genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   

This is table  49  of  352  ( 42160 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15892886--15892928	13	3.3	13	87	9	61	18	11	0	69	1.17
15892860--15892932	26	2.8	26	76	17	71	13	12	1	72	1.19
15897206--15897240	10	3.5	10	85	14	54	88	0	0	11	0.51
15897206--15897240	9	3.7	9	88	11	52	88	0	0	11	0.51
15897209--15897240	16	1.9	17	93	6	57	87	0	0	12	0.54
15897788--15897855	9	7.0	9	71	15	55	35	2	0	61	1.11
15897790--15897843	21	2.6	21	82	2	74	33	1	0	64	1.04
15897859--15897896	18	2.1	18	90	0	58	39	0	5	55	1.23
15901141--15901186	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
15901148--15901192	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
15908816--15908872	28	2.0	28	96	0	105	47	22	7	22	1.75
15908880--15908925	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
15908887--15908931	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
15918309--15918385	34	2.3	34	84	4	93	18	12	24	44	1.85
15918922--15918958	8	4.6	8	90	9	58	24	0	0	75	0.80
15919507--15919556	24	2.1	24	100	0	100	52	0	8	40	1.31
15921089--15921573	46	10.8	46	77	7	410	39	12	24	22	1.89
15921038--15921375	169	2.0	169	90	1	525	35	13	26	24	1.92
15922993--15923026	17	2.1	17	89	10	54	32	0	32	35	1.58
15929428--15929473	21	2.1	22	88	4	67	58	2	0	39	1.10
15931773--15931821	25	2.0	25	87	0	71	38	20	24	16	1.92
15931781--15931846	25	2.6	25	85	4	80	40	19	22	16	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15932552--15932608	29	2.0	28	83	12	73	33	5	26	35	1.79
15933628--15933659	12	2.6	13	90	9	50	18	6	25	50	1.70
15939141--15939220	40	2.0	40	95	0	142	28	37	5	28	1.78
15943688--15943738	5	9.8	5	81	10	50	52	0	0	47	1.00
15945055--15945119	27	2.4	27	89	0	94	32	1	9	56	1.40
15945547--15945587	22	1.9	21	85	14	57	75	2	12	9	1.13
15946495--15946574	21	3.7	21	76	3	70	13	22	25	38	1.91
15963750--15963778	14	2.1	14	100	0	58	31	13	20	34	1.92
15964454--15964668	49	4.3	50	86	1	254	27	18	25	28	1.98
15969390--15969429	20	2.0	20	95	0	71	42	5	0	52	1.23
15969391--15969429	11	3.7	11	80	13	55	43	5	0	51	1.24
15969715--15969741	12	2.2	12	100	0	54	59	0	7	33	1.25
15971447--15971579	70	1.9	70	85	0	185	27	18	20	33	1.96
15979078--15979110	18	1.9	18	88	11	52	30	9	0	60	1.27
15988809--15989076	104	2.6	106	89	5	420	18	20	30	30	1.97
15996292--15996557	102	2.6	104	91	5	432	18	20	30	30	1.97
16000747--16000779	16	2.1	16	88	11	50	21	0	48	30	1.50
16021068--16021143	38	2.0	38	84	0	98	28	6	21	43	1.77
16022890--16022939	25	2.0	25	96	0	91	46	0	10	44	1.37
16022962--16023000	19	2.1	19	90	0	60	25	0	12	61	1.31
16023701--16023736	15	2.4	15	90	0	54	16	8	16	58	1.61
16026631--16026671	20	2.1	19	90	4	64	34	14	0	51	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16029634--16029792	43	3.7	42	79	9	153	23	18	28	30	1.97
16032567--16032618	27	2.0	26	85	11	70	38	25	3	32	1.74
16033310--16033343	17	2.1	15	89	10	50	0	35	0	64	0.94
16033421--16033456	5	7.0	5	93	6	63	41	0	0	58	0.98
16033664--16033709	24	1.9	24	90	0	74	28	17	6	47	1.72
16039648--16039742	18	5.2	18	73	15	61	7	25	1	66	1.24
16039697--16039784	6	13.8	6	70	13	52	5	20	2	71	1.17
16039678--16039741	20	3.0	20	82	17	69	4	25	1	68	1.17
16039695--16039742	19	2.6	18	84	15	62	2	25	0	72	0.95
16047082--16047135	23	2.4	22	82	11	65	38	3	12	44	1.61
16056144--16056298	71	2.2	71	79	4	179	29	19	20	30	1.97
16058594--16058630	17	2.1	18	90	5	58	48	13	10	27	1.75
16058594--16058645	18	2.9	18	85	2	61	44	15	9	30	1.78
16058633--16058685	18	2.9	18	88	0	79	32	11	15	41	1.82
16058635--16058697	18	3.6	18	89	2	74	31	12	14	41	1.83
16058809--16058855	6	7.8	6	82	0	58	42	14	23	19	1.88
16058809--16058849	12	3.4	12	93	0	64	43	14	21	19	1.87
16059863--16059917	27	2.0	27	100	0	110	45	7	18	29	1.76
16060055--16060088	12	2.8	12	83	16	52	52	5	0	41	1.25
16066486--16066510	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
16067554--16067601	25	1.9	25	95	0	87	39	14	12	33	1.84
16068959--16069005	24	2.0	24	87	4	69	40	6	8	44	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16069614--16069638	12	2.1	12	100	0	50	16	0	8	76	1.02
16070872--16070918	21	2.1	21	84	11	58	55	0	29	14	1.40
16072328--16072692	46	8.0	46	86	1	473	42	14	23	19	1.88
16072338--16072680	92	3.7	92	93	1	548	42	15	23	18	1.88
16073493--16073563	37	1.9	37	100	0	142	33	11	11	43	1.76
16073986--16074043	30	1.9	31	85	3	82	31	12	12	44	1.78
16078213--16078257	21	2.0	23	83	8	58	33	0	6	60	1.23
16092413--16092482	24	2.9	24	78	6	79	27	12	17	42	1.85
16094239--16094303	28	2.4	26	75	12	67	27	21	21	29	1.99
16095464--16095514	27	1.9	27	96	4	95	21	27	15	35	1.94
16098441--16098492	24	2.2	24	89	0	77	17	26	34	21	1.95
16098972--16099020	25	1.9	26	84	12	66	48	8	6	36	1.58
16101388--16101454	25	2.7	25	79	4	73	31	20	26	20	1.98
16109721--16109776	26	2.2	26	86	0	76	17	25	19	37	1.94
16113751--16113776	13	2.0	13	100	0	52	61	0	7	30	1.24
16114580--16114642	13	4.7	13	75	7	54	44	4	11	39	1.61
16120599--16120713	24	5.2	23	70	16	64	51	2	1	44	1.25
16121080--16121136	18	3.7	15	84	15	64	22	3	0	73	0.98
16121096--16121143	21	2.2	21	88	3	69	18	2	2	77	0.97
16127103--16127142	17	2.4	16	80	12	53	17	2	0	80	0.83
16130206--16130259	26	2.0	27	92	3	92	59	14	14	11	1.62
16136994--16137117	47	2.6	47	75	10	117	33	26	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16137838--16137887	11	4.8	10	73	26	50	38	0	0	62	0.96
16137838--16137887	5	9.6	5	76	23	50	38	0	0	62	0.96
16137843--16137885	8	5.4	8	100	0	86	37	0	0	62	0.95
16142177--16142217	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
16156842--16156882	21	2.0	21	85	4	57	63	2	0	34	1.08
16156966--16157015	24	2.1	23	85	3	64	46	0	0	54	1.00
16156975--16157031	30	1.9	30	82	13	73	47	1	0	50	1.11
16181341--16181514	57	3.1	55	79	5	186	41	10	13	34	1.78
16184673--16184719	8	5.6	8	83	16	60	46	0	0	53	1.00
16184674--16184715	18	2.2	20	84	16	63	47	0	0	52	1.00
16189036--16189088	19	2.8	20	78	18	58	30	5	1	62	1.29
16189129--16189185	30	1.9	30	88	0	87	35	3	3	57	1.33
16189041--16189196	10	15.6	10	65	20	51	30	5	2	61	1.33
16190796--16191235	50	8.9	50	76	6	350	23	30	18	27	1.98
16190844--16191222	100	3.8	99	80	8	409	23	29	18	27	1.98
16190899--16191221	145	2.2	147	84	6	404	23	29	18	28	1.98
16190796--16191217	195	2.1	194	82	6	485	23	30	19	27	1.98
16190796--16191235	100	4.5	98	78	10	395	23	30	18	27	1.98
16192741--16192775	11	3.1	11	91	4	52	0	17	0	82	0.66
16193396--16193549	3	51.7	3	67	15	79	31	6	2	59	1.37
16193398--16193443	23	2.0	23	83	8	58	28	6	0	65	1.17
16193511--16193576	23	2.9	24	79	16	61	31	1	9	57	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16193551--16193582	17	1.9	16	93	6	55	34	0	12	53	1.39
16193780--16193834	10	5.8	9	77	22	51	34	0	1	63	1.05
16193778--16193893	22	5.5	21	82	10	114	34	3	2	59	1.28
16193781--16193893	44	2.6	42	83	10	140	34	3	2	59	1.29
16193891--16193925	16	2.1	17	89	5	54	22	0	25	51	1.48
16193889--16193924	18	1.9	19	88	5	56	22	0	25	52	1.47
16193966--16194025	22	2.6	22	75	15	59	33	1	8	56	1.39
16193995--16194054	25	2.3	26	82	2	77	33	6	6	53	1.53
16201514--16201552	11	3.5	11	86	13	53	79	0	15	5	0.90
16203103--16203193	31	2.9	31	100	0	182	46	26	14	13	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352