genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.333.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99537019--99537103	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
99539146--99539187	15	2.7	15	79	13	50	26	2	0	71	0.98
99539149--99539201	25	2.1	25	82	6	63	32	3	0	64	1.12
99539202--99539255	19	3.0	17	79	12	63	42	0	0	57	0.98
99539202--99539289	20	4.6	20	78	12	80	40	2	0	56	1.11
99540713--99540742	10	2.9	10	95	5	51	73	0	6	20	1.05
99541313--99541755	156	2.9	153	82	9	550	46	9	4	39	1.55
99543911--99543953	22	1.9	23	95	4	79	27	27	20	23	1.99
99554974--99555006	10	3.4	10	91	4	50	24	0	3	72	0.98
99555215--99555268	23	2.3	23	84	6	74	40	14	7	37	1.74
99558218--99558270	26	2.0	26	92	0	88	39	22	15	22	1.91
99565078--99565121	22	2.0	22	82	8	54	29	0	25	45	1.54
99576625--99576664	20	2.0	20	100	0	80	35	20	30	15	1.93
99576628--99576673	20	2.3	20	92	0	74	36	19	26	17	1.94
99578492--99578730	120	2.0	120	89	0	370	28	15	13	42	1.86
99580078--99580111	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
99587473--99587497	13	1.9	13	100	0	50	68	16	16	0	1.22
99596771--99596830	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
99606956--99607117	45	3.6	45	83	3	164	35	23	16	25	1.95
99611716--99611817	30	3.4	30	90	0	159	17	34	28	19	1.95
99611867--99611918	22	2.5	21	85	11	72	23	0	1	75	0.91
99611867--99612010	21	7.2	20	69	20	79	26	2	0	70	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99611920--99611945	4	6.5	4	100	0	52	50	0	0	50	1.00
99611961--99612039	6	12.8	6	75	17	56	16	3	1	78	0.96
99611955--99612024	8	8.8	8	83	13	67	18	1	0	80	0.80
99611969--99612040	29	2.4	29	84	9	83	16	4	1	77	0.99
99611986--99612063	21	3.8	19	77	12	75	12	8	1	76	1.06
99612114--99612152	3	13.3	3	83	5	53	30	0	5	64	1.15
99612115--99612152	15	2.6	14	95	4	67	31	0	5	63	1.17
99614539--99614583	13	3.8	12	82	8	56	33	2	0	64	1.06
99614562--99614648	17	5.2	18	71	19	64	32	3	1	63	1.19
99614556--99614645	5	17.6	5	73	16	60	32	3	1	63	1.18
99614445--99614645	31	6.6	31	70	21	101	33	4	2	59	1.31
99614543--99614648	13	8.1	13	68	21	53	33	3	0	62	1.20
99614536--99614659	30	3.9	33	73	21	88	33	3	1	61	1.22
99614611--99614653	21	2.0	21	82	8	52	32	0	4	62	1.15
99614820--99614894	39	2.0	38	82	10	91	34	9	2	53	1.47
99626720--99627196	90	5.4	90	85	5	596	31	14	26	27	1.95
99626793--99626941	45	3.3	45	67	10	133	31	15	28	24	1.96
99626751--99626986	45	5.2	44	64	13	131	32	14	26	27	1.95
99626676--99627025	45	7.8	44	62	11	129	31	14	26	27	1.95
99626959--99627198	81	2.9	81	84	5	282	32	14	25	27	1.95
99626720--99627198	171	2.7	175	86	2	651	31	14	26	27	1.95
99628700--99628841	3	49.0	3	68	26	76	35	2	0	61	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99628716--99628828	17	7.1	15	69	25	56	35	2	0	61	1.10
99628727--99628852	10	12.4	10	71	19	59	34	2	0	61	1.14
99628699--99628838	5	26.4	5	73	18	97	35	2	0	61	1.11
99628717--99628838	50	2.6	46	77	16	126	35	2	0	62	1.09
99628700--99628841	13	10.7	13	70	25	70	35	2	0	61	1.10
99628948--99629014	15	4.5	15	70	17	50	46	1	1	50	1.19
99633446--99633496	6	8.3	6	82	4	66	19	1	1	76	0.98
99635312--99635356	23	2.0	23	86	8	65	17	33	35	13	1.89
99640799--99640961	38	4.4	38	86	11	250	23	22	15	38	1.93
99640822--99640935	31	3.5	31	90	8	156	24	21	14	40	1.90
99640822--99640961	69	2.0	69	97	0	262	24	21	15	39	1.91
99641167--99641247	24	3.4	24	89	8	121	25	27	19	27	1.99
99641298--99641357	20	3.0	20	90	0	102	31	20	11	36	1.88
99641400--99641447	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
99643448--99643486	16	2.4	16	87	8	53	33	25	7	33	1.84
99643628--99643676	20	2.5	20	76	6	55	57	0	4	38	1.18
99643703--99643771	36	1.9	36	82	5	86	28	7	0	63	1.21
99643748--99643780	16	2.0	17	94	5	59	27	0	0	72	0.85
99648976--99649029	24	2.2	24	83	6	65	37	29	3	29	1.75
99654377--99654410	14	2.7	12	86	13	50	29	0	8	61	1.26
99654655--99654714	29	2.1	29	96	0	111	26	28	11	33	1.91
99661775--99661815	20	2.0	20	95	0	73	48	17	2	31	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99662789--99662951	42	3.8	42	75	12	134	30	25	17	26	1.98
99662829--99662938	44	2.6	42	81	9	125	31	26	18	23	1.97
99667288--99667349	29	2.1	29	84	0	79	29	32	19	19	1.96
99668315--99668448	41	3.2	41	79	4	135	31	27	14	26	1.95
99668363--99668463	41	2.5	40	87	4	132	32	27	13	25	1.94
99677070--99677112	21	2.0	21	100	0	86	34	18	13	32	1.90
99677824--99677853	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
99681147--99681175	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
99682492--99682584	23	4.3	22	80	11	95	37	23	22	16	1.93
99682501--99682561	21	2.8	21	82	9	70	34	24	24	16	1.95
99682543--99682597	23	2.4	23	87	0	83	38	21	21	18	1.94
99685208--99685237	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
99695041--99695117	28	2.8	28	91	0	127	28	28	14	28	1.95
99695104--99695239	40	3.4	40	87	6	186	31	27	17	23	1.97
99700719--99700808	18	4.9	19	90	9	152	37	10	15	36	1.81
99700711--99700815	35	3.0	36	80	17	123	38	10	15	36	1.82
99700719--99700831	18	5.8	22	86	11	87	37	8	15	38	1.79
99701097--99701130	17	1.9	18	88	5	52	32	0	0	67	0.91
99709728--99710179	78	5.6	78	86	6	563	31	18	25	25	1.98
99710040--99710263	45	4.9	45	78	9	213	31	16	26	25	1.97
99710024--99710252	90	2.6	91	83	10	253	31	17	26	25	1.97
99710577--99710667	19	4.9	19	90	8	152	38	10	14	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99710577--99710690	19	5.8	22	86	10	87	37	9	14	37	1.80
99715092--99715148	29	2.0	29	96	0	105	22	19	10	47	1.80
99723151--99723215	20	3.2	20	80	6	69	61	1	0	36	1.05
99723236--99723272	19	1.9	19	88	0	56	64	5	0	29	1.15
99724015--99724098	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
99727637--99727691	23	2.4	24	82	11	71	45	3	1	49	1.30
99727636--99727667	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
99729303--99729353	21	2.4	21	80	3	57	54	21	0	23	1.44
99729423--99729459	14	2.6	14	95	0	65	45	0	8	45	1.32
99729421--99729465	14	2.9	15	83	12	56	44	0	8	46	1.34
99729722--99729753	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
99733276--99735531	289	8.0	277	93	5	3772	36	12	11	39	1.79
99733276--99735531	564	4.0	564	96	2	4077	36	12	11	39	1.79
99735829--99735896	24	2.8	24	89	8	111	27	20	7	44	1.78
99736217--99736451	9	25.6	9	76	8	152	48	13	0	37	1.48
99736213--99736346	27	5.0	27	87	1	171	48	14	0	36	1.49
99736269--99736475	105	2.0	105	84	3	274	47	12	0	38	1.48
99736363--99736422	17	3.4	17	76	4	66	50	10	1	38	1.46
99736321--99736525	105	2.0	102	80	6	234	47	13	0	38	1.49
99742398--99742464	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
99742515--99742784	43	6.3	42	89	3	371	25	30	20	24	1.99
99742538--99742780	42	5.7	42	91	2	387	24	32	20	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99754318--99754361	6	7.3	6	84	0	52	20	2	38	38	1.65
99760940--99761054	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
99760940--99761073	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
99767228--99767285	24	2.4	24	77	11	64	17	41	1	39	1.59
99767255--99767296	6	7.0	6	83	0	57	16	35	0	47	1.47
99769238--99769262	10	2.5	10	100	0	50	56	0	0	44	0.99
99772683--99772708	1	26.0	1	100	0	52	100	0	0	0	0.00
99772639--99772702	32	2.0	32	84	0	83	64	9	9	17	1.49
99775122--99775227	56	1.9	55	82	7	133	37	1	14	46	1.55
99775245--99775273	11	2.5	12	88	11	51	51	6	0	41	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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