genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.232.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67852842--67852928	24	3.6	24	93	0	156	22	17	24	35	1.95
67852842--67852950	48	2.3	48	91	3	175	25	17	22	33	1.96
67852842--67852950	24	4.5	25	86	6	145	25	17	22	33	1.96
67855519--67855553	18	1.9	18	88	0	52	8	17	0	74	1.06
67855749--67855786	16	2.4	16	91	8	60	63	2	0	34	1.09
67855745--67855785	11	3.9	11	84	6	50	63	2	0	34	1.08
67857332--67857386	15	3.5	16	78	11	60	72	1	20	5	1.13
67857322--67857371	21	2.3	21	79	3	55	76	2	16	6	1.08
67858622--67858647	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67859231--67859421	18	10.6	18	75	9	122	35	12	15	37	1.84
67859219--67859385	36	4.6	37	74	10	139	37	11	14	37	1.82
67859219--67859422	54	3.8	54	78	6	182	35	12	14	37	1.84
67859219--67859421	72	2.8	71	80	5	212	35	11	14	37	1.83
67859428--67859501	36	2.1	36	84	0	94	37	10	14	36	1.82
67859442--67859510	36	1.9	36	84	0	93	37	8	14	39	1.77
67864983--67865028	24	1.9	24	90	0	74	34	2	6	56	1.37
67865935--67865971	5	7.2	5	90	3	56	35	59	0	5	1.20
67871258--67871306	10	5.1	10	76	14	50	30	2	0	67	1.02
67871296--67871360	24	2.5	25	76	23	64	26	6	1	66	1.24
67872115--67872140	5	5.2	5	100	0	52	38	0	61	0	0.96
67876240--67876310	16	4.4	16	67	13	56	43	1	1	53	1.18
67876259--67876344	39	2.3	37	80	8	93	43	2	3	51	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67877898--67877995	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
67886274--67886374	29	3.5	29	91	4	152	26	25	14	32	1.95
67886270--67886403	58	2.3	57	80	8	155	28	25	14	32	1.94
67892121--67892203	37	2.2	37	91	0	130	20	32	22	24	1.98
67892321--67892758	47	9.3	47	95	0	732	27	30	9	32	1.88
67895551--67895661	27	4.2	26	85	5	141	37	21	24	16	1.93
67897063--67897163	24	4.2	24	92	0	148	24	39	1	33	1.67
67902070--67902179	27	4.1	26	82	8	123	39	20	23	17	1.92
67903590--67903690	24	4.2	24	94	0	157	24	40	1	32	1.67
67906238--67906295	30	1.9	30	82	6	73	8	29	39	22	1.84
67907771--67907844	6	12.3	6	94	0	121	81	0	4	14	0.84
67909738--67909765	5	5.6	5	100	0	56	57	0	42	0	0.99
67914823--67915014	79	2.4	81	81	6	205	25	22	27	25	2.00
67914893--67915014	40	3.1	39	85	5	149	25	22	27	24	2.00
67919367--67919411	22	2.0	22	86	0	63	71	4	2	22	1.15
67935996--67936144	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
67936037--67936144	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
67944391--67944482	42	2.2	42	92	0	148	27	33	17	21	1.96
67945973--67946232	46	5.6	46	77	12	212	28	18	29	22	1.98
67945973--67946232	47	5.6	47	75	12	216	28	18	29	22	1.98
67953099--67953269	93	1.8	93	92	0	288	22	20	28	29	1.98
67953103--67953274	46	3.7	46	74	13	181	22	20	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67957647--67957680	16	2.1	17	89	10	54	23	14	0	61	1.33
67960287--67960314	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
67960541--67960576	17	2.1	17	100	0	72	27	11	25	36	1.90
67967258--67967366	20	5.9	18	72	18	57	52	3	3	40	1.37
67970739--67970765	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
67970787--67970830	22	2.0	22	100	0	88	36	13	9	40	1.76
67971060--67971085	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67975311--67975526	46	4.6	46	79	10	197	28	18	29	23	1.98
67982962--67983172	46	4.5	46	74	10	169	28	18	28	23	1.98
67987211--67987306	42	2.3	42	80	7	113	16	26	17	39	1.91
67989456--67989564	50	2.2	50	88	0	155	30	15	28	25	1.96
68000791--68000946	21	7.5	21	71	3	100	17	22	17	42	1.88
68000808--68000946	42	3.3	41	81	2	152	17	20	17	43	1.89
68004637--68004757	47	2.6	45	83	11	147	27	18	31	23	1.97
68007337--68007646	40	7.8	40	91	2	464	27	27	21	23	1.99
68017106--68017223	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
68017074--68017237	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
68019543--68019852	40	7.8	40	94	2	500	26	27	22	23	1.99
68022154--68022273	46	2.6	44	83	7	143	28	17	28	25	1.98
68022635--68022684	25	2.0	25	100	0	100	36	12	12	40	1.79
68022771--68022942	86	2.0	86	97	0	326	25	29	13	31	1.93
68025423--68025490	12	5.8	11	72	17	57	72	1	7	19	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68027103--68027144	17	2.5	17	100	0	84	21	7	52	19	1.69
68041359--68041413	7	7.9	7	86	8	76	60	0	10	29	1.31
68041359--68041411	21	2.5	21	93	6	90	60	0	9	30	1.28
68044212--68044304	45	2.1	45	97	0	177	24	10	16	48	1.78
68044332--68044386	25	2.2	25	96	3	103	32	16	3	47	1.64
68044339--68044392	25	2.2	25	93	0	90	27	20	5	46	1.73
68050110--68050152	22	2.0	22	90	0	68	20	11	6	60	1.54
68050115--68050157	22	2.0	22	95	0	77	20	9	9	60	1.55
68050268--68050318	25	2.1	24	85	10	68	33	1	7	56	1.39
68058061--68058087	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68059530--68059705	46	3.8	46	78	8	214	19	21	30	28	1.98
68059526--68059696	92	1.8	93	93	1	299	19	22	30	27	1.98
68062660--68062728	15	4.7	15	84	12	90	11	17	11	59	1.61
68065126--68065301	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
68065122--68065293	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
68075891--68075930	20	2.0	20	100	0	80	35	15	20	30	1.93
68081038--68081108	36	2.0	36	97	0	133	25	11	19	43	1.84
68082869--68083030	81	2.0	81	93	0	279	23	21	16	38	1.92
68089104--68089313	49	4.3	49	96	1	359	34	8	27	29	1.86
68089382--68089468	37	2.3	36	88	5	120	22	20	31	25	1.98
68097262--68097505	109	2.2	109	97	0	452	18	26	28	26	1.98
68097438--68097545	42	2.6	42	92	0	180	20	28	31	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68105023--68105054	17	1.9	16	93	6	55	28	12	28	31	1.93
68108203--68108250	19	2.5	19	93	0	78	31	16	35	16	1.92
68108203--68108249	9	4.9	10	82	10	62	31	17	36	14	1.90
68108324--68108431	28	3.8	29	78	10	107	28	13	32	25	1.94
68115702--68115752	16	3.2	16	88	0	75	50	13	23	11	1.74
68115702--68115761	16	3.8	16	84	4	68	51	13	21	13	1.75
68115984--68116092	29	3.8	29	76	8	98	29	14	31	24	1.95
68119116--68119194	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
68122222--68122366	40	3.6	40	86	4	202	25	25	26	22	2.00
68127355--68127516	42	3.8	42	82	6	186	31	25	15	27	1.96
68127355--68127516	85	1.9	84	83	6	211	31	25	15	27	1.96
68133551--68133671	44	2.8	44	87	6	158	21	14	28	36	1.92
68134579--68134609	16	1.9	16	100	0	62	38	6	12	41	1.69
68136301--68136360	10	6.0	10	92	3	95	20	8	0	71	1.11
68142316--68142537	40	5.6	40	92	1	367	27	26	22	23	2.00
68146037--68146084	23	2.0	24	84	11	64	14	8	2	75	1.13
68149578--68149629	10	5.1	10	83	2	59	25	5	0	69	1.10
68150547--68150579	12	2.8	12	100	0	66	24	9	0	66	1.20
68154025--68154049	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
68154022--68154090	29	2.3	31	80	9	81	60	4	0	34	1.16
68154303--68154361	30	1.9	31	89	3	93	30	20	1	47	1.60
68158068--68158285	40	5.5	40	88	2	289	23	28	23	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68166354--68166571	40	5.5	40	85	2	253	24	27	23	24	2.00
68168624--68168653	16	1.9	15	93	6	51	36	23	13	26	1.92
68168851--68168944	42	2.2	42	86	3	136	31	22	14	30	1.94
68171739--68171914	46	3.8	46	79	12	207	21	21	28	28	1.98
68171736--68171907	93	1.8	93	94	0	308	21	21	29	27	1.99
68173628--68173813	40	4.7	40	86	5	227	25	22	26	25	2.00
68179616--68179689	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
68179673--68179747	28	2.6	29	78	4	89	22	20	34	22	1.96
68184851--68185021	93	1.8	93	96	0	315	28	29	21	21	1.98
68184843--68185018	46	3.8	46	80	12	225	28	28	21	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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