3	30	85	0	95	27	20	17	35	1.94
64313552--64313604	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
64319944--64319974	12	2.6	12	100	0	62	12	51	25	9	1.70
64321571--64321623	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
64323105--64323163	30	2.0	30	100	0	118	40	23	3	32	1.71
64324146--64324204	6	9.8	6	90	0	91	49	3	1	45	1.28
64324146--64324204	4	14.8	4	89	0	91	49	3	1	45	1.28
64327881--64327954	30	2.5	30	93	0	121	27	21	9	41	1.84
64339576--64339623	19	2.5	21	80	16	59	58	6	2	33	1.35
64339719--64339762	21	2.2	20	83	4	52	54	4	11	29	1.56
64339681--64339968	25	11.7	25	69	20	139	54	4	6	34	1.45
64339804--64339907	35	2.9	34	77	16	102	56	1	4	36	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64339837--64339956	13	9.3	12	66	18	55	56	2	5	35	1.34
64339785--64339870	16	5.7	15	73	18	56	56	1	4	37	1.27
64339829--64339928	38	2.6	39	82	9	116	58	2	4	36	1.29
64339829--64339969	24	6.2	23	68	14	76	55	2	4	37	1.34
64340011--64340064	23	2.5	20	80	13	54	55	7	1	35	1.39
64340090--64340124	15	2.2	16	90	5	54	62	0	2	34	1.10
64340087--64340151	34	1.9	34	84	6	87	61	0	1	36	1.05
64341692--64341790	44	2.2	46	85	5	132	31	26	16	26	1.96
64341710--64341866	44	3.5	44	82	6	149	28	27	17	26	1.98
64341974--64342339	152	2.4	153	84	8	487	32	20	18	28	1.96
64354412--64354471	21	2.9	21	74	18	63	56	6	1	35	1.35
64354558--64354601	21	2.2	20	83	4	52	54	4	11	29	1.56
64354520--64354684	25	6.7	25	73	15	123	53	4	7	33	1.50
64354643--64354763	34	3.2	36	81	11	113	56	2	4	36	1.35
64354850--64354903	23	2.5	20	80	13	54	55	7	1	35	1.39
64354929--64354963	15	2.2	16	90	5	54	62	0	2	34	1.10
64354926--64354990	34	1.9	34	84	6	87	61	0	1	36	1.05
64357312--64357352	20	2.0	20	90	0	64	41	12	17	29	1.85
64357669--64357809	63	2.3	63	82	7	180	28	30	20	20	1.98
64358123--64358161	20	2.0	20	84	0	51	17	2	5	74	1.12
64364370--64364400	14	2.2	14	100	0	62	38	0	12	48	1.42
64370946--64370995	21	2.4	20	77	9	55	34	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64376149--64376245	48	2.0	48	89	0	149	43	19	3	34	1.67
64378655--64378699	19	2.3	20	84	3	56	46	35	4	13	1.63
64380937--64381182	49	5.0	49	85	3	294	28	28	18	25	1.98
64380937--64381183	101	2.5	99	84	2	325	28	27	18	25	1.98
64383257--64383403	53	2.8	53	90	2	226	23	31	29	16	1.96
64384252--64384344	42	2.2	41	83	7	116	44	19	22	13	1.86
64388498--64388540	22	2.0	21	82	13	52	41	23	0	34	1.55
64389300--64389337	19	2.1	19	85	14	53	23	5	10	60	1.50
64393809--64393846	19	2.1	19	90	9	62	7	18	0	73	1.06
64410508--64410541	14	2.4	14	90	0	50	47	0	17	35	1.48
64413572--64413730	27	5.9	27	79	10	155	35	21	23	19	1.96
64413590--64413732	54	2.6	54	92	2	234	36	23	23	17	1.95
64415325--64415406	26	3.2	26	94	0	146	35	24	7	32	1.83
64418415--64418484	29	2.4	28	86	13	88	27	15	11	45	1.80
64436067--64436222	42	3.6	42	82	8	156	29	25	14	30	1.95
64436151--64436269	47	2.6	47	83	4	134	30	25	15	29	1.95
64436298--64436446	31	4.8	31	90	3	219	25	28	18	27	1.98
64436666--64436694	14	2.0	15	93	6	51	55	10	6	27	1.59
64441623--64441675	15	3.3	15	76	19	52	56	1	0	41	1.10
64444671--64444709	18	2.2	18	90	0	60	20	10	15	53	1.70
64445716--64445746	15	2.1	15	93	0	53	3	22	0	74	0.96
64446361--64446394	17	2.0	17	88	0	50	23	11	5	58	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64446888--64446927	18	2.2	18	86	0	53	5	2	27	65	1.27
64446955--64446992	17	2.2	18	85	4	51	34	10	10	44	1.73
64452951--64453126	46	3.8	45	80	10	203	20	21	30	28	1.98
64452947--64453119	93	1.9	93	95	0	310	20	21	30	27	1.98
64456026--64456112	45	1.9	45	86	4	122	10	16	14	58	1.62
64456024--64456103	30	2.6	31	81	11	94	12	16	13	57	1.65
64456033--64456112	15	5.4	15	81	10	85	11	16	12	60	1.60
64458500--64458673	46	3.8	46	76	8	183	20	20	29	28	1.98
64462227--64462288	30	2.1	30	100	0	124	56	12	11	19	1.66
64463363--64463525	70	2.3	71	98	1	319	19	27	17	35	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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