genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.279.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr12 103066607 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  103066607

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83174573--83174630	18	3.2	18	75	20	57	37	0	39	22	1.54
83187702--83187811	40	2.8	39	85	10	143	23	25	29	21	1.99
83195738--83195867	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
83197385--83197622	38	6.3	38	95	0	404	30	26	22	20	1.98
83199903--83200110	40	5.2	39	81	1	200	25	25	22	25	2.00
83199903--83200072	80	2.1	80	84	4	227	25	27	22	24	2.00
83199903--83200108	80	2.6	81	81	4	222	25	26	22	25	2.00
83209904--83209945	21	2.0	20	86	13	59	64	4	4	26	1.33
83225807--83225838	12	2.7	12	90	0	55	18	25	25	31	1.98
83226499--83226528	13	2.4	12	89	10	51	90	0	10	0	0.47
83228327--83228390	20	3.1	19	78	13	65	50	4	0	45	1.22
83228327--83228376	20	2.5	20	87	6	66	52	6	0	42	1.26
83230550--83230590	14	2.9	14	77	0	55	21	9	31	36	1.86
83236138--83236244	53	2.0	53	100	0	214	16	16	20	45	1.85
83237234--83237292	10	5.8	10	75	13	50	23	1	20	54	1.54
83239848--83240022	46	3.8	45	80	10	201	28	29	20	21	1.98
83239856--83240026	93	1.8	93	92	2	290	28	29	21	21	1.98
83239853--83240042	46	4.1	46	70	22	130	28	28	20	22	1.98
83243247--83243391	40	3.6	40	84	4	184	25	25	25	23	2.00
83251265--83251409	40	3.6	40	85	4	193	25	24	26	23	2.00
83253396--83253562	40	4.2	40	82	3	185	24	26	22	26	2.00
83253412--83253523	39	2.8	38	87	4	143	25	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83253412--83253562	79	1.9	79	83	5	198	23	26	23	26	2.00
83257605--83257664	28	2.1	29	81	3	68	73	3	16	6	1.18
83262540--83262575	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
83268781--83268825	23	2.0	22	83	12	56	40	11	13	35	1.80
83271705--83271754	26	1.9	26	84	8	66	54	18	0	28	1.44
83273623--83273795	43	4.0	43	73	5	152	26	16	24	32	1.96
83292391--83292470	39	2.1	39	100	0	160	32	10	28	28	1.89
83293195--83293237	15	2.9	15	85	0	59	18	11	13	55	1.68
83302330--83302486	43	3.7	43	77	13	137	24	15	25	34	1.95
83304780--83304916	61	2.2	61	85	2	186	24	9	14	51	1.71
83306489--83306577	23	3.7	26	71	13	82	42	1	4	51	1.29
83314338--83314374	19	1.9	19	88	0	56	35	5	2	56	1.36
83315848--83315974	53	2.5	50	84	7	148	18	18	21	41	1.90
83316110--83316186	27	2.9	27	76	5	84	23	3	29	42	1.72
83316453--83316683	88	2.6	89	88	2	338	24	4	13	58	1.54
83317615--83317703	19	4.8	19	87	8	139	37	14	11	37	1.82
83317615--83317703	35	2.4	37	88	9	137	37	14	11	37	1.82
83317627--83317682	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
83317822--83317859	20	2.0	20	84	5	51	10	2	15	71	1.25
83318097--83319637	207	7.5	207	93	0	2575	29	23	17	29	1.97
83319766--83319968	87	2.4	81	85	8	253	22	22	23	31	1.98
83320898--83320975	7	10.7	7	73	16	61	2	12	1	83	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83320904--83320953	8	6.2	8	84	9	66	2	14	0	84	0.72
83320897--83320953	23	2.5	23	83	8	71	1	15	0	82	0.75
83320898--83320975	22	3.5	23	83	11	92	2	12	1	83	0.82
83326702--83326825	17	6.8	18	89	5	180	37	15	11	36	1.83
83326702--83326817	35	3.2	35	93	3	187	37	14	12	36	1.84
83326702--83326825	18	6.9	17	78	18	112	37	15	11	36	1.83
83328756--83328797	11	3.7	11	85	14	59	30	11	0	57	1.35
83328876--83328915	18	2.2	19	95	4	73	32	7	0	60	1.25
83328845--83329128	117	2.4	114	80	9	322	25	9	3	61	1.43
83329021--83329150	38	3.5	38	69	18	112	23	10	3	62	1.44
83329130--83329163	17	2.0	17	94	0	59	29	14	5	50	1.67
83329229--83329311	29	2.8	30	79	13	84	19	13	3	63	1.43
83329533--83329601	22	3.1	22	85	8	88	26	11	1	60	1.39
83329531--83329605	16	4.5	17	80	8	75	26	10	1	61	1.37
83329533--83329585	6	9.5	6	76	13	51	26	13	1	58	1.45
83329729--83329777	23	2.2	22	96	3	89	26	14	0	59	1.36
83331437--83331520	44	1.9	44	85	4	116	30	10	20	38	1.87
83339392--83339430	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
83341513--83341575	25	2.5	25	80	10	67	1	31	1	65	1.12
83342279--83342425	36	4.1	36	74	7	129	26	19	14	40	1.89
83342279--83342425	73	2.0	71	85	2	195	26	19	14	40	1.89
83349260--83349294	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83349766--83349858	27	3.3	27	80	10	91	41	31	4	22	1.73
83350233--83350259	13	2.1	13	100	0	54	22	37	7	33	1.82
83350372--83350405	18	1.9	18	88	5	52	32	23	0	44	1.54
83351223--83351267	3	14.7	3	86	4	63	66	4	0	28	1.11
83357060--83357271	27	7.9	27	79	4	176	39	0	17	42	1.56
83357069--83357208	9	15.6	9	79	3	147	42	0	15	40	1.52
83357060--83357208	45	3.3	45	90	0	226	41	1	16	40	1.56
83357186--83357307	36	3.6	36	75	18	145	33	0	20	45	1.51
83357222--83357310	9	9.9	9	74	4	81	33	0	21	44	1.52
83357096--83357310	63	3.4	63	85	2	245	38	0	17	43	1.53
83357081--83357310	27	8.5	27	76	6	164	38	0	17	43	1.53
83357901--83357929	4	7.2	4	100	0	58	24	0	0	75	0.80
83359210--83359256	18	2.5	19	80	16	62	38	0	36	25	1.56
83361567--83361732	35	4.6	35	84	8	192	33	24	10	31	1.90
83361562--83361732	74	2.4	73	83	9	217	33	23	11	31	1.90
83363208--83363253	22	2.2	20	85	11	65	54	21	0	23	1.45
83363210--83363312	7	14.4	7	75	9	66	53	25	0	20	1.52
83363210--83363255	21	2.1	22	92	4	76	56	21	0	21	1.42
83363259--83363339	22	3.8	21	77	11	76	51	27	1	19	1.54
83363266--83363340	14	5.2	15	70	13	59	52	26	1	20	1.55
83363369--83363512	41	3.5	41	85	1	191	19	20	20	40	1.92
83367854--83367908	21	2.6	21	83	11	76	29	18	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83369046--83369097	5	10.0	5	76	15	52	73	3	19	3	1.15
83369046--83369097	16	3.3	16	80	17	56	73	3	19	3	1.15
83370056--83370096	18	2.3	19	83	8	50	56	0	0	43	0.99
83371957--83371990	8	4.1	8	96	3	59	14	0	23	61	1.33
83380328--83380377	25	2.0	25	96	0	91	34	8	28	30	1.86
83388042--83388079	18	2.1	19	85	5	51	39	15	26	18	1.91
83396649--83396702	24	2.2	25	78	15	60	48	9	0	42	1.35
83397607--83397669	33	1.9	32	87	3	90	53	3	4	38	1.38
83397661--83397712	18	2.9	18	80	13	63	65	1	1	30	1.14
83397578--83397688	59	1.9	57	83	7	143	58	1	2	36	1.23
83400038--83400063	6	4.3	6	100	0	52	34	34	15	15	1.89
83400562--83400614	25	2.1	25	82	6	63	41	13	0	45	1.43
83409406--83409445	19	2.0	21	85	9	57	57	0	0	42	0.98
83409746--83409779	17	2.0	17	88	0	50	47	29	0	23	1.52
83410073--83410097	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
83415711--83415810	40	2.5	40	83	6	123	25	28	22	25	1.99
83415723--83415863	40	3.5	40	78	5	124	24	26	23	25	2.00
83422577--83422614	18	2.1	18	95	0	67	15	26	15	42	1.87
83422776--83422942	82	2.0	82	94	0	289	23	17	20	37	1.94
83426033--83426217	49	3.8	48	68	14	144	29	27	17	25	1.98
83428679--83428939	128	2.0	127	79	6	287	29	17	16	35	1.93
83428938--83429040	49	2.1	49	98	0	197	32	28	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83434218--83434297	39	2.1	39	95	0	142	41	3	26	28	1.73
83436166--83436254	23	3.6	24	73	13	74	16	20	21	41	1.90
83445709--83445738	15	1.9	16	93	6	53	80	16	3	0	0.85
83465166--83465209	13	3.5	13	77	22	58	31	40	22	4	1.74
83465163--83465209	24	2.0	24	100	0	94	29	42	23	4	1.73
83471894--83472135	50	4.8	49	77	7	209	29	26	18	26	1.98
83471948--83472135	101	1.9	101	87	0	277	29	25	18	26	1.98
83475523--83475568	20	2.3	20	100	0	92	45	4	21	28	1.71
83482699--83482852	40	3.8	40	80	1	157	26	21	26	25	1.99
83487605--83487665	30	2.0	30	96	0	113	31	9	19	39	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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