genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  38  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12071596--12071648	14	3.9	13	76	14	54	64	1	0	33	1.05
12071621--12071650	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
12082308--12082352	19	2.3	19	96	3	81	48	11	11	28	1.73
12082503--12082527	13	1.9	13	100	0	50	24	0	8	68	1.16
12082567--12082607	20	2.1	19	86	9	55	51	2	2	43	1.28
12083129--12083181	21	2.5	21	84	0	70	37	18	1	41	1.62
12083462--12083526	26	2.6	26	82	4	71	27	6	7	58	1.50
12084927--12084955	8	3.8	8	95	4	51	6	13	0	79	0.93
12087814--12087849	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
12087801--12087841	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
12088477--12088523	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
12089846--12089892	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
12090809--12090872	31	2.0	32	82	8	78	45	7	0	46	1.32
12091386--12091414	13	2.1	14	93	6	51	44	3	0	51	1.18
12091633--12091683	26	2.0	26	92	7	86	74	7	0	17	1.05
12094130--12094178	24	2.0	25	88	4	73	44	44	4	6	1.47
12095321--12095411	3	29.0	3	76	8	51	30	4	2	62	1.27
12095313--12095411	41	2.5	37	81	12	110	31	6	2	60	1.32
12095367--12095391	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
12095614--12095666	15	3.8	13	81	16	54	32	3	5	58	1.39
12095787--12095866	41	2.0	40	80	9	92	22	11	6	60	1.53
12098287--12098344	30	1.9	30	85	0	80	43	1	24	31	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12110639--12110914	68	4.1	68	92	0	435	22	24	25	27	2.00
12110893--12110959	34	2.0	34	87	0	98	26	16	28	28	1.97
12111023--12111132	41	2.7	41	85	0	130	36	20	19	23	1.95
12112478--12112502	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
12115209--12115303	40	2.4	40	86	6	124	36	35	12	14	1.85
12120234--12120295	31	2.0	31	100	0	124	19	12	12	54	1.70
12135498--12135544	19	2.5	18	83	10	58	53	4	0	42	1.20
12138886--12138921	19	1.9	18	88	5	54	61	0	5	33	1.19
12139196--12139258	29	2.2	27	81	13	65	30	12	3	53	1.54
12142146--12142229	26	3.2	26	93	0	132	38	22	4	34	1.75
12147020--12147074	24	2.2	25	74	3	58	43	9	1	45	1.46
12158502--12158596	49	2.0	47	85	4	127	25	12	6	55	1.60
12167563--12167588	12	2.2	12	100	0	52	42	0	50	7	1.31
12184418--12184458	4	10.2	4	94	0	73	24	2	24	48	1.63
12199442--12199633	40	4.8	40	92	1	226	27	27	21	23	1.99
12199413--12199632	80	2.8	80	81	4	248	28	27	20	23	1.99
12203642--12203902	46	6.3	44	87	8	185	36	14	21	27	1.92
12203575--12203791	46	4.6	48	85	8	243	35	13	22	29	1.92
12203755--12203900	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
12208393--12208653	46	6.3	44	87	8	185	36	14	21	27	1.92
12208326--12208542	46	4.6	48	85	8	243	35	13	22	29	1.92
12208506--12208651	37	4.0	37	93	1	242	36	16	21	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12214789--12214921	38	3.4	38	90	2	194	18	21	27	33	1.96
12216447--12216608	43	3.8	42	78	6	164	24	17	26	32	1.97
12216755--12216794	18	2.2	19	86	4	55	45	2	20	32	1.64
12222574--12222616	20	2.2	20	100	0	86	20	9	16	53	1.70
12223360--12223396	18	2.2	18	90	9	60	67	0	8	24	1.17
12223476--12223510	18	1.9	18	94	0	61	31	0	0	68	0.90
12226611--12226663	22	2.4	22	83	3	61	35	1	0	62	1.06
12226626--12226683	23	2.6	22	83	2	62	36	0	1	62	1.06
12235004--12235032	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
12238412--12238469	30	1.9	30	89	6	91	20	32	29	17	1.95
12243189--12243681	131	3.8	130	77	7	392	28	19	18	33	1.95
12255221--12255541	45	7.3	44	66	10	163	28	16	25	29	1.97
12255206--12255858	132	4.9	133	89	2	870	27	17	26	29	1.98
12255210--12255506	43	6.7	45	66	11	141	28	16	24	30	1.97
12258675--12258965	145	2.0	146	99	0	575	25	16	13	44	1.84
12264388--12264477	30	3.0	30	83	3	101	25	31	23	20	1.98
12275162--12275190	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
12275548--12275645	18	5.5	18	89	4	146	38	11	14	35	1.82
12275539--12275645	35	3.0	35	93	4	169	38	10	14	36	1.81
12275953--12275982	12	2.4	12	94	5	51	33	0	0	66	0.92
12275948--12275983	16	2.2	16	90	9	56	33	0	0	66	0.92
12277503--12277574	36	2.0	36	100	0	144	44	16	13	25	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12278337--12278391	23	2.4	23	90	0	83	5	21	29	43	1.75
12284394--12284575	46	4.0	46	87	1	231	20	23	14	41	1.89
12284948--12285076	23	5.5	24	70	13	81	32	24	27	16	1.96
12287154--12287202	21	2.5	18	73	20	53	48	4	0	46	1.20
12295412--12295447	12	3.0	12	91	0	54	36	2	8	52	1.46
12300297--12300339	9	4.9	9	91	2	70	44	6	0	48	1.29
12300756--12300793	15	2.6	15	87	4	51	21	0	39	39	1.53
12301531--12301597	28	2.4	28	82	7	82	50	25	1	22	1.57
12301746--12301798	8	6.1	8	79	16	52	66	5	0	28	1.15
12302839--12303145	153	2.0	154	97	0	580	25	14	15	44	1.84
12305525--12305984	152	3.0	152	96	0	848	28	15	13	42	1.86
12305891--12306082	98	2.0	98	96	0	357	27	15	12	44	1.83
12305739--12306234	250	2.0	250	95	0	902	27	15	13	42	1.85
12305984--12306341	152	2.4	152	96	0	644	27	15	13	43	1.85
12305587--12306341	402	1.9	402	96	0	1393	27	15	13	42	1.85
12307196--12307387	43	4.5	43	79	3	174	25	19	29	26	1.98
12315833--12315913	26	3.2	26	98	1	155	30	7	25	35	1.84
12322875--12322954	29	2.7	30	75	11	76	33	6	3	56	1.42
12332497--12332529	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
12343008--12343059	22	2.5	21	82	11	63	21	3	1	73	1.10
12343143--12343182	14	2.9	14	96	0	71	15	5	10	70	1.32
12346316--12346371	29	1.9	29	88	0	85	26	32	23	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12349231--12349583	46	7.7	46	92	1	539	38	15	23	22	1.93
12349227--12349583	183	1.9	184	90	1	574	38	15	23	22	1.92
12360193--12360243	21	2.4	21	83	6	59	47	0	1	50	1.12
12360205--12360291	16	5.5	16	70	15	56	44	1	2	51	1.21
12360197--12360301	49	2.1	52	83	7	144	46	0	1	50	1.18
12360463--12360497	16	2.2	16	89	0	52	31	17	0	51	1.45
12363572--12363617	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
12363579--12363623	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12371235--12371280	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
12371242--12371286	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
12373985--12374185	46	4.4	46	87	1	278	42	14	23	18	1.88
12374012--12374209	92	2.2	91	84	3	236	44	14	22	18	1.86
12374469--12374501	17	2.0	17	88	5	50	48	0	12	39	1.40
12375779--12375846	30	2.3	30	82	5	75	45	5	20	27	1.74
12387242--12387305	31	2.1	31	84	0	83	25	23	12	39	1.90
12387499--12387617	24	5.0	24	87	5	161	27	21	21	29	1.98
12387672--12387734	20	3.2	20	90	0	108	30	20	12	36	1.90
12387771--12387818	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
12388976--12389053	27	2.9	27	77	11	79	24	20	20	34	1.96
12389094--12389145	27	1.9	27	81	14	63	38	9	9	42	1.70
12389184--12389323	54	2.6	54	86	4	201	30	6	22	40	1.79
12389155--12389308	81	1.9	81	83	2	202	30	7	20	41	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12389143--12389350	27	7.7	27	79	3	168	32	7	21	38	1.80
12389301--12389433	27	5.0	26	87	1	149	41	8	20	30	1.81
12389429--12389492	26	2.4	26	94	2	110	35	6	29	28	1.82
12389492--12389590	27	3.7	26	74	15	76	30	10	17	42	1.82
12389484--12389590	54	2.0	54	83	7	137	30	10	18	40	1.84
12389520--12389599	27	2.9	27	81	5	90	35	10	13	41	1.78
12391961--12392192	79	2.9	79	85	1	315	30	23	15	31	1.95
12392157--12392254	40	2.5	40	84	0	133	36	24	9	29	1.86
12393801--12393880	40	2.0	40	100	0	160	32	15	7	45	1.74
12394905--12394949	22	2.0	23	83	12	58	44	0	20	35	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352