genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85160080--85160121	20	2.0	22	90	9	70	52	7	7	33	1.56
85163029--85163204	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
85163025--85163196	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
85166156--85166224	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
85166147--85166234	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
85168149--85168324	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
85168145--85168316	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
85171666--85171693	13	2.2	13	100	0	56	39	14	10	35	1.81
85174345--85174526	40	4.6	40	86	0	247	14	12	28	45	1.80
85179943--85179987	20	2.2	20	88	0	63	35	13	2	48	1.54
85196909--85196945	11	3.2	12	92	7	60	43	0	27	29	1.55
85198399--85198459	27	2.3	27	85	0	77	44	14	13	27	1.83
85198807--85198886	22	3.6	22	77	0	88	21	23	20	35	1.96
85198807--85198912	44	2.4	44	88	0	149	21	20	19	37	1.94
85205329--85205486	68	2.3	68	97	0	298	31	14	30	24	1.95
85212031--85212079	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
85212901--85213067	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
85219992--85220040	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
85220860--85221026	40	4.2	40	78	6	160	25	22	27	24	2.00
85224934--85225036	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
85230128--85230298	43	4.0	43	74	11	136	33	26	14	24	1.94
85233580--85233836	27	9.7	27	85	2	324	33	14	15	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85233579--85233836	106	2.4	108	87	2	371	33	14	15	36	1.88
85233840--85233929	27	3.3	26	80	9	92	37	21	18	22	1.94
85233852--85233946	27	3.5	26	82	2	100	38	16	20	24	1.92
85234298--85234346	18	2.7	18	75	12	55	22	16	18	42	1.88
85236894--85237132	125	1.9	125	88	0	361	16	20	21	40	1.91
85238896--85239127	40	5.8	40	91	2	369	25	22	27	25	2.00
85241209--85241435	27	8.5	27	88	2	307	31	14	17	37	1.89
85241208--85241435	105	2.1	107	88	2	334	31	14	17	37	1.89
85241209--85241450	132	1.8	132	85	3	344	30	15	16	37	1.90
85241430--85241489	27	2.2	27	87	0	84	41	18	18	21	1.90
85241477--85241544	27	2.5	27	87	0	91	39	11	22	26	1.88
85241889--85241944	18	3.1	18	72	10	60	21	19	19	39	1.93
85241934--85242031	34	2.9	34	90	0	142	27	22	24	25	2.00
85252576--85252692	39	3.0	38	89	0	117	27	25	21	25	1.99
85256587--85256631	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
85256760--85256954	55	3.6	53	81	6	205	21	25	18	34	1.96
85258894--85258968	26	3.2	25	65	31	65	28	10	1	60	1.38
85258902--85258978	25	3.3	24	69	23	74	27	10	2	59	1.43
85258902--85258977	26	3.2	26	66	24	76	26	10	2	60	1.43
85258890--85258977	45	2.0	45	97	0	167	28	10	2	59	1.42
85259858--85259975	31	3.5	35	89	9	135	22	23	16	37	1.94
85259881--85259975	31	3.1	31	98	0	181	23	22	15	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85260167--85260333	24	7.0	24	91	3	248	26	22	22	29	1.99
85260166--85260333	71	2.3	71	89	4	248	26	22	22	29	1.99
85260383--85260443	20	3.0	20	95	0	113	34	19	9	36	1.85
85260383--85260438	11	5.5	11	71	16	57	32	19	10	37	1.86
85260486--85260533	25	1.9	25	86	0	69	27	16	25	31	1.97
85261692--85261756	27	2.4	27	84	5	78	23	27	18	30	1.97
85261827--85262062	27	8.8	27	85	4	300	40	6	24	28	1.80
85262068--85262157	27	3.3	26	78	6	99	32	10	18	38	1.84
85262052--85262157	54	2.0	53	83	9	135	32	10	19	37	1.86
85265411--85265474	26	2.4	27	81	2	76	28	12	26	32	1.93
85267392--85267422	3	10.3	3	92	0	53	61	0	0	38	0.96
85267518--85267561	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
85270747--85270810	26	2.4	27	81	2	76	28	12	26	32	1.93
85276315--85276419	27	3.9	27	84	2	140	43	18	17	20	1.88
85276315--85276432	27	4.4	27	82	6	134	42	20	16	21	1.89
85279188--85279320	56	2.4	56	83	2	169	35	23	13	27	1.92
85279269--85279582	43	7.3	43	91	0	484	29	28	16	25	1.97
85280084--85280136	28	1.9	27	85	11	72	26	18	3	50	1.64
85282697--85282910	43	5.0	43	79	7	220	31	24	17	26	1.97
85289239--85289279	21	2.0	21	90	0	64	34	0	24	41	1.55
85291171--85291334	40	4.2	39	84	7	199	25	26	22	26	2.00
85291194--85291341	40	3.7	40	86	5	210	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85291171--85291337	79	2.1	80	86	6	234	24	26	23	25	2.00
85295017--85295048	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
85295681--85295834	27	5.5	27	82	4	173	28	14	25	31	1.95
85295731--85295834	55	1.9	55	100	0	208	26	13	24	35	1.92
85302270--85302413	40	3.6	40	92	5	231	24	28	25	21	1.99
85311454--85311635	39	4.6	39	87	1	240	23	21	30	23	1.99
85314937--85315144	40	5.2	39	84	1	218	25	25	22	25	2.00
85314937--85315142	80	2.6	81	84	3	247	25	26	22	25	2.00
85320710--85320919	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
85328742--85328951	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
85333359--85333544	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
85340842--85341027	40	4.7	40	88	5	227	26	26	21	25	1.99
85348335--85348514	40	4.5	40	84	8	199	26	27	21	25	1.99
85348329--85348514	80	2.3	82	81	9	222	27	26	20	24	1.99
85350349--85350383	17	2.0	17	88	5	52	34	40	8	17	1.80
85355517--85355560	22	2.0	22	90	0	70	56	4	0	38	1.20
85355508--85355559	10	5.1	10	82	11	52	61	3	0	34	1.14
85360149--85360339	39	4.8	40	85	3	192	24	32	20	22	1.97
85360185--85360347	39	4.2	39	88	3	238	23	33	19	23	1.97
85368083--85368234	39	3.9	39	84	0	214	25	31	19	24	1.98
85368090--85368241	78	1.9	79	90	1	243	23	32	19	25	1.97
85375509--85375569	30	2.0	30	87	0	86	39	6	22	31	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85381648--85381681	18	1.9	17	94	5	59	50	0	2	47	1.16
85388282--85388319	15	2.4	16	86	4	51	60	10	2	26	1.43
85402523--85402789	54	5.1	53	77	6	229	28	15	17	38	1.91
85402523--85402798	27	10.4	27	75	9	203	27	15	18	38	1.90
85402586--85402798	81	2.7	80	85	5	279	28	15	18	38	1.91
85407656--85407932	27	10.3	27	79	9	253	28	15	19	36	1.92
85407656--85407932	54	5.1	54	81	10	316	28	15	19	36	1.92
85407668--85407906	81	3.0	81	93	0	397	28	14	20	37	1.91
85407678--85407936	81	3.2	81	90	0	322	27	15	20	37	1.92
85408245--85408286	18	2.3	18	88	8	59	23	16	14	45	1.84
85412991--85413074	43	2.0	43	83	4	107	28	29	16	25	1.97
85417868--85417927	23	2.6	23	97	0	111	20	31	33	15	1.93
85422395--85422554	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
85422395--85422554	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
85430428--85430587	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94
85430428--85430587	59	2.8	57	88	4	214	33	14	25	26	1.94
85433133--85433215	42	2.0	42	80	4	96	20	33	25	20	1.97
85436315--85436362	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
85436405--85436465	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
85436514--85436632	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
85436514--85436632	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
85436823--85436886	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85444388--85444435	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
85444478--85444538	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
85444587--85444705	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
85444587--85444705	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
85444896--85444959	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
85453180--85453217	14	2.6	15	95	4	69	39	15	0	44	1.47
85454963--85455048	43	2.0	43	100	0	172	34	18	13	32	1.90
85457444--85457606	40	4.1	40	82	5	179	25	27	22	25	2.00
85457430--85457606	80	2.2	79	82	4	205	24	27	22	25	2.00
85463891--85464032	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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