genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.325.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97344341--97344468	64	2.0	64	90	3	204	30	24	16	28	1.96
97345545--97345602	16	3.3	18	76	13	59	20	3	0	75	0.94
97345617--97345646	11	2.7	11	100	0	60	20	6	0	73	1.05
97347289--97347351	6	10.3	6	76	8	56	15	4	4	74	1.16
97347289--97347346	18	3.3	17	77	15	64	15	5	5	74	1.18
97355240--97355271	16	2.0	16	100	0	64	18	18	18	43	1.88
97376810--97377015	44	4.8	43	76	16	178	33	26	16	22	1.96
97376810--97377024	86	2.5	87	83	4	265	33	26	16	22	1.96
97378708--97378745	18	2.0	20	90	10	62	18	0	2	78	0.86
97385732--97385826	47	2.0	47	97	0	181	34	17	12	34	1.88
97391637--97391700	30	2.1	30	91	0	101	29	4	39	26	1.76
97399517--97399545	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
97399636--97399708	29	2.5	29	100	0	146	27	28	15	28	1.96
97423707--97423785	27	2.9	27	90	0	113	35	18	15	30	1.92
97423706--97423807	27	3.8	27	84	0	105	35	16	16	31	1.92
97428986--97429058	6	11.8	6	69	16	51	47	15	19	17	1.82
97428988--97429058	31	2.3	31	85	0	97	47	15	18	18	1.82
97429013--97429055	19	2.3	18	80	4	50	46	16	18	18	1.84
97429195--97429296	27	3.8	28	81	10	104	38	18	22	20	1.94
97429428--97429494	27	2.5	27	90	0	107	28	23	23	23	2.00
97429482--97429546	22	3.0	22	77	8	78	35	21	21	21	1.96
97429991--97430086	27	3.6	27	85	0	129	23	19	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97430119--97430305	27	6.9	26	77	7	131	32	9	18	39	1.83
97430126--97430319	82	2.4	82	80	4	196	31	9	19	38	1.84
97430190--97430319	27	4.8	27	85	0	170	33	8	18	40	1.81
97430297--97430616	27	11.9	27	87	0	415	40	5	21	31	1.77
97430176--97430330	81	1.9	82	82	1	195	34	9	18	38	1.82
97430297--97430616	81	4.0	81	90	0	460	40	5	21	31	1.77
97432181--97432212	15	2.1	15	94	0	55	18	28	25	28	1.98
97432426--97432504	6	12.8	6	74	15	72	46	15	20	17	1.83
97432426--97432504	31	2.5	31	89	0	122	46	15	20	17	1.83
97432459--97432501	19	2.3	18	80	4	50	46	16	18	18	1.84
97432641--97432735	27	3.5	28	81	11	108	37	17	23	21	1.94
97432901--97432965	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
97433392--97433585	27	7.3	27	89	1	284	24	21	20	33	1.97
97433569--97434072	27	18.7	27	76	7	132	35	7	21	35	1.82
97433625--97433804	82	2.2	81	81	3	191	30	10	20	38	1.85
97433706--97433818	54	2.1	54	89	0	172	32	7	20	38	1.82
97433677--97433829	81	1.9	82	81	1	191	35	8	18	37	1.81
97433813--97434026	54	4.0	54	86	0	275	41	5	21	31	1.76
97433813--97434034	81	2.7	81	87	0	309	40	5	22	31	1.78
97435100--97435134	18	1.9	18	94	0	61	22	14	5	57	1.59
97435741--97436125	196	2.0	195	95	0	689	51	12	9	26	1.70
97437010--97437320	46	7.0	46	86	7	417	22	22	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97437233--97437308	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
97437696--97437778	43	1.9	43	100	0	166	49	20	3	26	1.65
97441397--97441457	27	2.3	27	82	0	77	44	13	16	26	1.84
97441412--97441587	27	6.6	27	72	5	115	40	16	19	22	1.91
97445274--97445388	44	2.7	43	81	6	135	22	20	26	31	1.98
97445274--97445438	43	3.9	42	75	10	156	22	18	27	31	1.97
97452938--97452984	25	1.9	24	82	4	58	38	12	4	44	1.62
97452969--97453049	13	6.2	13	72	0	63	37	19	2	40	1.65
97459589--97459624	17	2.1	18	89	5	56	19	22	36	22	1.95
97475902--97475959	26	2.3	25	90	3	98	34	17	22	25	1.96
97477465--97477552	43	2.0	43	88	0	131	20	14	26	38	1.91
97481158--97481227	25	2.8	25	78	8	70	32	14	30	22	1.94
97481362--97481411	26	1.9	26	95	0	91	40	24	22	14	1.90
97482941--97483028	21	4.2	21	70	17	58	44	17	20	18	1.87
97486034--97486085	27	1.9	27	100	0	104	34	28	13	23	1.92
97489301--97489471	93	1.8	93	88	2	263	30	26	18	23	1.98
97489292--97489469	46	3.8	46	76	8	173	31	26	18	23	1.97
97492072--97492106	17	2.1	17	88	0	52	31	20	8	40	1.82
97494516--97494609	7	13.3	7	96	1	170	13	0	40	45	1.44
97511309--97511354	24	1.9	24	82	8	58	15	6	4	73	1.19
97516068--97516234	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
97516063--97516234	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97518653--97518679	11	2.5	11	100	0	54	33	7	40	18	1.78
97529801--97529827	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
97535728--97535780	26	2.0	27	85	7	74	24	15	22	37	1.92
97537261--97537324	31	2.0	32	96	3	121	39	25	6	29	1.80
97539657--97539694	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97541314--97541382	28	2.5	28	95	2	122	43	27	10	18	1.82
97547654--97547691	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
97549318--97549383	28	2.4	28	87	7	91	43	24	9	22	1.82
97560686--97560733	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
97560777--97560835	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
97560886--97560980	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
97560887--97560980	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
97561195--97561309	38	3.5	31	79	16	133	41	13	20	23	1.88
97561172--97561309	68	2.0	68	95	2	251	39	14	21	23	1.91
97561225--97561332	38	2.8	38	92	1	180	39	15	22	22	1.91
97569042--97569089	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
97569133--97569191	20	3.0	20	92	0	100	37	11	20	30	1.89
97569242--97569336	24	4.0	24	85	10	124	28	21	24	26	1.99
97569243--97569336	47	2.0	49	85	12	133	27	21	24	26	1.99
97569528--97569690	38	4.4	38	83	11	223	37	17	22	22	1.94
97569552--97569667	31	3.5	31	79	15	133	40	14	20	24	1.90
97569528--97569667	69	2.0	69	97	0	262	38	15	21	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97571844--97572030	93	2.0	93	98	0	365	30	9	17	42	1.81
97574284--97574330	24	2.0	24	82	0	58	27	2	6	63	1.30
97574611--97574976	186	2.0	184	95	2	662	39	7	6	46	1.58
97576051--97576102	20	2.6	20	85	11	63	57	1	1	38	1.21
97581306--97581479	93	1.9	93	92	2	296	27	17	25	29	1.98
97586152--97586195	11	4.2	11	82	8	56	88	0	9	2	0.59
97592733--97592771	17	2.2	18	86	13	55	69	0	0	30	0.89
97597984--97598097	57	2.0	58	91	5	187	31	14	15	38	1.87
97600898--97600932	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
97604359--97604428	28	2.5	28	90	4	106	32	27	12	27	1.93
97604813--97605110	101	2.8	105	91	4	487	40	15	8	34	1.78
97604792--97605110	109	3.0	107	88	7	497	39	16	8	35	1.78
97608838--97608907	28	2.5	28	88	4	97	34	25	12	27	1.92
97609294--97609591	101	2.8	105	92	4	496	41	15	8	35	1.77
97615617--97615719	51	2.0	52	94	1	181	30	7	27	34	1.85
97615617--97615719	26	4.0	26	92	2	181	30	7	27	34	1.85
97617567--97617629	34	1.9	34	87	6	94	28	15	25	30	1.96
97627836--97627945	26	4.2	26	90	4	186	34	3	24	37	1.73
97629724--97630145	136	3.1	136	97	0	781	24	18	25	31	1.97
97633928--97634035	26	4.2	26	95	3	193	33	3	25	37	1.73
97633928--97634035	51	2.1	51	94	3	191	33	3	25	37	1.73
97635815--97636236	136	3.1	136	97	0	781	24	18	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97650297--97650386	43	2.1	42	87	2	135	25	32	17	24	1.97
97653202--97653247	24	1.9	24	100	0	92	21	4	41	32	1.73
97656515--97656550	17	2.0	19	89	10	58	16	25	38	19	1.92
97661455--97661488	4	8.2	4	87	6	50	23	2	0	73	0.97
97664354--97664394	21	1.9	22	90	5	66	73	0	0	26	0.84
97665885--97665918	16	2.1	17	94	5	61	73	0	0	26	0.83
97666157--97666200	17	2.7	16	82	3	52	34	4	0	61	1.16
97669582--97669619	18	2.1	19	90	5	60	60	0	5	34	1.19
97673997--97674073	37	2.1	37	97	0	145	44	2	38	14	1.59
97675095--97675205	28	4.0	28	91	4	188	23	13	29	33	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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