genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.301.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90684884--90684991	39	2.8	37	86	8	144	24	24	29	22	1.99
90696611--90696673	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
90697126--90697161	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
90711245--90711302	17	3.4	17	76	19	59	60	5	0	34	1.19
90713690--90713717	3	9.3	3	100	0	56	67	0	32	0	0.91
90718096--90718427	164	2.0	166	83	3	420	29	10	22	36	1.88
90723769--90723854	45	1.9	44	90	2	136	25	13	23	37	1.92
90730736--90730762	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
90740381--90740419	20	1.9	20	84	5	51	33	0	7	58	1.26
90741359--90741395	12	3.0	12	92	4	56	8	29	35	27	1.85
90742318--90742353	17	2.1	17	100	0	72	47	19	5	27	1.72
90742531--90742710	40	4.4	40	87	2	245	34	26	15	23	1.94
90745073--90745122	26	1.9	26	84	8	66	56	12	14	18	1.68
90746538--90746603	29	2.3	28	77	10	71	43	21	15	19	1.87
90746589--90746652	29	2.2	29	81	10	69	40	20	15	23	1.90
90748103--90748370	48	5.6	47	78	9	208	25	27	19	27	1.99
90748104--90748370	96	2.8	95	84	5	290	25	27	19	27	1.99
90748196--90748382	96	1.9	96	90	2	295	26	27	19	27	1.99
90754990--90755052	30	2.0	32	82	11	78	55	28	1	14	1.48
90755687--90755858	48	3.6	47	82	4	177	23	29	19	27	1.99
90757067--90757178	29	3.9	29	80	4	109	37	20	14	27	1.91
90763392--90763449	30	2.0	29	96	3	107	25	15	24	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90767782--90767955	68	2.6	68	79	12	171	35	16	28	20	1.94
90775481--90775610	40	3.2	40	82	2	172	24	27	23	24	2.00
90775497--90775647	40	3.8	39	81	6	153	22	27	23	27	1.99
90775481--90775647	80	2.1	79	83	7	205	23	26	22	26	2.00
90783988--90784057	31	2.3	31	87	0	95	51	18	11	18	1.75
90784298--90784373	21	3.6	21	81	0	89	3	48	17	30	1.65
90789870--90789941	9	8.2	9	75	9	60	36	1	16	45	1.56
90789875--90789948	34	2.2	34	85	4	96	35	0	16	48	1.46
90789907--90789941	18	1.9	18	100	0	70	37	0	17	45	1.48
90790074--90790218	9	15.9	9	68	18	86	39	2	13	44	1.59
90790079--90790190	30	3.6	30	76	13	118	39	3	14	42	1.63
90790074--90790221	64	2.3	64	91	0	242	38	2	14	44	1.59
90790110--90790221	34	3.4	33	75	14	115	40	2	14	42	1.59
90790074--90790218	16	9.0	17	67	26	77	39	2	13	44	1.59
90790326--90791264	99	9.7	99	82	8	896	51	3	6	38	1.47
90790549--90791264	99	7.3	97	94	1	1113	50	3	6	38	1.46
90790326--90791264	294	3.2	295	94	2	1622	51	3	6	38	1.47
90791246--90791295	5	10.4	5	74	8	50	70	0	0	30	0.88
90791190--90791392	62	3.1	63	74	13	205	56	2	4	35	1.34
90791245--90791302	14	3.4	18	77	22	79	67	0	0	32	0.91
90791251--90791290	14	2.9	14	100	0	80	67	0	0	32	0.91
90791148--90791392	132	1.9	131	92	3	413	55	2	5	36	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90794620--90794668	21	2.3	21	89	0	71	42	30	6	20	1.76
90794636--90794682	7	6.7	7	80	9	51	44	31	2	21	1.64
90794697--90794732	14	2.6	14	95	0	63	52	36	0	11	1.37
90795303--90795353	21	2.4	22	83	9	70	45	31	1	21	1.63
90803520--90803567	22	2.3	22	85	7	64	27	20	18	33	1.96
90809254--90809403	40	3.7	39	77	6	131	24	24	28	23	2.00
90809308--90809403	39	2.4	40	85	1	140	26	23	28	21	1.99
90809308--90809437	40	3.3	40	82	5	140	25	25	26	23	2.00
90809254--90809439	79	2.3	81	80	8	202	24	24	26	24	2.00
90817370--90817464	38	2.4	40	82	3	122	26	24	27	22	2.00
90817373--90817482	40	2.8	40	78	8	120	26	23	26	23	2.00
90823057--90823182	63	2.0	63	87	0	180	23	19	24	32	1.98
90831372--90831432	29	2.1	29	100	0	122	32	4	26	36	1.78
90833053--90833108	21	2.7	21	94	0	94	25	23	30	21	1.99
90841968--90842071	43	2.4	43	80	1	111	38	24	11	25	1.89
90841989--90842074	43	2.0	43	86	0	118	34	25	12	26	1.92
90844092--90844174	29	2.9	29	92	1	141	16	22	27	32	1.96
90847099--90847392	144	2.1	142	83	3	358	26	17	30	25	1.97
90847111--90847397	48	6.0	48	80	0	297	26	18	30	24	1.98
90848946--90848981	18	2.0	18	89	10	56	22	0	19	58	1.40
90858320--90858382	25	2.5	25	89	0	99	28	25	15	30	1.96
90869506--90869657	39	3.9	39	95	0	259	23	31	21	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90877209--90877351	39	3.6	39	88	0	187	23	31	22	23	1.98
90882412--90882557	39	3.7	40	85	0	161	24	31	21	22	1.98
90882444--90882557	39	2.9	39	89	1	174	26	31	19	22	1.98
90897662--90897737	38	2.0	38	100	0	152	47	21	0	31	1.51
90899269--90899525	126	2.0	126	98	0	496	38	22	7	32	1.81
90900879--90901133	55	4.8	53	79	9	247	35	17	25	21	1.95
90900886--90901086	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	22	1.96
90902614--90902695	39	2.1	39	100	0	164	41	17	12	29	1.85
90904297--90904371	36	2.1	36	94	0	132	41	12	18	28	1.86
90904475--90904504	15	2.0	15	100	0	60	6	13	0	80	0.91
90914639--90914666	14	2.0	14	100	0	56	42	7	0	50	1.30
90915059--90915092	17	2.0	17	100	0	68	11	35	23	29	1.90
90921248--90921290	6	7.2	6	89	0	68	16	20	0	62	1.32
90922512--90922743	52	4.5	52	77	3	234	31	12	15	39	1.86
90922512--90922743	104	2.2	104	83	3	279	31	12	15	39	1.86
90922997--90923111	15	7.4	15	71	10	61	23	14	26	35	1.93
90931217--90931338	39	3.1	39	93	2	199	26	20	22	30	1.98
90939498--90939617	39	3.1	39	97	0	222	25	21	23	29	1.99
90943568--90943594	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
90948351--90948394	21	2.0	23	83	16	58	56	11	2	29	1.46
90949519--90949613	36	2.6	35	80	11	93	60	0	5	34	1.20
90949540--90949597	19	3.2	18	83	9	73	58	0	5	36	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90949546--90949597	17	3.0	17	76	13	61	59	0	5	34	1.21
90949546--90949613	36	1.9	34	88	5	100	61	0	7	30	1.23
90949546--90949621	36	2.1	35	83	7	91	61	2	6	28	1.34
90949609--90949671	31	2.0	31	96	0	117	53	4	11	30	1.56
90950076--90950149	18	4.2	18	77	6	71	31	5	0	63	1.17
90950178--90950241	33	1.9	33	81	12	78	50	14	4	31	1.63
90952089--90952123	12	2.8	13	91	4	54	57	0	17	25	1.40
90952089--90952128	18	2.2	18	86	8	55	55	0	17	27	1.43
90952169--90952273	34	3.1	34	100	0	210	40	2	20	36	1.67
90952833--90952913	28	2.9	28	81	3	83	38	14	16	30	1.89
90953505--90953549	19	2.3	20	80	7	56	51	11	17	20	1.75
90955782--90956916	351	3.2	352	97	0	2130	31	7	22	38	1.81
90958233--90958413	98	1.8	98	80	4	213	34	23	15	26	1.95
90958299--90958413	49	2.3	49	75	11	110	35	20	16	27	1.94
90965694--90965718	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
90968264--90968291	12	2.3	12	100	0	56	85	0	0	14	0.59
90968334--90968390	28	2.0	28	93	0	96	47	17	26	8	1.77
90973379--90973404	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
90975545--90975709	89	1.8	89	84	6	226	29	18	29	21	1.97
90983117--90983244	28	4.6	28	80	7	152	24	25	19	30	1.98
90989346--90989563	56	3.9	56	84	4	264	25	28	16	28	1.97
90989406--90989563	28	5.6	28	76	7	142	25	29	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90992804--90992863	29	2.1	29	96	0	111	35	15	18	31	1.91
90997757--90997802	24	2.0	22	83	8	56	15	30	28	26	1.96
90999434--90999480	6	7.5	6	79	15	51	80	0	12	6	0.88
90999434--90999484	25	2.0	26	85	11	70	78	0	13	7	0.96
90999889--90999914	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
91010510--91010580	26	2.7	27	76	6	74	38	22	19	19	1.94
91010515--91010580	27	2.5	26	80	2	78	37	21	19	21	1.94
91010739--91010956	81	2.7	81	87	5	323	26	22	17	33	1.96
91010739--91010956	27	8.1	27	84	0	283	26	22	17	33	1.96
91010960--91011023	27	2.4	28	86	5	80	32	9	20	37	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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