genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.56.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15784639--15784800	88	1.9	87	89	1	252	22	20	21	35	1.96
15796671--15796729	24	2.4	24	76	18	59	64	0	16	18	1.29
15796899--15796948	22	2.3	22	89	6	75	64	0	10	26	1.25
15797433--15797461	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
15799682--15799710	12	2.5	12	94	5	51	79	0	0	20	0.74
15800467--15800523	28	2.1	28	86	3	80	36	1	3	57	1.26
15801025--15801063	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
15801565--15801610	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
15812111--15812152	16	2.6	16	88	7	59	69	9	16	4	1.33
15812109--15812181	11	6.9	11	71	18	57	69	6	19	4	1.27
15812138--15812189	26	1.9	28	84	7	72	67	3	25	3	1.25
15814835--15814861	12	2.2	12	100	0	54	85	0	0	14	0.61
15818389--15818429	5	7.6	5	84	15	55	82	0	0	17	0.66
15818388--15818425	12	3.2	12	92	7	69	84	0	0	15	0.63
15818388--15818429	11	3.8	11	93	6	68	83	0	0	16	0.65
15820997--15821134	40	3.5	40	75	6	129	27	18	23	30	1.97
15822822--15822876	2	29.0	2	78	10	53	52	7	0	40	1.29
15822822--15822873	22	2.3	23	90	6	88	53	7	0	38	1.30
15823680--15823715	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
15823679--15823716	15	2.5	16	87	12	62	15	5	13	65	1.43
15823676--15823754	33	2.4	33	83	8	99	11	6	17	64	1.46
15823679--15823747	15	4.5	15	69	26	56	13	5	18	62	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15824154--15824256	33	3.0	35	90	5	167	23	12	47	16	1.81
15824965--15825111	54	2.9	50	80	12	183	34	19	16	29	1.94
15825168--15825755	147	4.1	140	92	5	971	31	19	15	32	1.94
15825267--15825755	70	6.9	70	94	3	854	31	20	15	32	1.94
15825168--15825755	217	2.7	217	96	2	1084	31	19	15	32	1.94
15837867--15837949	30	2.8	28	72	18	78	50	7	6	36	1.55
15838034--15838083	22	2.3	21	90	6	82	54	8	0	38	1.30
15838602--15838640	11	3.4	11	83	13	51	48	0	51	0	1.00
15838900--15838935	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
15838899--15838936	15	2.5	16	87	12	62	15	5	13	65	1.43
15838898--15838974	31	2.4	31	82	6	100	11	6	18	63	1.48
15838898--15838974	33	2.4	32	83	10	102	11	6	18	63	1.48
15839377--15839445	35	2.0	35	97	0	129	20	13	50	15	1.77
15846793--15846916	2	65.0	2	68	17	50	50	5	4	38	1.47
15846864--15846915	20	2.5	21	87	6	79	53	7	0	38	1.30
15847717--15847752	14	2.5	15	95	4	65	16	5	13	63	1.47
15847714--15847793	33	2.4	33	82	2	106	11	6	17	65	1.45
15847716--15847753	15	2.5	16	87	12	62	15	5	13	65	1.43
15847716--15847784	15	4.5	15	69	26	56	13	5	18	62	1.50
15847973--15848011	20	2.0	20	85	9	55	61	5	17	15	1.51
15848197--15848265	35	2.0	35	97	0	129	20	13	50	15	1.77
15855547--15855629	18	4.5	19	72	19	50	31	4	4	59	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15855518--15855618	46	2.2	45	77	8	105	32	5	4	56	1.45
15857484--15857515	16	2.0	16	93	0	55	40	0	43	15	1.47
15857929--15857986	29	2.0	29	100	0	116	27	13	24	34	1.93
15858954--15859008	13	4.2	13	81	11	60	74	1	0	23	0.91
15858960--15859005	12	4.1	11	75	25	51	78	2	0	19	0.86
15859628--15859652	7	3.6	7	100	0	50	0	12	0	88	0.53
15862472--15862511	20	2.0	20	90	0	62	0	17	2	80	0.83
15862624--15862674	17	2.9	18	80	14	70	11	0	39	49	1.40
15869508--15869543	7	5.3	7	86	6	56	72	2	0	25	0.98
15869497--15869553	14	4.2	13	82	10	62	71	1	0	26	0.95
15869497--15869553	27	2.1	27	84	12	73	71	1	0	26	0.95
15874864--15875006	18	7.7	18	64	22	73	69	21	4	3	1.22
15874915--15875007	34	2.7	36	91	8	165	74	16	6	3	1.16
15874915--15875006	35	2.7	35	93	6	161	73	16	6	3	1.17
15875290--15875331	12	3.4	12	75	18	50	0	11	7	80	0.88
15875802--15875835	11	3.0	11	86	4	50	41	0	0	58	0.98
15876223--15876257	16	2.3	15	90	5	52	31	2	2	62	1.24
15880075--15880118	21	2.1	21	87	8	63	25	11	34	29	1.91
15881879--15881984	26	4.1	25	90	7	167	33	7	22	36	1.83
15881879--15881984	52	2.0	52	94	0	185	33	7	22	36	1.83
15883445--15883496	26	2.0	26	100	0	104	30	19	19	30	1.96
15883600--15883740	27	5.2	27	84	11	182	17	24	23	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15883597--15883758	54	3.0	54	90	2	247	18	24	22	34	1.96
15883600--15883758	27	5.9	27	80	16	154	18	24	22	34	1.96
15883600--15883758	81	2.0	80	84	8	207	18	24	22	34	1.96
15885253--15885412	32	5.0	32	89	1	250	45	9	11	33	1.73
15888123--15888201	3	27.0	3	78	19	87	68	1	1	29	1.05
15893830--15893935	53	2.0	53	85	3	142	33	5	12	48	1.64
15894866--15894891	10	2.6	10	100	0	52	61	15	0	23	1.33
15896116--15896458	179	1.9	179	89	2	537	32	12	21	32	1.91
15897472--15897692	49	4.8	46	85	7	213	29	25	14	30	1.94
15897511--15897685	49	3.6	49	93	2	266	29	26	14	29	1.95
15897532--15897736	49	4.3	46	88	4	178	31	25	13	28	1.94
15897754--15898056	31	9.8	31	79	8	269	25	25	18	30	1.98
15897785--15898066	154	1.8	154	90	1	458	24	24	18	32	1.97
15898032--15898160	50	2.5	51	88	2	197	25	22	16	35	1.94
15898163--15898192	11	2.7	11	100	0	60	23	36	20	20	1.95
15906739--15906764	5	5.2	5	100	0	52	19	57	23	0	1.40
15907055--15907110	22	2.6	21	85	5	67	39	3	1	55	1.28
15907078--15907176	3	32.3	3	92	8	164	32	1	0	66	0.98
15907248--15907323	23	3.1	23	75	14	64	31	2	6	59	1.37
15907291--15907828	147	3.7	147	86	6	667	30	4	6	58	1.42
15908132--15908172	20	2.0	20	85	9	55	26	7	2	63	1.33
15911539--15911571	11	3.1	11	86	8	50	63	0	27	9	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15913289--15913516	46	5.0	46	87	1	305	41	14	24	19	1.89
15913299--15913511	92	2.3	92	91	0	345	41	15	24	18	1.89
15917257--15917289	16	2.1	17	88	11	52	42	30	6	21	1.77
15923760--15923925	77	2.2	77	85	4	235	28	19	18	33	1.96
15923944--15924128	74	2.5	74	85	2	228	28	19	22	29	1.98
15925823--15926116	3	96.3	3	71	16	114	30	2	3	62	1.26
15925823--15926116	44	6.5	46	65	21	142	30	2	3	62	1.26
15925876--15926410	257	2.1	261	97	1	1006	29	4	5	61	1.36
15926256--15926319	24	2.5	24	80	12	65	32	0	10	56	1.34
15926276--15926817	150	3.7	149	85	7	659	31	4	5	58	1.42
15926703--15926750	3	16.0	3	78	8	53	35	2	2	60	1.20
15926876--15927088	3	71.3	3	64	15	59	30	7	4	58	1.43
15928176--15928524	46	7.6	46	88	4	456	42	12	23	21	1.87
15928186--15928524	182	1.9	182	86	4	486	42	13	23	21	1.87
15928782--15928814	17	2.0	17	88	5	50	51	6	15	27	1.66
15929385--15929456	37	1.9	37	100	0	144	19	8	20	51	1.72
15930050--15930149	44	2.3	44	80	0	101	34	18	20	28	1.95
15930183--15930424	44	5.4	44	71	14	163	33	19	20	27	1.96
15929983--15930512	138	3.8	138	79	8	519	33	19	19	28	1.96
15929983--15930515	275	1.9	276	81	5	632	33	19	19	28	1.96
15930359--15930615	93	2.7	92	77	8	277	32	18	21	28	1.97
15936602--15936711	26	4.2	26	95	0	175	34	5	23	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15938331--15938443	27	4.2	27	85	3	129	16	23	23	36	1.94
15938329--15938443	54	2.1	54	88	3	169	16	23	23	36	1.94
15942446--15942470	13	1.9	13	100	0	50	32	0	20	48	1.50
15942397--15942547	56	2.7	55	85	10	216	31	7	13	47	1.71
15942930--15942997	24	2.9	23	84	6	91	70	2	20	5	1.21
15943422--15943506	31	2.8	31	71	5	75	47	10	8	34	1.68
15960964--15961032	34	2.0	34	94	0	120	27	18	4	49	1.67
15972982--15973027	23	2.0	23	95	0	83	39	10	17	32	1.84
15980986--15981036	23	2.3	23	83	12	63	56	1	0	41	1.10
15983335--15983364	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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