genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61168462--61168504	22	2.0	22	95	0	77	30	27	13	27	1.95
61169127--61169156	15	2.1	15	93	6	53	0	16	0	83	0.65
61172999--61173196	43	4.6	43	89	1	299	30	32	23	13	1.93
61173194--61173268	38	2.0	38	89	0	114	28	28	22	21	1.99
61175197--61175446	40	6.3	41	86	3	291	23	23	26	26	2.00
61178461--61178591	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
61178460--61178591	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
61186409--61186539	30	4.5	30	86	8	171	28	25	13	32	1.94
61186408--61186539	58	2.3	58	85	4	176	28	26	13	31	1.94
61196157--61196405	40	6.3	41	85	3	271	24	23	26	25	2.00
61197717--61197910	43	4.5	43	94	0	334	29	34	24	11	1.90
61197907--61197986	38	2.1	38	90	0	124	28	28	22	20	1.98
61200263--61200392	40	3.3	39	76	8	136	23	27	23	24	2.00
61200279--61200430	40	3.8	40	78	6	148	22	26	23	27	1.99
61200279--61200428	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
61209719--61209750	16	2.0	16	100	0	64	56	6	18	18	1.62
61210439--61210539	48	2.1	48	100	0	202	16	17	9	55	1.68
61210868--61210928	27	2.1	29	82	8	72	59	1	1	37	1.17
61210909--61210945	19	2.0	20	89	10	60	48	5	0	45	1.25
61214016--61214123	43	2.5	43	89	0	162	26	13	24	35	1.93
61218446--61218504	30	2.0	30	93	0	100	38	22	16	22	1.93
61220923--61221094	93	1.8	93	92	2	292	28	29	20	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61220916--61221091	46	3.8	46	77	14	191	29	29	20	20	1.98
61224778--61224846	36	1.9	36	93	0	120	34	18	17	28	1.94
61247523--61247620	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
61255177--61255430	79	3.2	79	87	6	356	23	22	27	26	2.00
61255177--61255404	40	5.8	40	93	2	356	22	21	27	27	1.99
61257722--61257852	47	2.8	46	86	4	181	21	15	29	34	1.94
61266583--61266694	36	3.1	36	77	2	118	19	12	28	39	1.88
61270008--61270038	14	2.1	15	94	5	55	54	35	3	6	1.42
61272023--61272066	21	2.1	21	95	0	79	15	43	13	27	1.85
61277395--61277512	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
61277363--61277526	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
61284894--61285057	71	2.3	71	98	0	319	34	18	28	18	1.95
61290437--61290778	168	2.0	169	95	0	614	26	30	21	21	1.98
61308066--61308145	36	2.2	36	93	0	133	20	11	26	42	1.85
61318043--61318135	42	2.2	42	98	0	177	15	29	32	23	1.95
61320186--61320243	28	2.1	28	100	0	116	27	17	6	48	1.72
61322094--61322291	45	4.4	45	83	0	180	37	15	27	19	1.92
61325686--61325726	19	2.2	19	86	8	57	41	2	2	53	1.27
61325690--61325737	20	2.5	20	83	10	55	45	2	4	47	1.33
61327637--61327741	24	4.6	24	70	12	78	50	0	32	17	1.46
61327682--61327719	19	2.0	19	94	0	67	44	0	39	15	1.47
61330689--61330756	34	2.0	34	100	0	136	29	20	2	47	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61330696--61330770	34	2.2	34	88	4	107	33	16	2	48	1.60
61336459--61336559	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
61344406--61344506	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
61347706--61347913	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
61347706--61347913	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
61355838--61356045	40	5.2	39	85	1	236	25	26	22	25	2.00
61355838--61356045	80	2.6	80	85	1	265	25	26	22	25	2.00
61358793--61358866	36	2.1	36	94	0	130	35	20	12	32	1.89
61366910--61366943	18	1.9	18	88	5	52	29	14	14	41	1.86
61368027--61368207	29	6.3	30	76	7	139	28	32	13	26	1.94
61368419--61368461	16	2.7	16	81	0	50	11	18	16	53	1.72
61372606--61372756	29	5.3	29	83	4	173	25	32	13	28	1.94
61374919--61374988	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
61374919--61375000	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
61382859--61382928	27	2.5	28	93	2	115	27	14	28	30	1.95
61382859--61382940	27	3.0	27	84	8	69	28	15	25	30	1.96
61389607--61389722	43	2.7	43	89	2	171	24	17	23	35	1.95
61392022--61392249	40	5.7	40	91	1	332	24	22	28	25	1.99
61400118--61400233	43	2.7	43	86	2	162	23	17	24	35	1.95
61402751--61402839	40	2.2	39	78	5	97	30	21	16	31	1.96
61402766--61402860	40	2.4	40	94	0	163	28	21	17	32	1.96
61403723--61403765	20	2.3	18	84	8	59	46	18	4	30	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61407728--61408014	48	6.0	48	78	4	283	26	17	29	26	1.98
61407728--61408004	144	1.9	144	92	0	464	26	17	29	26	1.98
61411083--61411110	6	4.7	6	100	0	56	82	0	0	17	0.68
61412689--61412722	18	2.0	17	88	11	52	58	0	11	29	1.33
61412889--61412957	19	3.5	19	70	18	61	60	0	37	1	1.06
61412881--61412957	30	2.6	30	79	6	86	62	0	36	1	1.04
61415737--61415780	18	2.4	18	96	0	79	15	15	27	40	1.88
61418207--61418311	40	2.6	40	86	0	129	21	29	17	31	1.96
61418207--61418324	40	3.0	40	82	2	121	22	29	16	30	1.96
61427800--61427981	49	3.7	50	76	7	160	24	29	19	26	1.99
61427849--61428117	46	5.7	46	71	13	156	24	27	19	28	1.98
61429916--61430123	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
61429917--61430123	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
61437913--61438120	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
61437914--61438120	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
61443242--61443408	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
61443242--61443408	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
61444234--61444279	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
61449755--61449886	29	4.6	29	84	1	149	25	16	32	25	1.96
61454307--61454448	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
61454346--61454474	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
61460978--61461140	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61460978--61461170	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
61471551--61471647	30	3.2	31	73	5	101	27	28	15	27	1.96
61476144--61476517	47	8.0	47	92	0	604	27	30	8	33	1.87
61476407--61476482	22	3.3	22	66	16	64	26	30	10	32	1.90
61479068--61479108	20	2.0	20	85	9	55	46	17	7	29	1.74
61483519--61483630	27	4.2	26	85	7	143	37	23	23	16	1.93
61483519--61483630	54	2.1	54	88	3	163	37	23	23	16	1.93
61485048--61485118	24	3.0	24	93	0	115	26	36	1	35	1.66
61486733--61486868	48	2.8	49	88	3	204	26	28	18	26	1.98
61493963--61494122	29	5.5	29	86	0	167	28	15	31	24	1.96
61502139--61502239	28	3.5	29	86	6	125	28	27	14	28	1.96
61510178--61510278	28	3.5	29	86	6	125	28	27	14	28	1.96
61515336--61515447	27	4.1	27	84	3	145	41	19	14	25	1.89
61522941--61523072	44	3.0	42	82	9	151	37	26	15	20	1.93
61526411--61526674	134	2.0	135	87	2	379	29	24	6	39	1.80
61526411--61526674	27	9.8	27	91	1	325	29	24	6	39	1.80
61526311--61526819	27	18.9	27	84	2	200	34	22	8	35	1.83
61526357--61526674	54	5.9	54	81	3	309	30	23	7	38	1.82
61526311--61526808	54	9.2	54	80	2	230	34	21	8	35	1.83
61526344--61526701	81	4.4	81	78	2	261	32	22	7	37	1.82
61526545--61526808	81	3.3	81	76	2	226	34	20	8	35	1.84
61526626--61526904	54	5.1	55	76	7	212	37	19	8	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61526662--61526903	27	8.9	27	77	4	182	39	19	8	32	1.82
61526934--61527024	27	3.4	27	84	6	114	36	18	25	19	1.95
61527828--61527925	26	3.8	26	90	1	153	27	21	23	27	1.99
61528070--61528161	42	2.2	42	92	0	148	29	14	21	34	1.93
61528185--61528259	31	2.4	31	93	0	123	30	16	25	28	1.96
61533588--61533716	49	2.7	48	80	7	138	24	29	20	24	1.99
61537693--61537830	40	3.4	40	90	1	213	27	25	22	24	2.00
61541738--61541793	28	2.0	28	100	0	112	35	14	17	32	1.90
61544343--61544408	33	2.0	33	100	0	132	30	0	27	42	1.56
61547637--61547802	48	3.5	47	76	8	165	23	29	19	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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