genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51934708--51934755	14	3.4	14	77	5	51	27	0	4	68	1.07
51935020--51935051	16	2.1	16	94	5	57	40	6	6	46	1.54
51936230--51936278	19	2.6	19	80	0	62	34	22	10	32	1.88
51936620--51936870	127	2.0	125	82	7	303	35	1	38	25	1.64
51943835--51943864	15	2.0	15	100	0	60	33	20	20	26	1.97
51952370--51952559	48	4.0	48	86	1	238	32	24	20	23	1.98
51953125--51953164	21	1.9	21	89	0	62	52	20	0	27	1.46
51953909--51954067	83	1.9	83	92	2	266	27	20	22	29	1.99
51953941--51954120	83	2.2	82	85	4	227	28	22	21	27	1.99
51969275--51969313	15	2.6	15	88	8	53	69	5	5	20	1.28
51971421--51971720	40	7.5	40	88	6	376	24	22	27	25	2.00
51971417--51971687	124	2.2	119	87	5	375	24	22	27	25	2.00
51978013--51978465	27	16.9	27	81	6	508	28	20	9	41	1.83
51978484--51978654	27	6.3	27	83	2	200	36	19	19	25	1.95
51978477--51978670	54	3.6	54	81	2	228	36	18	19	26	1.94
51978485--51978670	81	2.3	81	82	1	221	36	18	19	25	1.95
51978476--51978672	27	7.3	27	81	2	153	36	18	19	25	1.95
51978963--51979003	20	2.0	20	85	0	55	12	17	29	41	1.85
51979020--51979078	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
51979236--51979337	27	3.8	26	83	5	114	19	21	20	38	1.94
51979474--51979556	6	13.3	6	72	20	64	18	18	15	48	1.82
51979474--51979547	31	2.4	31	90	2	112	17	18	14	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51982913--51983026	46	2.5	45	83	8	133	28	18	28	24	1.98
51982856--51983026	94	1.8	92	81	9	213	30	16	28	24	1.97
51984295--51984333	21	1.9	21	89	5	62	12	38	28	20	1.89
51990575--51990786	46	4.6	46	76	8	189	30	17	27	24	1.97
51993108--51993287	50	3.6	50	88	0	245	31	27	16	25	1.96
51993108--51993335	50	4.6	50	85	2	244	29	26	17	26	1.97
51995419--51995472	15	3.7	15	75	20	51	61	18	12	7	1.54
51998476--51998716	51	4.8	49	80	7	288	27	26	19	25	1.99
51998476--51998716	100	2.4	100	98	0	464	27	26	19	25	1.99
52002379--52002549	46	3.6	48	78	10	133	29	19	26	23	1.98
52005302--52005362	28	2.2	28	82	5	70	36	3	1	59	1.24
52006724--52006776	16	3.3	15	78	5	52	39	3	0	56	1.17
52007410--52007474	28	2.3	28	81	5	78	35	3	3	58	1.29
52007410--52007474	29	2.3	26	78	19	69	35	3	3	58	1.29
52009292--52009336	21	2.1	21	87	0	63	42	26	6	24	1.79
52009904--52009989	21	4.2	21	79	5	79	44	16	22	17	1.87
52012856--52012996	31	4.5	31	96	0	255	29	25	16	29	1.97
52013020--52013111	42	2.2	42	100	0	184	33	20	14	31	1.92
52013248--52013304	25	2.3	26	84	9	82	26	21	21	31	1.98
52013535--52013675	27	5.2	27	82	0	183	26	19	18	36	1.94
52013510--52013677	54	3.1	54	88	0	239	26	20	17	35	1.95
52013660--52014109	27	16.6	27	77	9	184	31	8	21	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52013720--52014089	81	4.5	82	81	4	419	31	8	20	39	1.82
52013720--52014109	54	7.2	53	78	4	318	31	8	20	40	1.82
52015804--52016006	31	6.5	31	91	0	334	29	25	16	28	1.97
52016227--52016321	25	3.8	25	95	0	163	24	23	27	25	2.00
52016214--52016321	50	2.2	50	86	5	148	24	23	25	27	2.00
52016527--52016696	54	3.2	53	85	3	223	25	20	18	35	1.95
52016527--52016694	27	6.2	27	81	2	176	26	20	18	35	1.95
52016544--52016694	81	1.9	81	83	2	196	25	19	19	35	1.95
52016679--52017074	27	14.6	27	79	8	225	30	9	22	37	1.85
52016678--52017080	54	7.4	54	82	5	251	30	9	22	37	1.85
52016679--52016971	108	2.7	108	83	5	315	30	9	22	37	1.86
52016732--52017074	81	4.2	83	81	5	371	30	9	22	38	1.86
52019010--52019045	18	2.0	18	100	0	72	16	5	33	44	1.71
52022656--52022819	42	3.9	42	82	1	193	33	15	23	28	1.95
52032065--52032146	43	1.9	42	85	2	110	31	17	23	28	1.96
52036046--52036110	32	2.0	32	100	0	130	27	12	15	44	1.82
52037613--52037710	41	2.4	41	87	1	135	31	22	11	34	1.89
52048120--52048174	18	3.1	18	89	7	78	23	1	10	63	1.36
52061949--52062008	30	2.0	30	93	0	102	28	25	6	40	1.80
52070090--52070142	26	2.0	26	92	0	88	47	1	24	26	1.62
52076802--52076951	65	2.3	65	83	0	174	34	24	18	23	1.96
52079589--52079649	29	2.1	29	96	0	113	27	29	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52082439--52082463	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
52084376--52085247	47	18.6	47	95	0	1476	33	8	28	28	1.87
52089689--52089769	39	2.0	40	97	2	155	17	35	25	20	1.95
52091591--52091633	22	2.0	22	100	0	86	18	13	30	37	1.90
52093023--52093101	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
52093219--52093530	47	6.6	47	91	3	491	28	30	8	32	1.87
52093219--52093530	93	3.3	94	92	2	500	28	30	8	32	1.87
52093219--52093530	140	2.2	140	91	2	489	28	30	8	32	1.87
52099324--52099539	46	4.6	46	77	11	179	21	28	20	29	1.98
52104070--52104117	22	2.1	22	81	11	53	47	6	2	43	1.40
52105999--52106032	16	2.1	16	94	0	59	32	5	29	32	1.81
52107083--52107200	36	3.3	36	85	4	141	16	13	29	40	1.86
52107718--52107919	101	2.0	101	100	0	404	38	9	18	32	1.84
52108835--52108881	17	2.6	17	86	6	58	53	8	12	25	1.67
52119222--52119253	14	2.3	14	94	0	55	3	0	53	43	1.16
52124211--52124239	15	1.9	15	100	0	58	34	24	13	27	1.93
52126603--52126726	42	3.0	42	76	7	117	28	24	16	30	1.97
52126662--52126758	43	2.3	42	82	5	115	26	22	17	32	1.96
52130575--52130637	29	2.2	29	88	5	92	28	26	17	26	1.98
52130872--52130914	16	2.7	16	85	0	59	4	16	23	55	1.59
52133128--52133277	41	3.7	41	83	1	212	20	22	28	28	1.99
52138538--52138607	27	2.6	26	95	2	95	31	28	12	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52138538--52138635	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
52148782--52149025	40	6.1	39	83	7	260	25	22	27	25	2.00
52148793--52149039	119	2.1	119	84	6	322	26	21	26	25	1.99
52152086--52152117	15	2.1	15	100	0	64	31	6	18	43	1.75
52152440--52152493	16	3.5	16	72	10	58	42	9	22	25	1.83
52152710--52153372	331	2.0	331	96	0	1227	28	14	24	32	1.94
52155302--52155333	12	2.6	13	90	9	50	50	25	6	18	1.70
52156243--52156340	29	3.4	29	90	1	144	27	27	15	29	1.96
52156399--52156432	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
52171874--52172001	27	4.7	27	74	9	100	30	24	12	32	1.92
52176296--52176516	40	5.6	40	80	2	196	26	23	25	25	2.00
52176311--52176516	80	2.6	78	82	5	227	26	23	25	24	2.00
52180425--52180463	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
52181860--52181887	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
52189210--52189394	40	4.6	40	84	0	226	25	24	24	24	2.00
52195046--52195152	53	2.0	53	98	0	205	26	4	25	43	1.74
52195174--52195282	31	3.5	31	76	6	114	38	12	14	33	1.85
52195398--52195455	28	2.1	28	93	0	98	25	22	8	43	1.82
52196786--52196822	13	2.7	13	91	8	56	48	13	0	37	1.43
52197019--52197060	21	2.0	21	86	9	59	45	2	7	45	1.44
52197019--52197058	14	2.9	14	84	0	53	45	2	5	47	1.38
52217189--52217318	39	3.3	39	70	16	122	63	5	4	26	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52217177--52217338	80	2.0	80	95	0	288	62	4	6	25	1.39
52217218--52217342	14	9.2	13	66	20	53	66	4	4	24	1.29
52219657--52219919	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
52227605--52227867	40	6.6	40	88	3	325	26	27	20	24	1.99
52233940--52233980	17	2.4	17	83	0	55	58	2	19	19	1.50
52237892--52238321	214	2.0	214	99	0	842	34	19	10	35	1.85
52249099--52249177	36	2.2	37	81	2	97	29	7	1	62	1.31
52253044--52253090	22	2.1	22	84	7	60	55	0	0	44	0.99
52253052--52253106	29	2.0	27	85	7	74	56	1	0	41	1.10
52258098--52258147	24	2.1	23	82	14	57	22	0	8	70	1.13

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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