genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.269.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80015626--80015854	49	4.6	49	81	5	255	25	17	26	29	1.98
80017838--80018010	46	3.7	46	76	15	160	27	20	29	22	1.98
80025393--80025658	47	5.7	46	78	12	226	27	19	30	22	1.98
80028044--80028252	46	4.5	46	81	7	228	28	17	30	23	1.97
80028229--80028306	24	3.2	24	62	7	57	26	12	34	25	1.92
80028044--80028404	46	7.7	47	74	14	216	27	17	30	24	1.97
80032720--80032884	40	4.1	40	82	6	192	26	26	21	25	2.00
80037036--80037065	16	1.9	15	93	6	51	33	23	0	43	1.54
80037268--80037345	23	3.3	23	66	16	68	35	26	14	23	1.93
80037271--80037351	26	3.2	25	66	16	69	37	28	12	22	1.90
80037319--80037503	101	1.8	101	86	0	271	28	25	19	26	1.99
80037270--80037554	50	5.7	50	76	3	232	33	25	16	24	1.96
80047648--80047919	50	5.4	50	74	7	228	27	16	24	30	1.96
80049275--80049334	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
80049341--80049382	21	2.0	22	85	4	59	33	21	23	21	1.97
80056140--80056315	46	3.8	45	76	10	176	21	19	29	29	1.98
80056137--80056307	93	1.8	93	89	0	270	21	20	29	28	1.98
80059500--80059559	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
80066062--80066107	20	2.3	20	96	0	83	4	23	17	54	1.61
80067414--80067464	18	2.9	18	91	2	77	54	11	1	31	1.47
80069852--80069904	20	2.7	20	100	0	106	20	33	24	20	1.97
80079720--80079831	40	2.8	39	83	5	134	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80079674--80079861	40	4.8	38	74	9	128	27	22	26	23	1.99
80085344--80085519	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80085340--80085511	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80088125--80088300	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80088121--80088292	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80090898--80091073	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
80090894--80091065	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
80096194--80096338	40	3.6	39	83	1	155	25	22	28	23	1.99
80098133--80098176	20	2.3	19	81	14	54	61	2	13	22	1.43
80099865--80100031	48	3.6	48	80	4	200	23	32	18	25	1.97
80116804--80117013	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80124938--80125147	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
80131163--80131329	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
80134057--80134224	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	24	2.00
80135802--80135979	40	4.5	40	74	1	124	25	17	23	32	1.97
80135796--80135946	79	1.9	79	84	0	203	25	18	21	35	1.96
80135884--80136009	40	3.2	39	73	13	121	26	18	24	30	1.98
80136087--80136176	40	2.2	40	84	0	108	28	21	18	31	1.97
80136117--80136227	40	2.8	39	77	6	98	23	18	21	36	1.94
80142881--80143087	43	4.9	42	83	2	261	28	24	17	30	1.97
80142881--80143077	85	2.3	85	98	0	385	27	23	17	30	1.97
80150899--80150950	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80150993--80151020	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
80166044--80166306	40	6.6	40	90	1	386	26	25	22	24	2.00
80167899--80168118	39	5.6	40	90	5	333	26	26	22	24	2.00
80176121--80176343	40	5.6	40	89	2	324	26	26	22	25	2.00
80178790--80178860	38	2.0	33	86	13	88	25	23	30	19	1.98
80178751--80178900	39	3.9	38	90	2	228	24	20	32	22	1.98
80178752--80178900	77	1.9	77	93	2	255	24	20	32	22	1.98
80194962--80195183	39	5.6	39	80	8	202	24	27	22	24	2.00
80194962--80195185	79	2.8	77	80	8	236	25	27	22	24	2.00
80194962--80195185	40	5.7	40	83	6	253	25	27	22	24	2.00
80204228--80204291	26	2.4	26	86	5	83	34	25	10	29	1.90
80204396--80204507	27	4.2	26	76	12	100	19	23	19	37	1.94
80204396--80204507	54	2.1	54	84	3	145	19	23	19	37	1.94
80209453--80209975	41	12.3	41	87	7	681	19	19	24	36	1.95
80209453--80209975	84	6.2	82	85	8	681	19	19	24	36	1.95
80209625--80209649	12	2.1	12	100	0	50	16	16	32	36	1.90
80209584--80209690	53	2.0	53	94	0	187	19	18	26	35	1.95
80209637--80209975	125	2.7	125	91	2	529	19	19	24	36	1.95
80215900--80215968	34	2.0	34	100	0	138	39	5	23	31	1.78
80216518--80217024	41	12.3	41	91	1	784	18	18	25	36	1.94
80219922--80220000	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
80220640--80220675	2	18.0	2	88	0	54	44	2	2	50	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80227801--80227879	29	2.7	29	84	5	97	26	31	15	26	1.95
80231857--80232029	93	1.9	93	93	0	301	28	28	20	22	1.99
80231850--80232025	46	3.8	46	79	10	205	29	27	20	22	1.98
80236803--80236866	26	2.4	26	86	5	83	34	25	10	29	1.90
80236988--80237076	27	3.3	26	86	7	124	16	23	21	38	1.93
80238758--80238889	29	4.6	29	85	1	97	25	31	16	25	1.96
80238757--80238889	58	2.3	59	81	5	146	25	31	16	26	1.96
80248732--80248942	46	4.6	45	78	11	189	25	29	18	26	1.98
80251828--80251856	11	2.6	11	100	0	58	41	17	10	31	1.83
80252849--80252953	36	2.9	37	94	1	176	26	32	17	23	1.96
80253105--80253237	48	2.7	49	91	4	207	29	25	8	36	1.85
80253105--80253249	50	3.0	50	90	5	217	28	24	8	37	1.86
80253208--80253492	47	6.1	47	92	2	452	25	29	11	32	1.92
80253208--80253492	140	2.0	139	91	2	464	25	29	11	32	1.92
80253392--80253467	22	3.3	22	67	22	66	25	30	13	31	1.93
80268532--80268573	14	3.1	13	89	3	57	69	2	9	19	1.28
80272295--80272367	37	2.0	37	97	0	137	19	21	21	36	1.95
80276631--80276688	25	2.3	25	80	11	66	24	24	20	31	1.98
80279000--80279122	43	2.9	43	78	4	149	32	11	26	30	1.91
80280514--80280552	16	2.4	16	83	8	53	48	20	20	10	1.78
80280771--80280857	28	3.1	29	85	3	124	29	14	26	28	1.95
80280774--80280882	28	3.9	27	80	9	103	27	14	28	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80282288--80282450	70	2.3	71	97	1	310	34	18	28	19	1.95
80289466--80289629	71	2.3	71	97	0	310	34	18	28	18	1.95
80298354--80298397	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
80302627--80302670	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
80306133--80306358	91	2.4	94	79	10	241	23	31	18	26	1.97
80306132--80306490	47	7.7	46	69	17	183	23	29	20	27	1.98
80306133--80306456	94	3.5	94	76	11	299	23	29	19	27	1.98
80315093--80315134	21	2.0	21	90	0	66	26	16	26	30	1.97
80325645--80325829	27	6.9	26	74	10	133	43	19	14	22	1.87
80325638--80325829	54	3.6	53	82	2	215	42	19	15	22	1.88
80325644--80325828	81	2.3	81	81	5	196	43	19	14	22	1.87
80329102--80329129	8	3.5	8	100	0	56	46	14	14	25	1.82
80336082--80336134	24	2.2	24	96	0	97	20	43	3	32	1.70
80345347--80345478	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
80353400--80353531	29	4.6	29	91	0	201	26	15	32	25	1.95
80355390--80355439	24	2.0	26	84	7	68	50	8	14	28	1.70
80356786--80356939	27	5.7	27	82	4	127	30	11	20	37	1.88
80356812--80357337	27	19.7	27	78	5	460	31	9	19	39	1.84
80357654--80357712	28	2.1	28	87	0	82	28	32	18	20	1.96
80360999--80361665	47	14.2	47	93	0	1091	28	28	8	33	1.87
80367183--80367229	20	2.4	19	86	6	67	42	10	4	42	1.59
80367189--80367229	20	2.0	20	95	0	73	46	12	4	36	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80378975--80379017	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
80381601--80381653	22	2.4	22	75	12	54	39	15	28	16	1.89
80387646--80387688	22	1.9	23	90	4	70	25	53	0	20	1.46
80390017--80390180	40	4.1	40	82	4	179	25	28	21	25	1.99
80390003--80390180	80	2.2	80	82	3	207	24	27	21	25	2.00
80398007--80398169	40	4.1	40	81	5	179	25	28	21	25	1.99
80401581--80401651	29	2.5	29	97	2	135	26	12	28	32	1.93
80407907--80407940	17	1.9	18	88	5	52	38	5	5	50	1.51
80407960--80408191	127	1.8	127	86	8	337	47	7	3	40	1.49
80413377--80413506	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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