genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24862761--24862798	20	1.9	20	84	10	51	47	0	10	42	1.38
24867187--24867214	14	2.0	14	100	0	56	50	42	0	7	1.30
24868577--24868615	20	2.0	20	85	10	53	30	0	15	53	1.42
24868818--24868881	3	22.0	3	87	12	98	32	1	0	65	1.02
24869008--24869038	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
24869065--24869113	19	2.7	18	81	12	55	71	0	26	2	0.97
24870055--24870151	40	2.5	38	81	8	117	15	24	29	29	1.96
24872293--24872344	12	4.5	11	76	7	50	69	0	7	23	1.14
24872317--24872349	12	2.6	13	85	9	50	72	0	9	18	1.10
24872417--24872745	109	3.0	109	98	0	640	31	14	27	26	1.95
24874113--24874280	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
24874108--24874280	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
24878442--24878610	47	3.6	47	79	8	209	24	29	18	27	1.98
24878304--24878610	141	2.2	140	81	9	340	24	28	18	27	1.98
24878349--24878660	94	3.3	92	81	7	335	24	28	18	28	1.98
24885563--24885701	39	3.6	39	86	1	199	40	23	23	13	1.90
24888684--24888804	48	2.6	46	87	6	165	30	14	23	30	1.95
24888784--24888860	38	2.0	38	87	0	109	32	15	23	28	1.95
24888658--24888895	131	1.8	131	82	5	311	31	15	23	29	1.96
24890298--24890347	25	2.0	25	100	0	100	28	16	8	48	1.74
24891822--24891859	5	7.4	5	88	5	58	60	2	0	36	1.11
24893195--24893301	26	4.2	26	90	7	157	32	5	25	36	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24893203--24893299	49	2.0	49	93	0	167	29	6	26	37	1.81
24898972--24899078	26	4.2	26	89	7	166	32	4	25	37	1.77
24898980--24899076	49	2.0	49	95	0	176	29	5	26	38	1.78
24907187--24907256	28	2.5	28	79	9	70	34	11	21	32	1.89
24908565--24908743	98	1.8	98	91	0	295	36	14	10	38	1.80
24915216--24915380	83	2.0	83	86	0	231	21	21	18	38	1.94
24917008--24917035	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24917035--24917059	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
24918759--24918805	22	2.1	22	88	7	69	31	4	17	46	1.67
24920686--24920727	14	2.9	15	79	10	52	38	0	9	52	1.34
24926456--24926492	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
24936279--24936340	18	3.4	18	79	0	70	32	12	16	38	1.86
24937014--24937065	17	3.1	17	74	0	50	34	3	13	48	1.61
24938946--24938978	5	7.0	5	96	3	52	0	15	0	84	0.61
24939829--24939865	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
24940181--24940278	43	2.3	43	92	0	160	27	30	18	23	1.98
24940295--24940357	22	3.0	20	78	15	65	39	1	3	55	1.25
24940600--24940633	17	1.9	18	94	5	61	23	29	11	35	1.90
24953933--24954021	42	2.1	42	81	8	101	10	26	23	39	1.87
24956149--24956198	23	2.1	24	92	3	84	26	6	4	64	1.35
24956573--24956628	21	2.7	21	94	0	94	28	33	8	28	1.87
24958198--24958233	17	2.1	17	94	0	63	91	8	0	0	0.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24959485--24959541	30	1.9	30	96	0	105	50	3	7	38	1.46
24966403--24966443	22	2.0	21	86	13	59	46	0	2	51	1.14
24976898--24977229	170	2.0	170	85	2	461	24	24	20	30	1.98
24976853--24977289	44	10.1	43	66	16	197	23	23	20	32	1.98
24976900--24977335	88	5.0	88	84	5	440	24	23	20	32	1.98
24977413--24977709	133	2.2	133	86	0	425	27	22	20	29	1.98
24979187--24979285	28	3.5	28	92	0	162	33	10	26	30	1.89
24981271--24981482	28	7.5	28	70	3	163	17	18	34	29	1.94
24981299--24981503	29	7.2	29	67	5	148	17	18	35	28	1.94
24981269--24981503	57	4.1	57	91	0	371	17	18	34	28	1.94
24982237--24982644	136	3.0	136	96	0	744	32	25	17	24	1.97
24984430--24984539	26	4.2	26	90	2	159	37	22	5	34	1.78
24984430--24984539	52	2.1	52	91	0	175	37	22	5	34	1.78
24989808--24989914	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
24991859--24992105	131	1.9	131	84	3	336	31	20	20	27	1.97
24993459--24993488	11	2.7	11	94	0	51	80	0	13	6	0.91
24994940--24995462	132	4.0	132	93	0	850	28	24	18	28	1.98
24995023--24995355	45	7.5	45	63	14	145	27	25	18	28	1.98
25007202--25007484	131	2.2	131	82	3	338	32	19	19	29	1.96
25008843--25008867	12	2.1	12	100	0	50	84	0	8	8	0.79
25010647--25010873	45	5.1	45	70	13	139	30	21	18	29	1.97
25010559--25010883	132	2.4	132	84	4	420	28	21	18	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25012621--25012656	6	6.0	6	86	0	54	0	5	13	80	0.88
25015344--25015389	19	2.4	19	85	7	58	43	15	21	19	1.87
25022516--25022550	16	2.2	16	100	0	70	28	31	22	17	1.96
25022980--25023004	12	2.1	12	100	0	50	48	16	0	36	1.46
25026368--25026410	15	2.8	16	75	3	52	62	0	4	32	1.15
25027309--25027435	51	2.5	51	92	0	200	43	13	6	37	1.69
25027309--25027385	22	3.2	22	66	22	55	44	14	6	35	1.71
25027351--25027435	29	3.2	29	65	22	76	44	11	5	37	1.65
25027395--25027474	39	2.1	39	92	0	133	42	16	5	36	1.70
25028293--25028428	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
25034110--25034216	25	4.2	26	93	4	175	33	4	24	37	1.76
25037283--25037472	96	2.0	96	84	4	249	13	32	18	35	1.90
25039131--25039317	51	3.7	51	89	0	266	42	12	6	38	1.69
25039210--25039309	28	3.7	28	68	18	86	41	13	7	39	1.71
25042257--25042299	22	2.0	22	90	0	68	23	9	18	48	1.76
25044454--25044494	2	20.5	2	85	9	57	48	0	4	46	1.23
25044622--25044654	17	1.9	17	88	11	50	42	6	6	45	1.53
25045227--25045323	33	2.8	35	72	20	89	44	3	1	51	1.24
25057154--25057197	22	2.0	21	87	12	63	22	13	13	50	1.77
25065261--25065436	46	3.8	46	79	12	207	20	20	29	29	1.98
25065258--25065428	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
25065612--25065731	60	2.0	60	100	0	240	41	16	18	23	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25066000--25066968	484	2.0	484	99	0	1902	38	12	20	29	1.89
25068997--25069204	39	5.3	39	91	1	267	18	20	28	32	1.97
25075145--25075364	110	2.0	110	96	0	404	47	7	20	24	1.76
25075705--25075880	39	4.5	39	86	1	228	18	22	29	29	1.97
25075735--25075939	39	5.2	39	83	4	193	17	20	29	31	1.96
25075726--25075938	78	2.7	78	82	5	225	18	21	29	31	1.97
25084327--25084393	28	2.4	27	78	7	71	62	0	7	29	1.22
25085385--25085441	2	28.5	2	89	0	87	45	5	0	49	1.24
25089739--25089791	23	2.3	24	78	15	58	39	0	1	58	1.09
25089750--25089793	22	2.0	21	87	12	63	36	0	0	63	0.95
25091562--25091609	24	2.0	24	95	0	87	52	2	8	37	1.44
25095390--25095429	22	1.9	20	90	10	62	52	20	0	27	1.46
25096244--25096293	25	2.0	25	96	0	91	36	34	8	22	1.83
25102452--25102486	15	2.3	15	95	0	61	5	0	31	62	1.18
25102482--25102515	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
25102482--25102518	17	2.2	17	90	9	58	0	8	2	89	0.58
25102429--25102531	45	2.2	48	84	10	133	3	5	18	71	1.21
25103164--25103741	88	7.0	83	71	15	299	36	18	16	27	1.93
25103332--25103393	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
25103489--25103523	14	2.6	14	90	4	54	51	5	14	28	1.65
25103541--25104073	72	6.8	73	74	14	388	33	18	17	30	1.95
25103738--25104216	165	2.9	168	88	4	702	31	20	18	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25103912--25104056	74	1.9	75	88	5	222	28	22	18	31	1.97
25104077--25104216	74	1.9	75	89	3	219	27	23	20	28	1.99
25104281--25104446	72	2.3	71	88	4	244	41	21	15	22	1.89
25104446--25104709	70	3.7	71	84	4	356	37	22	14	25	1.92
25104446--25104709	71	3.7	69	84	4	339	37	22	14	25	1.92
25104284--25104876	257	2.3	257	95	2	1042	36	22	14	25	1.93
25109076--25109111	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
25111681--25111715	15	2.3	15	95	0	61	5	0	31	62	1.18
25111711--25111744	12	2.9	11	91	8	50	0	8	2	88	0.62
25111711--25111747	17	2.2	17	90	9	58	0	8	2	89	0.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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