genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.29.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9069746--9069815	18	3.9	18	86	0	86	38	12	10	38	1.77
9071846--9071879	17	1.9	18	94	5	61	26	0	2	70	1.01
9074113--9074137	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
9085882--9086233	74	4.9	71	79	5	339	27	15	23	33	1.95
9085882--9086184	144	2.1	145	82	4	360	27	15	23	33	1.95
9086428--9086640	89	2.4	87	91	2	338	27	19	22	30	1.98
9086700--9086761	30	2.1	30	93	0	106	17	11	30	40	1.85
9088026--9088068	12	3.0	16	81	18	51	0	62	0	37	0.95
9088588--9088630	17	2.6	17	85	7	63	27	0	0	72	0.85
9089110--9089138	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
9089938--9089974	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
9093135--9093190	28	2.0	29	85	3	78	42	10	5	41	1.62
9102633--9102683	20	2.6	19	78	6	57	62	5	1	29	1.29
9105608--9105646	21	1.9	20	89	5	60	41	0	5	53	1.23
9107720--9107757	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
9113628--9113666	19	2.0	20	90	5	62	58	0	2	38	1.12
9113917--9113980	17	3.6	17	77	10	67	56	1	1	40	1.18
9113948--9114077	62	2.1	61	84	5	163	50	3	6	40	1.45
9116249--9116292	21	2.1	21	100	0	88	31	9	13	45	1.75
9123822--9123949	41	3.1	40	82	7	141	36	21	21	20	1.95
9125362--9125395	13	2.6	13	90	0	50	35	35	0	29	1.58
9125424--9125453	14	2.1	14	93	0	51	43	40	3	13	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9125543--9125572	14	2.1	14	100	0	60	26	36	0	36	1.57
9129689--9129735	19	2.5	19	76	10	51	21	2	4	72	1.12
9131984--9132072	46	2.0	45	91	4	144	32	13	25	28	1.94
9131977--9132110	46	3.0	45	81	4	135	35	14	23	27	1.93
9136336--9136415	31	2.4	33	73	20	78	52	2	6	38	1.40
9147881--9147913	4	8.0	4	96	3	57	27	48	0	24	1.51
9149199--9149264	31	2.2	32	86	8	93	56	4	0	39	1.20
9149201--9149269	30	2.3	30	83	13	90	56	4	0	39	1.19
9161734--9161853	13	10.2	13	73	20	111	38	51	0	10	1.35
9161732--9161848	22	5.1	22	72	11	110	36	53	0	9	1.33
9161734--9161872	35	4.0	34	88	5	197	36	51	0	12	1.40
9161728--9161853	48	2.7	48	77	9	136	37	52	0	10	1.36
9162234--9162275	19	2.3	18	87	4	57	26	4	2	66	1.23
9165797--9165866	33	2.2	30	82	9	86	52	2	5	38	1.40
9166082--9166329	3	80.0	3	76	13	177	60	5	2	31	1.33
9166938--9166974	15	2.4	16	95	4	67	13	0	5	81	0.86
9168790--9168819	15	2.0	15	100	0	60	40	0	13	46	1.43
9169005--9169142	40	3.5	40	83	0	177	30	12	21	36	1.90
9169119--9169344	79	2.9	79	85	2	294	31	14	21	32	1.93
9169713--9169746	4	8.0	4	87	12	50	73	0	2	23	0.97
9169713--9169746	9	4.0	8	88	11	50	73	0	2	23	0.97
9169713--9169747	13	2.7	13	90	0	61	71	0	5	22	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9170263--9170301	17	2.3	17	100	0	78	46	0	10	43	1.37
9171235--9171368	18	7.4	18	78	1	135	38	13	13	35	1.84
9171217--9171349	36	3.7	36	83	0	122	38	14	13	33	1.85
9171217--9171340	54	2.3	54	87	0	176	39	14	12	33	1.84
9171235--9171368	54	2.5	54	86	2	171	38	13	13	35	1.84
9172965--9173062	49	2.0	50	82	6	119	30	12	8	48	1.69
9177110--9177431	46	7.0	46	93	0	473	39	14	23	23	1.91
9177110--9177506	138	2.9	138	85	3	476	40	14	22	22	1.90
9177115--9177506	46	8.5	46	88	3	430	40	14	22	22	1.90
9179104--9179136	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
9179417--9179724	46	6.7	46	87	3	408	19	23	14	41	1.89
9181501--9181548	11	4.2	11	79	10	51	62	2	0	35	1.07
9187385--9187414	16	1.9	16	93	6	53	76	0	0	23	0.78
9190453--9190499	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
9193339--9193497	43	3.7	42	77	12	171	30	25	20	23	1.98
9193329--9193508	85	2.1	86	81	8	215	34	25	18	22	1.96
9195634--9195722	16	5.4	16	71	17	67	19	7	13	59	1.58
9196235--9196325	30	3.0	30	100	0	182	30	9	23	36	1.87
9201349--9201387	21	1.9	20	89	5	60	41	5	10	43	1.61
9201375--9201454	40	2.0	40	97	0	151	31	15	18	35	1.92
9202956--9203241	136	2.1	137	96	0	520	32	25	18	24	1.97
9205028--9205137	26	4.2	26	94	0	184	36	24	5	33	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9205752--9205846	42	2.3	42	84	0	127	14	17	15	51	1.76
9205752--9205875	42	3.0	42	80	2	124	14	17	17	50	1.79
9208183--9208235	21	2.6	20	75	16	63	49	0	3	47	1.19
9209325--9209363	15	2.4	16	87	8	53	35	0	0	64	0.94
9209299--9209418	32	4.1	29	70	20	72	46	1	0	51	1.10
9210200--9210241	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
9210646--9210699	16	3.2	17	78	7	56	35	0	3	61	1.14
9210686--9210739	23	2.3	23	100	0	108	40	3	0	55	1.17
9214591--9214638	18	2.6	19	77	9	55	14	14	4	66	1.39
9219950--9220114	42	3.9	42	86	1	224	29	13	25	30	1.94
9219929--9220114	84	2.3	82	80	8	225	29	15	25	30	1.95
9222930--9223001	35	2.1	35	92	5	119	26	23	12	37	1.90
9228156--9228227	35	2.1	35	92	5	119	26	23	12	37	1.90
9229306--9229659	3	118.3	3	70	13	205	30	8	1	59	1.36
9232114--9232426	18	17.1	18	73	8	184	38	13	12	36	1.82
9232114--9232426	36	8.5	36	71	10	204	38	13	12	36	1.82
9232221--9232294	17	4.2	17	73	10	76	43	9	9	37	1.70
9232206--9232426	54	4.1	53	79	5	212	38	12	12	36	1.80
9232536--9232645	45	2.4	45	86	0	148	42	18	19	20	1.89
9232531--9232660	45	2.7	50	76	14	135	42	19	20	18	1.90
9234398--9234435	5	7.6	5	100	0	76	60	0	0	39	0.97
9235019--9235080	10	6.1	10	77	15	65	30	29	0	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9235017--9235080	22	3.1	19	78	14	65	29	29	0	40	1.57
9235222--9235320	49	2.0	49	86	1	137	32	7	2	58	1.36
9235239--9235322	26	3.3	26	71	15	77	29	7	1	61	1.30
9236267--9236299	7	4.7	7	92	0	57	30	0	12	57	1.35
9237377--9237474	27	3.6	27	70	22	87	33	4	5	57	1.40
9237359--9237496	56	2.5	56	95	0	249	39	2	6	51	1.43
9240569--9240959	125	3.1	123	82	4	401	29	18	16	36	1.92
9241055--9241122	4	17.2	4	71	14	52	41	0	0	58	0.98
9241066--9241118	16	3.6	16	76	23	71	41	0	0	58	0.98
9241052--9241119	27	2.5	27	97	2	127	41	0	0	58	0.98
9241145--9241189	15	2.6	17	86	13	58	53	31	0	15	1.43
9241159--9241206	22	2.2	22	88	0	69	52	35	0	12	1.40
9245363--9245402	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
9252108--9252170	21	3.0	21	97	0	117	36	4	25	33	1.77
9254421--9254456	17	2.1	17	90	10	56	66	0	0	33	0.92
9255546--9255576	11	2.9	11	95	4	55	58	0	0	41	0.98
9262654--9262701	24	1.9	26	84	16	66	58	6	0	35	1.23
9263149--9263181	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
9263744--9263769	11	2.4	11	100	0	52	23	0	7	69	1.14
9264903--9265188	75	3.9	73	81	8	346	30	20	18	30	1.96
9264903--9265611	76	8.9	76	78	10	479	32	20	17	29	1.96
9264915--9265188	72	3.7	72	81	10	322	29	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9265188--9265222	14	2.6	13	86	8	52	48	8	14	28	1.73
9265151--9265453	88	3.4	87	86	7	364	33	20	16	29	1.94
9264841--9265531	311	2.1	318	80	10	738	32	20	17	30	1.95
9277984--9278031	24	1.9	26	84	16	66	58	6	0	35	1.23
9278473--9278499	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
9279086--9279116	11	2.7	11	95	5	53	22	0	6	70	1.09
9287092--9287136	2	22.0	2	95	4	81	48	0	2	48	1.13
9287316--9287348	18	1.9	18	88	11	52	54	12	0	33	1.37
9290296--9290325	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
9293130--9293195	29	2.2	30	83	5	89	37	3	12	46	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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