genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87055676--87055731	17	3.4	15	84	15	51	39	10	14	35	1.81
87056275--87056309	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
87057271--87057320	23	2.1	24	82	10	59	26	6	6	62	1.42
87069278--87069503	44	5.2	44	75	13	214	30	14	26	29	1.95
87069226--87069482	131	2.0	131	95	0	460	28	15	26	29	1.96
87070977--87071048	11	6.6	10	72	21	56	31	1	2	63	1.17
87071094--87071141	23	2.2	23	85	7	64	31	6	0	62	1.20
87071106--87071151	16	2.8	17	83	6	58	32	4	0	63	1.14
87071095--87071158	21	3.1	19	79	16	65	29	6	1	62	1.29
87071692--87071741	23	2.1	24	82	10	59	26	6	6	62	1.42
87076881--87076948	21	3.2	21	79	4	84	42	7	23	26	1.80
87080247--87080301	28	2.0	27	82	7	65	36	1	0	61	1.06
87080367--87080448	5	16.2	5	72	20	64	36	1	0	62	1.03
87080370--87080431	12	5.2	12	79	13	67	37	0	0	62	0.95
87080999--87081062	25	2.6	25	78	14	71	25	1	3	70	1.11
87092476--87093078	44	14.0	44	77	12	509	30	15	26	28	1.96
87092590--87092812	41	5.3	41	69	19	174	31	18	25	24	1.98
87092476--87092856	84	4.5	83	84	7	446	30	16	25	27	1.97
87094658--87094712	28	2.0	27	82	7	65	36	1	0	61	1.06
87094778--87094862	5	16.2	5	71	22	59	36	1	0	62	1.03
87094778--87094845	12	5.8	12	81	11	79	36	0	0	63	0.95
87094778--87094858	24	3.8	22	74	22	75	35	1	0	62	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87094783--87094862	17	4.9	16	73	23	51	36	1	0	62	1.03
87095440--87095486	18	2.6	19	76	10	53	19	0	4	76	0.95
87095451--87095485	12	3.2	11	88	11	54	17	0	0	82	0.66
87095455--87095485	6	5.3	6	92	7	55	16	0	0	83	0.64
87108578--87108693	59	2.0	59	89	0	178	22	17	11	49	1.78
87109390--87110147	88	8.6	88	81	12	564	27	16	25	30	1.97
87109293--87110239	221	4.3	221	90	4	1312	27	17	25	29	1.97
87109390--87110361	309	3.1	308	89	4	1367	27	16	25	30	1.97
87110140--87110437	88	3.5	88	87	4	364	28	16	25	29	1.96
87110298--87110512	78	2.8	75	86	6	268	33	16	24	25	1.96
87116386--87116418	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
87116386--87116419	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
87116931--87117020	19	4.7	19	84	9	103	38	15	8	36	1.79
87117463--87117956	175	2.8	175	89	0	729	28	19	18	33	1.96
87117521--87117832	88	3.6	86	70	17	257	27	17	20	34	1.95
87118926--87118965	19	2.1	19	100	0	80	20	30	15	35	1.93
87119041--87119078	8	4.6	9	87	12	55	0	15	0	84	0.63
87119035--87119077	17	2.7	15	83	13	59	0	16	0	83	0.64
87119035--87119083	16	3.1	16	88	2	73	0	14	0	85	0.59
87119048--87119080	9	3.7	9	95	0	57	0	12	0	87	0.53
87124706--87124738	17	1.9	17	88	11	50	69	0	0	30	0.88
87124706--87124739	18	1.9	17	88	5	50	70	0	0	29	0.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87125250--87125315	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
87125267--87125364	19	5.2	19	92	7	164	35	16	10	37	1.82
87125267--87125364	36	2.6	37	90	9	153	35	16	10	37	1.82
87127352--87127434	31	2.7	31	90	1	123	39	1	1	57	1.14
87129494--87129590	49	2.0	49	89	0	149	44	28	8	18	1.79
87137195--87137249	26	2.1	26	82	0	65	40	12	18	29	1.87
87138850--87138915	30	2.2	30	94	2	116	33	10	13	42	1.79
87141169--87141285	39	3.2	38	66	18	102	21	25	33	19	1.97
87141169--87141324	72	2.2	71	89	1	240	21	25	34	19	1.96
87143063--87143119	28	2.0	28	100	0	114	43	28	14	14	1.83
87145808--87145932	64	2.0	64	83	3	162	36	24	18	20	1.95
87146306--87146377	37	1.9	37	91	0	117	15	18	19	47	1.83
87150007--87150077	28	2.6	27	90	2	106	29	11	28	30	1.91
87150024--87150084	28	2.2	28	87	0	95	36	9	24	29	1.88
87152062--87152159	28	3.5	28	79	8	126	16	20	34	28	1.94
87152060--87152189	57	2.2	57	91	2	206	17	17	36	28	1.93
87157123--87157229	28	3.8	28	92	0	160	34	10	25	29	1.89
87166699--87167172	231	2.1	231	85	2	630	26	32	5	36	1.79
87166703--87167232	231	2.3	231	82	3	595	26	31	5	35	1.80
87167740--87167768	7	4.1	7	100	0	58	72	0	0	27	0.85
87167809--87167833	6	4.2	6	100	0	50	36	16	48	0	1.46
87169204--87169262	24	2.5	24	80	0	73	18	33	1	45	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87170530--87170574	19	2.6	18	82	13	58	64	0	8	26	1.23
87170530--87170579	16	2.9	17	78	18	59	66	0	10	24	1.22
87183139--87183369	41	5.7	41	79	2	277	22	23	26	27	1.99
87183154--87183348	40	4.8	41	78	2	169	23	23	26	26	2.00
87183154--87183369	81	2.7	81	95	0	387	22	23	26	27	1.99
87183139--87183365	122	1.9	122	83	1	303	22	23	27	26	2.00
87191525--87191577	24	2.2	24	89	0	79	20	43	3	32	1.70
87197869--87197952	27	3.2	26	89	5	123	39	22	23	14	1.91
87199386--87199462	24	3.2	24	88	0	109	20	40	5	33	1.75
87204956--87205079	43	2.9	43	84	7	153	27	15	25	32	1.95
87222945--87223007	28	2.3	27	80	5	72	22	25	23	28	1.99
87224742--87224839	49	2.0	50	85	2	135	42	11	16	29	1.82
87234788--87234880	26	3.2	26	64	30	62	20	7	22	49	1.74
87234781--87234905	62	2.0	62	100	0	250	22	8	22	47	1.77
87237520--87237552	6	5.7	6	89	7	50	21	0	0	78	0.75
87241048--87241101	26	2.1	26	82	6	65	37	20	3	38	1.70
87241072--87241101	13	2.3	13	94	0	51	36	23	3	36	1.71
87241200--87241539	183	1.9	184	85	0	484	21	23	13	41	1.89
87241185--87241549	46	8.0	46	86	1	428	21	23	13	40	1.89
87247315--87247377	29	2.2	29	91	0	108	19	23	33	23	1.97
87252092--87252153	24	2.6	24	87	2	90	29	6	14	50	1.68
87253751--87253803	28	1.9	28	84	3	72	45	7	0	47	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87256955--87256987	17	1.9	17	93	0	57	45	21	12	21	1.84
87263008--87263047	14	2.9	13	82	10	53	85	0	15	0	0.61
87263013--87263049	11	3.5	11	82	14	51	83	0	16	0	0.64
87263008--87263049	20	2.2	19	91	4	66	83	0	16	0	0.65
87273137--87273467	69	4.8	69	79	2	378	37	24	17	20	1.94
87273137--87273467	137	2.4	137	84	3	407	37	24	17	20	1.94
87273477--87273687	58	3.7	58	80	4	230	29	22	12	34	1.92
87274250--87274276	13	2.1	13	100	0	54	7	48	22	22	1.75
87278905--87279082	27	6.6	27	85	3	205	29	29	14	26	1.95
87278905--87279082	54	3.3	54	85	3	232	29	29	14	26	1.95
87278926--87279081	81	1.9	82	88	3	235	29	29	14	26	1.95
87290174--87290212	21	1.9	21	94	5	71	23	30	35	10	1.88
87295039--87295209	94	1.8	94	83	9	233	27	28	19	23	1.99
87296937--87296978	8	5.2	8	85	8	50	45	0	0	54	0.99
87296999--87297045	22	2.1	22	84	7	60	70	2	2	25	1.10
87297123--87297169	17	2.8	16	81	15	58	51	0	6	42	1.27
87297281--87297334	22	2.5	22	84	0	63	22	22	11	44	1.84
87305839--87306033	93	2.1	92	88	4	286	44	4	4	47	1.41
87306065--87306098	17	2.0	17	94	0	59	44	5	0	50	1.26
87306070--87306117	17	3.0	16	79	17	55	45	6	2	45	1.40
87306114--87306292	54	3.1	54	65	22	137	41	2	7	49	1.43
87306158--87306192	18	2.0	17	88	5	52	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87306107--87306329	120	1.9	120	97	0	419	42	2	6	49	1.40
87306106--87306297	61	3.2	61	68	14	180	41	2	6	48	1.43
87306278--87306312	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
87306141--87306326	54	3.2	54	66	21	142	43	1	4	50	1.33
87306266--87306537	144	1.9	147	94	3	487	47	2	3	47	1.31
87306422--87306456	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
87306618--87306712	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
87306691--87306723	16	2.1	16	94	0	57	30	36	0	33	1.58
87306704--87306746	21	2.0	21	95	0	77	34	37	0	27	1.57
87307539--87307576	20	1.9	20	88	0	58	65	5	2	26	1.27

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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