genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.215.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62145190--62145299	26	4.2	26	97	0	193	35	24	6	33	1.81
62145985--62146118	43	3.1	43	91	4	225	25	32	20	22	1.98
62145985--62146137	43	3.6	43	90	0	216	25	30	19	24	1.98
62149775--62149803	14	2.1	14	100	0	58	37	13	27	20	1.91
62150453--62150549	39	2.5	39	81	5	108	25	29	24	19	1.98
62150486--62150637	78	1.9	78	82	5	191	26	30	21	21	1.98
62150520--62150637	39	3.0	39	92	0	191	27	31	20	21	1.98
62151085--62151117	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
62152573--62152611	20	2.0	20	85	10	53	33	7	0	58	1.26
62155769--62155797	15	2.0	15	93	6	51	20	13	6	58	1.58
62158635--62158825	55	3.5	54	84	6	235	21	24	18	35	1.95
62158810--62158931	47	2.6	47	93	0	208	27	23	13	36	1.92
62166093--62166296	40	5.1	40	90	2	295	25	29	23	21	1.99
62168529--62168720	40	4.8	39	79	6	172	23	22	29	24	1.99
62168529--62168720	79	2.4	81	81	6	214	23	22	29	24	1.99
62168529--62168746	79	2.7	77	78	8	188	23	22	28	25	1.99
62170774--62170812	6	6.5	6	85	8	53	0	12	0	87	0.55
62170780--62170812	17	1.9	17	93	0	57	0	12	0	87	0.53
62177396--62177595	40	5.0	40	90	3	289	26	29	22	22	1.99
62178851--62178886	18	2.1	18	89	5	56	0	19	0	80	0.71
62182338--62182474	73	1.9	73	84	3	186	27	24	23	24	2.00
62187937--62188059	61	2.0	61	100	0	246	43	13	16	26	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62189037--62189481	49	9.0	49	96	1	755	34	8	27	29	1.87
62189564--62189650	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
62194304--62194445	42	3.3	42	86	4	187	24	16	25	33	1.95
62206005--62206148	39	3.7	39	88	0	207	29	27	21	20	1.98
62209877--62210040	40	4.1	40	79	6	179	24	21	28	25	1.99
62211702--62211741	17	2.3	18	91	4	64	25	5	7	62	1.42
62212368--62212526	42	3.7	43	80	12	166	22	16	27	33	1.96
62212362--62212526	43	3.9	42	82	9	190	22	16	26	34	1.95
62220572--62220789	40	5.5	40	88	2	307	24	22	27	25	2.00
62227232--62227452	40	5.6	40	89	3	322	22	22	27	28	1.99
62230246--62230288	21	2.0	21	100	0	86	44	18	13	23	1.86
62232498--62232620	37	3.3	37	98	0	237	23	31	19	25	1.98
62232665--62233126	48	9.6	48	99	0	897	31	27	8	33	1.86
62234635--62234659	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62236784--62237047	40	6.6	40	96	0	476	26	28	21	24	1.99
62236936--62237164	40	5.7	40	84	4	142	27	27	20	24	1.99
62236784--62237161	120	3.2	119	86	4	388	26	28	20	24	1.99
62239077--62239198	37	3.3	37	96	2	228	23	31	18	25	1.97
62239243--62239560	48	6.6	48	97	0	600	31	27	8	33	1.86
62241066--62241090	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62247181--62247361	46	3.9	46	80	9	224	21	21	29	27	1.99
62247183--62247353	93	1.8	93	94	0	306	21	22	29	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62250504--62250708	40	4.8	40	82	12	248	26	28	23	21	1.99
62250537--62250637	51	2.0	51	96	0	184	27	28	25	17	1.98
62250504--62250677	91	1.9	91	93	0	303	27	28	24	19	1.99
62260032--62260088	26	2.2	26	80	3	60	28	19	19	33	1.96
62262890--62263019	29	4.5	29	93	4	210	26	25	13	33	1.94
62262890--62263019	59	2.2	57	93	5	217	26	25	13	33	1.94
62271667--62271833	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
62285188--62285439	48	5.2	48	76	4	222	23	29	19	27	1.98
62285186--62285409	96	2.3	96	83	3	279	24	29	18	27	1.98
62285188--62285435	96	2.6	95	79	8	261	24	29	18	27	1.98
62289723--62289852	46	2.8	47	86	8	151	28	28	21	21	1.99
62290278--62290337	30	2.0	30	87	6	86	28	25	6	40	1.80
62294566--62294591	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
62298066--62298392	48	6.8	48	73	8	211	25	28	18	28	1.98
62298066--62298393	96	3.4	96	78	1	300	25	28	18	28	1.98
62298066--62298396	144	2.3	143	80	3	344	25	28	18	28	1.98
62309032--62309060	13	2.2	13	100	0	58	6	0	27	65	1.18
62316251--62316332	42	2.0	42	82	0	101	35	21	14	28	1.93
62332545--62332599	22	2.7	21	80	8	69	27	3	5	63	1.33
62332553--62332670	21	5.9	19	68	19	62	36	2	2	58	1.25
62332682--62332814	18	7.6	18	71	9	105	43	9	1	45	1.46
62332682--62332809	53	2.5	51	88	5	186	44	10	1	43	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62332682--62332814	51	2.6	52	89	4	198	43	9	1	45	1.46
62343142--62343239	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62350812--62350909	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
62354343--62354407	31	2.1	31	97	0	121	40	20	10	29	1.86
62359429--62359593	40	4.2	39	80	6	174	23	27	22	26	2.00
62374692--62374924	39	6.0	39	94	0	403	21	24	29	24	1.99
62380798--62380985	49	3.8	49	82	2	250	26	19	26	28	1.99
62380793--62380980	100	1.9	100	96	0	349	25	20	26	28	1.99
62383399--62383444	19	2.4	19	85	7	58	26	19	10	43	1.84
62384437--62384461	12	2.1	12	100	0	50	28	8	24	40	1.83
62384643--62384721	38	2.1	38	100	0	158	31	16	12	39	1.86
62386564--62386623	18	3.3	18	75	15	61	35	3	0	61	1.12
62386593--62386695	43	2.4	42	76	15	104	35	3	0	59	1.23
62393978--62394168	96	2.0	97	97	2	366	32	8	28	30	1.86
62393978--62394168	49	3.9	49	97	2	368	32	8	28	30	1.86
62394003--62394297	98	3.1	98	83	8	297	32	7	28	30	1.85
62394182--62394311	48	2.7	48	91	0	206	34	7	27	30	1.85
62394351--62394476	36	3.4	37	92	5	202	24	17	31	26	1.97
62396298--62396609	40	7.8	40	97	0	552	25	19	27	26	1.99
62397355--62397436	40	2.1	39	86	2	110	25	24	29	20	1.99
62400388--62400575	96	1.9	97	97	2	360	32	8	28	29	1.87
62400388--62400575	49	3.9	49	98	1	362	32	8	28	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62400410--62400704	98	3.1	98	83	8	297	32	7	28	30	1.85
62400589--62400718	48	2.7	48	91	0	206	34	7	27	30	1.85
62400758--62400884	37	3.4	37	95	2	220	24	18	31	25	1.97
62404917--62405070	83	1.9	83	100	0	308	29	24	7	39	1.81
62406399--62406469	29	2.5	29	93	4	119	26	15	30	26	1.96
62406399--62406529	56	2.3	56	80	5	129	24	17	33	24	1.96
62414268--62414399	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
62418262--62418315	27	2.0	27	85	0	72	48	12	0	38	1.42
62423614--62423883	48	5.8	48	80	6	258	27	23	22	26	2.00
62423733--62423849	43	2.7	43	93	0	189	27	23	21	27	1.99
62430995--62431126	29	4.6	29	81	1	131	24	32	17	25	1.97
62438781--62438853	28	2.6	28	93	2	128	26	31	15	27	1.95
62438723--62438853	29	4.6	29	81	2	131	24	32	17	25	1.97
62442413--62442560	48	3.1	48	83	0	179	25	23	22	27	2.00
62446741--62446901	88	1.8	87	95	1	295	38	14	22	24	1.91
62446741--62446901	29	5.5	29	97	1	295	38	14	22	24	1.91
62455495--62455605	40	2.8	39	83	6	134	23	23	28	24	1.99
62455495--62455645	40	3.8	39	79	8	128	23	23	28	25	1.99
62463318--62463358	18	2.2	20	86	8	59	21	0	12	65	1.25
62469073--62469122	25	2.0	25	100	0	100	32	16	4	48	1.64
62475921--62475946	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
62479118--62479218	45	2.2	45	83	0	121	25	15	15	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62482431--62482525	26	3.6	27	77	5	95	58	1	7	32	1.32
62482431--62482541	54	2.1	52	83	3	132	59	3	6	30	1.39
62482558--62482765	26	8.3	25	73	12	126	60	3	5	30	1.37
62485319--62485429	52	2.1	53	93	3	188	29	17	12	40	1.86
62487300--62487356	21	2.6	21	86	5	69	66	3	0	29	1.08
62495266--62495473	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
62495266--62495471	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
62507850--62508055	38	5.4	38	75	2	189	45	22	15	16	1.85
62514316--62514528	46	4.6	46	77	12	184	27	19	29	23	1.98
62514515--62514618	44	2.3	46	86	6	142	22	17	32	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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