genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.199.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  199  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65679379--65679469	46	2.1	42	83	8	110	36	18	24	20	1.95
65690375--65690591	40	5.4	40	87	2	296	24	26	23	25	2.00
65698435--65698651	40	5.4	40	86	3	278	24	27	22	24	2.00
65707722--65707976	55	4.8	54	79	9	242	35	17	25	21	1.95
65707729--65707929	108	1.8	110	89	4	318	33	17	25	22	1.96
65708169--65708199	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
65711678--65711798	43	2.9	42	75	9	120	27	15	26	30	1.96
65715529--65715673	47	3.1	47	94	0	245	29	11	13	45	1.78
65716451--65716622	45	3.8	45	90	0	254	25	20	23	30	1.98
65718403--65718633	27	8.7	27	75	7	177	37	18	11	32	1.86
65718403--65718659	27	9.6	27	74	8	127	37	18	12	32	1.87
65718453--65718595	53	2.7	54	83	3	164	39	16	11	32	1.84
65718615--65719015	27	14.9	27	82	6	379	38	16	19	25	1.92
65719001--65719029	14	2.1	14	100	0	58	34	20	17	27	1.95
65718974--65719054	41	2.0	41	90	4	128	33	19	20	25	1.97
65719018--65719069	27	1.9	27	88	0	77	30	19	23	26	1.98
65719469--65719533	22	3.0	22	78	13	71	21	23	21	33	1.97
65719699--65719799	27	3.8	25	83	8	112	19	23	20	35	1.96
65719692--65719799	54	2.0	53	83	5	137	18	23	22	36	1.95
65719917--65720004	6	14.3	6	68	17	56	18	20	13	47	1.82
65719920--65719983	25	2.6	25	84	0	74	17	23	14	45	1.84
65721954--65722233	26	10.6	27	75	6	245	39	19	9	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65721954--65722233	53	5.3	53	77	6	241	39	19	9	31	1.83
65722226--65722520	27	10.9	27	83	5	346	36	16	20	26	1.94
65722226--65722520	81	3.6	81	87	4	407	36	16	20	26	1.94
65722975--65723039	22	3.0	22	82	8	78	23	24	20	32	1.98
65723190--65723303	27	4.3	26	82	7	104	19	22	18	39	1.92
65723190--65723305	54	2.2	53	81	3	126	18	22	19	38	1.93
65723423--65723491	6	11.3	6	76	11	52	18	13	13	55	1.69
65735129--65735230	43	2.4	43	86	0	150	28	26	19	25	1.99
65751872--65752048	40	4.4	40	80	4	180	26	25	21	25	1.99
65758841--65759010	45	3.7	46	78	14	199	29	29	20	21	1.98
65758848--65759017	92	1.8	92	93	2	297	28	28	21	21	1.99
65762529--65762745	40	5.4	40	86	3	287	26	28	21	23	1.99
65764580--65765049	49	9.6	49	90	5	668	28	29	8	34	1.86
65764913--65765026	57	2.0	57	98	0	219	26	28	8	35	1.86
65773787--65773820	17	1.9	17	88	5	50	38	20	8	32	1.84
65776253--65776304	2	26.0	2	96	0	95	50	0	48	1	1.12
65781000--65781053	17	3.1	17	83	2	72	11	40	29	18	1.85
65792737--65792870	27	5.0	27	81	3	171	26	13	19	41	1.88
65792737--65792870	54	2.5	54	86	2	189	26	13	19	41	1.88
65793184--65793248	18	3.6	18	85	0	94	20	16	16	46	1.85
65801902--65802099	55	3.7	53	80	8	193	34	17	25	22	1.96
65801909--65802109	108	1.8	110	86	8	295	33	17	24	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65802348--65802378	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
65805916--65805996	27	2.9	27	83	7	101	33	22	23	20	1.97
65806103--65806167	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
65811538--65811574	19	1.9	19	88	0	56	37	10	2	48	1.52
65812556--65812670	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
65812581--65812670	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
65812776--65812840	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
65816690--65817145	47	9.6	47	94	1	750	29	29	8	32	1.86
65816690--65817145	192	2.4	190	94	1	772	29	29	8	32	1.86
65817369--65817511	40	3.6	40	80	7	139	27	27	20	25	1.99
65821909--65821933	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
65823699--65823877	27	6.6	27	81	1	180	41	20	8	29	1.83
65823689--65823934	54	4.6	54	81	5	228	39	20	9	30	1.84
65823941--65824110	27	6.3	27	88	0	241	31	24	6	37	1.81
65823725--65824198	27	17.6	27	76	7	185	38	21	7	32	1.82
65823962--65824153	81	2.4	81	85	0	249	33	23	6	36	1.81
65824071--65824198	53	2.4	54	82	1	141	41	21	6	31	1.77
65824184--65824213	15	2.0	15	100	0	60	60	20	0	20	1.37
65824200--65824450	27	9.3	27	83	4	290	36	19	19	24	1.95
65824157--65824240	42	2.0	42	83	4	107	44	20	10	25	1.83
65824212--65824422	109	1.9	110	92	4	356	34	20	20	24	1.97
65825126--65825224	27	3.7	27	86	5	119	19	23	21	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65825364--65825467	6	16.8	6	67	23	56	19	19	13	48	1.81
65825408--65825462	25	2.2	24	90	3	83	18	21	14	45	1.85
65826739--65826811	25	2.9	25	76	8	76	24	20	20	34	1.97
65828106--65828219	43	2.7	41	73	11	113	28	15	22	32	1.95
65831875--65831989	55	2.1	56	80	8	128	36	21	22	19	1.95
65831900--65831989	27	3.2	27	82	7	110	33	23	23	20	1.97
65832095--65832217	29	4.3	28	94	3	210	30	7	26	34	1.84
65832097--65832214	57	2.1	58	95	1	211	30	7	27	33	1.85
65839316--65839366	2	26.0	2	92	4	86	50	0	49	0	1.00
65840424--65840480	20	2.8	20	75	17	55	40	14	0	45	1.44
65847899--65848060	27	6.0	27	80	0	189	28	20	8	42	1.81
65847902--65848058	81	1.9	81	89	0	242	29	18	8	43	1.80
65848279--65848438	67	2.3	67	89	8	232	19	28	21	30	1.98
65848569--65848650	6	13.3	6	70	19	53	17	23	12	47	1.80
65848569--65848638	25	2.8	24	93	4	113	17	24	12	45	1.83
65850531--65850634	31	3.4	31	80	5	111	22	19	10	48	1.79
65850587--65850655	6	11.3	6	75	14	61	20	18	11	49	1.78
65861032--65861108	14	5.0	15	71	20	52	42	14	9	33	1.77
65861048--65861087	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
65861036--65861102	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
65863232--65863550	40	8.0	40	91	0	476	27	28	20	23	1.99
65870330--65870402	27	2.7	27	85	8	103	23	15	17	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65870718--65870779	18	3.4	18	72	0	61	25	16	12	45	1.83
65875981--65876156	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
65875978--65876149	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
65883545--65883720	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
65883542--65883713	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
65888310--65888534	40	5.6	40	79	5	231	22	22	28	27	1.99
65888310--65888534	83	2.8	82	83	6	264	22	22	28	27	1.99
65895770--65895990	40	5.6	40	78	7	254	23	23	27	25	2.00
65895770--65895990	79	2.8	83	82	10	268	23	23	27	25	2.00
65897964--65898040	40	2.0	40	89	7	122	28	12	22	36	1.91
65899240--65899371	42	3.2	38	77	13	120	25	23	25	25	2.00
66035745--66035816	34	2.1	35	82	7	85	41	9	26	22	1.84
66040639--66040725	39	2.2	39	93	0	147	27	26	22	22	2.00
66043879--66043982	42	2.4	44	82	6	133	35	22	16	25	1.94
66043874--66044017	42	3.4	42	79	6	121	32	22	18	27	1.97
66056714--66056998	27	10.6	27	79	1	88	39	20	10	30	1.85
66056766--66056987	54	4.2	53	79	4	257	39	17	10	32	1.84
66056991--66057231	27	8.9	27	82	5	254	38	17	19	25	1.93
66056736--66057054	161	2.0	162	85	4	439	39	19	11	30	1.86
66056990--66057231	81	3.0	80	82	2	286	38	16	19	25	1.92
66057884--66057935	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
66057974--66058033	27	2.3	27	85	2	77	21	23	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66058570--66058647	24	3.2	24	90	0	111	34	3	41	20	1.71
66060073--66060183	27	4.1	27	91	1	170	14	24	23	37	1.92
66067414--66067447	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
66067408--66067444	9	4.1	9	92	0	56	67	0	0	32	0.91
66067413--66067448	9	4.0	9	96	0	54	61	0	0	38	0.96
66071196--66071247	18	2.8	19	75	11	54	34	0	0	65	0.93
66071198--66071254	27	2.1	28	83	9	73	31	0	0	68	0.90
66072140--66072316	30	6.1	29	72	17	127	39	1	19	40	1.59
66072161--66072213	22	2.4	22	87	0	70	39	1	22	35	1.65
66072206--66072322	28	3.8	34	78	17	107	39	0	17	41	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352