genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12391637--12391661	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
12391560--12391748	34	5.3	33	67	17	119	55	12	1	30	1.44
12391767--12391884	59	2.0	60	98	1	229	53	12	0	33	1.39
12393586--12393641	28	2.0	28	93	3	96	57	0	0	42	0.99
12393585--12393647	28	2.3	28	82	15	87	55	0	0	44	0.99
12396084--12396198	27	4.3	27	86	5	153	37	23	23	15	1.93
12396084--12396198	54	2.1	54	88	3	169	37	23	23	15	1.93
12397813--12397948	26	5.2	26	94	0	236	36	22	5	35	1.77
12398470--12398680	64	3.2	64	62	20	151	29	26	18	26	1.98
12398436--12398722	137	2.1	137	98	0	556	31	25	19	24	1.98
12400499--12400556	26	2.2	26	96	0	107	36	25	5	32	1.78
12402301--12402358	25	2.3	25	87	0	80	29	20	22	27	1.99
12404036--12404081	15	3.1	14	84	9	56	21	10	4	63	1.44
12404048--12404081	14	2.3	15	90	5	52	20	11	5	61	1.50
12404155--12404218	23	2.8	23	85	0	83	32	6	3	57	1.39
12404110--12404258	3	50.7	3	75	15	125	29	6	1	63	1.27
12404335--12404364	15	2.0	15	93	0	51	30	6	0	63	1.20
12404666--12404717	23	2.3	23	82	0	59	28	7	5	57	1.50
12406689--12406883	38	5.4	37	66	20	133	55	12	1	31	1.44
12406666--12406902	72	3.3	72	92	1	404	54	14	0	30	1.46
12406786--12406810	12	2.1	12	100	0	50	56	8	0	36	1.29
12406916--12407033	59	2.0	60	98	1	229	53	12	0	33	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12408734--12408788	27	2.0	27	93	6	94	56	1	0	41	1.10
12408733--12408794	27	2.3	27	82	17	85	54	1	0	43	1.09
12410776--12411096	47	6.7	47	76	10	253	24	29	18	27	1.98
12410776--12411137	47	7.6	47	72	14	225	24	29	18	27	1.98
12410766--12411137	94	3.9	96	75	12	322	24	28	18	27	1.98
12415976--12416213	120	2.0	120	94	1	424	40	11	15	31	1.84
12416587--12416656	25	2.8	25	93	0	113	28	25	25	20	1.99
12416587--12416704	25	4.8	24	77	12	98	31	22	27	18	1.97
12419360--12419470	26	4.3	26	90	0	168	36	23	6	34	1.80
12419360--12419470	52	2.1	52	93	0	186	36	23	6	34	1.80
12421704--12421746	9	4.7	9	80	5	50	69	2	2	25	1.12
12431049--12431106	22	2.7	21	76	10	53	43	17	3	36	1.66
12431085--12431138	17	2.9	19	86	10	85	37	14	9	38	1.79
12435356--12435380	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
12437168--12437201	16	2.2	16	89	5	52	38	0	0	61	0.96
12437176--12437217	14	2.8	15	85	7	50	26	4	0	69	1.08
12438253--12438292	18	2.2	18	90	0	62	42	5	0	52	1.23
12438280--12438323	17	2.6	18	82	7	56	43	4	0	52	1.22
12455865--12455993	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
12462001--12462129	44	2.8	45	82	4	152	34	13	24	27	1.93
12467420--12467488	31	2.3	30	75	14	70	53	0	2	43	1.15
12470850--12470884	17	2.1	17	100	0	70	25	5	22	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12476247--12476278	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
12484446--12484484	20	2.0	21	90	10	64	56	2	0	41	1.13
12485309--12485362	22	2.3	24	87	9	76	61	1	1	35	1.18
12485318--12485386	22	3.0	23	79	10	70	55	0	1	43	1.08
12486552--12486586	19	1.9	17	88	11	52	74	11	0	14	1.08
12487675--12487709	16	2.2	16	89	0	52	42	0	0	57	0.99
12487725--12487766	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
12487729--12487765	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
12487785--12487820	15	2.5	15	91	8	58	52	0	0	47	1.00
12487785--12487821	14	2.7	13	88	12	56	54	0	0	45	1.00
12487878--12487926	21	2.3	22	82	3	55	48	6	0	44	1.27
12496872--12496944	31	2.5	30	84	6	87	35	2	0	61	1.10
12497859--12497884	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
12499775--12499838	22	3.0	22	72	9	60	57	0	40	1	1.08
12499770--12499853	13	5.8	15	74	20	56	59	0	39	1	1.05
12499787--12499851	22	3.0	22	84	4	78	58	0	40	1	1.07
12499791--12499853	3	20.3	3	75	12	56	60	0	38	1	1.07
12499818--12499853	13	2.8	13	95	0	63	66	0	33	0	0.92
12499813--12499851	10	4.0	10	90	3	53	61	0	38	0	0.96
12500119--12500446	113	2.9	115	87	7	483	31	1	15	51	1.51
12500504--12500535	15	2.1	16	94	5	57	37	0	6	56	1.25
12502321--12502433	33	3.4	32	80	4	109	18	43	10	27	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12504997--12505024	13	2.2	13	100	0	56	78	7	14	0	0.95
12506007--12506063	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
12506003--12506061	30	2.0	28	93	6	100	32	0	11	55	1.36
12506447--12506542	21	4.5	21	88	2	120	13	21	27	37	1.91
12506702--12506742	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
12510062--12510102	18	2.2	19	86	4	57	31	2	2	63	1.20
12510192--12510233	15	2.9	15	82	13	52	33	0	2	64	1.07
12511251--12511290	11	3.6	11	86	0	53	27	10	2	60	1.42
12514483--12514541	28	2.1	27	87	3	82	30	0	3	66	1.08
12514569--12514637	27	2.6	27	86	4	95	21	28	24	24	1.99
12514921--12515054	60	2.2	61	89	2	200	56	11	0	32	1.34
12515108--12515132	7	3.6	7	100	0	50	60	0	0	40	0.97
12517487--12517515	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
12518592--12518631	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
12522667--12522837	75	2.4	75	84	7	212	32	11	23	33	1.90
12522670--12522835	35	4.6	35	84	8	174	31	11	23	33	1.90
12530136--12530307	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
12530139--12530305	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
12530235--12530305	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
12531689--12531745	30	1.9	30	85	7	80	10	24	36	28	1.88
12535718--12535766	25	2.0	25	83	0	62	53	4	0	42	1.20
12540717--12540867	53	2.8	53	88	4	205	25	15	27	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12545853--12545915	25	2.5	24	68	25	58	52	14	14	19	1.75
12547221--12547270	15	3.4	15	78	13	50	40	2	10	48	1.48
12547830--12548063	47	4.9	47	80	7	245	25	16	25	32	1.96
12547841--12548028	100	1.9	100	86	2	270	26	16	23	32	1.96
12565788--12565888	53	1.9	53	87	0	148	22	15	6	54	1.65
12566448--12566609	87	1.9	86	80	11	188	28	19	23	28	1.98
12566567--12567056	164	2.9	169	86	6	641	33	18	20	28	1.96
12567113--12567207	44	2.2	44	90	0	145	31	20	22	26	1.98
12567176--12567242	35	1.9	35	84	0	89	35	13	22	28	1.92
12575897--12575929	16	2.1	16	88	5	50	15	9	0	75	1.03
12576052--12576095	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
12576174--12576200	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
12578693--12578794	50	2.0	50	100	0	204	36	7	5	50	1.56
12584759--12584813	27	2.0	27	100	0	110	56	10	7	25	1.59
12595887--12596506	309	2.0	305	88	5	915	37	23	9	29	1.86
12596795--12596819	6	4.2	6	100	0	50	16	52	0	32	1.44
12604845--12604887	14	2.8	16	79	17	54	55	4	6	32	1.47
12611447--12611484	20	1.9	20	84	10	51	63	5	0	31	1.17
12613760--12613799	6	7.0	6	91	5	57	85	0	12	2	0.71
12613760--12613801	21	2.0	22	85	4	59	83	0	14	2	0.75
12614489--12614523	16	2.2	16	90	5	54	17	0	5	77	0.96
12614920--12614962	18	2.3	18	80	4	50	65	4	2	27	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12616302--12616385	39	2.2	39	93	0	150	28	7	30	33	1.84
12621319--12621426	56	1.9	57	83	5	139	27	10	15	46	1.78
12634361--12634401	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
12658612--12658647	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
12664211--12664261	25	2.0	25	100	0	102	41	11	11	35	1.78
12664436--12664476	16	2.5	17	80	11	50	63	0	19	17	1.31
12664895--12664960	27	2.3	29	87	10	109	33	7	9	50	1.62
12664904--12664958	27	2.0	27	100	0	110	32	7	7	52	1.56
12676973--12677239	46	5.8	46	73	15	235	20	19	30	29	1.97
12676967--12677232	93	2.9	93	94	0	451	21	19	30	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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