genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.211.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60832207--60832360	81	1.9	81	79	2	175	31	7	21	38	1.82
60835345--60835383	19	2.1	19	90	0	60	56	2	2	38	1.27
60835379--60835444	18	3.2	20	80	17	73	63	0	3	33	1.10
60837067--60837490	27	15.7	27	84	7	531	27	23	10	39	1.86
60837500--60837695	27	7.3	27	84	0	230	34	18	20	26	1.96
60837500--60837695	54	3.6	54	84	2	259	34	18	20	26	1.96
60837894--60837976	27	3.1	26	87	5	121	20	21	21	36	1.96
60838064--60838122	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
60838287--60838359	27	2.7	27	83	6	78	19	24	19	36	1.94
60838478--60838579	6	16.8	6	73	17	86	20	15	12	50	1.76
60838478--60838579	30	3.6	30	87	10	135	20	15	12	50	1.76
60838513--60838579	24	2.8	24	93	4	109	20	13	13	52	1.74
60838521--60838600	24	3.3	24	86	6	74	21	15	12	51	1.75
60840413--60840637	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
60840632--60840761	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
60840594--60840761	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
60847269--60847398	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
60847269--60847432	40	4.1	40	78	4	145	21	28	25	25	1.99
60851703--60851927	124	1.8	124	85	1	317	31	11	23	34	1.89
60851922--60852051	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
60851884--60852051	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
60854386--60854425	9	4.3	9	81	6	53	17	0	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60854634--60855141	44	11.5	44	85	2	624	27	27	13	30	1.95
60866773--60866808	7	5.0	7	86	6	54	66	0	2	30	1.06
60866773--60866808	15	2.5	14	86	8	54	66	0	2	30	1.06
60867075--60867124	18	2.6	19	84	9	57	64	0	4	32	1.12
60868909--60869076	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
60868925--60869074	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
60877400--60877452	27	1.9	27	84	3	70	39	7	22	30	1.82
60879611--60879640	14	2.1	15	93	6	53	13	56	6	23	1.60
60894648--60894825	45	4.0	45	87	0	275	24	21	26	27	1.99
60894797--60894905	41	2.6	42	81	7	132	29	22	29	19	1.98
60898753--60898809	30	1.9	30	88	0	87	26	24	7	42	1.80
60912725--60912867	39	3.6	39	88	0	187	23	31	22	23	1.98
60920795--60920908	39	2.9	40	92	5	187	24	31	20	23	1.98
60922820--60922934	29	4.0	29	81	6	119	29	28	13	27	1.95
60929295--60929364	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
60929372--60929478	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
60934817--60934914	28	3.5	28	84	4	108	29	16	24	29	1.96
60939039--60939108	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
60939116--60939222	42	2.5	42	96	0	196	22	33	14	28	1.94
60942884--60943108	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
60943103--60943232	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
60943065--60943232	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60950925--60951149	124	1.8	124	86	1	326	31	10	23	35	1.88
60951144--60951273	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
60951106--60951273	80	2.1	80	81	6	198	25	23	27	23	2.00
60954625--60954787	39	4.2	39	93	0	263	23	20	31	24	1.98
60954625--60954817	39	4.9	39	90	0	251	23	21	31	23	1.98
60962466--60962628	39	4.2	39	92	0	254	22	20	32	24	1.98
60970168--60970249	28	3.2	27	69	25	86	32	0	17	50	1.46
60970170--60970266	50	1.9	50	95	0	176	31	0	17	50	1.46
60991703--60991779	23	3.2	23	65	28	61	22	16	29	31	1.96
60991676--60991799	49	2.5	49	94	0	230	24	17	28	29	1.97
60999355--60999424	27	2.5	28	86	2	97	32	25	14	27	1.94
61012315--61012481	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
61020335--61020501	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
61020674--61020729	28	2.0	28	100	0	112	35	21	10	32	1.88
61022911--61026125	536	6.0	536	98	0	6198	33	13	22	30	1.92
61030303--61030879	47	12.3	47	94	0	969	33	9	29	27	1.88
61030469--61030547	25	3.3	25	61	10	65	32	5	29	32	1.79
61030997--61031078	37	2.2	37	89	2	121	24	23	31	20	1.98
61032985--61033341	40	9.1	40	92	3	564	28	20	24	26	1.99
61033351--61033450	28	3.5	28	76	2	101	23	20	27	30	1.98
61036481--61036965	47	10.3	47	94	0	808	32	9	29	27	1.88
61037083--61037165	37	2.2	37	91	0	130	24	22	32	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61038736--61038929	47	4.1	47	89	0	280	32	11	28	26	1.91
61039136--61039243	37	2.9	37	94	0	180	24	18	31	25	1.97
61042343--61042410	24	2.8	24	77	2	73	19	26	14	39	1.90
61044467--61044634	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
61051841--61052008	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
61053637--61053717	12	6.8	12	81	5	92	29	25	35	8	1.86
61058858--61059044	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
61058881--61059044	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
61058881--61059078	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
61066427--61066613	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
61066450--61066613	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
61066450--61066647	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
61074431--61074500	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
61074564--61074590	13	2.1	13	100	0	54	33	22	22	22	1.97
61082463--61082532	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
61089694--61089825	29	4.6	29	88	0	165	29	15	31	24	1.95
61091439--61091514	28	2.7	28	78	11	84	25	28	14	31	1.95
61094894--61095022	43	3.0	43	71	9	111	32	25	13	27	1.94
61095037--61095160	50	2.5	50	90	2	187	21	33	17	26	1.96
61100223--61100430	40	5.2	39	84	1	227	25	26	22	25	2.00
61100223--61100428	80	2.6	81	85	3	256	25	26	22	25	2.00
61110268--61110360	25	3.8	25	84	11	129	25	21	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61116800--61116911	57	1.9	57	84	12	149	28	32	13	25	1.94
61116800--61116911	29	3.9	29	81	8	131	28	32	13	25	1.94
61117142--61117180	8	4.9	8	81	12	53	2	23	20	53	1.57
61117136--61117180	16	2.9	15	80	9	54	4	22	17	55	1.60
61118339--61118374	15	2.5	14	86	8	54	66	0	11	22	1.22
61119622--61119756	24	5.7	24	78	5	132	23	12	28	34	1.92
61119623--61119714	47	1.9	48	86	2	132	20	13	31	34	1.91
61119622--61119754	71	1.9	72	83	1	178	24	12	28	35	1.91
61127636--61127752	58	2.0	57	82	11	141	29	31	12	26	1.93
61127655--61127752	29	3.4	29	85	4	128	29	32	12	25	1.92
61127972--61128038	24	2.8	24	86	4	82	11	23	16	47	1.80
61129659--61129747	27	3.3	26	79	6	97	39	19	8	32	1.83
61129600--61129776	54	3.3	53	78	5	178	38	22	9	30	1.85
61129754--61130298	27	20.2	27	87	1	644	30	20	8	40	1.82
61130535--61130586	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
61130619--61130656	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
61130832--61130923	6	15.0	6	68	17	55	18	17	14	50	1.79
61130832--61130902	31	2.3	31	85	0	97	18	18	14	49	1.80
61133848--61133947	25	4.0	25	84	0	119	28	23	20	29	1.98
61133849--61133950	50	2.0	50	84	0	132	29	22	19	28	1.98
61137924--61137964	13	3.2	13	80	13	57	39	2	4	53	1.35
61143618--61143687	35	2.0	35	97	0	131	35	20	4	40	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61147329--61147435	40	2.7	40	78	7	108	24	16	26	32	1.96
61148393--61148448	25	2.2	25	100	0	112	46	7	17	28	1.75
61149863--61149896	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
61150875--61150976	38	2.7	38	84	0	132	22	20	25	31	1.98
61150971--61151168	43	4.6	43	94	0	351	11	25	33	29	1.91
61154253--61154367	54	2.1	54	83	3	142	29	21	23	25	1.99
61154270--61154406	54	2.5	54	89	0	193	25	21	26	27	1.99
61157001--61157429	131	3.3	131	89	1	628	31	18	12	37	1.88
61158298--61158348	14	3.6	14	76	10	50	3	15	5	74	1.16
61161508--61161844	48	7.0	48	95	0	586	34	6	27	31	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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