genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.190.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  190  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62445117--62445293	37	4.8	37	96	0	318	23	32	20	23	1.98
62445426--62445771	48	7.2	48	93	0	575	31	27	6	34	1.82
62449752--62450037	40	7.2	40	91	1	430	25	27	21	25	1.99
62451315--62451454	37	3.8	37	94	0	235	25	31	18	24	1.98
62451591--62451980	48	8.1	48	92	0	636	32	26	5	35	1.81
62455171--62455235	27	2.4	28	84	7	89	26	20	18	35	1.95
62456616--62456648	16	2.0	17	88	5	50	63	18	18	0	1.31
62458791--62458863	36	2.0	36	89	0	110	45	21	10	21	1.83
62461766--62461892	68	1.9	68	81	6	159	24	29	14	31	1.95
62465921--62466149	22	10.0	23	70	10	109	21	4	31	42	1.72
62465927--62466087	48	3.5	47	73	10	161	20	4	31	43	1.71
62465926--62466149	93	2.4	91	83	7	267	22	4	31	41	1.73
62466006--62466160	22	6.9	22	73	8	123	20	3	32	42	1.70
62468262--62468298	17	2.2	17	95	0	65	29	5	27	37	1.79
62475537--62475588	26	2.0	26	100	0	104	30	11	30	26	1.92
62478469--62478563	28	3.3	29	83	2	113	28	15	26	29	1.96
62478481--62478558	29	2.7	29	86	2	104	26	17	26	28	1.98
62484620--62484650	16	1.9	16	93	0	53	51	25	6	16	1.68
62486071--62486140	29	2.4	29	90	2	115	32	15	24	27	1.95
62487237--62487294	25	2.4	24	86	11	82	22	22	24	31	1.99
62487350--62487401	11	5.0	11	79	11	65	28	21	13	36	1.91
62487342--62487401	20	2.9	20	87	5	84	31	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62487438--62487487	25	2.0	26	84	4	66	26	12	24	38	1.90
62495287--62495357	25	2.9	24	85	8	81	21	22	25	30	1.98
62495405--62495465	21	2.9	21	80	4	79	34	18	11	36	1.86
62495405--62495465	10	5.9	10	74	11	52	34	18	11	36	1.86
62504537--62504714	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
62504537--62504714	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
62517212--62517335	39	3.2	39	76	5	126	24	21	19	34	1.96
62519734--62519852	23	5.2	23	85	2	141	31	26	15	25	1.96
62528202--62528302	38	2.6	38	87	3	130	23	24	25	25	2.00
62528220--62528320	38	2.7	38	88	0	121	22	21	25	29	1.99
62528318--62528472	43	3.6	43	88	0	238	14	25	30	29	1.95
62528318--62528485	86	2.0	86	90	0	264	14	25	30	29	1.95
62541364--62541423	27	2.2	27	84	0	75	35	25	8	31	1.85
62541375--62541567	27	7.1	27	90	0	260	29	22	7	40	1.81
62541348--62541567	81	2.7	81	84	0	278	30	23	7	38	1.83
62541896--62541955	27	2.3	26	82	2	66	21	23	18	36	1.95
62542074--62542152	31	2.5	31	87	0	113	20	18	12	48	1.81
62542074--62542179	6	17.3	6	71	14	74	20	17	12	49	1.79
62550112--62550272	27	6.0	27	70	2	117	41	16	16	25	1.89
62550112--62550272	54	3.0	54	77	7	182	41	16	16	25	1.89
62550622--62550718	27	3.6	27	77	10	108	45	17	15	21	1.85
62550603--62550757	54	2.9	54	85	2	195	41	16	14	27	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62550653--62550756	27	3.8	27	77	5	111	40	17	12	29	1.86
62549796--62551219	485	2.9	485	90	2	2221	35	24	14	25	1.93
62551093--62551214	27	4.5	27	74	4	111	43	14	13	27	1.84
62551082--62551215	54	2.5	54	82	2	162	41	15	16	26	1.88
62551666--62551696	16	1.9	16	93	0	53	12	25	12	48	1.77
62552396--62552434	18	2.2	18	86	9	53	61	7	20	10	1.52
62554468--62554575	56	1.9	56	81	10	132	27	11	26	34	1.90
62572162--62572399	47	5.1	47	81	6	243	23	27	19	29	1.98
62582845--62582874	15	1.9	16	93	6	53	53	6	20	20	1.67
62587890--62588081	95	2.0	95	98	0	375	44	10	29	15	1.80
62589914--62589966	21	2.5	21	87	6	72	41	9	15	33	1.79
62591530--62591609	27	3.0	25	83	10	88	36	25	22	16	1.94
62599172--62599330	27	6.1	27	75	14	145	37	21	23	17	1.94
62599438--62599500	26	2.3	26	83	5	72	30	11	25	33	1.90
62601354--62601382	14	2.0	15	93	6	51	34	20	6	37	1.80
62601934--62602069	68	2.0	68	100	0	272	33	23	13	29	1.93
62609836--62609912	34	2.3	34	84	4	102	23	23	22	31	1.99
62613177--62613205	15	1.9	15	100	0	58	44	6	27	20	1.77
62615597--62615637	20	2.0	20	95	0	73	41	4	17	36	1.71
62628770--62628847	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
62636721--62636819	17	5.8	18	70	22	63	52	3	3	41	1.32
62641988--62642152	42	3.9	42	75	4	161	27	16	24	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62645411--62645526	29	4.0	29	76	8	112	25	29	17	28	1.97
62649984--62650071	45	1.9	45	90	6	142	27	14	23	34	1.94
62651936--62651979	21	2.1	21	86	0	61	31	4	27	36	1.77
62654577--62654655	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
62654774--62655202	47	9.1	47	92	0	606	27	31	10	31	1.90
62658664--62658821	40	4.0	40	83	0	190	24	29	23	22	1.99
62659124--62659202	29	2.7	29	84	5	97	29	32	13	24	1.94
62659184--62659284	43	2.3	43	98	0	193	26	34	14	23	1.94
62661129--62661207	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
62661326--62661838	47	10.9	47	93	1	762	28	30	9	31	1.89
62661370--62661838	93	5.0	93	94	1	753	28	30	9	31	1.89
62661370--62661838	140	3.3	140	92	2	771	28	30	9	31	1.89
62665260--62665353	36	2.5	39	81	12	122	25	24	25	24	2.00
62665727--62665801	39	1.9	38	92	7	125	28	30	14	26	1.95
62668016--62668226	48	4.5	48	83	12	253	31	28	9	31	1.88
62669244--62669274	16	1.9	16	93	0	53	6	9	0	83	0.79
62678846--62679023	68	2.6	66	92	5	250	34	14	28	23	1.94
62689135--62689260	27	4.7	27	92	1	191	25	20	18	35	1.95
62694982--62695058	23	3.5	22	83	11	95	16	28	24	29	1.97
62695200--62695279	25	3.1	25	76	3	79	41	6	12	40	1.68
62699084--62699275	40	4.8	40	92	1	287	21	29	25	23	1.99
62702750--62702814	32	2.0	32	91	5	105	46	12	16	24	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62705812--62705867	27	2.1	27	89	0	85	44	14	23	17	1.85
62706255--62706388	46	2.9	47	82	9	157	30	18	27	23	1.98
62706311--62706433	47	2.6	47	86	8	155	30	16	27	26	1.97
62706169--62706429	140	1.9	140	82	6	332	29	17	27	24	1.97
62707272--62707391	37	3.2	37	91	0	186	26	33	17	22	1.96
62707527--62707711	48	3.8	48	89	4	291	31	26	5	35	1.81
62707527--62707710	98	1.9	97	93	4	318	31	26	5	35	1.81
62707681--62707874	47	4.1	47	89	0	271	27	28	10	32	1.90
62707774--62707845	22	3.1	22	64	24	58	23	29	13	33	1.93
62707634--62707874	94	2.6	94	83	4	272	28	28	9	33	1.89
62717984--62718245	47	5.6	46	75	11	169	27	18	29	24	1.98
62718029--62718249	47	4.7	47	78	10	213	28	17	29	24	1.97
62717985--62718244	140	1.9	140	83	3	344	27	18	29	24	1.98
62721817--62721902	23	3.8	23	72	4	68	17	27	20	33	1.95
62721826--62721905	23	3.5	22	72	5	79	16	27	21	35	1.94
62726908--62726939	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
62727148--62727529	50	7.6	50	73	5	270	30	25	17	26	1.97
62727244--62727482	101	2.4	101	87	1	336	29	26	19	24	1.98
62727886--62727932	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
62730497--62730556	15	4.1	14	85	8	75	55	13	18	13	1.70
62730498--62730556	30	2.0	30	86	6	84	54	13	18	13	1.71
62734101--62734138	19	2.0	19	94	0	67	34	10	5	50	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62734215--62734256	18	2.3	18	91	0	66	50	2	0	47	1.14
62734243--62734298	28	2.0	27	93	3	94	37	3	1	57	1.27
62735545--62735586	21	2.0	21	86	9	59	52	19	0	28	1.46
62735555--62735620	25	3.0	21	75	16	78	54	15	1	28	1.50
62735594--62735654	32	1.9	32	86	0	86	57	16	1	24	1.48
62738905--62739242	48	7.0	48	90	0	516	37	7	24	29	1.84
62738905--62739242	144	2.3	144	95	0	604	37	7	24	29	1.84
62739294--62739398	47	2.2	47	96	0	192	33	8	30	27	1.87
62744699--62744742	17	2.6	17	96	3	81	38	11	25	25	1.89
62746764--62746853	29	3.1	29	91	1	137	30	27	13	28	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352