genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91010972--91011048	27	2.9	27	86	0	100	33	11	15	38	1.84
91014129--91014161	17	1.9	17	93	0	57	18	33	12	36	1.88
91014965--91015063	33	3.0	33	83	2	119	28	26	19	26	1.99
91015027--91015087	28	2.2	28	85	2	79	32	22	21	22	1.98
91015251--91015358	26	4.2	26	86	9	123	33	21	22	23	1.97
91015251--91015358	53	2.1	51	84	6	137	33	21	22	23	1.97
91015593--91015669	27	2.9	27	82	3	93	33	14	15	36	1.88
91020171--91020216	19	2.4	19	96	3	83	23	10	17	47	1.79
91020287--91020359	36	2.0	36	87	10	105	39	4	1	54	1.28
91021679--91021708	15	2.0	15	100	0	60	33	6	13	46	1.69
91022066--91022428	168	2.2	169	85	4	493	39	14	11	34	1.82
91023210--91023379	84	2.0	84	100	0	340	46	5	30	17	1.72
91028457--91028511	27	2.0	27	89	0	83	18	23	32	25	1.97
91039397--91039492	32	3.1	30	76	14	79	57	0	1	41	1.06
91039397--91039469	32	2.4	31	78	13	80	57	0	1	41	1.07
91039447--91039524	32	2.5	31	80	8	97	53	1	0	44	1.08
91039716--91039782	28	2.4	28	82	12	84	56	2	2	37	1.30
91040784--91040853	6	11.5	6	88	8	88	77	5	0	17	0.96
91040784--91040853	17	3.9	17	81	10	86	77	5	0	17	0.96
91040875--91040942	9	7.6	9	84	0	82	27	8	19	44	1.80
91042435--91042479	19	2.4	19	88	7	65	28	22	0	48	1.50
91047482--91047516	14	2.5	14	90	0	52	54	14	0	31	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91054770--91054995	46	4.8	46	76	14	194	30	19	27	22	1.98
91054769--91054990	94	2.3	96	81	9	251	29	18	28	23	1.98
91058039--91058167	63	2.0	63	96	0	240	44	6	10	38	1.65
91058053--91058159	33	3.3	32	63	18	78	41	7	11	40	1.69
91065449--91065488	6	6.5	6	82	5	53	77	0	5	17	0.94
91065459--91065490	13	2.4	14	85	15	50	75	0	6	18	1.01
91072091--91072143	27	2.0	27	100	0	106	49	15	15	20	1.80
91075684--91075795	23	4.9	23	74	12	104	36	18	20	24	1.95
91080881--91080988	26	4.2	26	89	7	166	33	7	22	37	1.82
91080881--91080988	52	2.1	52	94	0	189	33	7	22	37	1.82
91082584--91082724	54	2.6	53	90	2	219	18	23	23	34	1.96
91082584--91082724	27	5.2	27	83	6	180	18	23	23	34	1.96
91082584--91082742	27	5.9	27	80	11	175	19	23	22	34	1.96
91087136--91087181	23	2.0	24	84	16	62	47	4	19	28	1.68
91088227--91088388	83	2.0	83	91	2	263	22	21	24	32	1.98
91088893--91088928	19	1.9	19	88	5	56	8	16	0	75	1.04
91095067--91095124	20	2.9	20	81	0	71	36	6	10	46	1.65
91095042--91095124	40	2.1	40	86	8	116	32	7	13	46	1.70
91097239--91097416	49	3.7	49	83	6	236	25	26	20	26	1.99
91097242--91097469	96	2.3	96	88	5	316	26	26	19	27	1.99
91097438--91097602	46	3.6	45	80	11	149	25	29	17	27	1.98
91097480--91097659	46	3.9	46	85	5	211	22	30	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91098392--91098416	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
91108430--91108604	46	3.8	46	78	4	181	22	20	28	29	1.98
91108426--91108597	93	1.8	93	89	0	272	22	20	29	28	1.98
91111550--91111678	47	2.7	48	84	7	147	24	31	20	23	1.98
91111556--91111731	99	1.8	96	83	6	237	25	30	20	23	1.98
91111556--91111871	96	3.3	96	77	11	249	23	31	19	25	1.98
91111552--91111912	46	7.6	48	76	13	245	23	30	19	26	1.98
91111547--91111912	94	3.9	93	76	10	309	23	30	19	26	1.98
91111605--91111912	140	2.2	141	83	10	371	24	29	19	26	1.98
91112621--91112645	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
91114480--91114511	14	2.4	14	90	10	50	65	0	6	28	1.16
91114493--91114536	6	7.0	6	80	10	52	75	0	0	25	0.81
91114494--91114537	20	2.3	19	88	7	70	77	0	0	22	0.77
91116729--91116788	28	2.1	28	96	0	111	35	10	21	33	1.87
91121348--91121380	16	2.0	17	88	5	50	3	3	6	87	0.71
91129248--91129294	23	2.0	24	84	12	62	48	0	0	51	1.00
91130227--91130265	6	6.2	6	85	11	51	23	0	0	76	0.78
91130230--91130265	13	2.8	13	95	0	63	25	0	0	75	0.81
91130227--91130265	19	2.1	19	85	9	53	23	0	0	76	0.78
91137557--91138042	241	2.0	241	86	2	672	28	17	10	44	1.81
91138551--91138668	57	2.1	58	90	1	184	41	14	16	27	1.87
91138758--91138782	12	2.1	12	100	0	50	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91143535--91143649	27	4.3	27	87	5	153	35	23	24	16	1.95
91143535--91143649	54	2.1	54	88	3	169	35	23	24	16	1.95
91145255--91145338	26	3.2	26	96	0	150	36	23	4	34	1.76
91154868--91155193	180	1.8	177	86	3	474	28	27	12	30	1.93
91155153--91155232	39	2.1	39	95	0	142	35	31	5	28	1.79
91155587--91155755	54	3.1	54	82	3	207	15	28	15	40	1.88
91157155--91157219	16	3.9	16	66	15	51	30	0	4	64	1.14
91157537--91157578	21	2.0	21	85	0	57	28	0	2	69	1.01
91157823--91157888	2	33.0	2	90	6	107	48	0	3	48	1.17
91158289--91158326	19	2.0	19	100	0	76	47	5	5	42	1.48
91158994--91159092	49	2.0	49	100	0	198	25	32	12	30	1.92
91161372--91161406	17	2.1	17	88	0	52	45	22	5	25	1.74
91164382--91164787	46	8.7	49	76	9	193	24	26	19	29	1.98
91164566--91164781	46	4.7	45	89	3	292	22	26	19	30	1.98
91166252--91166341	3	30.0	3	100	0	180	66	0	0	33	0.92
91168692--91168752	32	1.9	31	83	3	77	31	11	3	54	1.52
91169862--91170148	137	2.1	137	94	0	502	32	24	18	24	1.97
91171915--91172024	26	4.2	26	97	0	184	36	24	5	33	1.79
91175764--91176039	137	2.0	137	95	0	498	31	25	19	23	1.98
91177802--91177937	26	5.2	26	93	0	209	36	25	4	33	1.76
91180223--91180254	15	2.1	16	94	5	57	50	0	6	43	1.27
91185762--91185791	14	2.2	14	94	5	53	33	6	20	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91185775--91185820	19	2.3	20	92	3	76	23	8	17	50	1.74
91191434--91191482	25	1.9	26	83	4	64	59	6	28	6	1.46
91193131--91193190	31	1.9	32	83	10	79	36	3	16	43	1.65
91199278--91199417	60	2.3	60	84	8	178	25	25	20	28	1.99
91199277--91199378	28	3.5	27	71	19	71	23	28	20	27	1.99
91200487--91200522	8	4.6	8	89	6	56	75	0	16	8	1.04
91200726--91200886	80	2.0	80	98	0	313	24	27	12	34	1.92
91202733--91202757	13	1.9	13	100	0	50	40	0	0	60	0.97
91218499--91218554	26	2.2	26	93	0	94	32	5	25	37	1.78
91220094--91220133	21	1.9	21	90	10	64	17	15	20	47	1.83
91226965--91227119	48	3.2	48	96	0	274	36	9	25	29	1.86
91227091--91227148	29	2.0	29	100	0	116	37	10	27	24	1.88
91227043--91227196	77	2.0	77	97	0	290	35	9	26	27	1.88
91227120--91227334	48	4.5	48	97	1	405	33	8	27	30	1.87
91226995--91227244	125	2.0	125	97	0	473	34	9	26	28	1.88
91226965--91227291	173	1.9	172	96	0	600	34	8	25	30	1.87
91227386--91227502	41	3.0	39	91	7	193	23	18	31	25	1.98
91227381--91227507	37	3.3	37	90	8	209	24	19	31	24	1.98
91229676--91229731	26	2.2	26	100	0	112	30	7	26	35	1.83
91232420--91232497	24	3.4	23	77	10	81	47	23	20	8	1.78
91233613--91233649	17	2.1	18	90	5	58	48	0	27	24	1.51
91243124--91243209	42	2.0	42	93	0	145	31	13	16	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91246684--91246731	23	2.1	23	96	0	87	58	18	6	16	1.59
91247914--91247944	12	2.6	12	94	0	53	32	9	9	48	1.69
91263634--91263885	39	6.6	37	78	15	221	25	21	27	25	1.99
91274737--91274946	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
91279133--91279302	79	2.1	80	86	7	231	26	22	27	24	2.00
91279080--91279304	40	5.7	40	84	9	266	26	21	27	24	2.00
91279133--91279337	79	2.6	79	80	7	195	27	21	26	24	1.99
91285415--91285489	38	1.9	39	82	12	93	45	12	8	34	1.71
91287098--91287248	42	3.6	42	74	4	128	46	16	21	15	1.84
91287116--91287172	21	2.7	21	77	0	69	45	21	21	12	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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