genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13399438--13399473	18	2.0	18	94	0	63	19	8	0	72	1.10
13399289--13399626	89	3.8	88	79	10	355	28	18	19	34	1.95
13399286--13399684	87	4.5	88	76	11	337	27	16	19	35	1.94
13400163--13400215	22	2.4	22	96	0	97	52	30	0	16	1.44
13400738--13400778	11	4.1	10	82	17	50	80	2	0	17	0.82
13402315--13402357	2	22.0	2	90	4	70	51	2	0	46	1.13
13402682--13402728	23	1.9	24	83	12	60	36	8	4	51	1.52
13402715--13402759	17	2.6	17	83	10	65	35	2	8	53	1.45
13411727--13411759	15	2.2	15	89	10	50	45	15	0	39	1.46
13415739--13415795	20	2.9	19	78	14	55	33	0	5	61	1.18
13425197--13425232	16	2.3	16	90	4	56	33	22	0	44	1.53
13435228--13435312	5	15.8	5	82	10	73	21	2	0	76	0.90
13435228--13435311	23	3.6	25	77	16	92	20	2	0	77	0.88
13435227--13435312	36	2.4	36	86	9	115	20	3	0	75	0.95
13435418--13435521	42	2.5	42	88	1	147	28	32	12	25	1.92
13436298--13436528	118	2.0	118	92	0	390	22	17	31	28	1.97
13436653--13436693	21	1.9	21	85	5	55	85	2	9	2	0.78
13436652--13436694	22	1.9	22	85	4	59	86	2	9	2	0.76
13441568--13441594	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
13444396--13444441	21	2.2	21	88	0	65	4	21	17	56	1.58
13445324--13445384	13	4.7	13	75	13	54	49	26	0	24	1.51
13448543--13448580	18	2.2	17	86	9	51	50	5	13	31	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13448889--13448917	13	2.1	14	93	6	51	34	0	0	65	0.93
13450762--13450792	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
13452961--13452994	15	2.3	15	94	0	59	38	0	14	47	1.45
13454824--13454974	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
13458904--13458968	21	3.0	21	72	2	67	30	1	1	66	1.10
13458990--13459053	21	3.1	22	78	10	64	26	0	4	68	1.09
13459016--13459075	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
13462853--13463003	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
13465505--13465549	5	8.6	5	82	7	54	42	22	0	35	1.54
13465505--13465551	15	3.0	15	82	17	60	42	23	0	34	1.54
13466219--13466247	9	3.3	9	95	4	51	0	17	0	82	0.66
13466328--13466362	8	4.4	8	92	0	61	40	0	0	60	0.97
13466322--13466364	13	3.1	13	81	18	59	39	0	0	60	0.97
13466322--13466365	16	3.0	15	87	12	65	40	0	0	59	0.98
13478839--13478871	15	2.2	15	100	0	66	6	24	6	63	1.40
13479774--13479801	8	3.5	8	100	0	56	78	0	10	10	0.96
13480018--13480083	23	2.9	22	75	6	69	59	3	3	34	1.28
13480087--13480198	47	2.4	43	78	20	104	54	5	8	32	1.52
13480173--13480309	24	5.6	25	74	13	106	55	5	6	32	1.48
13480177--13480309	50	2.7	49	79	4	126	55	5	6	33	1.47
13480251--13480352	41	2.6	39	81	9	100	57	3	4	33	1.38
13480937--13481035	51	1.9	51	95	0	180	27	20	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13482511--13482593	25	3.3	25	82	0	103	31	19	27	21	1.97
13482705--13482764	26	2.3	26	85	0	84	36	21	23	18	1.95
13482719--13482779	26	2.3	26	86	5	79	34	24	26	14	1.94
13482846--13482907	25	2.5	25	89	0	97	40	16	24	19	1.91
13483854--13483915	31	2.0	31	96	0	115	29	14	9	46	1.76
13487101--13487206	21	5.0	21	82	2	88	17	19	13	49	1.80
13487116--13487209	21	4.5	21	84	0	116	18	19	13	48	1.80
13489345--13489388	18	2.4	18	96	0	79	54	34	0	11	1.36
13490469--13490554	21	4.0	20	75	20	68	29	6	2	61	1.34
13490582--13490628	23	2.0	23	87	0	67	23	4	8	63	1.40
13495740--13495780	18	2.2	18	86	4	55	29	4	12	53	1.58
13496011--13496044	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
13499144--13499203	30	2.0	30	100	0	120	46	10	30	13	1.75
13507979--13508133	44	3.5	44	77	6	179	36	22	21	18	1.95
13507972--13508136	88	1.9	87	93	3	287	36	22	21	19	1.95
13508465--13508561	43	2.3	42	87	3	131	38	24	17	19	1.93
13509381--13509405	13	1.9	13	100	0	50	92	0	8	0	0.40
13510020--13510061	20	2.2	20	87	12	61	30	4	2	61	1.29
13510076--13510124	11	4.2	12	80	17	50	34	4	2	59	1.28
13510520--13510575	24	2.3	25	78	9	62	35	5	3	55	1.40
13510707--13510736	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
13512547--13512639	40	2.3	40	88	0	132	33	31	17	18	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13513717--13513863	40	3.7	40	92	0	240	31	27	19	21	1.97
13521382--13521608	40	5.7	40	95	0	400	32	29	18	19	1.96
13526097--13526149	27	2.0	27	88	0	79	49	5	13	32	1.65
13538137--13538287	53	2.8	53	90	6	216	26	15	27	29	1.96
13551289--13551368	42	1.9	42	92	0	133	32	13	13	40	1.84
13555189--13555220	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
13565473--13565623	53	2.8	53	88	4	205	30	27	15	25	1.96
13568990--13569132	53	2.7	53	87	2	189	27	15	26	30	1.96
13575712--13575757	23	2.0	22	83	4	56	0	19	2	78	0.86
13577356--13577384	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
13581619--13581653	15	2.2	17	90	10	56	51	0	0	48	1.00
13581644--13581682	14	2.9	14	84	3	53	61	0	0	38	0.96
13582122--13582174	3	18.3	3	92	7	92	33	0	0	66	0.92
13582124--13582185	29	2.1	29	85	5	81	40	0	1	58	1.08
13583728--13583838	47	2.4	47	83	6	145	25	17	22	35	1.95
13588863--13588895	4	8.2	4	93	0	57	72	0	24	3	0.98
13590961--13591001	14	3.2	13	83	16	50	73	0	21	4	1.02
13592309--13592340	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
13593980--13594032	19	2.7	19	88	2	61	35	1	3	58	1.27
13593987--13594131	3	48.0	3	72	10	82	33	7	1	57	1.35
13594301--13594667	3	120.7	3	68	10	140	27	7	2	61	1.38
13599129--13599296	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13599124--13599296	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
13601758--13601834	12	6.7	12	69	25	51	50	1	1	46	1.17
13602141--13602184	22	2.0	23	90	4	72	45	2	2	50	1.27
13605488--13605535	24	2.0	24	100	0	96	20	8	25	45	1.79
13611389--13611422	12	2.8	12	90	0	59	8	26	41	23	1.83
13613280--13613349	25	2.8	25	95	0	122	34	20	22	22	1.97
13619019--13619044	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13623511--13623549	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
13625177--13625206	12	2.5	12	94	0	51	16	0	0	83	0.65
13625668--13625720	20	2.5	22	81	6	65	49	3	0	47	1.19
13632746--13632786	16	2.7	15	85	7	57	53	2	0	43	1.13
13633621--13633706	22	3.8	22	77	11	84	43	17	20	18	1.89
13633640--13633719	25	3.3	25	87	5	103	41	17	22	18	1.90
13636948--13636983	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
13636935--13636975	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
13637098--13637232	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
13637471--13637509	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
13638825--13638877	5	10.0	5	80	11	61	56	1	0	41	1.10
13638824--13638879	12	4.5	12	81	16	69	55	1	0	42	1.10
13643386--13643421	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
13643373--13643413	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
13643536--13643670	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13643910--13643948	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
13643941--13643965	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
13645265--13645308	5	8.4	5	87	7	61	59	2	0	38	1.10
13645264--13645319	8	6.7	9	73	22	59	55	1	0	42	1.10
13645266--13645317	26	2.0	27	92	3	88	55	1	0	42	1.10
13645816--13645840	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
13646040--13646091	25	2.1	26	82	13	65	25	7	5	61	1.45
13660427--13660544	43	2.8	43	80	3	123	22	16	27	33	1.96
13663131--13663162	16	2.0	16	100	0	64	31	6	18	43	1.75
13663607--13663634	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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