genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.113.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30392156--30392247	17	5.3	17	74	19	68	20	1	4	73	1.06
30392222--30392247	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
30393219--30393255	11	3.5	11	82	10	51	83	0	16	0	0.64
30396179--30396209	12	2.6	12	94	0	53	32	3	0	64	1.09
30399912--30399958	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
30400280--30400315	18	1.9	19	94	5	65	19	44	25	11	1.83
30402698--30403178	132	3.7	132	86	0	568	26	20	18	34	1.96
30404168--30404275	26	4.2	26	96	0	198	31	6	25	36	1.82
30407808--30407853	19	2.4	19	85	7	58	19	23	13	43	1.86
30409856--30409899	4	10.5	4	85	4	52	77	0	22	0	0.77
30409856--30409891	13	2.8	13	88	12	56	80	0	19	0	0.71
30409846--30409903	18	3.4	18	71	20	52	75	0	24	0	0.80
30409841--30409893	22	2.4	22	87	6	72	79	0	20	0	0.74
30410417--30410454	3	12.7	3	100	0	76	68	31	0	0	0.90
30410453--30410520	3	22.7	3	100	0	136	67	0	0	32	0.91
30410519--30410562	6	7.2	6	85	14	63	81	0	18	0	0.68
30411648--30411771	64	1.9	64	88	3	187	33	17	13	35	1.89
30411793--30412632	131	6.4	131	92	0	1308	28	17	26	27	1.98
30412284--30412482	45	4.5	44	67	13	122	26	16	28	28	1.97
30414362--30414537	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
30414358--30414529	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
30417487--30417555	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30417478--30417565	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
30419949--30420124	46	3.8	46	81	10	232	20	21	29	28	1.98
30419945--30420116	93	1.8	93	96	0	317	20	22	30	27	1.98
30421425--30421464	18	2.2	19	90	4	64	25	40	20	15	1.90
30423873--30424353	132	3.7	132	86	1	635	27	19	18	34	1.95
30424525--30424574	24	2.0	24	81	11	57	32	12	18	38	1.87
30440104--30440136	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
30448201--30448277	5	14.8	5	75	20	61	18	3	1	76	1.01
30448185--30448234	25	2.0	25	92	4	82	18	4	0	78	0.91
30448202--30448277	14	4.9	15	76	14	66	18	3	1	76	1.01
30448180--30448257	6	12.8	6	72	12	61	16	5	1	76	1.02
30451165--30451197	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
30451761--30451795	17	2.1	17	100	0	70	40	25	5	28	1.78
30452033--30452073	18	2.2	19	86	4	57	48	4	0	46	1.23
30454672--30454730	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
30454676--30454730	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
30454781--30454971	24	8.0	24	94	2	305	28	23	21	26	1.99
30455163--30455264	31	3.1	31	78	17	123	38	14	21	25	1.92
30455180--30455287	38	2.8	38	94	1	189	38	13	22	25	1.91
30461699--30461823	27	4.7	26	82	5	142	35	22	24	18	1.96
30461700--30461823	54	2.3	54	91	0	203	35	22	24	17	1.95
30461927--30462002	26	2.8	26	88	4	98	30	14	22	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30463446--30463553	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
30466172--30466322	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
30466208--30466338	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
30474159--30474309	40	3.8	40	79	6	155	26	23	27	23	2.00
30474195--30474325	40	3.3	40	79	4	149	24	22	26	25	2.00
30476652--30476686	17	2.1	17	94	0	61	40	25	2	31	1.70
30476920--30476987	23	2.8	23	75	16	59	51	2	2	42	1.32
30476920--30476964	18	2.4	19	88	3	65	51	4	0	44	1.21
30479815--30479868	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
30483385--30483420	18	2.1	18	89	5	56	13	33	41	11	1.80
30484876--30485041	24	7.0	24	86	4	221	27	21	22	29	1.99
30484875--30485041	47	3.5	48	87	4	223	26	20	22	29	1.98
30484876--30485042	71	2.3	71	89	3	246	26	20	22	29	1.99
30485087--30485157	20	3.5	20	92	0	115	33	21	9	35	1.86
30485087--30485157	9	7.0	11	71	18	64	33	21	9	35	1.86
30486479--30486820	27	12.7	27	85	3	366	39	9	22	28	1.84
30486481--30486820	81	4.2	82	87	3	456	39	9	22	28	1.85
30486481--30486820	54	6.3	54	84	2	414	39	9	22	28	1.85
30489159--30489184	13	2.0	13	100	0	52	53	30	0	15	1.42
30492233--30492340	26	4.2	26	95	0	189	29	6	26	37	1.82
30495973--30496116	37	3.9	37	94	1	245	25	31	19	22	1.98
30496161--30496594	48	9.0	48	92	0	681	31	26	6	36	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30498800--30498824	13	1.9	13	100	0	50	40	16	12	32	1.84
30499848--30500079	40	5.8	40	96	0	410	26	28	20	24	1.99
30502053--30502198	37	3.9	37	94	0	238	26	32	18	22	1.97
30502243--30502580	48	7.0	48	91	0	507	30	26	6	36	1.82
30506143--30506179	19	2.0	19	89	5	58	40	0	5	54	1.24
30515293--30515346	26	2.1	26	100	0	108	42	18	11	27	1.84
30520314--30520814	54	9.3	54	73	4	201	38	20	9	31	1.84
30520314--30520598	81	3.5	81	78	5	281	39	20	9	30	1.84
30520335--30520598	27	9.8	27	78	10	227	38	20	9	31	1.85
30520608--30520681	27	2.7	27	93	0	130	33	21	5	39	1.76
30520677--30520797	27	4.4	27	76	6	109	40	23	7	28	1.82
30520718--30520814	27	3.6	26	84	4	95	43	21	9	25	1.82
30520815--30520990	27	6.6	27	91	0	246	33	18	22	25	1.97
30520926--30521137	105	2.0	105	96	0	388	28	17	22	31	1.97
30521031--30521096	26	2.5	26	82	2	78	34	18	22	24	1.96
30521521--30521585	22	3.0	21	74	17	60	20	21	23	35	1.96
30521744--30521842	27	3.7	27	86	5	119	19	23	21	36	1.95
30521982--30522094	6	18.3	6	74	21	83	19	19	15	46	1.85
30521982--30522110	31	4.2	31	82	6	156	19	18	14	47	1.83
30524026--30524134	27	4.1	26	90	1	92	42	18	7	32	1.78
30524063--30524326	81	3.3	79	76	8	239	39	20	9	31	1.84
30524042--30524541	27	18.5	26	79	5	216	39	20	8	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30524542--30524717	27	6.6	27	86	0	228	34	18	21	26	1.96
30524498--30524716	81	2.8	81	80	6	247	35	17	20	26	1.95
30524653--30524864	105	2.0	105	97	0	397	27	18	23	30	1.98
30524758--30524823	26	2.5	26	80	2	69	34	19	22	22	1.96
30525249--30525313	22	3.0	22	84	8	87	18	21	23	36	1.95
30525472--30525573	54	1.9	53	83	2	132	19	22	20	37	1.95
30525472--30525573	27	3.8	26	84	5	114	19	22	20	37	1.95
30525710--30525828	6	19.3	6	75	20	104	19	18	15	47	1.83
30525710--30525813	31	3.4	31	90	7	151	18	19	15	47	1.83
30525733--30525819	37	2.4	37	94	0	147	18	19	14	47	1.83
30528128--30528711	44	12.8	46	71	13	282	33	16	20	29	1.95
30528391--30528711	45	7.0	44	75	9	149	33	16	20	29	1.95
30528523--30528707	97	1.9	96	84	3	246	32	16	21	29	1.95
30530367--30530396	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
30533138--30533180	21	2.0	20	83	16	52	27	4	4	62	1.35
30533402--30533428	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
30536044--30536114	33	2.2	32	82	9	83	28	5	4	61	1.37
30536075--30536246	25	6.5	26	77	9	152	31	4	5	59	1.38
30536312--30537124	140	6.0	139	81	7	917	26	18	23	31	1.97
30536620--30537126	126	3.9	126	79	9	552	27	18	21	32	1.97
30536478--30537124	266	2.4	267	84	3	815	27	18	22	31	1.97
30537691--30537826	26	5.2	26	94	0	236	33	5	25	36	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30540520--30540604	7	12.4	7	73	8	50	18	1	32	47	1.57
30540520--30540565	21	2.2	21	84	0	56	19	0	32	47	1.50
30540520--30540604	14	6.2	14	76	9	77	18	1	32	47	1.57
30541780--30541862	35	2.4	35	97	0	157	14	43	21	20	1.87
30555350--30555724	73	4.9	73	81	10	405	26	17	22	33	1.96
30555710--30555738	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
30555637--30555819	89	2.1	87	86	7	253	25	17	19	37	1.93
30555724--30556679	73	12.2	73	71	17	582	28	16	20	34	1.95
30555949--30555976	14	2.0	14	100	0	56	14	21	7	57	1.61
30555335--30556688	239	5.7	238	93	1	2176	27	16	21	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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