genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57231302--57231369	28	2.5	28	92	4	113	44	26	10	19	1.82
57233730--57233773	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
57235560--57235627	27	2.6	27	90	6	104	45	25	10	19	1.81
57241487--57241690	40	5.1	40	84	8	256	24	22	28	25	1.99
57241487--57241704	79	2.7	79	82	8	257	24	21	27	25	1.99
57249131--57249276	38	3.7	38	79	12	136	25	22	26	26	2.00
57249131--57249314	38	4.8	40	75	18	133	25	23	26	25	2.00
57255404--57255611	40	5.2	40	82	2	202	25	23	25	25	2.00
57255406--57255611	80	2.6	80	83	3	236	25	23	26	24	2.00
57263447--57263653	40	5.2	40	81	3	193	25	23	26	25	2.00
57263449--57263653	79	2.6	80	82	4	227	25	23	26	24	2.00
57276773--57276838	28	2.4	26	71	16	62	40	24	18	16	1.90
57276961--57277022	27	2.3	27	82	0	70	29	8	27	35	1.85
57279326--57279388	30	2.1	29	94	2	108	23	17	25	33	1.96
57284697--57284841	44	3.3	45	80	9	138	35	24	14	25	1.93
57286179--57286204	13	2.0	13	100	0	52	46	23	0	30	1.53
57289181--57289329	80	1.9	80	82	2	192	23	30	24	22	1.99
57289222--57289373	40	3.8	40	80	5	146	22	26	23	26	2.00
57291650--57291752	43	2.4	43	90	0	161	24	19	29	27	1.98
57295857--57296343	47	10.4	47	90	0	731	31	9	31	27	1.88
57295856--57296343	94	5.2	94	94	0	841	31	9	31	27	1.88
57298682--57299002	40	8.1	40	91	0	464	24	21	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57301569--57302100	47	11.3	47	91	0	803	30	9	32	27	1.88
57307116--57307154	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
57307618--57307708	28	3.2	28	90	4	139	31	23	24	20	1.98
57307814--57307878	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
57314954--57314992	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
57315431--57315545	55	2.1	56	82	8	137	33	21	24	20	1.97
57315456--57315545	27	3.2	27	89	7	128	31	23	24	21	1.98
57315651--57315715	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
57318470--57318631	43	3.8	43	88	0	227	23	17	30	28	1.97
57319072--57319165	47	2.0	47	100	0	188	34	12	12	40	1.82
57322376--57322534	42	3.8	43	87	4	234	16	36	30	16	1.91
57323846--57324075	71	3.3	71	95	3	416	19	26	17	36	1.94
57328947--57329106	68	2.3	69	92	6	270	19	28	18	33	1.96
57336468--57336631	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
57336468--57336665	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	33	1.95
57339613--57339776	45	3.8	43	81	4	163	30	25	18	26	1.98
57339667--57339789	45	2.7	45	87	0	174	33	26	15	25	1.95
57348140--57348225	45	1.9	45	82	0	109	31	26	16	25	1.96
57349080--57349134	25	2.2	26	78	15	62	40	7	1	50	1.40
57352232--57352284	18	2.8	20	77	11	65	33	9	16	39	1.81
57352216--57352285	19	3.7	19	75	11	72	32	8	17	41	1.79
57362553--57362651	52	1.9	50	84	8	128	41	15	13	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57366609--57366755	64	2.2	66	81	8	163	31	17	29	21	1.96
57366633--57366814	67	2.8	64	77	8	190	29	16	30	23	1.96
57386007--57386061	13	4.3	13	75	13	51	29	1	12	56	1.47
57387813--57387894	23	3.5	23	81	6	94	39	15	21	23	1.92
57395395--57395521	27	4.7	27	84	0	164	32	7	20	39	1.81
57395398--57395528	54	2.4	54	93	0	217	32	7	20	39	1.81
57395516--57395756	27	8.9	27	85	7	310	40	9	23	27	1.84
57395515--57395764	54	4.6	54	91	0	401	39	8	23	28	1.84
57395514--57395764	81	3.1	81	84	6	364	39	8	23	28	1.84
57398195--57398242	25	1.9	25	86	0	69	33	27	16	22	1.96
57398281--57398337	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
57398279--57398341	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
57398395--57398538	24	6.0	24	88	8	204	30	20	20	28	1.98
57398731--57398794	31	2.1	31	87	0	92	37	15	21	25	1.93
57402857--57403028	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57402850--57403025	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57410434--57410605	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
57410427--57410602	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
57416634--57416681	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
57416719--57416775	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
57416717--57416779	20	3.2	20	95	0	117	36	12	19	31	1.89
57416832--57416950	24	5.0	24	86	12	165	31	19	21	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57417142--57417204	30	2.1	31	87	3	92	36	15	22	25	1.94
57419295--57419352	29	2.0	29	100	0	116	27	27	0	44	1.54
57430075--57430101	12	2.2	12	100	0	54	40	7	18	33	1.78
57448499--57448598	27	3.5	28	84	5	121	34	28	13	25	1.93
57449437--57449461	7	3.6	7	100	0	50	60	28	0	12	1.32
57450517--57450700	40	4.6	40	81	10	216	25	28	22	23	2.00
57450519--57450701	79	2.3	81	84	7	232	25	27	22	24	2.00
57452707--57452740	2	17.0	2	93	0	59	47	0	0	52	1.00
57460405--57460552	79	1.9	79	81	2	181	29	25	17	27	1.98
57460512--57460793	48	5.9	48	90	1	433	29	23	15	31	1.95
57460746--57460926	37	4.8	37	75	17	142	25	27	17	29	1.97
57469433--57469596	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
57476965--57477127	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
57480348--57480496	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
57480389--57480496	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
57483971--57484013	18	2.3	19	84	15	54	30	6	2	60	1.35
57486325--57486384	9	6.6	9	76	16	61	16	1	8	73	1.16
57491019--57491051	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
57492528--57492739	88	2.3	91	84	4	277	44	14	8	33	1.75
57499473--57499567	41	2.3	41	82	10	104	30	15	24	29	1.96
57511398--57511458	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
57514726--57514884	42	3.8	41	73	3	129	30	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57516751--57516776	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
57528179--57528365	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
57528202--57528365	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57528202--57528399	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
57535748--57535934	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
57535771--57535934	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
57535771--57535968	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
57538567--57538720	39	3.9	39	86	0	191	22	21	31	24	1.98
57538567--57538720	79	1.9	79	85	2	211	22	21	31	24	1.98
57553464--57553493	11	2.7	11	94	0	51	36	0	3	60	1.14
57554674--57554846	46	3.7	46	79	10	208	21	20	27	29	1.98
57554671--57554841	93	1.8	93	93	0	297	21	21	28	28	1.98
57562224--57562392	45	3.7	45	78	12	191	22	19	28	29	1.98
57562219--57562387	92	1.8	92	93	0	293	21	20	28	28	1.98
57571760--57571784	11	2.3	11	100	0	50	92	0	8	0	0.40
57571759--57571788	15	2.0	15	93	0	51	90	0	10	0	0.47
57575148--57575329	78	2.3	81	86	6	257	25	27	22	24	2.00
57575146--57575329	40	4.7	40	86	8	252	25	27	22	24	2.00
57583173--57583353	40	4.6	40	78	13	196	25	28	20	25	1.99
57583175--57583356	78	2.3	80	84	6	237	26	27	20	25	1.99
57592853--57592877	4	6.2	4	100	0	50	76	0	24	0	0.80
57592882--57592922	20	2.0	20	95	0	73	19	21	9	48	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57599581--57599731	40	3.8	40	80	6	155	26	23	27	22	2.00
57599618--57599747	40	3.3	39	78	11	147	23	24	26	24	2.00
57603889--57603941	26	2.0	26	100	0	106	30	15	26	28	1.96
57607720--57607863	40	3.6	39	84	1	153	23	27	22	25	2.00
57607752--57607907	40	3.9	41	84	6	158	22	26	22	28	1.99
57614542--57614697	40	3.9	41	83	6	149	23	26	21	28	1.99
57616475--57616634	71	2.3	70	95	4	290	35	17	28	18	1.94
57638869--57638896	5	5.6	5	100	0	56	17	39	0	42	1.50
57639001--57639209	55	3.8	55	73	12	173	25	24	13	35	1.93
57645582--57645766	55	3.4	54	79	10	216	35	16	24	23	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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