genome.fa.s11.2.7.7.80.10.50.1000.244.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  113101708

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80926543--80926593	23	2.3	22	82	3	57	43	7	17	31	1.78
80926963--80927020	29	2.0	29	86	0	80	34	0	18	46	1.50
80927521--80927556	15	2.3	16	95	4	65	22	0	0	77	0.76
80927519--80927558	16	2.5	15	88	11	62	22	0	0	77	0.77
80927531--80927573	22	2.0	22	90	0	68	23	2	0	74	0.93
80934031--80934061	13	2.4	13	100	0	62	35	32	25	6	1.82
80939791--80940001	89	2.4	88	81	5	246	19	24	21	35	1.96
80948260--80948289	9	3.4	9	95	4	53	33	13	30	23	1.93
80952681--80952723	22	2.0	22	85	0	59	46	6	9	37	1.63
80955484--80955549	29	2.3	29	75	21	68	46	3	1	48	1.26
80955538--80955585	19	2.5	19	86	6	62	37	4	6	52	1.46
80961245--80961325	28	3.0	26	80	10	81	59	8	9	22	1.56
80961274--80961350	28	2.8	28	87	0	100	55	3	14	25	1.56
80961776--80961812	18	2.1	18	100	0	74	29	10	16	43	1.82
80963197--80963229	17	1.9	17	93	0	57	0	18	0	81	0.68
80963723--80963760	19	2.0	19	89	0	58	23	0	2	73	0.95
80980108--80980217	28	3.9	28	75	4	96	21	14	9	54	1.68
80984810--80984850	17	2.3	18	91	4	66	24	17	34	24	1.96
80986346--80986383	13	2.9	14	84	11	53	55	15	5	23	1.61
80992412--80992509	40	2.5	40	81	6	110	15	19	29	35	1.92
80999533--80999601	27	2.5	28	86	4	97	26	14	18	40	1.89
81000958--81000984	11	2.5	11	100	0	54	40	25	14	18	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81006967--81007022	25	2.2	25	96	0	103	35	26	23	14	1.93
81011686--81011740	28	1.9	29	82	10	69	34	0	7	58	1.26
81012235--81012370	7	18.7	7	72	10	67	20	0	30	48	1.55
81012607--81012681	26	2.9	27	88	4	109	44	6	4	45	1.48
81012797--81012831	17	2.0	17	88	5	52	34	0	0	65	0.93
81016938--81017425	242	2.0	241	97	0	922	34	17	14	33	1.91
81017873--81017989	9	12.3	9	77	10	117	45	22	0	31	1.58
81017879--81017956	39	2.0	39	97	0	147	46	21	0	32	1.52
81017875--81017987	57	2.0	57	89	0	172	46	23	0	30	1.58
81017874--81017985	39	2.9	36	80	18	129	46	22	0	30	1.58
81023514--81023553	21	2.0	20	85	5	53	30	22	42	5	1.75
81023868--81023974	43	2.5	42	85	8	128	28	20	17	32	1.96
81023882--81023974	43	2.1	45	88	11	140	27	22	19	30	1.98
81035480--81035613	40	3.4	41	88	5	195	25	28	21	24	1.99
81039038--81039162	50	2.5	50	87	3	164	28	27	17	26	1.98
81045452--81045522	37	1.9	37	97	0	133	23	11	36	28	1.89
81053683--81054904	609	2.0	610	95	0	2221	39	22	11	26	1.88
81055059--81055159	41	2.5	41	100	0	202	30	30	16	21	1.96
81056846--81056933	25	3.5	25	81	6	106	36	23	14	25	1.93
81059314--81059344	16	1.9	16	93	0	53	74	9	6	9	1.23
81059962--81060087	67	1.9	67	94	0	225	23	31	12	31	1.92
81064224--81064261	11	3.5	11	82	10	51	18	2	2	76	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81067960--81068092	47	2.8	49	81	9	157	21	29	19	29	1.98
81076200--81076416	112	1.9	112	96	0	398	23	29	21	25	1.99
81078112--81078281	46	3.7	46	72	16	152	31	27	18	22	1.97
81081601--81081659	20	3.0	19	73	7	55	45	1	5	47	1.34
81086066--81086163	46	2.1	46	98	0	187	38	12	14	34	1.83
81086323--81086355	15	2.2	15	100	0	66	27	12	15	45	1.81
81087360--81087391	16	1.9	17	93	6	57	53	0	0	46	1.00
81087719--81087863	72	2.0	72	95	0	263	28	19	11	41	1.85
81088328--81088540	106	2.0	106	93	0	363	44	14	12	28	1.81
81091397--81091459	15	4.3	15	69	18	51	53	19	23	3	1.59
81091937--81092170	79	3.0	79	89	0	351	41	17	11	29	1.85
81093881--81093922	22	1.9	22	85	0	57	28	11	21	38	1.89
81094671--81094716	20	2.2	20	84	3	56	63	4	8	23	1.42
81095083--81095124	14	2.7	15	89	10	59	69	2	2	26	1.13
81098659--81098694	3	12.0	3	87	0	54	30	2	36	30	1.72
81102953--81103070	48	2.4	48	82	2	146	27	18	32	22	1.97
81103051--81103092	22	1.9	22	90	0	66	21	14	38	26	1.91
81103001--81103145	72	2.0	72	100	0	290	25	19	33	22	1.97
81103073--81103298	50	4.6	50	77	7	230	25	18	31	24	1.98
81103072--81103297	95	2.3	98	83	3	278	25	19	30	24	1.98
81110315--81110353	21	1.9	21	89	5	62	25	30	2	41	1.69
81119128--81119245	43	2.7	43	79	7	132	27	24	16	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81121708--81121844	66	2.1	66	100	0	274	30	22	7	39	1.81
81125702--81125821	43	2.8	42	81	7	152	31	25	14	29	1.94
81134079--81134146	31	2.2	30	84	7	84	67	2	0	29	1.05
81136346--81136418	36	2.0	36	83	0	92	43	12	19	24	1.85
81139413--81139473	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
81140727--81140763	17	2.2	17	100	0	74	16	10	0	72	1.10
81143815--81143948	24	5.6	24	75	5	110	24	17	14	42	1.88
81143935--81143972	18	2.2	17	90	4	58	23	21	18	36	1.95
81143839--81143965	24	5.3	24	73	11	82	24	18	15	41	1.89
81145970--81146046	31	2.5	31	95	0	136	25	25	18	29	1.98
81146070--81146161	42	2.2	42	88	0	130	33	20	14	31	1.92
81146294--81146429	26	5.3	26	84	3	172	27	22	20	28	1.99
81146294--81146429	52	2.7	51	89	5	206	27	22	20	28	1.99
81146478--81146544	20	3.3	20	85	4	91	29	17	10	41	1.83
81147345--81147568	27	8.3	26	76	5	171	29	10	21	37	1.87
81147377--81147526	81	1.9	81	83	8	198	28	8	22	42	1.81
81147558--81147757	27	7.4	27	84	2	240	40	6	23	30	1.80
81147558--81147757	81	2.5	81	87	1	267	40	6	23	30	1.80
81152565--81152600	12	3.0	12	91	0	63	61	0	22	16	1.35
81152565--81152600	6	6.0	6	90	0	54	61	0	22	16	1.35
81152769--81152817	25	1.9	26	91	4	82	38	6	18	36	1.76
81163840--81164015	46	3.8	46	78	12	207	20	20	29	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81163837--81164008	93	1.8	93	94	0	308	20	20	29	28	1.98
81171147--81171322	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
81171144--81171315	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
81173854--81173891	16	2.4	16	90	0	58	63	7	7	21	1.47
81178868--81179101	28	8.4	28	71	12	124	25	16	5	52	1.64
81178855--81179015	55	2.9	56	80	3	182	26	16	6	50	1.68
81178854--81179015	56	2.9	56	78	3	193	26	16	6	50	1.68
81178852--81179045	56	3.5	56	77	4	187	25	18	5	51	1.67
81178965--81179105	56	2.5	56	79	5	142	27	19	2	51	1.58
81191736--81191810	37	2.0	37	100	0	150	37	13	8	41	1.74
81198053--81198172	43	2.8	43	76	7	120	30	14	24	31	1.94
81198258--81198304	20	2.3	20	82	7	60	34	4	29	31	1.77
81202775--81202806	16	2.1	15	94	5	55	50	21	18	9	1.75
81203220--81203304	27	3.2	26	79	12	102	20	23	21	35	1.96
81203223--81203299	25	3.0	25	81	11	93	22	24	18	35	1.96
81203223--81203329	52	2.1	51	87	3	153	19	24	19	36	1.95
81211117--81211227	27	4.1	27	86	5	136	17	24	21	36	1.94
81213704--81213814	27	4.2	26	83	5	123	17	23	21	37	1.93
81213704--81213814	54	2.1	53	86	1	150	17	23	21	37	1.93
81228999--81229023	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
81232105--81232150	11	4.4	11	78	8	51	28	26	0	45	1.54
81232134--81232177	22	2.0	22	87	12	65	22	15	9	52	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81233317--81233356	7	5.7	7	100	0	80	27	0	15	57	1.38
81234249--81234299	21	2.4	22	80	6	61	37	43	13	5	1.69
81234745--81234828	38	2.2	38	82	4	107	39	7	7	46	1.59
81234416--81234790	128	2.9	128	91	4	603	34	5	5	55	1.44
81234816--81234845	9	3.4	9	90	9	53	36	0	0	63	0.95
81237864--81238171	126	2.4	125	90	1	472	26	16	16	39	1.90
81238338--81238367	15	1.9	16	93	6	53	43	40	3	13	1.60
81238297--81238700	172	2.3	172	89	3	627	44	24	1	29	1.64
81239892--81239966	37	2.0	37	97	0	141	44	5	20	30	1.73
81241814--81241869	23	2.5	22	77	5	58	28	23	14	33	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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