genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.86.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23483004--23483033	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23485158--23485190	12	2.8	12	100	0	66	48	0	33	18	1.48
23488147--23488209	32	2.0	32	87	6	92	42	7	6	42	1.59
23488464--23488513	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
23500442--23500592	53	2.8	54	88	6	209	30	27	15	25	1.96
23508777--23508846	35	2.0	35	94	0	122	24	15	15	44	1.86
23511211--23511851	321	2.0	321	97	0	1219	26	25	21	25	2.00
23516273--23516337	30	2.2	30	94	5	116	36	13	0	49	1.43
23517839--23517872	17	1.9	18	88	5	52	29	0	14	55	1.40
23521419--23521465	20	2.4	20	82	3	60	31	6	8	53	1.57
23522376--23522410	17	2.1	17	94	0	61	51	14	0	34	1.42
23523773--23523899	66	1.9	68	88	6	197	50	0	4	44	1.23
23525201--23525254	21	2.6	21	81	0	72	55	7	1	35	1.39
23525472--23525515	9	4.5	10	83	16	65	59	2	0	38	1.10
23525605--23525767	23	7.5	22	66	25	73	56	4	3	35	1.37
23525605--23525699	24	4.0	24	74	19	76	57	4	4	33	1.37
23525618--23525700	23	3.7	22	80	15	82	59	3	3	33	1.32
23525642--23525743	39	2.6	38	82	10	109	59	3	1	34	1.27
23525682--23525717	14	2.5	15	86	13	58	63	0	0	36	0.94
23525793--23525876	3	26.7	3	79	11	80	60	5	0	33	1.21
23525793--23525908	15	7.8	15	72	20	75	59	5	2	32	1.33
23528209--23528268	28	2.1	28	90	0	93	31	6	30	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23529252--23529313	32	1.9	32	100	0	124	30	12	30	25	1.93
23531415--23531462	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
23533192--23533301	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
23538356--23538640	136	2.1	136	96	0	525	31	24	18	25	1.97
23538647--23538694	21	2.3	21	85	7	62	33	52	2	12	1.51
23540427--23540536	26	4.2	26	92	0	175	37	23	5	33	1.78
23544125--23544187	28	2.2	28	91	0	99	31	6	30	31	1.83
23548536--23548579	15	2.9	15	82	0	52	20	9	59	11	1.59
23549020--23549047	9	3.1	9	100	0	56	10	35	0	53	1.36
23553680--23553704	12	2.1	12	100	0	50	32	24	0	44	1.54
23558641--23558736	49	1.9	50	85	6	133	26	31	5	37	1.78
23560666--23560851	96	1.9	96	85	2	257	30	22	17	29	1.97
23564193--23564255	27	2.3	28	78	13	78	38	0	0	61	0.96
23564199--23564237	19	2.1	19	85	9	53	38	0	0	61	0.96
23568799--23568837	20	2.0	20	85	10	53	46	7	15	30	1.74
23569099--23569133	18	2.0	18	88	5	54	34	5	11	48	1.63
23573453--23573628	46	3.8	45	75	10	167	21	19	30	28	1.97
23573449--23573621	93	1.9	93	90	0	274	21	19	31	27	1.97
23575738--23575770	14	2.4	14	90	10	50	54	18	0	27	1.44
23577528--23577565	17	2.2	18	86	13	53	26	28	0	44	1.54
23577997--23578034	19	2.0	19	90	10	60	34	13	21	31	1.91
23579952--23580025	30	2.5	30	97	0	139	32	9	50	8	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23584852--23584897	13	3.2	14	82	11	58	58	6	0	34	1.24
23584991--23585034	19	2.4	19	88	7	65	61	2	0	36	1.09
23585134--23585197	2	34.5	2	74	14	57	54	4	0	40	1.21
23585405--23585462	3	19.3	3	96	0	107	65	0	1	32	1.03
23587539--23587787	90	2.6	95	80	12	287	34	20	16	28	1.95
23587698--23587732	14	2.5	14	90	0	52	62	5	14	17	1.49
23587806--23587832	14	1.9	14	100	0	54	51	11	14	22	1.73
23587701--23587899	102	1.9	103	85	1	274	38	18	18	24	1.93
23587932--23588144	88	2.4	90	84	7	276	33	23	16	26	1.96
23588053--23588090	14	2.6	15	83	4	51	47	7	15	28	1.74
23592329--23592439	45	2.5	46	86	5	147	12	16	13	57	1.65
23599375--23599640	46	6.0	45	85	8	339	21	23	15	39	1.92
23599553--23599628	38	2.0	38	100	0	152	21	26	18	34	1.96
23601773--23601824	11	4.7	11	76	9	52	63	3	0	32	1.12
23603409--23603440	12	2.7	12	100	0	64	50	6	18	25	1.70
23607599--23607633	18	1.9	18	88	0	52	60	5	0	34	1.21
23607733--23607776	19	2.4	19	88	7	65	61	2	0	36	1.09
23607866--23607931	9	7.7	9	72	14	50	57	4	0	37	1.19
23607866--23607931	11	6.4	11	71	11	50	57	4	0	37	1.19
23608142--23608223	3	27.3	3	100	0	164	67	0	0	32	0.91
23618348--23618498	53	2.8	54	88	6	209	30	27	15	25	1.96
23620524--23620580	22	2.5	22	83	13	64	36	0	0	63	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23623097--23623152	2	29.0	2	77	13	55	44	3	1	50	1.29
23623100--23623155	13	4.1	13	74	19	51	41	3	1	53	1.29
23623138--23623188	22	2.3	22	75	0	57	37	9	1	50	1.47
23623171--23623222	27	1.9	27	88	0	77	36	11	1	50	1.50
23623328--23623352	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
23623859--23623993	58	2.3	58	96	1	245	27	9	9	53	1.65
23623872--23623963	27	3.3	27	64	16	69	26	9	13	51	1.71
23624930--23625007	40	2.0	40	89	0	120	41	6	19	33	1.77
23625705--23625744	16	2.5	16	88	8	55	30	22	7	40	1.81
23626631--23626678	25	1.9	25	86	0	69	56	10	2	31	1.45
23627419--23627460	3	14.0	3	100	0	84	66	0	0	33	0.92
23627479--23627518	21	1.9	21	89	0	62	60	0	7	32	1.25
23627909--23628053	73	2.0	71	85	5	193	25	11	10	52	1.69
23628333--23628375	18	2.3	19	84	11	54	41	2	0	55	1.12
23631882--23631906	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
23643130--23643167	17	2.4	17	86	8	53	15	18	0	65	1.27
23644449--23644485	18	2.1	18	89	0	56	0	18	0	81	0.70
23646038--23646068	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
23648551--23648576	12	2.2	12	100	0	52	15	23	15	46	1.83
23650282--23650363	42	2.0	42	87	0	119	25	13	24	36	1.92
23653750--23653792	22	1.9	23	85	4	61	32	27	2	37	1.70
23653816--23653943	37	3.3	37	82	13	134	32	8	2	56	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23653814--23653937	41	3.1	41	82	11	134	30	8	2	58	1.42
23656974--23657066	40	2.5	35	84	8	105	32	10	25	31	1.90
23657038--23657108	36	2.0	36	88	2	108	33	14	21	30	1.92
23659108--23659168	27	2.3	25	83	8	68	9	13	3	73	1.20
23668453--23668512	29	2.1	29	100	0	120	23	21	13	41	1.88
23670239--23670339	33	3.1	34	86	8	140	27	43	8	19	1.81
23678062--23678121	19	3.2	19	85	0	66	61	0	0	38	0.96
23678051--23678135	28	3.0	28	81	6	100	57	0	0	42	0.98
23682722--23682767	18	2.3	21	85	14	62	56	2	2	39	1.24
23683722--23683763	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
23683860--23683885	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
23685653--23685707	29	1.9	29	85	3	76	54	1	0	43	1.10
23691537--23691576	20	2.0	20	100	0	80	60	15	5	20	1.53
23696141--23696194	19	2.8	19	83	5	65	50	3	9	37	1.52
23697552--23697578	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
23707774--23707801	6	4.7	6	100	0	56	32	14	35	17	1.90
23718774--23718895	52	2.4	52	78	15	137	64	0	7	27	1.20
23718818--23718863	15	2.9	15	90	6	65	67	0	6	26	1.15
23718831--23718947	29	4.0	29	69	8	85	63	2	7	26	1.35
23718812--23718898	44	2.0	44	82	13	108	65	0	8	26	1.20
23718810--23718926	15	8.1	14	71	18	62	64	0	7	26	1.26
23723352--23723609	47	5.7	47	81	9	302	30	14	23	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23723394--23723562	85	2.0	85	91	0	275	30	14	24	30	1.94
23723352--23723652	132	2.3	133	89	0	478	30	14	23	31	1.94
23725545--23725624	25	3.2	25	78	0	88	21	26	20	32	1.97
23729727--23729772	23	2.0	23	86	4	65	54	4	0	41	1.20
23730687--23730717	15	2.1	15	93	0	53	29	0	6	64	1.18
23741872--23741906	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
23753224--23753264	21	2.0	21	90	0	64	41	24	4	29	1.75
23758884--23758936	26	2.0	26	88	0	79	32	16	15	35	1.90
23764793--23764821	15	1.9	15	100	0	58	34	37	6	20	1.80
23765260--23765348	39	2.2	40	86	5	119	40	2	3	53	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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