genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.97.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26320277--26320306	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
26325629--26325681	27	2.0	27	100	0	106	41	7	7	43	1.61
26325639--26325696	27	2.1	27	80	0	62	44	6	6	41	1.58
26326945--26327071	31	4.3	31	69	18	99	23	20	18	37	1.95
26326900--26327040	56	2.4	58	82	11	171	21	17	17	43	1.88
26326935--26327040	56	1.9	56	92	0	176	23	18	17	39	1.92
26332160--26332191	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
26332910--26332958	18	2.8	18	75	9	57	32	0	8	59	1.27
26335049--26335085	9	4.3	9	86	10	51	62	0	0	37	0.96
26335049--26335085	17	2.2	17	90	0	56	62	0	0	37	0.96
26335582--26335606	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
26338054--26338093	21	1.9	21	94	0	71	27	20	30	22	1.98
26338549--26338621	18	4.1	18	77	7	76	23	10	9	56	1.63
26338549--26338606	6	9.7	6	77	7	55	20	12	10	56	1.64
26338639--26338708	18	3.9	18	70	7	52	25	8	11	54	1.64
26338760--26338936	48	3.6	48	86	6	246	23	12	16	47	1.81
26338765--26338915	52	3.0	52	92	3	238	22	12	17	47	1.81
26343685--26343715	16	1.9	16	93	0	53	87	0	12	0	0.55
26348059--26348120	24	2.6	23	75	14	63	43	0	1	54	1.09
26349501--26349532	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
26354863--26354910	8	6.1	8	80	4	53	33	2	2	62	1.18
26358775--26358811	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26369593--26369619	14	1.9	14	100	0	54	22	0	0	77	0.76
26373169--26373193	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
26374999--26375043	20	2.2	21	84	4	56	51	4	2	42	1.34
26380337--26380400	31	2.0	31	81	6	74	42	6	15	35	1.72
26384898--26384969	29	2.4	29	81	2	81	56	1	4	37	1.27
26385222--26385268	22	2.2	22	88	7	71	59	2	6	31	1.34
26385628--26385658	12	2.5	12	94	5	53	29	0	0	70	0.87
26386903--26386982	30	2.7	30	80	5	74	37	8	3	50	1.52
26394437--26394476	20	2.0	21	90	5	64	20	0	5	75	0.99
26395165--26395204	21	1.9	21	84	0	53	17	7	35	40	1.78
26396045--26396105	31	2.0	31	86	0	86	37	1	11	49	1.49
26399180--26399216	15	2.5	15	90	0	56	29	5	0	64	1.15
26399213--26399256	15	3.3	13	82	14	54	36	6	2	54	1.40
26404460--26404497	20	1.9	19	89	5	58	71	2	15	10	1.25
26405095--26405127	16	2.1	16	100	0	66	18	24	18	39	1.92
26409486--26409545	29	2.1	29	90	0	93	50	6	1	41	1.39
26416555--26416581	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
26417424--26417466	22	2.0	22	82	13	54	65	0	0	34	0.93
26420490--26420559	21	3.3	21	71	28	67	48	1	0	50	1.09
26425879--26426176	3	97.3	3	73	14	200	28	6	2	62	1.34
26427050--26427105	28	2.0	28	96	0	103	26	21	19	32	1.97
26430440--26430491	21	2.5	21	93	0	86	11	23	9	55	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26431743--26431798	28	2.0	28	89	0	85	42	12	12	32	1.80
26437496--26437527	8	3.9	8	95	4	55	15	0	0	84	0.63
26441929--26441967	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
26442276--26442463	49	3.8	49	79	2	223	27	18	25	29	1.98
26442271--26442457	100	1.9	100	94	0	329	26	18	25	29	1.98
26444971--26445025	23	2.4	24	85	11	71	70	3	0	25	1.03
26445292--26445325	17	1.9	18	88	5	52	41	0	2	55	1.15
26447885--26448054	91	1.9	89	86	2	241	35	13	21	28	1.92
26451963--26452053	42	2.2	43	82	9	116	59	3	9	27	1.45
26451984--26452052	23	3.2	23	72	19	67	59	4	10	26	1.48
26451961--26452029	19	3.4	19	70	20	59	63	1	8	26	1.31
26452112--26452141	2	15.0	2	92	0	51	53	0	0	46	1.00
26452162--26452194	3	11.0	3	93	0	57	66	3	0	30	1.06
26452253--26452287	2	17.5	2	87	0	52	51	2	0	45	1.16
26452249--26452294	10	4.7	10	86	2	58	50	6	2	41	1.40
26452084--26452474	141	2.7	141	77	13	371	57	5	4	31	1.42
26452355--26452395	17	2.5	17	81	14	50	60	0	7	31	1.24
26455812--26455863	27	1.9	27	92	0	86	28	17	17	36	1.92
26457093--26457169	31	2.5	31	81	10	97	40	5	7	46	1.55
26457549--26457697	76	1.9	78	87	5	223	40	6	6	46	1.55
26462978--26463050	39	1.9	39	83	5	96	38	1	6	53	1.36
26475701--26475920	74	2.9	75	83	6	277	28	18	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26475900--26475928	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
26475844--26476093	93	2.7	91	84	4	299	28	19	20	32	1.96
26476028--26476236	73	2.9	73	80	11	232	27	19	22	30	1.98
26478213--26478278	31	2.2	31	86	5	91	37	0	7	54	1.29
26479888--26479990	44	2.3	45	84	3	127	29	23	13	33	1.93
26490957--26491008	21	2.5	20	77	17	61	36	7	25	30	1.84
26491177--26491238	22	2.9	21	70	15	54	59	8	1	30	1.36
26494523--26494557	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
26494715--26494771	22	2.5	22	85	8	69	57	5	3	33	1.38
26494765--26494838	2	38.5	2	74	17	59	54	1	4	40	1.28
26494783--26494915	25	5.6	25	72	14	102	54	3	6	36	1.40
26494706--26494915	47	4.5	47	71	15	127	55	3	4	36	1.38
26495394--26495492	30	3.3	30	94	0	180	17	6	50	26	1.69
26496407--26496902	78	6.5	77	82	10	527	32	20	17	29	1.95
26496767--26496904	71	1.9	71	91	0	222	31	17	17	34	1.93
26496908--26496939	13	2.5	13	89	0	55	65	6	18	9	1.42
26496640--26496993	159	2.3	152	83	8	410	34	18	17	29	1.94
26497019--26497403	77	4.9	77	81	9	408	32	20	16	29	1.95
26497506--26497550	13	3.4	13	87	6	72	68	6	11	13	1.37
26497334--26497609	100	2.8	101	90	2	407	38	19	17	24	1.93
26497530--26497901	75	5.0	72	86	4	406	31	22	17	29	1.96
26497530--26497905	73	5.1	74	86	4	463	31	21	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26497530--26497905	149	2.5	149	84	3	447	31	21	17	28	1.96
26505214--26505266	6	9.3	6	93	6	69	26	0	0	73	0.83
26505214--26505266	9	6.2	9	81	18	69	26	0	0	73	0.83
26505211--26505266	15	3.5	16	86	13	80	26	0	0	73	0.84
26505211--26505267	10	5.4	10	89	10	71	26	0	0	73	0.83
26505999--26506029	6	5.2	6	100	0	62	51	16	16	16	1.77
26506117--26506141	12	2.1	12	100	0	50	40	20	24	16	1.91
26507216--26507268	5	10.6	5	100	0	106	60	0	0	39	0.97
26512472--26512506	16	2.3	15	90	5	52	62	2	2	31	1.24
26512627--26512686	23	2.9	20	70	15	59	56	5	6	31	1.47
26512642--26512785	48	2.8	50	78	12	125	57	4	6	31	1.44
26512667--26512761	25	3.9	25	77	14	99	58	5	5	30	1.42
26512679--26512786	27	4.0	28	75	15	104	58	4	5	31	1.42
26512663--26512879	23	8.9	25	70	15	98	56	4	5	33	1.43
26513361--26513414	18	3.3	18	69	28	57	24	7	46	22	1.77
26513356--26513454	30	3.3	30	91	0	162	19	6	48	26	1.72
26514000--26514056	27	2.1	27	93	0	96	29	35	5	29	1.79
26515794--26515914	37	3.2	37	85	14	167	39	9	4	45	1.59
26515819--26515880	20	3.2	20	65	21	60	43	9	4	41	1.59
26515805--26515923	40	3.0	40	95	4	217	37	10	5	47	1.59
26515851--26515919	23	3.3	23	65	23	69	42	8	5	43	1.59
26516640--26516706	33	2.0	34	94	2	118	50	17	5	25	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26521322--26521594	43	6.3	43	85	2	316	28	30	17	23	1.97
26521322--26521594	86	3.2	86	86	1	350	28	30	17	23	1.97
26522218--26522264	24	2.0	24	95	0	85	8	31	8	51	1.63
26523039--26523077	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
26525259--26525292	18	1.9	18	88	5	52	44	2	2	50	1.32
26525547--26525578	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
26526480--26526586	41	2.6	41	89	0	160	18	19	24	37	1.94
26528579--26528632	20	2.7	20	97	0	99	33	18	22	25	1.97
26531850--26531879	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
26535456--26535510	16	3.4	16	72	18	51	60	0	21	18	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
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