genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.214.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70563880--70563913	17	2.0	17	94	0	59	35	20	5	38	1.77
70564733--70564788	16	3.5	16	70	0	58	51	26	5	16	1.65
70564737--70564802	32	2.1	32	97	0	123	53	24	6	16	1.66
70564747--70564799	16	3.3	16	70	0	52	52	22	5	18	1.66
70565570--70565657	45	2.0	45	86	0	122	40	22	10	26	1.86
70578483--70578814	47	7.1	47	93	0	495	34	10	28	25	1.90
70578578--70578702	25	5.2	25	62	30	76	31	11	29	28	1.91
70578603--70578677	22	3.3	22	64	29	57	30	13	30	25	1.94
70578788--70578970	46	4.0	46	91	0	267	36	9	30	24	1.87
70581522--70581724	40	5.1	40	91	2	313	24	20	27	28	1.99
70588780--70588985	40	5.2	40	92	0	324	22	20	27	29	1.99
70591198--70591550	175	2.0	175	99	0	697	28	14	20	36	1.92
70597887--70597947	15	3.9	15	75	8	50	50	16	14	18	1.78
70601419--70601643	40	5.7	40	87	5	305	24	22	27	25	2.00
70601419--70601676	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
70609440--70609664	40	5.7	40	87	5	305	24	22	27	25	2.00
70609440--70609697	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
70615883--70615912	14	2.1	14	93	0	51	43	16	0	40	1.48
70617537--70617567	15	2.1	15	100	0	62	54	12	0	32	1.38
70622485--70622705	40	5.5	40	88	3	302	24	28	20	25	1.99
70630640--70630816	40	4.5	40	90	2	261	24	28	22	24	2.00
70639713--70639768	28	2.0	29	96	3	105	25	16	32	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70649071--70649116	23	2.0	23	100	0	92	21	17	8	52	1.71
70653338--70653391	27	2.0	27	100	0	108	22	14	25	37	1.93
70657536--70657703	40	4.2	40	83	4	106	25	27	23	23	2.00
70657559--70657703	40	3.6	40	85	4	193	23	26	24	25	2.00
70658890--70658965	38	2.0	38	97	0	143	32	23	11	31	1.91
70660608--70660665	29	2.0	29	96	0	107	29	3	34	32	1.74
70667582--70667640	30	2.0	30	89	0	91	27	16	22	33	1.95
70680834--70681005	93	1.8	93	93	2	301	29	29	20	20	1.98
70680827--70681000	46	3.7	47	78	13	198	29	29	19	20	1.97
70707318--70707774	47	9.6	47	90	1	707	33	8	28	29	1.86
70707318--70707774	143	3.2	143	94	0	765	33	8	28	29	1.86
70707318--70707774	190	2.4	191	91	2	726	33	8	28	29	1.86
70709969--70710152	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
70709969--70710149	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
70710050--70710199	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
70717804--70717986	40	4.6	39	82	8	192	24	20	27	27	1.99
70717804--70717983	79	2.3	81	83	8	219	23	21	27	27	1.99
70717838--70718023	79	2.4	79	80	7	198	26	20	26	26	1.99
70717884--70718033	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
70720101--70720446	40	8.6	40	93	0	566	22	21	29	26	1.99
70724297--70724657	47	7.6	47	91	1	569	33	8	29	28	1.87
70724297--70724668	143	2.6	141	90	1	573	32	9	30	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70730445--70730535	28	3.2	29	86	6	116	23	16	34	26	1.95
70733591--70733763	36	4.7	36	71	13	129	17	15	29	37	1.91
70733591--70733763	73	2.4	73	90	1	267	17	15	29	37	1.91
70736158--70736257	47	2.1	47	84	0	128	25	33	10	32	1.89
70736219--70736288	31	2.3	31	92	0	113	22	30	12	34	1.92
70736250--70736813	49	11.2	49	86	8	749	28	28	8	34	1.87
70736250--70736813	145	3.7	146	86	10	801	28	28	8	34	1.87
70736599--70736650	22	2.4	22	96	0	95	25	30	15	28	1.96
70736454--70736795	167	2.0	167	97	0	648	28	28	9	33	1.88
70736405--70736813	216	1.9	215	93	2	712	29	28	8	33	1.87
70736273--70736746	118	4.0	119	71	18	435	28	28	8	33	1.87
70736550--70736697	69	2.1	70	93	2	253	27	29	10	31	1.91
70744127--70744155	11	2.6	11	100	0	58	27	10	13	48	1.75
70748549--70748585	18	2.1	18	94	0	65	45	16	18	18	1.85
70748901--70749106	27	7.7	27	82	3	222	41	18	13	26	1.88
70764296--70764407	27	4.1	27	81	5	120	17	24	22	35	1.95
70767884--70768059	46	3.8	45	79	10	203	21	21	28	28	1.98
70767881--70768051	93	1.8	93	93	0	297	21	22	29	27	1.99
70781749--70781969	40	5.6	41	77	9	219	25	23	26	23	2.00
70789849--70790069	40	5.6	40	78	6	218	26	22	26	24	2.00
70793969--70794078	43	2.6	43	85	4	152	23	19	26	30	1.98
70798628--70798718	32	2.8	32	76	12	87	29	6	25	38	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70798853--70799000	53	2.8	52	87	4	197	26	14	27	31	1.95
70798853--70799000	27	5.6	26	78	4	145	26	14	27	31	1.95
70799212--70799324	52	2.2	52	95	1	201	34	1	23	40	1.65
70808470--70808705	50	4.7	49	83	5	278	25	17	27	30	1.97
70808469--70808718	49	4.9	50	83	4	270	25	17	27	29	1.98
70809992--70810237	49	4.9	50	79	2	262	27	17	26	28	1.98
70813364--70813559	40	4.9	40	87	0	248	25	28	21	24	1.99
70813865--70813943	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70813925--70814070	43	3.4	43	100	0	292	26	35	15	22	1.94
70815923--70816001	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70816163--70816492	47	7.1	47	93	3	564	28	29	10	31	1.89
70816176--70816492	46	6.9	46	93	3	518	29	29	9	31	1.89
70819940--70820093	39	4.0	39	76	10	154	25	29	21	23	1.99
70820393--70820471	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
70820453--70820555	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
70822400--70822478	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
70822641--70823013	47	8.1	47	88	8	572	28	30	9	31	1.89
70822648--70823010	187	2.0	181	90	6	572	29	30	9	30	1.88
70822649--70823013	140	2.7	136	89	6	564	29	30	9	30	1.88
70827136--70827442	40	7.8	40	92	3	466	23	22	28	25	1.99
70831460--70831653	47	4.1	47	86	0	262	32	10	29	26	1.90
70831492--70831563	23	3.1	23	67	25	69	34	15	30	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70831624--70831759	50	2.8	48	84	8	202	36	7	25	30	1.83
70831618--70831780	50	3.3	50	79	14	192	33	7	27	31	1.86
70831906--70832011	37	2.9	37	94	1	178	23	17	32	26	1.97
70836096--70836148	25	2.1	25	85	0	70	15	30	32	22	1.94
70837256--70837413	47	3.4	47	73	0	172	37	24	15	22	1.93
70837210--70837410	94	2.1	94	86	0	303	36	23	14	24	1.93
70838554--70838578	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
70845539--70845590	25	2.1	25	100	0	104	46	15	7	30	1.74
70856367--70856443	25	3.2	25	60	14	63	29	5	31	33	1.80
70856353--70856722	93	4.0	93	96	1	672	31	8	30	29	1.88
70856351--70856729	47	8.1	47	96	1	676	31	9	30	29	1.89
70856892--70856970	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
70858812--70858914	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
70858896--70858969	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
70859281--70859434	39	3.9	40	83	3	186	23	22	29	25	1.99
70862894--70863211	136	2.3	139	93	3	561	32	9	28	29	1.88
70862894--70863224	47	7.1	47	93	3	573	32	9	29	29	1.89
70862894--70863268	94	4.0	94	89	3	571	32	9	29	28	1.89
70863387--70863465	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
70869377--70869686	40	7.8	40	94	1	498	25	29	21	23	1.99
70869377--70869686	79	3.9	80	92	2	464	25	29	21	23	1.99
70869377--70869686	119	2.6	120	90	1	516	25	29	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70870955--70871094	37	3.9	36	94	4	239	25	32	18	23	1.97
70871240--70871376	50	2.8	49	85	6	206	31	26	6	35	1.82
70871346--70871539	47	4.1	47	86	2	264	26	29	10	32	1.90
70874188--70874323	73	1.9	73	84	6	186	19	13	30	36	1.91
70874619--70874674	6	8.7	6	75	21	51	14	1	7	76	1.07
70874621--70874668	25	1.9	25	83	8	62	14	2	8	75	1.13
70874946--70874990	23	2.1	20	84	12	54	24	4	13	57	1.54
70878940--70879071	48	2.7	49	82	4	151	22	28	20	28	1.99
70885314--70885357	15	2.9	15	80	6	54	59	11	11	18	1.61
70892624--70892650	11	2.5	11	100	0	54	22	7	18	51	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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