genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.192.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63163710--63163956	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
63171017--63171263	40	6.2	40	89	1	327	29	28	19	22	1.98
63176349--63176413	34	1.9	34	100	0	130	35	23	6	35	1.80
63184882--63184918	19	2.0	19	89	5	58	18	24	37	18	1.94
63185127--63185346	27	8.1	27	82	0	260	33	17	24	25	1.97
63185482--63185572	27	3.5	26	77	7	76	20	20	19	38	1.94
63195450--63195496	20	2.3	20	100	0	94	21	34	27	17	1.95
63199505--63199549	23	2.0	23	95	0	81	42	2	26	28	1.67
63202127--63202170	21	2.1	21	100	0	88	22	31	29	15	1.95
63204010--63204131	22	5.3	22	63	21	61	26	29	10	33	1.90
63203982--63204580	47	12.6	47	92	3	848	28	29	9	32	1.88
63203982--63204580	96	6.3	95	92	2	854	28	29	9	32	1.88
63205845--63206023	85	2.1	85	98	0	349	26	27	8	37	1.85
63207263--63207543	40	7.1	40	89	2	395	25	28	21	24	1.99
63207597--63207671	38	2.0	38	84	5	98	24	25	20	30	1.98
63209749--63209819	37	1.9	37	97	0	133	42	19	4	33	1.71
63210135--63210590	47	9.6	47	90	3	664	28	28	8	34	1.87
63210135--63210590	96	4.8	96	90	3	699	28	28	8	34	1.87
63210135--63210590	143	3.2	140	88	5	680	28	28	8	34	1.87
63211855--63212033	85	2.1	85	97	0	340	26	28	8	36	1.85
63221955--63222116	27	6.0	27	88	0	234	32	20	21	24	1.98
63222248--63222356	27	4.1	26	73	10	85	22	21	19	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63233867--63233965	51	1.9	51	95	0	180	32	17	14	36	1.89
63235117--63235180	33	1.9	33	90	6	103	32	14	14	39	1.85
63240506--63240689	40	4.6	39	80	9	194	23	22	27	25	2.00
63240558--63240722	79	2.1	79	82	6	192	25	21	27	26	1.99
63244506--63244538	12	2.8	12	95	0	57	81	6	3	9	0.95
63246763--63246804	17	2.4	18	80	7	52	57	4	23	14	1.56
63255326--63255369	24	1.9	23	86	9	63	72	2	18	6	1.17
63256616--63256796	40	4.6	39	79	9	179	24	22	27	25	2.00
63256665--63256831	79	2.1	79	80	6	178	26	20	26	26	1.99
63263139--63263212	28	2.6	28	82	0	94	22	12	35	29	1.91
63263161--63263225	28	2.3	28	83	0	85	24	13	33	27	1.93
63270878--63270974	28	3.5	28	84	4	124	20	17	35	26	1.95
63272193--63272226	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
63283680--63283726	19	2.5	19	77	16	53	59	0	8	31	1.27
63289918--63290021	29	3.6	30	78	10	101	25	28	13	31	1.94
63290103--63290140	19	2.0	19	89	0	58	15	28	18	36	1.92
63293337--63293374	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
63293604--63293774	93	1.8	93	89	0	270	30	27	19	22	1.98
63293599--63293768	46	3.7	46	75	10	166	30	27	18	23	1.98
63294194--63294253	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
63297644--63297829	79	2.3	81	83	7	229	25	26	22	24	2.00
63297644--63297828	40	4.7	40	83	6	225	25	27	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63309100--63309324	119	1.9	120	84	6	305	25	27	22	24	2.00
63309100--63309324	40	5.7	40	86	6	296	25	27	22	24	2.00
63311573--63311762	40	4.8	40	85	5	237	25	27	23	23	2.00
63316903--63316952	26	1.9	26	91	0	82	42	16	24	18	1.89
63318975--63319149	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
63326538--63326712	45	3.8	46	79	13	216	20	20	29	29	1.98
63331912--63331993	27	3.1	26	84	5	110	19	23	21	35	1.96
63335866--63336251	48	8.0	48	93	0	655	34	5	27	31	1.81
63336392--63336494	37	2.8	37	95	0	179	22	20	33	24	1.97
63344138--63344235	48	2.0	48	90	0	151	27	17	26	28	1.98
63346019--63346100	27	3.1	27	82	1	103	30	24	17	28	1.97
63347927--63348097	46	3.7	46	77	14	199	22	21	28	28	1.99
63352508--63352558	26	2.0	26	96	0	93	43	15	27	13	1.85
63353417--63353589	46	3.7	46	77	13	201	21	20	27	29	1.98
63353414--63353584	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
63359478--63359529	26	2.0	26	100	0	104	26	0	11	61	1.30
63363660--63363811	40	3.8	41	89	3	211	24	21	28	25	1.99
63363660--63363831	80	2.2	80	84	3	213	23	20	27	27	1.99
63365258--63365396	43	3.2	43	91	0	224	32	32	23	12	1.91
63371504--63371537	13	2.7	12	86	13	50	79	2	2	14	0.97
63375439--63375592	28	5.5	28	93	0	238	32	27	12	27	1.93
63375438--63375617	84	2.1	84	87	2	263	32	27	12	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63383649--63383719	28	2.6	29	89	10	105	35	23	11	29	1.90
63435978--63436169	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
63435949--63436168	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
63458468--63458511	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
63464701--63464974	48	5.7	48	77	5	250	26	16	31	25	1.96
63464712--63464977	96	2.8	97	82	2	304	27	16	31	24	1.96
63467983--63468069	27	3.2	27	85	3	113	37	21	21	18	1.94
63468335--63468387	19	2.7	19	85	2	70	24	37	11	26	1.89
63471009--63471035	11	2.5	11	100	0	54	44	14	7	33	1.73
63480213--63480317	55	1.9	55	86	0	147	21	29	22	25	1.99
63480483--63480591	55	2.0	55	83	3	139	22	28	21	27	1.99
63480100--63480633	270	2.0	270	92	0	899	23	27	24	24	2.00
63487007--63487181	43	4.1	43	78	8	176	24	16	26	33	1.95
63492659--63493112	47	9.6	47	87	4	624	33	8	29	29	1.86
63492659--63493112	96	4.8	96	92	4	683	33	8	29	29	1.86
63492659--63493112	143	3.2	142	89	3	655	33	8	29	29	1.86
63498670--63498742	25	2.9	25	87	0	110	24	20	24	30	1.99
63498808--63498844	10	3.7	10	92	7	58	32	18	10	37	1.86
63498774--63498838	21	3.0	21	81	2	67	32	16	12	38	1.86
63506684--63506756	25	2.9	25	87	0	101	24	23	24	27	2.00
63506821--63506867	10	4.7	10	94	5	78	31	19	10	38	1.86
63506801--63506867	21	3.3	21	87	4	84	31	19	10	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63514066--63514179	47	2.4	47	78	8	117	25	26	19	28	1.98
63514411--63514443	15	2.2	15	94	0	57	36	6	9	48	1.60
63522747--63522929	79	2.3	81	85	7	241	25	27	22	24	2.00
63522726--63522929	40	5.1	40	83	8	247	25	27	22	24	1.99
63530852--63531001	79	1.9	80	83	6	198	27	30	19	23	1.98
63530801--63531004	40	5.1	40	80	7	227	26	28	21	23	1.99
63536998--63537120	44	2.8	44	75	10	128	25	16	27	30	1.96
63539285--63539408	64	1.9	65	80	8	146	26	23	28	21	1.99
63548103--63548142	15	2.7	15	88	0	53	20	15	10	55	1.68
63548729--63548773	21	2.1	21	100	0	90	28	8	13	48	1.72
63555150--63555203	25	2.2	25	96	0	99	37	14	25	22	1.93
63555601--63555625	13	1.9	13	100	0	50	32	4	24	40	1.73
63556737--63556865	44	3.0	44	77	13	144	24	17	27	30	1.97
63564274--63564372	52	1.9	51	83	6	128	57	2	5	35	1.32
63564920--63564958	20	2.0	19	85	5	51	38	10	7	43	1.67
63573907--63573931	13	1.9	13	100	0	50	40	8	4	48	1.51
63574124--63574237	42	2.7	42	80	0	120	42	17	23	16	1.89
63575616--63575738	61	2.0	61	96	0	228	27	17	18	35	1.94
63578713--63578784	27	2.7	27	84	0	81	23	11	20	44	1.84
63581063--63581280	46	4.6	46	76	14	171	25	29	16	27	1.97
63581064--63581280	94	2.3	92	81	10	235	25	29	16	28	1.96
63582116--63582421	27	11.6	27	87	4	394	20	13	22	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63582299--63582370	22	3.0	22	84	10	81	15	16	22	45	1.84
63587833--63587928	31	3.0	31	82	8	120	40	10	20	28	1.85
63587833--63587914	34	2.5	31	90	5	119	40	12	19	28	1.87
63591712--63592164	47	9.6	47	93	1	726	29	28	8	33	1.87
63591712--63592164	96	4.8	96	93	2	729	29	28	8	33	1.87
63591712--63592164	143	3.2	141	92	2	744	29	28	8	33	1.87
63595461--63595518	18	3.4	18	76	13	77	32	32	3	31	1.75
63595457--63595519	33	1.9	33	100	0	126	31	31	3	33	1.74
63595457--63595507	15	3.2	15	74	15	57	29	33	1	35	1.69
63598681--63598808	39	3.3	39	91	2	195	28	25	17	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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