Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   

This is table  327  of  345  ( 41379 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
97919198--97919269
30
2.3
31
81
9
85
20
5
19
54
1.64
97930466--97930514
23
2.2
23
85
10
66
36
6
10
46
1.63
97938058--97938085
14
2.0
14
100
0
56
64
7
7
21
1.43
97941808--97941861
23
2.4
22
79
11
56
37
3
11
48
1.57
97942237--97942289
27
2.0
27
100
0
106
32
11
22
33
1.90
97946620--97946715
49
2.0
49
93
0
165
31
23
18
26
1.98
97951405--97951535
27
4.8
28
84
7
160
25
16
25
33
1.95
97953031--97953075
20
2.2
20
84
0
54
15
28
33
22
1.95
97953688--97953724
20
1.9
20
88
5
58
40
0
8
51
1.32
97953722--97953756
11
3.2
11
95
0
61
28
5
0
65
1.15
97954631--97954658
13
2.2
13
100
0
56
46
7
14
32
1.71
97955905--97956132
46
5.0
46
90
1
323
40
14
22
22
1.90
97957527--97957621
40
2.5
39
79
8
106
32
29
22
15
1.95
97958786--97958857
3
23.7
3
97
2
135
65
0
1
33
1.02
97964248--97964299
20
2.7
19
88
11
79
11
28
38
21
1.88
97966457--97966552
3
31.0
3
89
6
147
63
0
2
34
1.06
97967124--97967167
19
2.4
19
85
7
56
50
0
9
40
1.34
97968961--97969029
28
2.5
28
95
2
122
43
27
10
18
1.82
97971230--97971274
22
2.0
22
86
0
63
31
26
11
31
1.91
97981024--97981130
11
9.3
11
68
25
53
54
1
1
42
1.22
97996088--97996134
23
2.0
23
95
0
85
42
21
21
14
1.88
98000306--98000518
45
4.7
44
82
7
221
31
17
24
25
1.97
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98000306--98000472
23
7.4
23
88
6
245
30
17
25
26
1.98
98000306--98000496
68
2.8
68
88
1
276
30
17
25
26
1.97
98000307--98000518
68
3.1
68
86
4
241
31
17
24
25
1.97
98003340--98003379
17
2.4
17
86
0
53
57
7
2
32
1.40
98003632--98003682
16
3.2
16
74
0
57
31
25
3
39
1.74
98006724--98006785
7
8.9
7
87
0
88
17
3
35
43
1.66
98012096--98012164
34
2.0
34
97
0
129
49
11
18
20
1.78
98016249--98016552
149
2.0
149
96
0
563
32
18
14
34
1.91
98018262--98018490
79
2.9
77
83
6
287
16
15
17
50
1.78
98020200--98020248
26
2.0
24
84
11
64
63
6
0
30
1.19
98027022--98027071
19
2.7
18
90
9
82
38
2
12
48
1.52
98027086--98027172
41
2.1
42
93
2
149
29
3
13
52
1.57
98029042--98029428
192
2.0
192
98
0
756
30
11
22
35
1.89
98031961--98032049
42
2.1
42
93
0
151
30
5
12
51
1.62
98042800--98042873
24
3.1
24
100
0
148
32
13
24
29
1.93
98047215--98047253
20
2.0
20
89
0
60
25
5
0
69
1.09
98048451--98048508
30
1.9
30
96
0
107
37
6
8
46
1.61
98050379--98050417
21
1.9
20
89
5
60
43
10
5
41
1.61
98051593--98051728
26
5.2
26
97
0
236
33
5
24
36
1.78
98053215--98053267
26
2.0
26
85
7
72
37
18
15
28
1.91
98055102--98055146
17
2.6
17
89
3
63
48
4
0
46
1.22
98055115--98055164
17
3.1
17
88
5
77
40
6
0
54
1.25
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98059974--98060016
11
3.7
11
82
11
59
46
16
0
37
1.47
98059967--98060016
24
2.1
24
100
0
100
48
16
0
36
1.46
98060195--98060243
19
2.5
20
87
9
66
55
0
4
40
1.19
98060698--98060731
2
17.0
2
87
0
50
0
55
0
44
0.99
98060702--98060754
12
4.2
12
79
9
61
0
62
0
37
0.96
98060733--98060758
4
6.5
4
100
0
52
0
73
0
26
0.84
98060692--98060758
8
8.1
8
77
6
53
1
62
0
35
1.04
98060692--98060758
12
5.4
12
71
7
53
1
62
0
35
1.04
98060760--98060788
2
14.5
2
100
0
58
48
51
0
0
1.00
98064392--98064879
47
10.4
47
91
0
769
32
7
30
28
1.86
98064635--98064710
22
3.3
22
66
16
64
32
10
30
26
1.90
98067027--98067076
10
5.0
10
83
9
66
68
2
6
24
1.23
98067948--98068101
76
2.1
74
90
2
236
27
16
18
37
1.92
98069548--98069610
21
3.0
21
90
0
99
14
26
17
41
1.88
98072270--98072431
81
2.0
81
88
4
243
35
13
14
36
1.85
98082945--98082983
2
19.5
2
100
0
78
51
0
0
48
1.00
98084964--98085119
43
3.6
42
75
5
159
19
21
21
37
1.95
98084964--98085292
44
7.6
42
68
10
182
20
22
21
35
1.96
98084915--98085399
86
5.6
86
90
1
623
19
22
21
36
1.95
98093437--98093479
19
2.3
18
80
11
50
44
6
20
27
1.77
98097343--98097381
2
19.5
2
100
0
78
51
0
0
48
1.00
98108636--98108661
11
2.4
11
100
0
52
0
7
0
92
0.39
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98118538--98118600
30
2.1
30
100
0
126
28
9
28
33
1.88
98126162--98126247
22
3.9
21
75
15
77
46
1
2
50
1.21
98126160--98126250
43
2.0
45
83
12
116
45
1
2
51
1.20
98126191--98126267
26
3.1
26
78
12
90
46
1
1
50
1.17
98131420--98131465
22
2.1
22
84
4
58
32
6
6
54
1.52
98131655--98131689
2
17.5
2
100
0
70
48
0
0
51
1.00
98132084--98132140
26
2.2
25
78
9
60
29
1
5
63
1.27
98132365--98132443
37
2.1
38
88
4
115
34
8
2
54
1.45
98132543--98132594
25
2.0
26
88
3
79
30
9
0
59
1.29
98132419--98132605
26
7.2
27
69
15
99
29
5
4
59
1.41
98132555--98132648
21
4.0
22
73
12
64
29
8
2
59
1.39
98132611--98132675
22
3.0
21
74
20
55
27
7
3
61
1.38
98132681--98132720
20
2.0
20
100
0
80
40
25
0
35
1.56
98134176--98134286
57
1.9
57
94
0
195
21
17
17
44
1.87
98134724--98134779
17
3.2
17
66
14
51
48
26
0
25
1.52
98134713--98134785
35
2.1
35
97
0
137
47
23
0
28
1.52
98140147--98140188
17
2.5
17
80
7
50
45
4
9
40
1.58
98141201--98141272
24
2.9
25
83
4
92
20
23
19
36
1.95
98144977--98145004
1
28.0
1
100
0
56
0
0
0
100
0.00
98165649--98165713
14
4.6
14
86
0
76
26
27
0
46
1.53
98168739--98168801
22
2.9
22
76
2
65
22
22
17
38
1.93
98171893--98171932
20
2.0
21
85
9
57
32
0
5
62
1.17
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98171898--98171938
20
2.2
20
82
8
50
31
2
4
60
1.30
98171985--98172053
31
2.3
31
87
2
95
63
1
2
31
1.18
98172014--98172050
18
2.1
17
90
5
56
67
0
0
32
0.91
98172017--98172058
18
2.3
18
84
8
50
69
0
2
28
1.01
98173500--98173610
41
2.7
41
85
2
125
27
14
25
33
1.94
98173523--98173641
41
2.9
41
87
3
150
26
14
22
36
1.93
98175534--98175581
19
2.3
20
80
20
55
45
0
14
39
1.45
98180488--98180516
14
2.1
14
93
6
51
48
13
6
31
1.69
98192051--98192093
16
2.7
16
85
0
50
55
0
0
44
0.99
98192905--98192958
28
1.9
28
88
0
81
50
3
0
46
1.19
98197967--98198035
31
2.2
31
84
5
86
44
7
5
42
1.56
98203186--98203247
32
2.0
31
83
3
79
29
3
14
53
1.57
98204225--98204303
25
3.3
25
65
13
67
30
7
15
46
1.73
98204581--98204626
19
2.3
20
96
3
85
47
17
10
23
1.79
98204936--98205243
153
2.0
153
96
0
571
23
17
10
48
1.78
98216941--98216983
13
3.3
13
81
9
52
48
0
6
44
1.29
98217924--98217970
20
2.3
20
75
7
51
61
2
4
31
1.27
98220652--98220761
37
3.0
37
93
0
184
26
31
18
23
1.97
98220901--98221190
48
6.0
48
92
0
472
31
25
6
36
1.81
98224644--98224669
12
2.2
12
100
0
52
38
7
26
26
1.83
98234129--98234177
23
2.1
23
84
3
62
36
26
22
14
1.92
98234142--98234258
23
5.0
23
72
12
94
32
24
27
15
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
98236431--98236471
18
2.3
18
87
4
57
56
7
0
36
1.27
98239634--98239676
14
3.0
14
80
12
52
46
9
0
44
1.35
98241141--98241185
20
2.2
21
84
4
56
77
2
17
2
0.97
98243569--98243701
48
2.7
49
86
7
157
30
21
15
31
1.95
98243594--98243701
49
2.2
48
90
4
164
28
23
16
31
1.96
98261673--98261702
12
2.6
12
94
5
53
66
0
33
0
0.92
98262095--98262137
19
2.3
19
83
0
50
48
0
0
51
1.00
98263963--98264021
30
2.0
30
93
0
100
30
25
5
38
1.77
98266109--98266190
29
3.0
29
72
18
84
42
1
7
48
1.38
98269244--98269763
251
2.1
252
87
5
741
28
16
17
37
1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345