genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.104.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33157528--33157680	74	2.1	75	98	1	299	41	18	9	30	1.82
33157921--33157986	28	2.4	28	89	5	107	36	22	6	34	1.79
33158190--33158450	40	6.5	41	86	3	322	26	27	21	24	1.99
33158190--33158450	120	2.2	120	88	3	384	26	27	21	24	1.99
33161472--33161543	31	2.3	31	92	0	126	26	26	13	33	1.94
33161761--33161856	26	3.8	26	90	2	135	28	22	22	26	1.99
33161988--33162035	25	1.9	25	91	0	78	29	14	22	33	1.94
33164783--33165003	39	6.0	39	79	12	259	22	28	26	22	1.99
33164785--33164988	66	2.9	66	83	8	219	21	28	27	22	1.99
33172245--33172284	20	2.0	20	100	0	80	25	25	20	30	1.99
33179231--33179288	30	1.9	30	93	6	100	20	34	29	15	1.94
33193463--33193516	2	27.0	2	96	0	99	0	48	0	51	1.00
33194687--33194721	2	18.0	2	88	5	54	51	0	48	0	1.00
33199767--33199932	48	3.5	47	82	4	183	24	25	19	29	1.99
33209645--33209768	38	3.3	38	89	2	196	22	21	23	32	1.98
33209761--33210023	45	5.9	45	84	3	300	23	21	28	26	1.99
33214339--33214405	20	3.2	20	64	15	53	37	23	14	23	1.93
33217378--33217403	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
33221447--33221588	40	3.5	40	83	7	173	25	21	26	26	1.99
33221450--33221611	80	2.0	79	80	10	179	27	19	25	27	1.99
33221854--33222038	79	2.3	81	82	9	236	24	21	27	26	1.99
33221861--33222040	40	4.5	39	82	9	204	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33221903--33222073	79	2.2	79	81	12	208	26	19	28	25	1.99
33229954--33230029	40	1.9	40	84	10	102	23	21	26	28	1.99
33230007--33230052	23	2.0	23	91	0	74	21	19	32	26	1.97
33229966--33230092	63	2.0	63	83	6	159	25	20	26	27	1.99
33234541--33234580	6	6.5	6	82	5	53	17	5	0	77	0.94
33235605--33235742	48	2.9	48	88	0	186	27	26	21	23	1.99
33242117--33242165	24	2.0	24	96	0	89	24	26	18	30	1.98
33247695--33247763	20	3.2	20	69	15	66	36	27	13	23	1.92
33247684--33247772	44	2.0	44	95	0	160	35	24	13	25	1.92
33254908--33254946	13	3.5	11	83	16	53	64	0	2	33	1.08
33264661--33264685	13	1.9	13	100	0	50	44	0	16	40	1.47
33264741--33265141	45	8.8	45	87	1	516	25	17	30	26	1.97
33266876--33266911	19	1.9	18	88	5	54	22	22	41	13	1.89
33266898--33266941	24	1.9	22	81	9	52	11	29	34	25	1.91
33267282--33267332	24	2.1	24	100	0	102	41	5	19	33	1.76
33268740--33268806	34	2.0	34	82	5	82	31	19	20	28	1.97
33285138--33285352	119	1.8	119	88	0	331	33	19	16	30	1.94
33288509--33288548	6	6.7	6	88	0	62	80	15	2	2	0.93
33291267--33291347	40	2.0	40	100	0	162	33	27	12	27	1.92
33294855--33295160	27	11.3	27	83	1	317	39	20	9	30	1.84
33295110--33295362	27	9.4	27	84	0	254	30	21	7	39	1.82
33295110--33295362	54	4.7	54	83	0	281	30	21	7	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33295110--33295362	81	3.1	81	87	0	362	30	21	7	39	1.82
33298062--33298206	43	3.4	42	74	12	100	35	25	17	21	1.95
33307282--33307328	25	1.9	24	86	4	67	25	21	21	31	1.98
33309924--33310033	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
33311249--33311388	27	5.2	27	85	2	165	18	24	22	34	1.96
33311249--33311388	54	2.6	55	86	2	185	18	24	22	34	1.96
33315362--33315469	26	4.2	26	93	2	173	35	4	24	36	1.76
33316643--33316672	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
33317067--33317207	27	5.2	27	87	4	178	17	24	22	35	1.95
33317067--33317207	54	2.6	55	88	4	198	17	24	22	35	1.95
33320115--33320146	14	2.3	14	94	0	55	31	3	0	65	1.08
33323645--33323966	43	7.5	43	75	7	253	39	19	16	23	1.91
33323645--33323921	129	2.1	129	93	0	464	38	19	17	24	1.93
33323645--33323966	129	2.5	129	87	2	396	39	19	16	23	1.91
33328593--33328618	12	2.2	12	100	0	52	23	0	0	76	0.78
33329156--33329461	27	11.3	27	85	2	85	37	9	20	32	1.85
33329246--33329447	54	3.7	54	94	1	343	42	9	21	26	1.84
33329246--33329447	81	2.5	81	92	1	334	42	9	21	26	1.84
33330942--33331021	38	2.1	38	100	0	160	35	13	10	41	1.78
33338506--33338530	13	1.9	13	100	0	50	72	0	16	12	1.13
33339707--33339766	18	3.3	18	72	9	59	43	11	16	28	1.83
33349150--33349336	40	4.7	40	88	4	121	26	27	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33349193--33349416	40	5.6	40	83	7	233	28	27	20	23	1.99
33349156--33349416	80	3.3	80	81	5	228	27	27	21	24	1.99
33349196--33349416	120	1.8	120	83	9	299	27	27	21	23	1.99
33357043--33357189	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
33357089--33357269	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
33357086--33357269	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
33359852--33359961	53	2.1	53	98	1	213	37	28	7	27	1.83
33392909--33393071	39	4.2	39	89	0	218	27	27	20	24	1.99
33400971--33401168	78	2.6	76	83	6	213	27	28	21	22	1.99
33401023--33401170	39	3.8	39	90	1	226	28	29	21	20	1.98
33401023--33401170	77	1.9	78	88	1	226	28	29	21	20	1.98
33405066--33405092	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
33407768--33407984	40	5.5	40	87	3	289	24	27	22	25	2.00
33412842--33413017	46	3.8	46	80	15	209	21	19	29	29	1.98
33412839--33413008	93	1.8	93	93	0	295	21	20	30	28	1.98
33415928--33416011	29	2.9	29	82	10	100	10	16	15	57	1.65
33415937--33416015	15	5.4	15	80	10	92	10	17	12	59	1.60
33424012--33424265	45	5.6	45	78	4	210	37	17	21	23	1.94
33424237--33424347	46	2.4	46	90	3	179	45	13	21	18	1.84
33424447--33424511	26	2.5	26	80	12	71	41	1	16	40	1.58
33424540--33424600	27	2.2	28	80	8	72	50	4	13	31	1.62
33426097--33426155	20	2.9	21	84	5	66	8	20	0	71	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33427069--33427129	20	3.0	21	77	15	65	52	1	0	45	1.10
33432259--33432299	20	2.0	20	100	0	82	36	14	34	14	1.87
33433857--33433892	18	2.0	18	100	0	72	33	11	16	38	1.84
33440936--33440969	18	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
33446046--33446174	43	2.9	43	86	4	159	32	8	13	44	1.74
33447461--33447551	41	2.2	41	82	3	112	23	20	26	29	1.99
33451503--33451578	38	2.0	38	94	0	134	26	6	27	39	1.81
33451914--33451951	20	1.9	20	88	0	58	23	10	28	36	1.88
33459169--33459193	12	2.1	12	100	0	50	44	16	8	32	1.76
33467214--33467284	36	2.0	36	91	0	115	23	22	14	39	1.91
33469725--33469768	20	2.2	20	100	0	88	13	34	34	18	1.90
33473871--33473978	56	1.9	56	100	0	216	41	29	5	23	1.77
33475200--33475236	18	2.1	18	100	0	74	45	27	5	21	1.73
33481309--33481351	16	2.7	16	81	0	50	46	20	16	16	1.84
33481593--33481724	29	4.6	29	88	0	194	25	15	30	28	1.96
33481576--33481719	58	2.5	57	87	2	191	25	15	31	27	1.96
33485246--33485271	11	2.4	11	100	0	52	26	0	19	53	1.45
33492736--33492781	19	2.5	19	82	6	60	73	8	0	17	1.07
33496515--33496544	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
33499774--33499820	19	2.2	23	78	14	57	51	0	2	46	1.13
33502377--33502437	17	3.4	17	70	12	59	50	14	3	31	1.59
33502368--33502459	37	2.5	36	89	3	139	47	14	5	32	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33505118--33505172	27	2.0	27	100	0	110	45	21	3	29	1.69
33508045--33508109	34	1.9	34	100	0	130	58	3	6	32	1.38
33508078--33508157	28	2.7	30	81	9	85	62	5	2	30	1.29
33508118--33508169	15	3.4	15	76	10	52	65	7	0	26	1.20
33510883--33510970	33	2.7	33	90	0	140	23	46	5	23	1.74
33514430--33514523	30	2.9	30	77	15	91	3	26	1	69	1.10
33514485--33514546	26	2.5	26	79	12	67	6	29	1	62	1.29
33515601--33515741	40	3.6	40	76	10	146	30	21	17	29	1.97
33524098--33524147	26	2.0	25	84	11	66	34	0	8	58	1.28
33532157--33532255	41	2.4	41	91	1	155	16	24	9	50	1.73

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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