genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59256079--59256144	30	2.2	30	86	5	89	40	6	4	48	1.48
59256293--59256328	16	2.3	15	90	4	54	36	2	0	61	1.11
59257267--59257328	29	2.1	30	84	6	81	46	1	4	46	1.33
59258122--59258275	79	2.0	76	87	3	218	53	7	10	28	1.61
59261279--59261309	16	1.9	16	93	0	53	45	3	6	45	1.45
59261980--59262101	61	2.0	61	93	0	208	31	23	12	31	1.92
59264129--59264166	13	2.8	13	92	8	58	42	7	10	39	1.69
59268092--59268144	16	3.4	16	69	10	56	54	9	5	30	1.55
59268090--59268152	30	2.1	30	100	0	126	53	9	6	30	1.58
59269531--59269575	18	2.4	18	85	3	63	66	2	4	26	1.22
59270476--59270536	8	7.2	8	73	10	50	18	0	3	78	0.88
59270482--59270536	9	6.3	9	76	4	51	16	0	3	80	0.86
59270491--59270547	18	3.3	17	76	13	55	21	0	5	73	1.02
59270778--59270814	18	2.1	18	100	0	74	37	5	0	56	1.22
59272100--59272200	43	2.3	43	98	0	193	24	27	29	17	1.98
59273058--59273123	22	3.0	22	80	4	80	28	13	30	27	1.94
59290466--59290531	22	3.0	22	82	4	80	33	16	25	24	1.96
59293104--59293141	16	2.4	16	83	12	51	50	2	0	47	1.15
59296505--59296542	19	2.0	19	100	0	76	36	10	15	36	1.82
59297745--59297905	55	3.0	54	82	7	209	34	18	23	24	1.96
59297741--59297900	53	3.0	54	81	8	209	33	18	25	23	1.97
59303997--59304403	71	5.7	71	85	7	504	57	0	8	32	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59304183--59304220	19	2.0	20	89	5	60	60	2	2	34	1.24
59304241--59304281	21	2.0	20	86	13	57	58	0	4	36	1.20
59303997--59304403	141	2.8	142	86	5	543	57	0	8	32	1.35
59304771--59304836	30	2.2	30	83	0	78	28	28	25	16	1.97
59305829--59305901	38	1.9	38	88	0	110	34	26	20	19	1.96
59310082--59310230	53	2.8	54	79	3	174	25	22	18	32	1.97
59314940--59315038	30	3.3	30	86	0	153	28	48	5	18	1.69
59316611--59316667	28	2.0	28	100	0	114	17	10	26	45	1.81
59318293--59318330	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
59324603--59324671	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
59326297--59326334	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
59326395--59326442	26	2.0	24	84	15	64	35	2	0	62	1.07
59326471--59326531	25	2.4	26	81	8	81	37	4	1	55	1.31
59326544--59326610	25	2.9	23	82	10	82	31	5	5	56	1.47
59333402--59333529	47	2.7	47	80	13	149	21	19	29	29	1.97
59341634--59341670	18	2.0	19	85	15	51	51	10	0	37	1.37
59343614--59343817	40	5.1	37	80	12	194	24	22	27	25	2.00
59343614--59343798	79	2.3	81	86	5	252	23	22	27	25	2.00
59343615--59343827	79	2.7	79	81	10	247	24	22	26	25	2.00
59345462--59345592	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
59345462--59345592	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
59353406--59353536	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59353406--59353536	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
59357142--59357187	22	2.1	22	100	0	92	30	23	15	30	1.95
59357656--59357685	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59357826--59357901	31	2.5	31	85	4	93	42	3	7	46	1.51
59358907--59358960	17	3.2	17	81	0	63	37	3	14	44	1.63
59358918--59358987	34	2.1	34	81	5	79	31	7	17	44	1.75
59362629--59362714	11	7.9	11	80	12	88	2	26	0	70	0.99
59362629--59362714	34	2.7	32	84	10	113	2	26	0	70	0.99
59362624--59362703	14	5.8	15	75	12	57	2	26	0	71	0.99
59362632--59362714	45	1.9	42	90	7	130	2	26	0	71	0.99
59365590--59365636	23	2.0	23	100	0	94	36	21	8	34	1.84
59369300--59369358	29	2.0	29	93	0	100	55	18	1	23	1.51
59377470--59377565	31	3.1	31	100	0	192	33	9	21	35	1.86
59377482--59377571	17	5.6	17	66	24	70	33	11	21	34	1.88
59382875--59382909	16	2.2	16	90	10	54	17	5	2	74	1.14
59386768--59386816	25	2.0	25	83	0	62	34	14	18	32	1.91
59399770--59400178	46	8.7	47	73	15	260	23	28	18	28	1.98
59399771--59400186	94	4.4	97	75	12	382	24	28	18	28	1.98
59404697--59404807	43	2.6	43	92	0	186	31	34	22	11	1.90
59404800--59405039	38	6.3	37	83	2	228	29	24	22	23	1.99
59404800--59405039	76	3.1	76	83	2	300	29	24	22	23	1.99
59404799--59405039	116	2.1	115	88	1	358	29	24	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59409381--59409587	53	3.8	54	77	1	200	19	23	18	38	1.93
59409394--59409576	55	3.4	53	76	8	163	19	23	19	37	1.94
59411382--59411442	30	2.0	30	96	0	113	22	21	13	42	1.87
59414454--59414565	27	4.2	26	85	7	134	38	23	23	15	1.92
59414454--59414565	54	2.1	54	86	3	154	38	23	23	15	1.92
59416595--59416766	94	1.8	92	82	7	222	23	27	19	28	1.99
59424006--59424039	17	2.0	17	88	11	52	5	5	29	58	1.45
59431119--59431175	17	3.2	17	82	5	69	14	22	45	17	1.84
59435836--59435883	21	2.3	21	85	7	62	16	41	18	22	1.90
59440060--59440107	24	2.0	24	91	0	78	39	27	2	31	1.68
59441196--59441245	21	2.4	21	96	0	91	42	0	18	40	1.50
59445515--59445621	53	2.0	53	94	0	187	34	25	14	26	1.93
59446947--59447018	36	2.0	36	97	0	135	34	20	5	38	1.76
59449989--59450036	21	2.3	21	92	0	78	39	2	16	41	1.60
59452339--59452459	45	2.7	43	82	7	143	23	19	17	39	1.92
59452381--59452496	45	2.6	45	83	5	146	28	13	14	43	1.84
59459373--59459580	40	5.2	40	83	0	209	25	23	25	25	2.00
59459374--59459580	80	2.6	80	83	4	247	25	23	26	25	2.00
59463522--59463630	24	4.6	23	85	7	137	33	23	17	24	1.96
59463522--59463630	48	2.3	48	91	3	175	33	23	17	24	1.96
59473994--59474136	40	3.6	40	75	16	136	27	25	26	20	1.99
59473993--59474159	79	2.1	80	80	7	189	26	23	26	22	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59480497--59480522	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
59481900--59481993	18	4.7	21	79	11	65	40	17	6	36	1.75
59481900--59481957	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
59481936--59482044	19	5.9	19	91	6	181	36	15	10	37	1.81
59481939--59482052	18	6.3	19	89	8	132	37	14	11	36	1.82
59481929--59482044	36	3.2	38	86	11	181	36	16	9	37	1.81
59482399--59482528	45	2.9	45	83	2	165	25	30	13	30	1.94
59482552--59482846	78	3.8	78	90	0	430	24	23	20	31	1.98
59482680--59483045	199	1.8	199	89	2	574	25	23	18	32	1.97
59482596--59483123	277	1.9	277	89	2	819	25	23	18	32	1.97
59482873--59483601	78	9.3	78	88	1	1050	26	23	16	33	1.96
59483601--59484040	84	5.3	84	88	6	637	23	21	24	30	1.99
59484987--59485046	1	60.0	1	79	0	66	0	10	0	90	0.47
59484987--59485046	19	3.0	21	85	11	90	0	10	0	90	0.47
59489231--59489256	12	2.2	12	100	0	52	46	15	0	38	1.46
59490629--59490685	22	2.7	21	81	5	60	43	15	5	35	1.70
59490642--59490751	19	5.8	19	84	11	145	37	14	10	38	1.80
59490655--59490751	35	2.6	36	87	11	133	36	14	10	39	1.80
59490696--59490733	17	2.5	15	87	12	51	34	15	10	39	1.82
59493536--59494038	49	10.4	49	94	1	829	29	9	32	28	1.88
59494140--59494222	37	2.2	37	93	0	139	25	19	33	21	1.97
59496314--59496422	29	3.8	29	91	0	173	28	13	32	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59496905--59497003	41	2.4	41	80	11	114	25	25	24	25	2.00
59499794--59500154	49	7.4	49	97	0	652	28	8	32	29	1.87
59500256--59500340	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
59502429--59502535	28	3.8	29	91	3	173	27	14	32	26	1.94
59503017--59503115	41	2.4	41	80	11	114	25	25	24	25	2.00
59505906--59506314	49	8.4	49	96	1	714	29	8	33	29	1.87
59505906--59506314	146	2.8	147	95	0	714	29	8	33	29	1.87
59505906--59506319	195	2.1	195	93	0	713	29	8	32	29	1.87
59505906--59506314	97	4.2	98	94	1	587	29	8	33	29	1.87
59505947--59506362	97	4.3	95	89	4	475	29	8	31	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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