genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.314.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  314  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102471287--102471407	58	2.1	58	95	0	215	45	10	13	30	1.77
102472189--102472235	25	1.9	25	86	4	69	55	2	0	42	1.12
102472691--102472755	32	2.0	32	87	0	94	40	12	9	38	1.75
102478307--102478338	16	2.0	16	93	0	55	25	15	18	40	1.90
102484640--102484676	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
102484635--102484670	3	11.7	3	88	5	54	30	2	2	63	1.22
102484903--102484954	3	16.7	3	77	15	52	34	0	1	63	1.06
102486503--102486555	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
102488042--102488097	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
102495356--102495424	34	2.0	34	97	0	129	31	23	13	31	1.92
102499725--102499808	43	1.9	44	95	2	152	44	14	26	15	1.84
102499725--102499845	43	2.8	43	86	8	140	46	14	23	14	1.83
102500681--102500715	18	1.9	18	100	0	70	11	11	5	71	1.30
102500697--102500729	15	2.3	15	89	5	50	18	9	6	66	1.40
102500858--102500891	16	2.1	16	88	0	50	20	5	0	73	1.04
102500947--102500982	14	2.6	14	90	0	54	25	19	5	50	1.69
102500785--102501282	88	5.6	88	82	7	525	28	16	18	36	1.92
102500785--102501282	177	2.8	175	78	11	532	28	16	18	36	1.92
102500785--102501319	265	2.0	266	84	8	698	28	16	17	37	1.92
102501402--102501456	21	2.6	21	91	0	83	32	12	29	25	1.93
102502425--102502458	14	2.4	14	95	0	59	85	5	0	8	0.75
102502999--102503046	24	2.0	24	88	8	71	31	8	12	47	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102503108--102503143	3	11.7	3	88	5	54	30	2	2	63	1.22
102503113--102503149	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
102503494--102503575	26	3.2	26	96	0	155	30	6	26	36	1.81
102505060--102505112	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
102506941--102507005	24	2.7	25	73	20	66	33	7	4	53	1.50
102512363--102512403	20	2.0	20	100	0	82	41	24	9	24	1.85
102512648--102512677	14	2.1	15	93	6	53	76	6	3	13	1.11
102513902--102513941	21	1.9	21	84	0	53	27	15	27	30	1.96
102515902--102515947	22	2.1	22	88	8	67	65	2	8	23	1.32
102518144--102518208	30	2.1	32	85	5	89	46	7	0	46	1.31
102518652--102518715	31	2.1	31	100	0	128	23	29	12	34	1.92
102521298--102521649	131	2.7	131	79	6	381	33	17	21	27	1.96
102536558--102536595	18	2.1	19	90	5	60	21	21	5	52	1.66
102545208--102545266	30	1.9	30	82	6	73	47	3	3	45	1.36
102559958--102560193	129	1.8	129	95	1	429	37	22	19	20	1.95
102559958--102560236	43	6.5	43	71	7	174	36	21	20	20	1.95
102559958--102560231	129	2.1	129	90	4	428	37	22	20	20	1.95
102561387--102561480	9	10.1	9	74	18	50	35	1	6	57	1.31
102561656--102561717	27	2.2	28	80	2	72	38	8	0	53	1.31
102585743--102585785	19	2.3	19	95	0	77	16	20	23	39	1.92
102588174--102588212	21	1.9	20	89	5	60	33	0	20	46	1.51
102590266--102590303	18	2.1	18	95	0	67	34	7	13	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102592216--102592241	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
102592596--102592637	20	2.0	21	95	4	77	45	7	14	33	1.72
102593939--102594064	62	2.0	62	98	0	243	38	3	23	34	1.73
102594704--102595008	168	1.8	164	79	5	353	28	12	22	35	1.91
102596867--102596897	6	5.0	6	96	4	53	19	0	0	80	0.71
102596868--102596925	29	2.1	27	83	6	71	20	1	0	77	0.86
102598740--102598788	21	2.3	21	82	6	55	30	4	4	61	1.33
102608098--102608138	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
102613264--102613303	16	2.6	16	88	4	55	32	0	0	67	0.91
102613335--102613371	19	1.9	19	94	0	65	27	5	5	62	1.39
102613330--102613365	3	11.7	3	88	5	54	30	2	2	63	1.22
102613492--102613533	21	2.0	21	85	0	57	28	4	2	64	1.26
102613576--102613610	9	3.9	9	92	0	52	22	0	5	71	1.07
102614043--102614122	38	2.0	40	83	4	101	38	8	3	48	1.52
102621213--102621253	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
102633708--102634375	69	9.7	69	75	2	437	31	25	16	26	1.96
102633708--102634338	207	3.0	206	80	3	640	31	25	16	25	1.96
102633708--102634339	138	4.6	138	76	4	511	31	25	16	25	1.96
102635149--102635222	18	4.1	18	76	0	67	37	14	9	37	1.79
102636845--102636877	5	6.4	5	96	3	57	57	0	0	42	0.98
102638762--102638938	64	2.8	64	87	10	249	31	8	17	42	1.79
102639057--102639420	41	8.9	41	92	1	498	20	18	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102640088--102640122	15	2.3	15	90	9	54	25	0	22	51	1.48
102641423--102641494	21	3.2	21	77	16	65	37	2	2	56	1.28
102642561--102642613	20	2.7	20	79	5	63	56	7	0	35	1.28
102646449--102646473	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
102646746--102646883	68	2.0	68	100	0	276	31	10	12	45	1.75
102647779--102647824	13	3.1	14	84	15	58	36	0	2	60	1.09
102655274--102655362	18	4.9	18	83	5	99	35	13	10	40	1.78
102655275--102655362	36	2.4	36	82	0	113	36	13	10	39	1.79
102662310--102662413	45	2.3	45	83	0	136	45	15	16	23	1.85
102663382--102663415	4	8.0	4	87	12	50	23	2	0	73	0.97
102663382--102663415	9	4.0	8	88	11	50	23	2	0	73	0.97
102663381--102663415	13	2.7	13	90	0	61	22	5	0	71	1.07
102663750--102663868	59	2.0	59	100	0	238	35	16	11	36	1.86
102665468--102665519	20	2.5	20	84	9	61	57	7	0	34	1.27
102665877--102665985	58	1.9	57	83	9	141	47	12	11	28	1.76
102674462--102674523	30	2.1	30	93	0	106	24	4	14	56	1.58
102675232--102675266	7	5.0	7	96	0	61	31	0	0	68	0.90
102676453--102676569	14	8.1	15	70	22	58	45	0	2	51	1.21
102676532--102676568	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
102676487--102676583	13	7.1	14	75	16	78	47	0	2	50	1.12
102678235--102678371	73	1.9	73	90	1	222	15	15	15	54	1.72
102679756--102679812	28	2.0	28	93	0	96	40	21	17	21	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102682463--102682500	18	2.1	18	95	0	67	55	0	0	44	0.99
102686513--102686571	21	2.8	22	80	7	61	22	0	8	69	1.15
102686542--102686591	26	2.0	24	88	7	73	30	0	6	64	1.18
102697227--102697596	87	4.3	87	73	11	233	27	20	20	31	1.97
102697267--102697596	44	7.6	43	73	11	225	26	20	21	31	1.98
102698764--102698792	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
102712305--102712334	15	2.0	15	93	0	51	30	0	3	66	1.07
102718844--102718896	16	3.4	16	76	10	56	32	0	5	62	1.19
102722842--102722924	31	2.7	31	83	3	96	39	10	14	34	1.81
102723399--102723442	21	2.0	22	82	4	54	13	13	4	68	1.36
102725120--102725178	27	2.2	27	84	6	75	33	3	3	59	1.31
102725510--102725551	22	1.9	22	90	0	66	21	19	7	52	1.69
102736294--102736323	13	2.3	13	94	0	51	23	0	3	73	0.98
102748235--102748401	83	2.0	83	97	0	316	28	17	19	34	1.94
102756467--102756550	25	3.3	26	80	11	93	35	21	25	17	1.95
102756593--102756749	80	2.0	79	94	1	278	37	21	26	15	1.92
102761686--102761723	20	2.0	20	94	5	69	60	0	5	34	1.19
102763187--102763254	29	2.3	29	85	5	93	45	1	1	51	1.19
102764189--102764229	21	2.0	21	85	0	55	0	24	0	75	0.80
102767539--102767574	18	2.1	17	89	5	54	52	0	0	47	1.00
102767541--102767583	18	2.4	18	84	7	52	55	0	2	41	1.12
102769296--102769355	30	2.0	31	87	9	88	25	6	8	60	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102771740--102771797	31	1.9	30	86	6	82	34	15	5	44	1.69
102773873--102773973	34	2.9	34	79	7	96	29	11	16	41	1.84
102777442--102777485	18	2.4	20	82	17	60	25	2	0	72	0.96
102777869--102777899	11	2.8	11	90	0	53	32	0	0	67	0.91
102778020--102778082	30	2.1	30	93	0	108	58	15	1	23	1.46
102778113--102778143	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
102779638--102779675	18	2.1	18	90	0	58	0	50	0	50	1.00
102779642--102779674	11	2.9	12	91	8	52	0	51	0	48	1.00
102780138--102780208	3	23.3	3	74	8	63	30	1	5	61	1.27
102780150--102780211	23	2.8	22	87	4	81	32	1	8	58	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352